Euryarchaeota - Euryarchaeota
| Euryarchaeota | |
|---|---|
 | |
| Halobacterium sp. kmen NRC-1, každá buňka má délku přibližně 5 um. | |
| Vědecká klasifikace | |
| Doména: | |
| Království: | Euryarchaeota |
| Třídy[5] | |
| |
| Synonyma | |
| |
Euryarchaeota (Řecky „široká stará kvalita“) je a kmen z archaea.[6] Je to jedna ze dvou kmenů archea, druhá bytost crenarchaeota.[7] Euryarchaeota jsou velmi různorodé a zahrnují methanogeny, které produkují metan a často se nacházejí ve střevech, halobakterie, které přežijí extrémní koncentrace soli, a některé extrémně termofilní aerobní a anaerobní bakterie, které obvykle žijí při teplotách mezi 41 a 122 ° C. Jsou odděleny od ostatních archaeanů na základě hlavně rRNA sekvence a jejich jedinečná DNA polymeráza.[8]
Popis
The Euryarchaeota mají různý vzhled a metabolické vlastnosti. Kmen obsahuje organismy různých tvarů, včetně obou pruty a koky. Euryarchaeota se mohou objevit buď grampozitivní nebo gramnegativní podle toho, zda pseudomurein je přítomen v buněčné stěně.[9] Euryarchaeota také předvést různé životní styly, včetně methanogenů, halofilů, redukčních látek síranů a extrémních termofilů v každém z nich.[9] Jiní žijí v oceánu suspendovaní planktonem a bakteriemi. Ačkoli je tato mořská euryarchaeota obtížná kultivace a studium v laboratoři, genomové sekvenování naznačuje, že jsou pohyblivé heterotrofy.[10]
Ačkoli se dříve myslelo, že euryarchaeota žila pouze v extrémním prostředí (pokud jde o teplotu, obsah solí a / nebo pH), článek Korzhenkova a kol. Publikovaný v lednu 2019 ukázal, že euryarchaeota také žije v mírném prostředí, jako je nízkoteplotní prostředí kyselé prostředí. V některých případech převyšovala euryarchaeota přítomné bakterie.[11] Euryarchaeota byly také nalezeny v jiných mírných prostředích, jako jsou vodní prameny, bažiny, půda a rhizosféry.[7] Některé euryarchaeota jsou vysoce přizpůsobivé; řád zvaný Halobacteriales se obvykle vyskytuje v extrémně slaném a na síru bohatém prostředí, ale může také růst v koncentracích solí tak nízkých, jako je koncentrace mořské vody 2,5%.[7] V rhizosférách se zdá, že přítomnost euryarchaeota závisí na přítomnosti mykorhizní houby; vyšší populace hub byla korelována s vyšší frekvencí a rozmanitostí euryarchaeotal, zatímco absence mykoririzálních hub byla korelována s absencí euryarchaeota.[7]
Fylogeneze
Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN)[12] a Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI)[13]a fylogeneze je založena na uvolňování LTP 16S rRNA 121 pomocí Projekt „All-Species Living Tree“.[14]
| Euryarchaeota | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Další fylogenetické analýzy naznačují, že archaea kladu DPANN mohou také patřit do Euryarchaeota a že mohou být dokonce a polyfyletický skupina zaujímající různé fylogenetické pozice v rámci Euryarchaeota. Diskutuje se také, zda kmen Altiarchaeota by měly být klasifikovány v DPANN nebo Euryarchaeota. Níže je uveden kladogram shrnující tento návrh.[15][16] Skupiny označené v uvozovkách jsou linie přiřazené DPANN, ale fylogeneticky oddělené od ostatních.
| Archaea |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Viz také
Reference
- ^ Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (červen 1990). „Směrem k přirozenému systému organismů: návrh domén Archaea, Bacteria a Eucarya“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS ... 87,4576 W.. doi:10.1073 / pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
- ^ NCBI: Candidatus Poseidoniia (třída)
- ^ Anja Spang, Eva F. Caceres, Thijs J. G. Ettema: Genomický průzkum rozmanitosti, ekologie a evoluce archaické oblasti života. In: Science Volume 357 Issue 6351, eaaf3883, 11. srpna 2017, doi: 10,1126 / science.aaf3883
- ^ Něco špatně napsaného jako Theinoarchaea: Catherine Badel, Gaël Erauso, Annika L. Gomez, Ryan Catchpole, Mathieu Gonnet, Jacques Oberto, Patrick Forterre, Violette Da Cunha: Globální distribuce a evoluční historie archaeal plazmidové rodiny pT26-2. In: mikrobiologie životního prostředí. sfam 10. září 2019. doi: 10.1111 / 1462-2920.14800
- ^ Castelle CJ, Banfield JF. (2018). „Hlavní nové mikrobiální skupiny rozšiřují rozmanitost a mění naše chápání stromu života“. Buňka. 172 (6): 1181–1197. doi:10.1016 / j.cell.2018.02.016. PMID 29522741.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ Hogan CM (2010). E. Monosson, C. Cleveland (eds.). "Archaea". Encyklopedie Země. Národní rada pro vědu a životní prostředí. Citováno 18. srpna 2017.
- ^ A b C d Bomberg M, Timonen S (říjen 2007). "Distribuce cren- a euryarchaeota ve skotských borovicích mykorhizosférách a humusu boreálního lesa". Mikrobiální ekologie. 54 (3): 406–16. doi:10.1007 / s00248-007-9232-3. PMID 17334967.
- ^ Lincoln SA, Wai B, Eppley JM, Church MJ, Summons RE, DeLong EF (červenec 2014). „Planktonická Euryarchaeota je významným zdrojem archaálních tetraetherových lipidů v oceánu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 111 (27): 9858–63. Bibcode:2014PNAS..111.9858L. doi:10.1073 / pnas.1409439111. PMC 4103328. PMID 24946804.
- ^ A b Garrity GM, Holt JG (2015). „Euryarchaeota phy. Nov.“. V Whitman WB (ed.). Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. John Wiley & Sons. doi:10.1002/9781118960608. ISBN 9781118960608.
- ^ Iverson V, Morris RM, Frazar CD, Berthiaume CT, Morales RL, Armbrust EV (únor 2012). „Rozmotání genomů z metagenomů: odhalení nekulturní třídy mořských Euryarchaeota“. Věda. 335 (6068): 587–90. Bibcode:2012Sci ... 335..587I. doi:10.1126 / science.1212665. PMID 22301318.
- ^ Korženkov AA, Toshchakov SV, Bargiela R, Gibbard H, Ferrer M, Teplyuk AV, Jones DL, Kublanov IV, Golyshin PN, Golyshina OV (leden 2019). „Archaea dominuje mikrobiální komunitě v ekosystému s nízkou až střední teplotou a extrémní kyselostí“. Mikrobiom. 7 (1): 11. doi:10.1186 / s40168-019-0623-8. PMC 6350386. PMID 30691532.
- ^ Euzéby JP. „Euryarchaeota“. Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Citováno 2017-08-09.
- ^ Sayers; et al. „Euryarchaeota“. Prohlížeč taxonomie. Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2017-08-09.
- ^ Projekt „All-Species Living Tree“.„Vydání LTP založené na 16S rRNA 121 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Archivovány od originál (PDF) dne 2015-09-23. Citováno 2017-08-09.
- ^ Nina Dombrowski, Jun-Hoe Lee, Tom A Williams, Pierre Offre, Anja Spang (2019). Genomická rozmanitost, životní styl a evoluční původ archaea DPANN. Příroda.
- ^ Jordan T. Bird, Brett J. Baker, Alexander J. Probst, Mircea Podar, Karen G. Lloyd (2017). Kulturně nezávislá genomická srovnání odhalují environmentální adaptace pro Altiarchaeales. Hranice.
Další čtení
- Cavalier-Smith T (leden 2002). „Neomuranský původ archebakterií, negibakteriální kořen univerzálního stromu a bakteriální megaklasifikace“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 1): 7–76. doi:10.1099/00207713-52-1-7. PMID 11837318.
- Woese CR, Gupta R, Hahn CM, Zillig W, Tu J (1984). "Fylogenetické vztahy tří na síře závislých archebakterií". Systematická a aplikovaná mikrobiologie. 5: 97–105. doi:10.1016 / S0723-2020 (84) 80054-5. PMID 11541975.
- Garrity GM, Holt JG (2001). „Kmen AII. Euryarchaeota phy. Nov.“. V DR Boone, RW Castenholz (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria (2. vyd.). New York: Springer Verlag. str.169. ISBN 978-0-387-98771-2.