Korarchaeota - Korarchaeota
Korarchaeota | |
---|---|
![]() | |
Skenovací elektronový mikrofotografie Obsidiánový bazén kultura obohacování, ukazující Korarchaeota. | |
Vědecká klasifikace | |
Doména: | |
Království: | |
Nadkmen: | |
Kmen: | Korarchaeota Barns a kol. 1996 |
Druh | |
| |
Synonyma | |
|
v taxonomie, Korarchaeota plocha kmen z Archaea.[1] Název je odvozen z řeckého podstatného jména koros nebo kore, což znamená mladý muž nebo Mladá žena, a řecké přídavné jméno archaios, což znamená starověký.[2] Oni jsou také známí jako Xenarchaeota.
Taxonomie
Korarchaeota je považována za kmen, který sám je součástí archaeal TACK superphylum, který zahrnuje Thaumarchaeota, Aigarchaeota, Crenarchaeota a Korarchaeota.[3]
Fylogeneze
Analýza jejich genových sekvencí 16S rRNA naznačuje, že se jedná o hluboce se rozvětvující linii, která nepatří k hlavním archaealním skupinám, Crenarchaeota a Euryarchaeota.[4] Analýza genomu jednoho korarchaeotu, který byl obohacen o smíšenou kulturu, odhalila řadu rysů podobných Crenarchaeota a Euryarchaeota a podporuje hypotézu hluboce se rozvětvujícího původu.[5]
Referenční druh
Napětí Korarchaeum cryptofilum byl pěstován v obohacovací kultuře z horkého pramene v Yellowstonském národním parku v USA 2008.[5] Buňky jsou dlouhé a jehličkovité, což dalo tomuto druhu název, v narážce na jeho „kryptická vlákna“.
Ekologie
The Korarchaeota byly nalezeny pouze v hydrotermálním prostředí. Zdá se, že se diverzifikovali na různých fylogenetických úrovních podle teploty, slanosti (sladká nebo mořská voda) a / nebo zeměpisu.[6] Korarchaeota byly v přírodě nalezeny pouze v malém množství.[6][7][8]

Reference
- ^ Viz NCBI webové stránky na Korarchaeota. Data extrahovaná z „Zdroje taxonomie NCBI“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 2007-03-19.
- ^ Elkins, JG; Podar, M; Graham, DE; et al. (Červen 2008). „Korarchaeal genom odhaluje pohledy na vývoj Archeae“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (23): 8102–7. Bibcode:2008PNAS..105,8102E. doi:10.1073 / pnas.0801980105. PMC 2430366. PMID 18535141.
- ^ Guy L, Ettema TJ (2011). "Archaeal 'TACK' superphylum a původ eukaryotů". Trends Microbiol. 19 (12): 580–7. doi:10.1016 / j.tim.2011.09.002. PMID 22018741.
- ^ Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR (srpen 1996). „Pohledy na rozmanitost archaea, termofily a monofilie z environmentálních sekvencí rRNA“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93 (17): 9188–93. Bibcode:1996PNAS ... 93.9188B. doi:10.1073 / pnas.93.17.9188. PMC 38617. PMID 8799176.
- ^ A b Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, Hedlund BP, Brochier-Armanet C, Kunin V, Anderson I, Lapidus A, Goltsman E, Barry K, Koonin EV, Hugenholtz P, Kyrpides N, Wanner G, Richardson P, Keller M, Stetter KO (červenec 2008). „Korarchaeal genom odhaluje pohledy na vývoj Archeae“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (1): 8805–6. Bibcode:2008PNAS..105,8102E. doi:10.1073 / pnas.0801980105. PMC 2430366. PMID 18535141.
- ^ A b C Auchtung TA, Shyndriayeva G, Cavanaugh CM (2011). „16S rRNA fylogenetická analýza a kvantifikace Korarchaeota pocházející z horkých pramenů Kamčatky v Rusku“. Extremophiles. 15 (1): 105–116. doi:10.1007 / s00792-010-0340-5. PMID 21153671.
- ^ Reigstad LJ, Jorgensen SL, Schleper C (2010). „Rozmanitost je a hojnost Korarchaeoty v suchozemských horkých pramenech Islandu a Kamčatky Jamajky“. ISME J. 4 (3): 346–56. doi:10.1038 / ismej.2009.126. PMID 19956276.
- ^ Auchtung Thomas A. (2007) Ekologie hydrotermální kandidátské archaealdivize, Korarchaeota. Disertační práce, Harvardská univerzita.
Další čtení
Vědecké časopisy
- Stackebrandt, E; Frederiksen W; Garrity GM; Grimont PA; Kampfer P; Maiden MC; Nesme X; Rossello-Mora R; Houpačky J; Truper HG; Vauterin L; Ward AC; Whitman WB (2002). „Zpráva ad hoc výboru pro přehodnocení definice druhu v bakteriologii“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52 (Pt 3): 1043–1047. doi:10.1099 / ijs.0.02360-0. PMID 12054223.
- Gurtler, V; Mayall BC (2001). "Genomické přístupy k typizaci, taxonomii a vývoji bakteriálních izolátů". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 1): 3–16. doi:10.1099/00207713-51-1-3. PMID 11211268.
- Dalevi, D; Hugenholtz P; Blackall LL (2001). „Přístup více skupin k řešení fylogenetických vztahů na úrovni divizí pomocí dat 16S rDNA“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 2): 385–391. doi:10.1099/00207713-51-2-385. PMID 11321083.
- Keswani, J; Whitman WB (2001). "Vztah podobnosti sekvence 16S rRNA k hybridizaci DNA u prokaryot". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 2): 667–678. doi:10.1099/00207713-51-2-667. PMID 11321113.
- Young, JM (2001). "Důsledky alternativních klasifikací a horizontálního přenosu genů pro bakteriální taxonomii". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 3): 945–953. doi:10.1099/00207713-51-3-945. PMID 11411719.
- Christensen, H; Bisgaard M; Frederiksen W; Mutters R; Kuhnert P; Olsen JE (2001). „Je charakterizace jediného izolátu dostatečná pro platné zveřejnění nového rodu nebo druhu? Návrh na změnu doporučení 30b Bakteriologického zákoníku (revize z roku 1990)“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 6): 2221–2225. doi:10.1099/00207713-51-6-2221. PMID 11760965.
- Christensen, H; Angen O; Mutters R; Olsen JE; Bisgaard M (2000). „Hybridizace DNA-DNA byla stanovena v mikro jamkách pomocí kovalentního připojení DNA“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (3): 1095–1102. doi:10.1099/00207713-50-3-1095. PMID 10843050.
- Xu, HX; Kawamura Y; Li N; Zhao L; Li TM; Li ZY; Shu S; Ezaki T (2000). „Rychlá metoda pro stanovení obsahu G + C v bakteriálních chromozomech monitorováním intenzity fluorescence během denaturace DNA v kapilární trubici“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (4): 1463–1469. doi:10.1099/00207713-50-4-1463. PMID 10939651.
- Young, JM (2000). „Návrhy, jak se vyhnout neustálým nejasnostem z bakteriologického zákoníku“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (4): 1687–1689. doi:10.1099/00207713-50-4-1687. PMID 10939677.
- Hansmann, S; Martin W (2000). „Fylogeneze 33 ribozomálních a šesti dalších proteinů kódovaných ve starověkém genovém klastru, který je konzervován napříč prokaryotickými genomy: vliv vyloučení špatně srovnatelných míst z analýzy“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (4): 1655–1663. doi:10.1099/00207713-50-4-1655. PMID 10939673.
- Tindall, BJ (1999). „Návrh na změnu pravidla upravujícího označování typových kmenů uložených pod čísly sbírek kultur přidělenými pro účely patentu“. Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1317–1319. doi:10.1099/00207713-49-3-1317. PMID 10490293.
- Tindall, BJ (1999). „Návrh na změnu článku 18a, článku 18f a článku 30 s cílem omezit zpětné důsledky změn přijatých ICSB“. Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1321–1322. doi:10.1099/00207713-49-3-1321. PMID 10425797.
- Tindall, BJ (1999). „Neporozumění bakteriologickému zákoníku“. Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1313–1316. doi:10.1099/00207713-49-3-1313. PMID 10425796.
- Tindall, BJ (1999). „Návrhy na aktualizaci a změny bakteriologického kodexu“. Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1309–1312. doi:10.1099/00207713-49-3-1309. PMID 10425795.
- Palys, T; Nakamura LK; Cohan FM (1997). „Objev a klasifikace ekologické rozmanitosti v bakteriálním světě: role dat sekvencí DNA“. Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (4): 1145–1156. doi:10.1099/00207713-47-4-1145. PMID 9336922.
- Euzeby, JP (1997). „Seznam bakteriálních jmen se stálým názvoslovím: složka dostupná na internetu“. Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (2): 590–592. doi:10.1099/00207713-47-2-590. PMID 9103655.
- Burggraf, S; Heyder P; Eis N (1997). "Klíčová skupina Archaea". Příroda. 385 (6619): 780. Bibcode:1997 Natur.385..780B. doi:10.1038 / 385780a0. PMID 9039908.
- Barns, SM; Delwiche CF; Palmer JD; Pace NR (1996). „Pohledy na rozmanitost archaea, termofily a monofilie z environmentálních sekvencí rRNA“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93 (17): 9188–9193. Bibcode:1996PNAS ... 93.9188B. doi:10.1073 / pnas.93.17.9188. PMC 38617. PMID 8799176.
- Clayton, RA; Sutton G; Hinkle PS Jr; Bult C; Fields C (1995). „Intraspecifická variace v sekvencích rRNA s malou podjednotkou v GenBank: proč jednotlivé sekvence nemusí adekvátně představovat prokaryotické taxony“. Int. J. Syst. Bacteriol. 45 (3): 595–599. doi:10.1099/00207713-45-3-595. PMID 8590690.
- Barns, SM; Fundyga RE; Jeffries MW; Pace NR (1994). „Pozoruhodná archeální rozmanitost zjištěná v prostředí horkého pramene Yellowstonského národního parku“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91 (5): 1609–1613. Bibcode:1994PNAS ... 91.1609B. doi:10.1073 / pnas.91.5.1609. PMC 43212. PMID 7510403.
- Murray, RG; Schleifer KH (1994). „Taxonomické poznámky: návrh na zaznamenávání vlastností domnělých taxonů prokaryot“. Int. J. Syst. Bacteriol. 44 (1): 174–176. doi:10.1099/00207713-44-1-174. PMID 8123559.
- Winker, S; Woese CR (1991). "Definice domén Archaea, Bacteria a Eucarya z hlediska charakteristik ribozomální RNA malé podjednotky". Syst. Appl. Microbiol. 14 (4): 305–310. doi:10.1016 / s0723-2020 (11) 80303-6. PMID 11540071.
- Woese, ČR; Kandler O; Wheelis ML (1990). „Směrem k přirozenému systému organismů: návrh domén Archaea, Bacteria a Eucarya“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (12): 4576–4579. Bibcode:1990PNAS ... 87,4576 W.. doi:10.1073 / pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
- Achenbach-Richter, L; Woese CR (1988). "Oblast spacerů ribozomálních genů v archebakteriích". Syst. Appl. Microbiol. 10 (3): 211–214. doi:10.1016 / s0723-2020 (88) 80002-x. PMID 11542149.
- McGill, TJ; Jurka J; Sobieski JM; Pickett MH; Woese CR; Fox GE (1986). "Charakteristické archaebakteriální 16S rRNA oligonukleotidy". Syst. Appl. Microbiol. 7 (2–3): 194–197. doi:10.1016 / S0723-2020 (86) 80005-4. PMID 11542064.
- Woese, ČR; Olsen GJ (1984). "Fylogenetické vztahy tří na síře závislých archebakterií". Syst. Appl. Microbiol. 5: 97–105. doi:10.1016 / S0723-2020 (84) 80054-5. PMID 11541975.
- Woese, ČR; Fox GE (1977). "Fylogenetická struktura prokaryotické domény: primární království". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 74 (11): 5088–5090. Bibcode:1977PNAS ... 74,5088W. doi:10.1073 / pnas.74.11.5088. PMC 432104. PMID 270744.
Vědecké knihy
Vědecké databáze
- PubMed reference pro Korarchaeota
- PubMed Central reference pro Korarchaeota
- Reference Google Scholar pro Korarchaeota