Coriobacteriia - Coriobacteriia

The Coriobacteriia jsou třídou Grampozitivní bakterie uvnitř Aktinobakterie kmen.^[1][2] Druhy v této skupině nejsousporulující, přísné nebo fakultativní anaeroby které jsou schopné prospívat v rozmanité sadě ekologických výklenků.^[3][4][5][6] Gordonibacter Druhy jsou jedinými členy schopnými pohyblivosti pomocí bičíky ve třídě. Několik druhů ve třídě Coriobacteriia bylo zapleteno do lidských onemocnění, jejichž závažnost se pohybuje. Atopobium, Olsenella, a Cryptobacterium druhy jsou odpovědné za lidské orální infekce včetně paradentóza, zápach z úst, a další endodontické infekce.^[7][8] Eggerthella druhy byly spojovány s těžkou krví bakteriémie a ulcerózní kolitida.^[9]

Taxonomie

Třída Coriobacteriia v současné době sestává z 16 rodů ve dvou řádech a tří rodin.^[10][11] Objednávka Coriobacteriales se skládá ze dvou rodin, Coriobacteriaceae a Atopobiaceae. Rodina Coriobacteriaceae obsahuje rody Collinsella, Coriobacterium, Enorma, Parvibacter, a Senegalimassilia, zatímco Atopobiaceae obsahují Atopobium a Olsenella. The Eggerthellales se skládají z jedné rodiny (Eggerthellaceae) a zbývajících rodů Coriobacteriia (Adlercreutzia , Asaccharobacter, Cryptobacterium, Denitrobacterium, Eggerthella, Enterorhabdus, Gordonibacter, Paraeggerthella, a Slackia ).

Molekulární podpisy a fylogenetická poloha

Historicky byly všechny druhy Coriobacteriia umístěny v jedné objednávce (Coriobacteriales) a jedné rodině (Coriobacteriaceae).^{[1][12][13][14][15]} Tento pohled však neodráží přesné evoluční vzájemné vztahy ve třídě. Současný taxonomický pohled je odůvodněn přítomností několika konzervované podpisové indely (CSI), které byly nalezeny v různých taxonomických řadách.^[11] Tyto CSI jsou specifické a představují synapomorfní vlastnosti, které lze použít k rozlišení skupin v koriobakteriích, a to jak na úrovni rodiny, tak na úrovni řádu.^[16] Rozlišení řádů v Coriobacteriia je také podporováno fylogenetickým větvením stromů a konzistentními vlastnostmi; Členové patřící k Coriobacteriales jsou glukózově fermentující, sacharolytické druhy, zatímco řád Eggerthellales má druhy, které trvale nejsou schopné fermentovat glukózu a jsou asacharolytické.^[1][2][11]

CSI byly také použity k vyřešení fylogenetické polohy Coriobacteriia mezi všemi bakteriemi, kde byly nalezeny výlučně pro všechny druhy ve třídě, což je vymezuje od jiných Aktinobakterie.^[11] Coriobacteriia jsou rané větvící se linie v kmeni Actinobacteria^[2][14][15] Hluboké rozvětvení třídy vedlo ke sporu o její členství v kmeni a o to, zda se jedná o skutečnou aktinobakteriální skupinu.^[12][13][14] Bylo zjištěno, že CSI ve formě jediné aminokyselinové vložky v nukleotidohydroláze enzymu deoxyuridin 59-trifosfát (dUTP) je sdílen všemi členy Coriobacteriia, stejně jako několika druhy Actinobacteria, a chybí u všech ostatních bakterií.^[11] Tento CSI poskytuje jednoznačnou podporu pro členství Coriobacteriia v Actinobacteria.^[11][16]

Fylogeneze

Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI).^[10]

Reference