Projekt All-Species Living Tree - The All-Species Living Tree Project - Wikipedia

Logo projektu „All-Species Living Tree“

'Projekt All-Species Living Tree je spolupráce mezi různými akademickými skupinami / instituty, jako např ARB, Databázový projekt SILVA rRNA a LPSN s cílem sestavit databázi 16S rRNA sekvence všech platně publikovaných druhů Bakterie a Archaea.[1] V jedné fázi 23S byly také shromážděny sekvence,[2] ale od té doby se to zastavilo.[3]

V současné době je v zarovnaném datovém souboru více než 10 950 druhů a přidává se několik dalších, buď když jsou objeveny nové druhy, nebo jsou seřazeny druhy, které nejsou v databázi zastoupeny. Zpočátku druhou skupinu tvořilo 7% druhů.

Podobné (a novější) projekty zahrnují Genomická encyklopedie bakterií a archeaí (GEBA), která se zaměřila na sekvenování celého genomu bakterií a archea.[4][5]

Strom

Viz také: Bakteriální kmen

Strom vytvořil maximální pravděpodobnost analýza bez bootstrapu: následkem toho se přesnost vymění za velikost a mnoho kmenů na úrovni kmene není správně vyřešeno (například Firmicutes). (Eukaryoty nejsou v analýze přítomny). Tento fylogenetický strom založený na 16S rRNA je založen na ARB-SILVA uvolňující LTPs 121 (červen 2015) a obsahuje všechny druhy druhů s platně zveřejněnými názvy do prosince 2014.[6][7]

DoménaArchaea
 

Thaumarchaeota

 
 
 

Crenarchaeota (Thermoprotei )

 
Euryarchaeota
 

Methanopyrus kandleri

 
 
 

Methanokoky

 
 
Eurythermea
 

Thermococcaceae

 
 

Termoplazmy

 
 
Neobakterie
 

Methanobacteriales

 
 
 

Archaeoglobaceae

 
Halomebacteria
 

Methanomikrobie

 
 

Halobacteriaceae

 
 
 
 
 
 
 
 
 
DoménaBakterie
 

Thermotogales

 
 
 

Thermodesulfobiaceae (Firmicutes)

 
 
 

Synergistaceae {Clostridiales Family XV Incertae Sedis} (Firmicutes)

 
 
 

Caldisericum exil

 
 
 
 

Thermodesulfobacteriaceae

 
 

Aquificales

 
 
 
Firmicutes
 

Thermaerobacter

 
 
 
 

Caldicellulosiruptor

 
 
 

Thermoanaerobacteraceae

 
 
 

Thermanaeromonas toyohensis

 
 
 

Dictyoglomus

 
 

Thermoanaerobacterales Nepojmenovaný clade I (vč. Fervidicola )

 
 
 
 
 
 
 

Thermoanaerobacterales Nepojmenovaný clade II

 
 
 
 

Gelria glutamica

 
 
 

Clostridiales Family XVIII Incertae Sedis

 
 

Sulfobacillus

 
 
 
 
 

Clostridia s.s. (vč. Thermolithobacter, Negativicutes & Thermoanaerobacterales Nepojmenovaný clade III )

 
 

Bacilli (vč. Erysipelotrichia & Mollicutes )

 
 
 
 
 
 
 
 
 

Aktinobakterie

 
Chloroflexi
 
 
 

Thermoflexus hugenholtzii

 
 

Dehalococcoidaceae

 
 
 
 

Caldilineaceae

 
 
 

Ardenticatena maritima

 
 

Anaerolineaceae

 
 
 
 
 
 

Ktedonobakterie

 
 
 

Termomikrobie

 
 

Chloroflexi

 
 
 
 
 
 
 

Nitrospiraceae

 
 
 

Deinokoky

 
 
 

Thermoanaerobaculum aquaticum

 
 
 
 
 
 

Caldithrix

 
 
 

Gemmatimonas aurantiaca

 
 

Fibrobacter

 
 
 
Planktobakterie
Planctomycetes
 

Phycisphaera mikrensis

 
 

Planctomycetales

 
 
 
 

Chlamydiales

 
 
Lentisphaerae
 

Oligosphaera ethanolica

 
 

Lentisphaeria

 
 
Verukomikrobie
 

Opitutae

 
 

Verrucomicrobiales

 
 
 
 
 
 
Sfingobakterie
Chlorobi
 

Ignavibacteriaceae

 
 

Chlorobiaceae

 
 
 

Bacteroidetes

 
 
 
 
Thiobakterie
 

Deltaproteobakterie

 
 
 

Deferrisoma carnini

 
 
 

Desulfovibrionales

 
 
 

Desulfurellaceae

 
 

Epsilonproteobakterie

 
 
 
 
 
 
 
Acidobakterie
 

Holofágy

 
 
 

Bryobacter aggregatus

 
 

Acidobacteriaceae

 
 
 
 
 
 

Chrysiogenaceae

 
 

Deferribacteraceae

 
 
 
 

Spirochaetales

 
 
 

Fusobacteriales

 
 
 

Elusimicrobium minutum

 
 

Armatimonadetes

 
 
 
 
 
 
 
 

Mariprofundus ferrooxydans

 
Rhodobakterie
 

Alphaproteobacteria

 
Chromatibakterie
 

Gammaproteobakterie (paraphyletic)

 
 

Betaproteobakterie

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Reference

  1. ^ Yarza, P .; Richter, M .; Peplies, J. R .; Euzeby, J .; Amann, R .; Schleifer, K. H .; Ludwig, W .; Glöckner, F. O .; Rosselló-Móra, R. (2008). „Projekt All-Species Living Tree: 16S rRNA na bázi fylogenetického stromu všech kmenů sekvenovaného typu“. Systematická a aplikovaná mikrobiologie. 31 (4): 241–250. doi:10.1016 / j.syapm.2008.07.001. hdl:10261/103580. PMID  18692976.
  2. ^ Yarza, Pablo; Ludwig, Wolfgang; Euzéby, Jean; Amann, Rudolf; Schleifer, Karl-Heinz; Glöckner, Frank Oliver; Rosselló-Móra, Ramon (2010). "Aktualizace projektu All-Species Living Tree Project na základě analýz sekvencí rRNA 16S a 23S". Systematická a aplikovaná mikrobiologie. 33 (6): 291–299. doi:10.1016 / j.syapm.2010.08.001. PMID  20817437.
  3. ^ Munoz, R.L .; Yarza, P .; Ludwig, W .; Euzéby, J .; Amann, R .; Schleifer, K. H .; Oliver Glöckner, F .; Rosselló-Móra, R. (2011). "Uvolněte LTPs104 všesměrového živého stromu". Systematická a aplikovaná mikrobiologie. 34 (3): 169–170. doi:10.1016 / j.syapm.2011.03.001. PMID  21497273.
  4. ^ Wu, Dongying; Hugenholtz, Philip; Mavromatis, Konstantinos; Pukall, Rüdiger; Dalin, Eileen; Ivanova, Natalia N .; Kunin, Victor; Goodwin, Lynne; Wu, Martin; Tindall, Brian J .; Hooper, Sean D. (prosinec 2009). „Fylogeneze řízená genomová encyklopedie bakterií a archaeí“. Příroda. 462 (7276): 1056–1060. Bibcode:2009 Natur.462.1056W. doi:10.1038 / nature08656. ISSN  0028-0836. PMC  3073058. PMID  20033048.
  5. ^ Kyrpides, Nikos C .; Hugenholtz, Philip; Eisen, Jonathan A .; Woyke, Tanja; Göker, Markus; Parker, Charles T .; Amann, Rudolf; Beck, Brian J .; Chain, Patrick S. G .; Chun, Jongsik; Colwell, Rita R. (5. srpna 2014). „Genomická encyklopedie bakterií a archaeí: sekvenování nesčetných kmenů typů“. PLOS Biology. 12 (8): e1001920. doi:10.1371 / journal.pbio.1001920. ISSN  1545-7885. PMC  4122341. PMID  25093819.
  6. ^ ARB-SILVA uvolňuje LTPs 121: přehled (PDF) (Zpráva). Archivovány od originál (PDF) dne 23. září 2015.
  7. ^ Vydání ARB-SILVA LTPs 121: plný strom (PDF) (Zpráva). Archivovány od originál (PDF) dne 23. září 2015.

externí odkazy