Exonukleáza III - Exonuclease III

Exonukleáza III
Exonukleáza III z EColi.png
Krystalová struktura exonukleázy III
z E-coli.[1][2]
Identifikátory
OrganismusKmen E. coli K-12 / MG1655
SymbolxthA
Alt. symbolyExoIII
Entrez946254
RefSeq (Prot)NP_416263
UniProtP09030
Další údaje
EC číslo3.1.11.2
Chromozómgenom: 1,83 - 1,83 Mb

Exonukleáza III (ExoIII) je enzym který patří k exonukleáza rodina. ExoIII katalyzuje postupné odstraňování mononukleotidů z 3´-hydroxylových konců dvouvláknových DNA.[1] Omezený počet nukleotidy jsou odstraněny během každé vazebné události, což vede ke koordinovaným progresivním delecím v populaci DNA molekuly.[2]

Funkce

Výhodné substráty jsou tupé nebo zapuštěné 3´-konce, i když ExoIII také působí v zářezech v duplexní DNA za vzniku jednořetězcových mezer. Enzym není aktivní na jednořetězcovou DNA, a proto jsou 3´-vyčnívající konce odolné vůči štěpení. Stupeň odporu závisí na délce nástavce, přičemž nástavce 4 základny nebo delší jsou v zásadě odolné vůči štěpení. Tato vlastnost se používá k výrobě jednosměrné vypuštění z lineární molekuly s jedním rezistentním (3´-přesahem) a jedním vnímavým (tupým nebo 5´-přesahem) koncem.[3]

Aktivita ExoIII závisí částečně na šroubovicové struktuře DNA[4] a zobrazuje závislost sekvence (C> A = T> G).[5]

Bylo také hlášeno, že ExoIII má aktivity RNázy H, 3´-fosfatázy a AP-endonukleázy.[1]

Aktuální studie

Existuje mnoho různých exonukleáz a mnoho z nich je ještě třeba objevit v bakteriích, současné studie se provádějí v E. coli. Mnoho exonukleáz spadá do superrodin s různými doménami života, což dokazuje, že se exonukleáza III ukázala jako stará. Exonukleázy se vyvinuly brzy v historii života a mají zásadní biologické role.[6] Exonukleáza III je specificky studována z hlediska své aktivity a funkce, současná studie prováděná Gachonskou univerzitou zkoumá detekci endonukleázy III pomocí nanoklastrů mědi s templátem DNA (DNA-CuNC). Studie ukázala, že tento enzym je ovlivňován koncentracemi iontů hořčíku a sodíku. Studie, jako jsou tyto, jsou důležité, protože je lze použít jako detektor nemocí.[7]

Nařízení

Teplota, sůl koncentrace a poměr enzymu k DNA výrazně ovlivňuje aktivitu enzymu, což vyžaduje reakce podmínky přizpůsobené konkrétním aplikacím.

Reference

  1. ^ A b C PDB: 1ako​; Mol CD, Kuo CF, Thayer MM, Cunningham RP, Tainer JA (březen 1995). "Struktura a funkce multifunkčního enzymu pro opravu DNA exonukleázy III". Příroda. 374 (6520): 381–6. Bibcode:1995 Natur.374..381M. doi:10.1038 / 374381a0. PMID  7885481.
  2. ^ A b Obrázek vykreslený v MacPyMOL © 2006 DeLano Scientific
  3. ^ Rogers SG, Weiss B (1980). „Exonukleáza III Escherichia coli K-12, AP endonukleáza“. Metody v enzymologii. 65 (1): 201–11. doi:10.1016 / S0076-6879 (80) 65028-9. ISBN  978-0-12-181965-1. PMID  6246343. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  4. ^ Maniatis T, Sambrook J, Fritsch EF (1989). Molekulární klonování: laboratorní příručka (2. vyd.). Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory. str.5.84–5. ISBN  978-0-87969-309-1.
  5. ^ Henikoff S (červen 1984). "Jednosměrná digesce exonukleázou III vytváří cílené hraniční body pro sekvenování DNA". Gen. 28 (3): 351–9. doi:10.1016/0378-1119(84)90153-7. PMID  6235151.
  6. ^ Lovett ST (prosinec 2011). "DNA exonukleázy Escherichia coli". EcoSal Plus. 4 (2). doi:10.1128 / ecosalplus.4.4.7. PMC  4238392. PMID  26442508.
  7. ^ Lee C, Gang J (září 2018). „Rychlá a jednoduchá detekce aktivity exonukleázy III bez štítků s nanoklastry mědi s templátovanou DNA“ (PDF). Journal of Microbiology and Biotechnology. 28 (9): 1467–1472. doi:10,4014 / jmb. 1805,04060. PMID  30369112.

Další čtení