Verukomikrobie - Verrucomicrobia

Verukomikrobie
	Transmisní elektronový mikrofotografie stadia II epixenosomů.
Vědecká klasifikace
Doména:	Bakterie
Kmen:	Verukomikrobie; Hedlund 2012
Třídy
	"Candidatus Epixenosom " ♠; "Lentimonas " ♠; "Methyloacida " ♠; "Methylacidimicrobium " ♠; "Methylacidiphilales " ♠; "Spartobakterie "; Opitutae; Verrucomicrobiae;
Synonyma
	Verrucomicrobaeota Oren a kol. 2015;

Verukomikrobie je kmen bakterie který obsahuje pouze několik popsaných druhů. Identifikované druhy byly izolovány z sladká voda, námořní a půda prostředí a člověka fekálie. V souvislosti s eukaryotickými hostiteli byla identifikována řada dosud nepěstovaných druhů, včetně výbušných trhavin ectosymbionts z protistů a endosymbionty z hlístice bydlící v jejich gamety.^{[Citace je zapotřebí ]}

Verukomikrobie je v prostředí bohatá.^{[Citace je zapotřebí ]} Tento kmen je považován za dva sesterské kmeny: Chlamydie a Lentisphaerae v rámci Skupina PVC.^[1] Kmen Verrucomicrobia lze odlišit od sousedních kmenů ve skupině PVC přítomností několika konzervované podpisové indely (CSI).^[2] Tyto CSI představují jedinečné, synapomorfní vlastnosti, které naznačují společný původ ve Verrucomicrobii a nezávislou linii uprostřed jiných bakterií.^[3] CSI Bylo také zjištěno, že jsou sdíleny Verrucomicrobia a Chlamydie výhradně ze všech ostatních bakterií.^[4] Tyto CSI poskytují důkaz, že Chlamydie je nejblíže k Verukomikrobie, a že jsou více úzce spjaty navzájem než s Planctomycetales.

Verrucomicrobia může patřit do clade Planktobakterie ve větším kladu Gracilicutes.^[5]

V roce 2008 celá genom z Methylacidiphilum infernorum (2.3 Mbp ) byl publikován. Na jediném oběžníku chromozóm Bylo nalezeno 2473 predikovaných proteinů, z nichž 731 nemělo detekovatelné homology. Tyto analýzy také odhalily mnoho možných homologie s Proteobakterie.^[6]^[7]

Fylogeneze

Fylogeneze založená na práci Projekt All-Species Living Tree.^[8]

Opitutae

Puniceicoccaceae

Coraliomargarita akajimensis

	Puniceicoccus vermicola

	Cerasicoccus arenae

Opitutaceae

	Opitutus terrae

	Alterococcus agarolyticus

Pelagicoccus

P. croceus

P. mobilis (typ sp.)

	P. albus

	P. litoralis

Verrucomicrobiales

Limisphaera ngatamarikiensis

Verrucomicrobiaceae

Terrimicrobium sacchariphilum

Verrucomicrobium spinosum

Roseimicrobium gellanilyticum

Prosthecobacter

	P. fluviatilis

	P. vanneervenii

Brevifollis gellanilyticus

	P. řasy

	P. dejongeii

	P. debontii

	P. fusiformis (typ sp.)

Akkermansia muciniphila

Luteolibacter

L. cuticulihirudinis

L. pohnpeiensis (typ sp.)

L. řasy

	L. luojiensis

	L. yonseiensis

Haloferula

	H. luteola

	H. sargassicola

H. helveola

H. phyci

H. harenae

	H. chungangensis

	H. rosea (typ sp.)

Roseibacillus

R. persicicus

	R. ishigakijimensis (typ sp.)

	R. Ponti

Persicirhabdus sediminis

Rubritalea

R. sabuli

	R. halochordaticola

	R. squalenifaciens

R. marina (typ sp.)

	R. spongiae

	R. tangerina

Taxonomie

Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LSPN)^[9] a Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI).^[10]

Kmen Verukomikrobie Hedlund 2012 [Verrucomicrobaeota Oren a kol. 2015]
- Rod? “Candidatus Epixenosom " ♠ Bauer a kol. 2005
  - Druh "Candidatus Epixenosoma ejectans " ♠ Bauer a kol. 2005
- Rod?Lentimonas ♠ Choo & Cho 2006
  - Druh "Lentimonas marisflavi " ♠ Choo & Cho 2006
- Rod? "Methyloacida " ♠ Islam a kol. 2008
- Rod? “Methylacidimicrobium " ♠ van Teeseling et al. 2014
  - Druh "M. cyklopophantes " ♠ van Teeseling et al. 2014
  - Druh "M. fagopyrum " ♠ van Teeseling et al. 2014
  - Druh "M. tartarophylax " ♠ van Teeseling et al. 2014
- Objednat ?"Methylacidiphilales" ♠ Op den Camp 2009
  - Rodina "Methylacidiphilaceae " ♠ Op den Camp 2009
    - Rod "Methylacidiphilum " ♠ Hou a kol. 2008 vychází. Op den Camp a kol. 2009
      - Druh "M. fumariolicum " ♠ (Pol a kol. 2007) Op den Camp a kol. 2009
      - Druh "M. infernorum " ♠ (Dunfield a kol. 2007) Hou a kol. 2008
      - Druh "M. kamchatkense " ♠ Islam a kol. 2008
- Třída? “Spartobakterie" Sangwan a kol. 2004
  - Rod "Candidatus Xiphinematobacter " ♠ Vandekerckhove et al. 2000
    - Druh "Ca. X. americani " ♠ Vandekerckhove et al. 2000
    - Druh "Ca. X. brevicolli " ♠ Vandekerckhove et al. 2000
    - Druh "Ca. X. rivesi " ♠ Vandekerckhove et al. 2000
  - Objednat "Chthoniobacterales" Sangwan a kol. 2004
    - Rodina "Chthoniobacteraceae " Sangwan a kol. 2004
      - Rod "Chthoniobacter " ♠ Sangwan a kol. 2004
        Druh "Chthoniobacter flavus " ♠ Sangwan a kol. 2004
- Třída Opitutae Choo a kol. 2007
  - Objednat Opitutales Choo a kol. 2007
    - Rodina Opitutaceae Choo a kol. 2007
      - Rod? “Diplosphaera " ♠ Wertz a kol. 2012 non Bialosuknia 1909
        Druh "Diplosphaera colitermitum " ♠ Wertz a kol. 2012
      - Rod Alterococcus Shieh a Jean 1999
        Druh Alterococcus agarolyticus Shieh a Jean 1999
      - Rod Opitutus Chin a kol. 2001
        Druh Opitutus terrae Chin a kol. 2001
      - Rod Cephaloticoccus Lin a kol. 2016
        Druh C. capnophilus Lin a kol. 2016
        Druh C. primus Lin a kol. 2016
  - Objednat Puniceicoccales Choo a kol. 2007
    - Rodina Puniceicoccaceae Choo a kol. 2007
      - Rod Cerasicoccus Yoon a kol. 2007
        Druh C. arenae Yoon a kol. 2007 (typ sp.)
        Druh "C. frondis " ♠ Yoon a kol. 2010
        Druh "C. maritimus " ♠ Yoon a kol. 2010
      - Rod Coraliomargarita Yoon a kol. 2007
        Druh Coraliomargarita akajimensis Yoon a kol. 2007
      - Rod Pelagicoccus Yoon a kol. 2007
        Druh P. albus Yoon a kol. 2007
        Druh P. croceus Yoon a kol. 2007
        Druh P. litoralis Yoon a kol. 2007
        Druh P. mobilis Yoon a kol. 2007 (typ sp.)
      - Rod Puniceicoccus Choo a kol. 2007
        Druh Puniceicoccus vermicola Choo a kol. 2007
- Třída Verrucomicrobiae Hedlund a kol. 1998 vychází. Yoon a kol. 2008
  - Objednat Verrucomicrobiales Ward-Rainey a kol. 1996 vydáno. Yoon a kol. 2008
    - Rodina Verrucomicrobia subdivision 3 [Pedosphaeraceae]
      - Rod? “Pedosphaera " ♠ Ozyurt 2008
        Druh "Pedosphaera parvula " ♠ Ozyurt 2008
      - Rod Limisphaera ngatamarikiensis Anders a kol. 2015
        Druh Limisphaera ngatamarikiensis Anders a kol. 2015
    - Rodina Akkermansiaceae Hedlund & Derrien 2012
      - Rod Akkermansia Derrien a kol. 2004
        Druh Akkermansia muciniphila Derrien a kol. 2004
    - Rodina Rubritaleaceae Hedlund 2012
      - Rod Rubritalea Scheuermayer et al. 2006
        Druh R. halochordaticola Yoon a kol. 2011
        Druh R. marina Scheuermayer et al. 2006 (typ sp.)
        Druh R. sabuli Yoon a kol. 2008
        Druh R. spongiae Yoon a kol. 2007
        Druh R. squalenifaciens Kasai a kol. 2007
        Druh R. tangerina Yoon a kol. 2007
    - Rodina Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey a kol. 1996 vydáno. Takeda a kol. 2008
      - Rod?Fucophilus ♠ Sakai a kol. 2001b
        Druh Fucophilus fucoidanolyticus ♠ Sakai a kol. 2001b
      - Rod Brevifollis Otsuka a kol. 2013
        Druh Brevifollis gellanilyticus Otsuka a kol. 2013
      - Rod Haloferula Yoon a kol. 2008 vychází. Bibi a kol. 2011
        Druh H. chungangensis Kang a kol. 2013
        Druh H. harenae Yoon a kol. 2008
        Druh H. helveola Yoon a kol. 2008
        Druh H. luteola Bibi a kol. 2011
        Druh H. phyci Yoon a kol. 2008
        Druh H. rosea Yoon a kol. 2008 (typ sp.)
        Druh H. sargassicola Yoon a kol. 2008
      - Rod Persicirhabdus Yoon a kol. 2008
        Druh Persicirhabdus sediminis Yoon a kol. 2008
      - Rod Luteolibacter Yoon a kol. 2008
        Druh L. řasy Yoon a kol. 2008
        Druh L. cuticulihirudinis Glaeser a kol. 2012
        Druh L. luojiensis Jiang a kol. 2012
        Druh L. pohnpeiensis Yoon a kol. 2008 (typ sp.)
        Druh L. yonseiensis Park et al. 2013
      - Rod Roseibacillus Yoon a kol. 2008
        Druh R. persicicus Yoon a kol. 2008
        Druh R. ishigakijimensis Yoon a kol. 2008 (typ sp.)
        Druh R. Ponti Yoon a kol. 2008
      - Rod Roseimicrobium Otsuka a kol. 2013
        Druh Roseimicrobium gellanilyticum Otsuka a kol. 2013
      - Rod Prosthecobacter (ex Staley a kol. 1976) Staley a kol. 1980 emend. Takeda a kol. 2008
        Druh P. řasy Lee a kol. 2014
        Druh P. dejongeii Hedlund a kol. 1998
        Druh P. debontii Hedlund a kol. 1998
        Druh P. fluviatilis Takeda a kol. 2008
        Druh P. fusiformis (ex Staley a kol. 1976) Staley a kol. 1980 (typ sp.)
        Druh P. vanneervenii Hedlund a kol. 1998
      - Rod Terrimicrobium Qiu a kol. 2014
        Druh Terrimicrobium sacchariphilum Qiu a kol. 2014
      - Rod Verrucomicrobium Schlesner 1988
        Druh Verrucomicrobium spinosum Schlesner 1988

Poznámky:
♠ Kmen nalezen na Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI), ale nemá postavení s Bakteriologický kód (1990 a následující revize), jak je podrobně uvedeno v Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN) v důsledku následujících důvodů:

Reference

^ Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). „Lentisphaera araneosa gen. Nov., Sp. Nov, transparentní exopolymer produkující mořské bakterie, a popis nového bakteriálního kmene Lentisphaerae“. Environ Microbiol. 6 (6): 611–21. doi:10.1111 / j.1462-2920.2004.00614.x. PMID 15142250.
^ Gupta RS, Bhandari V, Naushad HS (2012). „Molekulární podpisy bakterií z PVC (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae a Lentisphaerae) poskytují náhled na jejich evoluční vztahy.“. Přední mikrobiol. 3: 327. doi:10.3389 / fmicb.2012.00327. PMC 3444138. PMID 23060863.
^ Gupta RS (2016). „Dopad genomiky na porozumění mikrobiální evoluci a klasifikaci: význam Darwinových názorů na klasifikaci“. FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. doi:10.1093 / femsre / fuw011. PMID 27279642.
^ Griffiths E, Gupta RS (2007). „Fylogeneze a sdílené konzervované inzerty v proteinech dokazují, že Verrukomikrobie jsou nejbližší známé volně žijící příbuzní chlamydií“. Mikrobiologie. 153 (Pt 8): 2648–54. doi:10.1099 / mic.0.2007 / 009118-0. PMID 17660429.
^ Wagner, M; Horn, M (2006). „Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae a sestra phyla tvoří superkmen s biotechnologickým a lékařským významem“. Aktuální názor na biotechnologie. 17 (3): 241–9. doi:10.1016 / j.copbio.2006.05.005. PMID 16704931.
^ Hou, S; Makarova, KS; Saw, JH; Senin, P; Ly, BV; Zhou, Z; Ren, Y; Wang, J; Galperin, MY; Omelchenko, Marina V; Vlk, Jurij I.; Yutin, Natalya; Koonin, Eugene V; Stott, Matthew B; Mountain, Bruce W; Crowe, Michelle A; Smirnova, Angela V; Dunfield, Peter F; Feng, Lu; Wang, Lei; Alam, Maqsudul (2008). „Kompletní genomová sekvence extrémně acidofilního methanotrofního izolátu V4, Methylacidiphilum infernorum, zástupce bakteriálního kmene Verrucomicrobia“. Biology Direct. 3: 26. doi:10.1186/1745-6150-3-26. PMC 2474590. PMID 18593465.
^ Ludwig, W., Euzéby, J. a Whitman W.B. (2008). „Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes“ (PDF). Bergey's Manual Trust: 15.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
^ „16S rRNA založené vydání LTP 123 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2016-03-20.
^ J.P.Euzéby. "Verrucomicrobia". Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Citováno 2016-03-20.
^ Sayers; et al. "Verrucomicrobia". Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2016-03-20.

[1] Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). „Lentisphaera araneosa gen. Nov., Sp. Nov, transparentní exopolymer produkující mořské bakterie, a popis nového bakteriálního kmene Lentisphaerae“. Environ Microbiol. 6 (6): 611–21. doi:10.1111 / j.1462-2920.2004.00614.x. PMID 15142250.

[Gupta2012-2] Gupta RS, Bhandari V, Naushad HS (2012). „Molekulární podpisy bakterií z PVC (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae a Lentisphaerae) poskytují náhled na jejich evoluční vztahy.“. Přední mikrobiol. 3: 327. doi:10.3389 / fmicb.2012.00327. PMC 3444138. PMID 23060863.

[pmid27279642-3] Gupta RS (2016). „Dopad genomiky na porozumění mikrobiální evoluci a klasifikaci: význam Darwinových názorů na klasifikaci“. FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. doi:10.1093 / femsre / fuw011. PMID 27279642.

[4] Griffiths E, Gupta RS (2007). „Fylogeneze a sdílené konzervované inzerty v proteinech dokazují, že Verrukomikrobie jsou nejbližší známé volně žijící příbuzní chlamydií“. Mikrobiologie. 153 (Pt 8): 2648–54. doi:10.1099 / mic.0.2007 / 009118-0. PMID 17660429.

[5] Wagner, M; Horn, M (2006). „Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae a sestra phyla tvoří superkmen s biotechnologickým a lékařským významem“. Aktuální názor na biotechnologie. 17 (3): 241–9. doi:10.1016 / j.copbio.2006.05.005. PMID 16704931.

[6] Hou, S; Makarova, KS; Saw, JH; Senin, P; Ly, BV; Zhou, Z; Ren, Y; Wang, J; Galperin, MY; Omelchenko, Marina V; Vlk, Jurij I.; Yutin, Natalya; Koonin, Eugene V; Stott, Matthew B; Mountain, Bruce W; Crowe, Michelle A; Smirnova, Angela V; Dunfield, Peter F; Feng, Lu; Wang, Lei; Alam, Maqsudul (2008). „Kompletní genomová sekvence extrémně acidofilního methanotrofního izolátu V4, Methylacidiphilum infernorum, zástupce bakteriálního kmene Verrucomicrobia“. Biology Direct. 3: 26. doi:10.1186/1745-6150-3-26. PMC 2474590. PMID 18593465.

[7] Ludwig, W., Euzéby, J. a Whitman W.B. (2008). „Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes“ (PDF). Bergey's Manual Trust: 15.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)

[8] „16S rRNA založené vydání LTP 123 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2016-03-20.

[9] J.P.Euzéby. "Verrucomicrobia". Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Citováno 2016-03-20.

[NCBI-10] Sayers; et al. "Verrucomicrobia". Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2016-03-20.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]