Synergistetes - Synergistetes
Synergistaceae | |
---|---|
Vědecká klasifikace | |
Království: | |
Kmen: | |
Podkmen: | Synergistetes Jumas-Bilak a kol. 2009 |
Třída: | Synergistia Jumas-Bilak a kol. 2009 |
Objednat: | Synergistales Jumas-Bilak a kol. 2009 |
Rodina: | Synergistaceae Jumas-Bilak a kol. 2009 |
Rody | |
| |
Synonyma | |
|
The Synergistetes je nedávno rozpoznaný kmen anaerobních bakterií, které se projevují Gramnegativní barvení a mají tyčový / vibrioidní tvar buňky.[1][2] Ačkoli Synergistetes mají obálku buněk diderm,[3][4] geny pro různé proteiny zapojené do lipopolysacharidů biosyntéza dosud nebyly detekovány v Synergistetes, což naznačuje, že mohou mít atypickou vnější obálku buněk.[3][4] Synergistetes obývají většinu anaerobních prostředí včetně zvířecích gastrointestinálních traktů, půdy, ropných vrtů a čištění odpadních vod rostliny a jsou také přítomny v místech lidských onemocnění, jako jsou cysty, abscesy a oblasti periodontální onemocnění.[5][6] Vzhledem k jejich přítomnosti v místech souvisejících s onemocněním se Synergistetes považuje za oportunní patogeny, ale lze je nalézt také u zdravých jedinců v mikrobiomu pupečníku a za normálních podmínek. vaginální flóra.[6][7] Druhy v tomto kmeni byly také zapleteny do periodontální onemocnění,[8] gastrointestinální infekce a infekce měkkých tkání.[6] Byly identifikovány další druhy z tohoto kmene, které významně přispívají k degradaci kalů na výrobu bioplynu v anaerobních digestorech a jsou potenciálními kandidáty pro použití při výrobě obnovitelné energie prostřednictvím výroby plynného vodíku.[9] Všechny známé druhy a rody Synergistetes jsou v současnosti součástí jedné třídy (Synergistia), řádu (Synergistiales) a čeledi (Synergistaceae).[2]
Srovnávací genomika a molekulární podpisy
Nedávné srovnávací analýzy sekvenovaných genomů Synergistetes vedly k identifikaci velkého počtu konzervované podpisové indely (CSI) v proteinových sekvencích, které jsou specifické buď pro všechny sekvenované druhy Synergistetes, nebo pro některé z jejich sub-sublades, které jsou pozorovány u fylogenetické stromy.[10] Z identifikovaných CSI bylo 32 v široce distribuovaných proteinech, jako jsou RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA atd., Včetně velkého> 300 aa inzertu v proteinu RpoC jsou přítomny v různých druzích Synergistetes, ale kromě izolovaných bakterií se tyto CSI nenacházejí v proteinových homologech ze všech ostatních organismů. Tyto CSI poskytují nové molekulární markery pro rozlišení druhů Synergistetes od všech ostatních bakterií.[10] Bylo zjištěno, že v nich je jedinečně přítomno dalších sedm CSI v důležitých proteinech, včetně 13 aa v RpoB Jonquetella, Pyramidobacter a Dethiosulfovibrio druhy naznačující blízký a specifický vztah mezi těmito bakteriemi, což je také silně podporováno fylogenetickými stromy. Patnáct dalších CSI, které byly přítomny pouze v Jonquetella a Pyramidobacter naznačují úzkou souvislost mezi těmito dvěma druhy.[10] A konečně, úzký vztah mezi Aminomonas a Thermanaerovibrio Tento druh podporuje také 9 identifikovaných CSI. Identifikované molekulární markery poskytují spolehlivé prostředky pro dělení druhů z kmene Synergistetes do přechodných taxonomických řad, jako jsou čeledi a řády.[10]
Fylogeneze
Fylogeneze založená na práci Projekt All-Species Living Tree.[11]
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Taxonomie
Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LSPN)[12] a Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI).[13]
- Podkmen Synergistetes Jumas-Bilak a kol. 2009 [Synergistaeota Oren a kol. 2015 [Aminanaerobia Hugenholtz]
- Třída Synergistia Jumas-Bilak a kol. 2009
- Objednat Synergistales Jumas-Bilak a kol. 2009
- Rodina Synergistaceae Jumas-Bilak a kol. 2009 [Clostridiales Family XV]
- Rod Acetomicrobium Soutschek a kol. 1985
- Druh Acetomicrobium flavidum Soutschek a kol. 1985
- Rod Aminifilus Díaz et al. 2007
- Druh Aminiphilus circumscriptus Díaz et al. 2007
- Rod Aminivibrio Honda a kol. 2013
- Druh Aminivibrio pyruvatiphilus Honda a kol. 2013
- Rod Aminobacterium Baena a kol. 1999
- Druh A. colombiense Baena a kol. 1999 (typ sp.)
- Druh A. mobilní Baena a kol. 2000
- Druh A. thunnarium Hamdi a kol. 2015
- Rod Aminomonas Baena a kol. 1999
- Druh Aminomonas paucivorans Baena a kol. 1999
- Rod Anaerobaculum Rees a kol. 1997 vychází. Maune & Tanner 2012
- Druh A. hydrogeniformans Maune & Tanner 2012
- Druh A. mobilní Menes & Muxí 2002
- Druh A. thermoterrenum Rees a kol. 1997 (typ sp.)
- Rod Candidatus Tammella Hongoh a kol. 2007
- Druh Candidatus Tammella caduceiae Hongoh a kol. 2007
- Rod Cloacibacillus Ganesan a kol. 2008 vychází. Looft a kol. 2013
- Druh Cloacibacillus evryensis Ganesan a kol. 2008
- Druh Cloacibacillus porcorum Looft a kol. 2013
- Rod Dethiosulfovibrio Magot a kol. 1997
- Druh D. salsuginis Díaz-Cárdenas a kol. 2010
- Druh D. peptidovorans Magot a kol. 1997 (typ sp.)
- Druh D. acidaminovorans Surkov a kol. 2001
- Druh D. marinus Surkov a kol. 2001
- Druh D. russensis Surkov a kol. 2001
- Rod Fretibacterium Vartoukian a kol. 2013
- Druh Fretibacterium fastidiosum Vartoukian a kol. 2013
- Rod Jonquetella Jumas-Bilak a kol. 2007
- Druh Jonquetella anthropi Jumas-Bilak a kol. 2007
- Rod Lactivibrio Qiu a kol. 2014
- Druh Lactivibrio alkoholus Qiu a kol. 2014
- Rod Pyramidobacter Downes a kol. 2009
- Druh Pyramidobacter piscolens Downes a kol. 2009
- Rod Synergistes Allison a kol. 1993
- Druh Synergistes jonesii Allison a kol. 1993
- Rod Thermanaerovibrio Baena a kol. 1999 vychází. Palaniappan a kol. 2013
- Druh T. acidaminovorans (Guangsheng et al. 1997) Baena et al. 1999 [Selenomonas acidaminovorans Guangsheng a kol. 1997] (typ sp.)
- Druh T. velox Zavarzina a kol. 2000
- Rod Thermovirga Dahle a Birkeland 2006
- Druh Thermovirga lienii Dahle a Birkeland 2006
- Rod Acetomicrobium Soutschek a kol. 1985
- Rodina Synergistaceae Jumas-Bilak a kol. 2009 [Clostridiales Family XV]
- Objednat Synergistales Jumas-Bilak a kol. 2009
- Třída Synergistia Jumas-Bilak a kol. 2009
Poznámky:
♠ Kmen nalezen na Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI), ale není uveden v seznamu Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN)
Reference
- ^ Hugenholtz, P., Hooper, S.D. a Kyrpides, N.C. (2009). Zaměření: Synergistetes. Environ. Microbiol. 11, 1327–1329.
- ^ A b Jumas-Bilak, E .; Roudiere, L .; Marchandin, H. (2009). „Popis kmene„ Synergistetes “nov. A upravený popis kmene„ Deferribacteres “a čeledi Syntrophomonadaceae, kmen„ Firmicutes “'". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59: 1028–1035. doi:10.1099 / ijs.0.006718-0.
- ^ A b Gupta, R. S. (2011) Původ didermických (gramnegativních) bakterií: Antibiotický selekční tlak spíše než endosymbióza pravděpodobně vedla k vývoji bakteriálních buněk se dvěma membránami. Antonie Van Leeuwenhoek. 100: 171–182
- ^ A b Sutcliffe, I.C. (2010). "Pohled na úroveň kmene na architekturu obálky bakteriálních buněk". Trends Microbiol. 18: 464–470. doi:10.1016 / j.tim.2010.06.005. PMID 20637628.
- ^ Jumas-Bilak, E .; Carlier, J.P .; Jean-Pierre, H .; Citron, D .; Bernard, K .; Damay, A .; Gay, B .; Teyssier, C .; Campos, J .; Marchandin, H. (2007). „Jonquetella anthropi gen. Nov., Sp. Nov., První člen kandidátního kmene„ Synergistetes “izolovaného od člověka“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 57: 2743–2748. doi:10.1099 / ijs.0.65213-0. PMID 18048718.
- ^ A b C Vartoukian, S.R., Palmer, R.M. a Wade, W.G. (2007). Divize „Synergistes“. Anaerobe. 13, 99–106.
- ^ Marchandin, H., Damay, A., Roudiere, L., Teyssier, C., Zorgniotti, I., Dechaud, H., Jean-Pierre, H. a Jumas-Bilak, E. (2010). Fylogeneze, rozmanitost a specializace hostitele v kmeni Synergistetes s důrazem na kmeny a klony lidského původu. Res. Microbiol. 161, 91–100.
- ^ Horz, H.P .; D.M. Citrón; Y.A. Warren; E.J. Goldstein; G. Conrads (srpen 2006). „Synergistes Group Organisms of Human Origin“. Journal of Clinical Microbiology. 44 (8): 2914–2920. doi:10.1128 / JCM.00568-06. PMC 1594628. PMID 16891512.
- ^ Riviere, D., Desvignes, V., Pelletier, E., Chaussonnerie, S., Guermazi, S., Weissenbach, J., Li, T., Camacho, P. a Sghir, A. (2009). Směrem k definici jádra mikroorganismů podílejících se na anaerobní digesci kalu. ISME. J. 3, 700–714.
- ^ A b C d Bhandari, V .; Gupta, R. S. (2012). "Molekulární podpisy pro kmen Synergistetes a některé z jeho subclades". Antonie van Leeuwenhoek. 102: 517–40. doi:10.1007 / s10482-012-9759-2. PMID 22711299.
- ^ „16S rRNA založené vydání LTP 123 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2016-03-20.
- ^ J.P.Euzéby. „Synergistetes“. Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Citováno 2016-03-20.
- ^ Sayers; et al. „Synergistetes“. Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2016-03-20.