Crenarchaeota - Crenarchaeota
Crenarchaeota | |
---|---|
![]() | |
Archaea Sulfolobus infikován specifickým virem STSV-1. | |
Vědecká klasifikace | |
Doména: | |
Království: | |
Nadkmen: | |
Kmen: | "Crenarchaeota" |
Třída | |
| |
Synonyma | |
|
The Crenarchaeota (také známý jako Crenarchaea nebo eocyty) jsou archaea které byly klasifikovány jako a kmen domény Archaea.[1][2][3] Zpočátku se myslelo, že Crenarchaeota je závislá na síře extremophiles ale nedávné studie identifikovaly charakteristické prostředí Crenarchaeota rRNA což naznačuje, že organismy mohou být nejhojnější archou v mořském prostředí.[4] Původně byly odděleny od ostatních archea na základě sekvencí rRNA; další fyziologické vlastnosti, jako je nedostatek histony, podpořili toto rozdělení, ačkoli u některých crenarchaea bylo zjištěno, že mají histony.[5] Až donedávna byly všechny kultivované Crenarchaea termofilní nebo hypertermofilní organismy, z nichž některé mají schopnost růst až při 113 ° C.[6] Tyto organismy skvrnit Gram negativní a jsou morfologicky různorodé s tyčí, koky, vláknitý a podivně tvarované buňky.[7]
Sulfolobus
Jedním z nejlépe charakterizovaných členů Crenarcheoty je Sulfolobus solfataricus. Tento organismus byl původně izolován z geotermálně vyhřívané sirné prameny v Itálii a rostou při 80 ° C a pH 2–4.[8] Od počáteční charakterizace Wolfram Zillig, průkopník v termofilním a archaeanském výzkumu, podobné druhy ve stejném rod byly nalezeny po celém světě. Na rozdíl od drtivé většiny kultivovaných termofilů Sulfolobus roste aerobně a chemoorganotroficky (získávání energie z organických zdrojů, jako jsou cukry). Tyto faktory umožňují mnohem snazší růst v laboratorních podmínkách než anaerobní organismy a vedly k Sulfolobus stát se modelovým organismem pro studium hypertermofilů a velké skupiny různých virů, které se v nich replikují.
Mořské druhy
Počínaje rokem 1992 byla publikována data, která uvádějí sekvence genů patřících do Crenarchaea v mořském prostředí.[9],[10] Od té doby, analýza hojné lipidy z membrán Crenarchaea odebraných z otevřeného oceánu byly použity ke stanovení koncentrace těchto „nízkoteplotních Crenarchaea“ (viz TEX-86 ). Na základě těchto měření jejich charakteristických lipidů je Crenarchaea považována za velmi hojnou a je jedním z hlavních přispěvatelů k fixace uhlíku .[Citace je zapotřebí ] Sekvence DNA z Crenarchaea byly také nalezeny v půdě a sladkovodním prostředí, což naznačuje, že tento kmen je všudypřítomný pro většinu prostředí.[11]
V roce 2005 byly zveřejněny důkazy o první kultivované „nízkoteplotní Crenarchaea“. Pojmenovaný Nitrosopumilus maritimus, to je amoniak -oxidující organismus izolovaný z nádrže mořského akvária a pěstovaný při 28 ° C.[12]

Eocytová hypotéza
The eocytová hypotéza navržený v 80. letech 20. století James Lake to naznačuje eukaryoty se objevily uvnitř prokaryotický eocyty.[14]
Jedním z možných důkazů podporujících blízký vztah mezi Crenarchaea a eukaryoty je přítomnost homologu RNA polymerázová podjednotka Rbp-8 v Crenarchea, ale ne Euryarchaea[15]
Viz také
Reference
- ^ Viz NCBI webové stránky na Crenarchaeota
- ^ C. Michael Hogan. 2010. Archaea. eds. E. Monosson & C. Cleveland, Encyclopedia of Earth. Národní rada pro vědu a životní prostředí, Washington DC.
- ^ Data extrahovaná z „Zdroje taxonomie NCBI“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 2007-03-19.
- ^ Madigan M; Martinko J, vyd. (2005). Brockova biologie mikroorganismů (11. vydání). Prentice Hall. ISBN 978-0-13-144329-7.
- ^ Cubonova L, Sandman K, Hallam SJ, Delong EF, Reeve JN (2005). „Histones in Crenarchaea“. Journal of Bacteriology. 187 (15): 5482–5485. doi:10.1128 / JB.187.15.5482-5485.2005. PMC 1196040. PMID 16030242.
- ^ Blochl E, Rachel R, Burggraf S, Hafenbradl D, Jannasch HW, Stetter KO (1997). "Pyrolobus fumarii, gen. a sp. listopadu. představuje novou skupinu archaeí, která prodlužuje horní teplotní hranici života na 113 ° C “. Extremophiles. 1 (1): 14–21. doi:10,1007 / s007920050010. PMID 9680332.
- ^ Garrity GM, Boone DR, eds. (2001). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the Deeply Branching and Phototrophic Bacteria (2. vyd.). Springer. ISBN 978-0-387-98771-2.
- ^ Zillig W, Stetter KO, Wunderl S, Schulz W, Priess H, Scholz I (1980). „Sulfolobus-„ Caldariellard “skupina: Taxonomie na základě struktury DNA-dependentních RNA polymeráz. Oblouk. Microbiol. 125 (3): 259–269. doi:10.1007 / BF00446886.
- ^ Fuhrman JA, McCallum K, Davis AA (1992). "Nová významná skupina archaebakterií z mořského planktonu". Příroda. 356 (6365): 148–9. Bibcode:1992 Natur.356..148F. doi:10.1038 / 356148a0. PMID 1545865.
- ^ DeLong EF (1992). „Archaea v pobřežních mořských prostředích“. Proc Natl Acad Sci USA. 89 (12): 5685–9. Bibcode:1992PNAS ... 89,5685D. doi:10.1073 / pnas.89.12.5685. PMC 49357. PMID 1608980.
- ^ Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR (1996). „Pohledy na rozmanitost archaea, termofily a monofilie z environmentálních sekvencí rRNA“. Proc Natl Acad Sci USA. 93 (17): 9188–93. Bibcode:1996PNAS ... 93.9188B. doi:10.1073 / pnas.93.17.9188. PMC 38617. PMID 8799176.
- ^ Könneke M, Bernhard AE, de la Torre JR, Walker CB, Waterbury JB, Stahl DA (2005). "Izolace autotrofního amoniaku oxidujícího mořského archeona". Příroda. 437 (7058): 543–6. Bibcode:2005 Natur.437..543K. doi:10.1038 / nature03911. PMID 16177789.
- ^ Cox, C. J .; Foster, P. G .; Hirt, R. P .; Harris, S. R .; Embley, T. M. (2008). „Archeobakteriální původ eukaryot“. Proc Natl Acad Sci USA. 105 (51): 20356–61. Bibcode:2008PNAS..10520356C. doi:10.1073 / pnas.0810647105. PMC 2629343. PMID 19073919.
- ^ (UCLA) Původ jádra a stromu života Archivováno 07.02.2003 v Archiv. Dnes
- ^ Kwapisz, M; Beckouët, F; Thuriaux, P (2008). "Časný vývoj eukaryotických DNA závislých RNA polymeráz". Trendy Genet. 24 (5): 211–5. doi:10.1016 / j.tig.2008.02.002. PMID 18384908.
Další čtení
Vědecké časopisy
- Cavalier-Smith, T (2002). „Neomuranský původ archebakterií, negibakteriální kořen univerzálního stromu a bakteriální megaklasifikace“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52 (Pt 1): 7–76. doi:10.1099/00207713-52-1-7. PMID 11837318.
- Stackebrandt, E; Frederiksen W; Garrity GM; Grimont PA; Kampfer P; Maiden MC; Nesme X; Rossello-Mora R; Houpačky J; Truper HG; Vauterin L; Ward AC; Whitman WB (2002). „Zpráva ad hoc výboru pro přehodnocení definice druhu v bakteriologii“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52 (Pt 3): 1043–1047. doi:10.1099 / ijs.0.02360-0. PMID 12054223.
- Gurtler, V; Mayall BC (2001). "Genomické přístupy k typizaci, taxonomii a vývoji bakteriálních izolátů". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 1): 3–16. doi:10.1099/00207713-51-1-3. PMID 11211268.
- Dalevi, D; Hugenholtz P; Blackall LL (2001). „Přístup více skupin k řešení fylogenetických vztahů na úrovni divizí pomocí dat 16S rDNA“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 2): 385–391. doi:10.1099/00207713-51-2-385. PMID 11321083.
- Keswani, J; Whitman WB (2001). "Vztah podobnosti sekvence 16S rRNA k hybridizaci DNA u prokaryot". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 2): 667–678. doi:10.1099/00207713-51-2-667. PMID 11321113.
- Young, JM (2001). "Důsledky alternativních klasifikací a horizontálního přenosu genů pro bakteriální taxonomii". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 3): 945–953. doi:10.1099/00207713-51-3-945. PMID 11411719.
- Christensen, H; Bisgaard M; Frederiksen W; Mutters R; Kuhnert P; Olsen JE (2001). „Je charakterizace jediného izolátu dostatečná pro platné zveřejnění nového rodu nebo druhu? Návrh na změnu doporučení 30b Bakteriologického zákoníku (revize z roku 1990)“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 6): 2221–2225. doi:10.1099/00207713-51-6-2221. PMID 11760965.
- Christensen, H; Angen O; Mutters R; Olsen JE; Bisgaard M (2000). „Hybridizace DNA-DNA byla stanovena v mikro jamkách pomocí kovalentního připojení DNA“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (3): 1095–1102. doi:10.1099/00207713-50-3-1095. PMID 10843050.
- Xu, HX; Kawamura Y; Li N; Zhao L; Li TM; Li ZY; Shu S; Ezaki T (2000). „Rychlá metoda pro stanovení obsahu G + C v bakteriálních chromozomech monitorováním intenzity fluorescence během denaturace DNA v kapilární trubici“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (4): 1463–1469. doi:10.1099/00207713-50-4-1463. PMID 10939651.
- Young, JM (2000). „Návrhy, jak se vyhnout neustálým nejasnostem z bakteriologického zákoníku“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (4): 1687–1689. doi:10.1099/00207713-50-4-1687. PMID 10939677.
- Hansmann, S; Martin W (2000). „Fylogeneze 33 ribozomálních a šesti dalších proteinů kódovaných ve starověkém genovém klastru, který je konzervován napříč prokaryotickými genomy: vliv vyloučení špatně srovnatelných míst z analýzy“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (4): 1655–1663. doi:10.1099/00207713-50-4-1655. PMID 10939673.
- Tindall, BJ (1999). „Návrh na změnu pravidla upravujícího označování typových kmenů uložených pod čísly sbírek kultur přidělenými pro účely patentu“. Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1317–1319. doi:10.1099/00207713-49-3-1317. PMID 10490293.
- Tindall, BJ (1999). „Návrh na změnu článku 18a, článku 18f a článku 30 s cílem omezit zpětné důsledky změn přijatých ICSB“. Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1321–1322. doi:10.1099/00207713-49-3-1321. PMID 10425797.
- Tindall, BJ (1999). „Neporozumění bakteriologickému zákoníku“. Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1313–1316. doi:10.1099/00207713-49-3-1313. PMID 10425796.
- Tindall, BJ (1999). „Návrhy na aktualizaci a změny bakteriologického kodexu“. Int. J. Syst. Bacteriol. 49 (3): 1309–1312. doi:10.1099/00207713-49-3-1309. PMID 10425795.
- Burggraf, S; Huber H; Stetter KO (1997). „Reklasifikace objednávek a rodin crenarchaelů podle 16S rRNA sekvenčních dat“. Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (3): 657–660. doi:10.1099/00207713-47-3-657. PMID 9226896.
- Palys, T; Nakamura LK; Cohan FM (1997). „Objev a klasifikace ekologické rozmanitosti v bakteriálním světě: role dat sekvencí DNA“. Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (4): 1145–1156. doi:10.1099/00207713-47-4-1145. PMID 9336922.
- Euzeby, JP (1997). „Seznam bakteriálních jmen se stálým názvoslovím: složka dostupná na internetu“. Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (2): 590–592. doi:10.1099/00207713-47-2-590. PMID 9103655.
- Clayton, RA; Sutton G; Hinkle PS Jr; Bult C; Fields C (1995). „Intraspecifická variace v sekvencích rRNA s malou podjednotkou v GenBank: proč jednotlivé sekvence nemusí adekvátně představovat prokaryotické taxony“. Int. J. Syst. Bacteriol. 45 (3): 595–599. doi:10.1099/00207713-45-3-595. PMID 8590690.
- Murray, RG; Schleifer KH (1994). „Taxonomické poznámky: návrh na zaznamenávání vlastností domnělých taxonů prokaryot“. Int. J. Syst. Bacteriol. 44 (1): 174–176. doi:10.1099/00207713-44-1-174. PMID 8123559.
- Winker, S; Woese CR (1991). "Definice domén Archaea, Bacteria a Eucarya z hlediska charakteristik ribozomální RNA malé podjednotky". Syst. Appl. Microbiol. 14 (4): 305–310. doi:10.1016 / s0723-2020 (11) 80303-6. PMID 11540071.
- Woese, ČR; Kandler O; Wheelis ML (1990). „Směrem k přirozenému systému organismů: návrh domén Archaea, Bacteria a Eucarya“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (12): 4576–4579. Bibcode:1990PNAS ... 87,4576 W.. doi:10.1073 / pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
- Achenbach-Richter, L; Woese CR (1988). "Oblast spacerů ribozomálních genů v archebakteriích". Syst. Appl. Microbiol. 10 (3): 211–214. doi:10.1016 / s0723-2020 (88) 80002-x. PMID 11542149.
- McGill, TJ; Jurka J; Sobieski JM; Pickett MH; Woese CR; Fox GE (1986). "Charakteristické archaebakteriální 16S rRNA oligonukleotidy". Syst. Appl. Microbiol. 7 (2–3): 194–197. doi:10.1016 / S0723-2020 (86) 80005-4. PMID 11542064.
- Woese, ČR; Gupta R; Hahn CM; Zillig W; Tu J (1984). "Fylogenetické vztahy tří na síře závislých archebakterií". Syst. Appl. Microbiol. 5: 97–105. doi:10.1016 / S0723-2020 (84) 80054-5. PMID 11541975.
- Woese, ČR; Olsen GJ (1984). "Fylogenetické vztahy tří na síře závislých archebakterií". Syst. Appl. Microbiol. 5: 97–105. doi:10.1016 / S0723-2020 (84) 80054-5. PMID 11541975.
- Woese, ČR; Fox GE (1977). "Fylogenetická struktura prokaryotické domény: primární království". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 74 (11): 5088–5090. Bibcode:1977PNAS ... 74,5088W. doi:10.1073 / pnas.74.11.5088. PMC 432104. PMID 270744.
Vědecké knihy
- Garrity GM, Holt JG (2001). „Kmen AI. Crenarchaeota phy. Nov.“. V DR Boone, RW Castenholz (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the hluboce se rozvětvující a fototrofní bakterie (2. vyd.). New York: Springer Verlag. str.169. ISBN 978-0-387-98771-2.
Vědecké databáze
- Reference PubMed pro Crenarchaeota
- Reference PubMed Central pro Crenarchaeota
- Reference Google Scholar pro Crenarchaeota
externí odkazy
- Stránka taxonomie NCBI pro Crenarchaeota
- Na stránkách taxonomie Tree of Life vyhledejte Crenarchaeota
- Na stránce Species2000 vyhledejte Crenarchaeota
- Stránka MicrobeWiki pro Crenarchaeota
- Stránka LPSN pro Crenarchaeota
- Crenarchaeota z webu Virtuální mikrobiologie University of Wisconsin.
- Srovnávací analýza crenarchaeal genomů (na DOE Systém IMG )
xclvkjesodkd0riyjtokgpfdoi-s-bj9tjhitebjtr3iog-kwg-it9jhti39fjo3ir = hj3kflrpj0yu3] i09ogkij