Metaloproteináza - Metalloproteinase
| Peptidáza_M48 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | Peptidáza_M48 | ||||||||
| Pfam | PF01435 | ||||||||
| Pfam klan | CL0126 | ||||||||
| InterPro | IPR001915 | ||||||||
| MEROPS | M48 | ||||||||
| OPM nadčeleď | 394 | ||||||||
| OPM protein | 4aw6 | ||||||||
| Membranome | 317 | ||||||||
| |||||||||
| Peptidáza_M50 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | Peptidáza_M50 | ||||||||
| Pfam | PF02163 | ||||||||
| Pfam klan | CL0126 | ||||||||
| InterPro | IPR008915 | ||||||||
| MEROPS | M50 | ||||||||
| OPM nadčeleď | 184 | ||||||||
| OPM protein | 3b4r | ||||||||
| |||||||||
A metaloproteinázanebo metaloproteáza, je jakýkoli proteáza enzym jehož katalytické mechanismus zahrnuje a kov. Příkladem toho by bylo ADAM12 který hraje významnou roli při fúzi svalových buněk během vývoje embrya v procesu známém jako myogeneze.
Většina metaloproteáz vyžaduje zinek, ale některé použití kobalt. Kov ion je koordinován s protein přes tři ligandy. Ligandy koordinující kovový iont se mohou měnit histidin, glutamát, aspartát, lysin, a arginin.[je zapotřebí objasnění ] Čtvrtou koordinační pozici zaujme a labilní molekula vody.
Léčba chelatační činidla jako EDTA vede k úplné inaktivaci. EDTA je chelátor kovů, který odstraňuje zinek, který je nezbytný pro činnost. Jsou také inhibovány chelátorem orthofenanthrolin.
Klasifikace
Existují dvě podskupiny metaloproteináz:
- Exopeptidázy, metaloexopeptidázy (EC číslo: 3.4.17).
- Endopeptidázy, metaloendopeptidázy (3.4.24). Mezi dobře známé metaloendopeptidázy patří Bílkoviny ADAM a matricové metaloproteinázy a metaloproteinázy M16, jako je enzym degradující inzulin a proteáza Presequence[1][2]
V Databáze MEROPS rodiny peptidáz jsou seskupeny podle jejich katalytického typu, přičemž první znak představuje katalytický typ: A, asparagový; C, cystein; G, kyselina glutamová; M, metallo; S, serin; T, threonin; a U, neznámé. Serin, threonin a cystein peptidázy využívají aminokyselina jako nukleofil a tvoří acyl středně pokročilí - tyto peptidázy mohou také snadno působit jako transferázy. V případě aspartové, glutamové a metalopeptidázy je nukleofil aktivovaný voda molekula. V mnoha případech strukturální proteinový záhyb který charakterizuje klan nebo rodinu, možná ztratil svou katalytickou aktivitu, přesto si udrží svoji funkci protein uznání a vazba.
Metaloproteázy jsou nejrozmanitější ze čtyř hlavních typů proteáz, s více než 50 rodinami dosud klasifikovanými. V těchto enzymech, a dvojmocný kation, obvykle zinek, aktivuje molekulu vody. Kov ion je držen na místě uživatelem aminokyselina ligandy, obvykle tři. Známý kov ligandy jsou His, Glu, Asp nebo Lys a pro katalýzu je vyžadován alespoň jeden další zbytek, který může hrát elektrofilní roli. Ze známých metaloproteáz obsahuje asi polovina motiv HEXXH, o kterém bylo v krystalografických studiích prokázáno, že tvoří součást vazebného místa pro kov.[3] HEXXH motiv je relativně běžný, ale může být přísněji definován pro metaloproteázy jako 'abXHEbbHbc', kde 'a' je nejčastěji valin nebo threonin a tvoří součást podřízeného místa S1 'v termolysinu a neprilysinu,' b 'je nenabitý zbytek a' c 'a hydrofobní zbytek.[4] Prolin se na tomto webu nikdy nenachází, pravděpodobně proto, že by to rozbilo spirálovitý struktura tímto přijato motiv v metaloproteázách.[3]
Metalopeptidázy z rodiny M48 jsou integrální membránové proteiny spojené s endoplazmatické retikulum a Golgi, jeden závazný zinek ion na podjednotku. Tyto endopeptidázy zahrnout CAAX prenyl proteáza 1, který proteolyticky odstraňuje C-terminál tři zbytky farnesylovaný bílkoviny.[Citace je zapotřebí ]
Inhibitory metaloproteinázy se vyskytují v mnoha mořských organismech, včetně ryb, hlavonožců, měkkýšů, řas a bakterií.[5]
Členové rodiny metalopeptidáz M50 zahrnují: savčí sterol-regulační prvek vázající protein (SREBP) místo 2 proteáza a Escherichia coli proteáza EcfE, stupeň IV sporulace protein FB.
Viz také
Reference
- ^ Shen, Yuequan; Joachimiak, Andrzej; Rosner, Marsha Rich; Tang, Wei-Jen (19. 10. 2006). „Struktury lidského enzymu degradujícího inzulín odhalují nový mechanismus rozpoznávání substrátu“. Příroda. 443 (7113): 870–874. Bibcode:2006 Natur.443..870S. doi:10.1038 / nature05143. ISSN 1476-4687. PMC 3366509. PMID 17051221.
- ^ King, John V .; Liang, Wenguang G .; Scherpelz, Kathryn P .; Schilling, Alexander B .; Meredith, Stephen C .; Tang, Wei-Jen (08.07.2014). „Molekulární podstata rozpoznávání a degradace substrátu proteázou lidské presekvence“. Struktura. 22 (7): 996–1007. doi:10.1016 / j.str.2014.05.003. ISSN 1878-4186. PMC 4128088. PMID 24931469.
- ^ A b Rawlings ND, Barrett AJ (1995). Evoluční rodiny metalopeptidáz. Metody v enzymologii. 248. 183–228. doi:10.1016/0076-6879(95)48015-3. ISBN 978-0-12-182149-4. PMID 7674922.
- ^ Minde DP, Maurice MM, Rüdiger SG (2012). „Stanovení biofyzikální stability proteinu v lyzátech rychlou proteolýzou, FASTpp“. PLOS ONE. 7 (10): e46147. Bibcode:2012PLoSO ... 746147M. doi:10.1371 / journal.pone.0046147. PMC 3463568. PMID 23056252.
- ^ Thomas NV, Kim SK (2010). „Inhibitory metaloproteinázy: stav a rozsah mořských organismů“. Biochemistry Research International. 2010: 845975. doi:10.1155/2010/845975. PMC 3004377. PMID 21197102.
externí odkazy
- The MEROPS online databáze peptidáz a jejich inhibitorů: Metalopeptidázy
- Metaloproteázy v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
- Proteopedia: Metaloproteázy
