Pseudonocardiaceae - Pseudonocardiaceae

Pseudonocardiaceae
Vědecká klasifikace
Doména:	Bakterie
Kmen:	Aktinobakterie
Třída:	Aktinobakterie s.s.
Objednat:	Pseudonocardiales
Rodina:	Pseudonocardiaceae; Embley a kol. 1989 vychází. Labeda a kol. 2011
Rody
	"Prauseria " ♠; "Saccharothrixopsis " ♠; Actinoalloteichus; Actinocrispum; Actinokineospora; Actinomycetospora; Actinophytocola; Actinorectispora; Actinosynnema; Alloactinosynnema; Allokutzneria; Amycolatopsis; Crossiella; Goodfellowiella; Herbihabitans; Haloechinothrix; Kibdelosporangium; Kutzneria; Labedaea; Lechevalieria; Lentzea; Longimycelium; Prauserella; Pseudonokardie; Saccharomonospora; Saccharopolyspora; Saccharothrix; Sciscionella; Streptoalloteichus; Tamaricihabitans; Thermobispora; Thermocrispum; Termotunica; Umezawaea; Yuhushiella;
Synonyma
	Actinopolysporaceae Zhi, Li & Stackebrandt 2009;

The Pseudonocardiaceae jsou rodina bakterií v pořadí Actinomycetales a jediný člen podřádu Pseudonocardineae.

Genomika

Druhy z čeledi Pseudonocardiaceae tvoří zřetelný clade fylogenetické stromy na základě zřetězených proteinových sekvencí. Dodatečně, Nakamurella multipartitní, v současné době součástí objednávky Frankiales, také vytvořil clade s druhy Pseudonocardiaceae ve 100% bootstrap replikace fylogenetických stromů. A konzervovaný podpis indel byl identifikován, který se nachází v N. multipartitní a všechny druhy Pseudonocardiaceae kromě jednoho. Tato inzerce jedné aminokyseliny UMP kináza slouží oběma k poskytnutí a molekulární marker pro téměř všechny Pseudonocardiaceae a navrhuje N. multipartitní úzce souvisí s touto skupinou. Některé důkazy také naznačují, že řády Pseudonocardiales a Corynebacteriales spolu úzce souvisejí. Bylo identifikováno několik konzervovaných signálních indelů, které se nacházejí jak v Pseudonocardiales, tak v Corynebacteriales, včetně inzerce tří aminokyselin v konzervované oblasti UDP-galaktopyranózová mutáza. Tato vložka je také přítomna v N. multipartitní a Geodermatophilus obscurus, další člen Frankiales. Kromě toho bylo identifikováno pět konzervovaných podpisových proteinů, které se nacházejí pouze v řádech Pseudonocardiales a Corynebacterialess. Homology proteinů se obvykle nacházejí v N. multipartitní a G. obscurus, poskytující další důkazy o tom, že tyto dva druhy úzce souvisejí s řády Pseudonocardiales a Corynebacteriales.^[1]

Fylogeneze

Fylogeneze je založena na uvolňování LTP 16S rRNA 123 by Projekt „All-Species Living Tree“.^[2]

Thermotunica guangxiensis Wu a kol. 2014

Crossiella Labeda 2001

	Goodfellowiella coeruleoviolacea (Preobrazhenskaya & Terekhova 1987) Labeda et al. 2008

	Actinoalloteichus Tamura a kol. 2000

Kutzneria Stackebrandt a kol. 1994

Umezawaea tangerina (Kinoshita et al. 2000) Labeda a Kroppenstedt 2007

Actinokineospora Hasegawa 1988 vychází. Labeda a kol. 2010 [vč. Alloactinosynnema ]

Lechevalieria skupina druhů 2

	Lechevalieria fradiae Zhang a kol. 2007

	Lentzea Yassin a kol. 1995 vydáno. Labeda a kol. 2001

Lechevalieria nigeriaca Camas a kol. 2013

Lechevalieria flava (Gauze et al. 1974) Labeda et al. 2001

	Lechevalieria (Labeda 1986) Labeda et al. 2001

	Allokutzneria Labeda & Kroppenstedt 2008

	Actinosynnema Hasegawa, Lechevalier & Lechevalier 1978

	Saccharothrix Labeda a kol. 1984 vydáno. Labeda a Lechevalier 1989

Streptoalloteichus (ex Tomita a kol. 1978) Tomita a kol. 1987 emend. Tamura a kol. 2008

Actinokineospora soli Tang a kol. 2012

Kibdelosporangium Shearer a kol. 1986

Labedaea rhizosphaerae Lee 2012

Longimycelium tulufanense Xia a kol. 2013

	Actinomycetospora Jiang a kol. 2008 vychází. Tamura a kol. 2011

	Pseudonokardie Henssen 1957 vychází. Park et al. 2008 [vč. Actinomycetospora ]

Actinophytocola Indananda a kol. 2010

Saccharopolyspora cebuensis Pimentel-Elardo, Tiro & Hentschel 2008

Saccharopolyspora skupina druhů 2

Saccharopolyspora Lacey a Goodfellow 1975 vznikají. Korn-Wendisch et al. 1989

Saccharopolyspora skupina druhů 3

Saccharopolyspora rectivirgula (Krasil'nikov & Agre 1964) Korn-Wendisch et al. 1989

	Halopolyspora alba Lai a kol. 2014

	Actinopolyspora Gochnauer a kol. 1975 vychází. Tang a kol. 2011

Amycolatopsis Lechevalier a kol. 1986 vychází. Tang a kol. 2010

	Saccharomonospora Nonomura a Ohara 1971 [vč. Micropolyspora internatus & Prauserella shujinwangii ]

	Prauserella Vychází Kim & Goodfellow 1999. Li a kol. 2003

Amycolatopsis skupina druhů 2

Sciscionella marina Tian a kol. 2009

Yuhushiella deserti Mao a kol. 2011

	Haloechinothrix alba Tang a kol. 2010

	Thermocrispum Korn-Wendisch et al. 1995

Taxonomie

Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře ^[3] a Národní centrum pro biotechnologické informace ^[4]

Objednejte si Pseudonocardiales Labeda & Goodfellow 2015 [Pseudonocardineae Stackebrandt a kol. 1997 vychází. Labeda a kol. 2011; "Pseudonocardiales" Labeda & Goodfellow 2012; vč. Actinopolysporineae]
- Čeleď Pseudonocardiaceae Embley a kol. 1989 vychází. Labeda a kol. 2011 [vč. Actinopolysporaceae Zhi, Li & Stackebrandt 2009]
  - Rod "Prauseria " ♠ Zhou, Whitehead & Goodfellow 1997
  - Rod "Saccharothrixopsis " ♠ Wang, Qian & Liu 1999
  - Rod Actinoalloteichus Tamura a kol. 2000
  - Rod Actinocrispum Hatano a kol. 2016
  - Rod Actinokineospora Hasegawa 1988 vychází. Labeda a kol. 2010
  - Rod Actinomycetospora Jiang a kol. 2008 vychází. Zhang a kol. 2014
  - Rod Actinophytocola Indananda a kol. 2010 vydáno. Sun a kol. 2014
  - Rod Actinorectispora Quadri a kol. 2015
  - Rod Actinosynnema Hasegawa, Lechevalier & Lechevalier 1978
  - Rod Alloactinosynnema Yuan a kol. 2010 vydáno. Nikou a kol. 2014
  - Rod Allokutzneria Labeda & Kroppenstedt 2008
  - Rod Amycolatopsis Lechevalier a kol. 1986 vychází. Tang a kol. 2010
  - Rod Crossiella Labeda 2001
  - Rod Goodfellowiella Labeda a kol. 2008 [Goodfellowia Labeda & Kroppenstedt 2006 non]
  - Rod Herbihabitans Zhang a kol. 2016b
  - Rod Haloechinothrix Tang a kol. 2010
  - Rod Kibdelosporangium Shearer a kol. 1986
  - Rod Kutzneria Stackebrandt a kol. 1994 vydáno. Suriyachadkun a kol. 2013
  - Rod Labedaea Lee 2012
  - Rod Lechevalieria Labeda a kol. 2001
  - Rod Lentzea Yassin a kol. 1995 vydáno. Labeda a kol. 2001 ["Asiosporangium " Runmao a kol. 1995]
  - Rod Longimycelium Xia a kol. 2013
  - Rod Prauserella Kim a Goodfellow 1999 vznikají. Li a kol. 2003
  - Rod Pseudonokardie Henssen 1957 vychází. Park et al. 2008 [Actinobispora Jiang a kol. 1991; Amycolata Lechevalier a kol. 1986; Pseudoamycolata Akimov, Evtushenko & Dobritsa 1989]
  - Rod Saccharomonospora Nonomura a Ohara 1971
  - Rod Saccharopolyspora Lacey a Goodfellow 1975 vznikají. Korn-Wendisch et al. 1989 [Faenia Kurup & Agre 1983]
  - Rod Saccharothrix Labeda a kol. 1984 vydáno. Labeda a Lechevalier 1989
  - Rod Sciscionella Tian a kol. 2009
  - Rod Streptoalloteichus (ex Tomita a kol. 1978) Tomita a kol. 1987 emend. Tamura a kol. 2008
  - Rod Tamaricihabitans Qin a kol. 2015
  - Rod Thermobispora Wang a kol. 1996
  - Rod Thermocrispum Korn-Wendisch et al. 1995
  - Rod Termotunica Wu a kol. 2014
  - Rod Umezawaea Labeda & Kroppenstedt 2007
  - Rod Yuhushiella Mao a kol. 2011

Poznámky:
♠ Kmeny nalezené na Národní centrum pro biotechnologické informace, ale nejsou uvedeny v seznamu Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře

Reference

^ Gao, B .; Gupta, R. S. (2012). „Fylogenetický rámec a molekulární podpisy pro hlavní kmeny kmenových aktinobakterií“. Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 76 (1): 66–112. doi:10.1128 / MMBR.05011-11. PMC 3294427. PMID 22390973.
^ Projekt „All-Species Living Tree“.„16S rRNA založené vydání LTP 123 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2016-03-20.
^ J.P.Euzéby. "Pseudonocardiaceae". Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře. Citováno 2016-03-20.
^ Sayers; et al. "Pseudonocardiaceae". Národní centrum pro biotechnologické informace taxonomická databáze. Citováno 2016-03-20.

[1] Gao, B .; Gupta, R. S. (2012). „Fylogenetický rámec a molekulární podpisy pro hlavní kmeny kmenových aktinobakterií“. Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 76 (1): 66–112. doi:10.1128 / MMBR.05011-11. PMC 3294427. PMID 22390973.

[2] Projekt „All-Species Living Tree“.„16S rRNA založené vydání LTP 123 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2016-03-20.

[3] J.P.Euzéby. "Pseudonocardiaceae". Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře. Citováno 2016-03-20.

[4] Sayers; et al. "Pseudonocardiaceae". Národní centrum pro biotechnologické informace taxonomická databáze. Citováno 2016-03-20.

[1]

[2]

[3]

[4]