DDX5 - DDX5
Pravděpodobná ATP-dependentní RNA helikáza DDX5 také známý jako DEAD box protein 5 nebo RNA helikáza p68 je enzym že u lidí je kódován DDX5 gen.[5]
Funkce
DEAD box proteiny, charakterizované konzervovaným motivem Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), jsou domnělé RNA helikázy. Jsou zapojeny do řady buněčných procesů zahrnujících alteraci sekundární struktury RNA, jako je iniciace translace, nukleární a mitochondriální sestřih a ribozomová a spliceosomová sestava. Na základě jejich distribučních vzorců se někteří členové této rodiny považují za členy embryogeneze, spermatogeneze,[6] a buněčný růst a dělení. Tento gen kóduje DEAD box protein, kterým je RNA-dependentní ATPáza, a také nukleární antigen spojený s proliferací, konkrétně reagující s nádorovým antigenem opičího viru. Tento gen se skládá z 13 exonů a byly detekovány alternativně sestřižené transkripty obsahující několik intronových sekvencí, ale nebyly identifikovány žádné izoformy kódované těmito transkripty.[5]
Interakce
DDX5 bylo prokázáno komunikovat s:
- AKAP8,[7]
- DDX17 (str. 72),[8]
- DHX9 (RNA helikáza A),[9]
- Estrogenový receptor alfa,[10][11]
- Fibrillarin,[12]
- HDAC1,[13]
- Koaktivátor jaderných receptorů 1,[14]
- Koaktivátor jaderných receptorů 2,[14]
- Koaktivátor jaderných receptorů 3,[14]
- p53,[15]
- CTCF.[16]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000108654 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000020719 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b „Entrez Gene: DDX5 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptid 5".
- ^ Legrand, JMD; Chan, AL; La, HM; Rossello, FJ; Änkö, ML; Fuller-Pace, FV; Hobbs, RM (23. května 2019). „DDX5 hraje zásadní transkripční a post-transkripční roli při udržování a fungování spermatogonie“. Příroda komunikace. 10 (1): 2278. doi:10.1038 / s41467-019-09972-7. PMID 31123254.
- ^ Akileswaran L, Taraska JW, Sayer JA, Gettemy JM, Coghlan VM (květen 2001). „A-kinázový kotvící protein AKAP95 je zaměřen na jadernou matrici a asociuje se s p68 RNA helikázou“. J. Biol. Chem. 276 (20): 17448–54. doi:10,1074 / jbc.M101171200. PMID 11279182.
- ^ Ogilvie VC, Wilson BJ, Nicol SM, Morrice NA, Saunders LR, Barber GN, Fuller-Pace FV (březen 2003). „Vysoce příbuzné RNA helikázy DEAD box p68 a p72 existují jako heterodimery v buňkách“. Nucleic Acids Res. 31 (5): 1470–80. doi:10,1093 / nar / gkg236. PMC 149829. PMID 12595555.
- ^ Wilson BJ, Giguère V (2007). „Identifikace nových partnerů dráhy helikáz p68 a p72 pomocí metaanalýzy Oncomine“. BMC Genomics. 8: 419. doi:10.1186/1471-2164-8-419. PMC 3225811. PMID 18005418.
- ^ Endoh H, Maruyama K, Masuhiro Y, Kobayashi Y, Goto M, Tai H, Yanagisawa J, Metzger D, Hashimoto S, Kato S (srpen 1999). „Purifikace a identifikace p68 RNA helikázy působící jako transkripční koaktivátor specifický pro aktivační funkci 1 lidského estrogenového receptoru α“. Mol. Buňka. Biol. 19 (8): 5363–72. doi:10.1128 / MCB.19.8.5363. PMC 84379. PMID 10409727.
- ^ Rossow KL, Janknecht R (leden 2003). „Synergismus mezi p68 RNA helikázou a transkripčními koaktivátory CBP a p300“. Onkogen. 22 (1): 151–6. doi:10.1038 / sj.onc.1206067. PMID 12527917.
- ^ Nicol SM, Causevic M, Prescott AR, Fuller-Pace FV (červen 2000). „Nukleární DEAD box RNA helikáza p68 interaguje s nukleolárním proteinem fibrillarinem a kolokalizuje se specificky v rodících se nukleolech během telofázy“. Exp. Cell Res. 257 (2): 272–80. doi:10,1006 / excr. 2000,4886. PMID 10837141.
- ^ Wilson BJ, Bates GJ, Nicol SM, Gregory DJ, Perkins ND, Fuller-Pace FV (srpen 2004). „Helikázy p68 a p72 DEAD box RNA interagují s HDAC1 a potlačují transkripci způsobem specifickým pro promotor“. BMC Mol. Biol. 5: 11. doi:10.1186/1471-2199-5-11. PMC 514542. PMID 15298701.
- ^ A b C Watanabe M, Yanagisawa J, Kitagawa H, Takeyama K, Ogawa S, Arao Y, Suzawa M, Kobayashi Y, Yano T, Yoshikawa H, Masuhiro Y, Kato S (březen 2001). „Podrodina proteinů DEAD-box vázajících RNA působí jako koaktivátor estrogenového receptoru α prostřednictvím N-terminální aktivační domény (AF-1) s RNA koaktivátorem, SRA“. EMBO J.. 20 (6): 1341–52. doi:10.1093 / emboj / 20.6.1341. PMC 145523. PMID 11250900.
- ^ Bates GJ, Nicol SM, Wilson BJ, Jacobs AM, Bourdon JC, Wardrop J, Gregory DJ, Lane DP, Perkins ND, Fuller-Pace FV (únor 2005). „DEAD box protein p68: nový transkripční koaktivátor supresoru nádoru p53“. EMBO J.. 24 (3): 543–53. doi:10.1038 / sj.emboj.7600550. PMC 548656. PMID 15660129.
- ^ Yao H, Brick K, Evrard Y, Xiao T, Camerini-Otero RD, Felsenfeld G (2010). „Zprostředkování transkripční izolace CTCF pomocí proteinu p68 vázajícího RNA DEAD-box a aktivátoru RNA steroidního receptoru SRA“. Genes Dev. 24 (22): 2543–2555. doi:10.1101 / gad.1967810. PMC 2975930. PMID 20966046.
Další čtení
- Iggo RD, Jamieson DJ, MacNeill SA a kol. (1991). „p68 RNA helikáza: identifikace nukleolární formy a klonování příbuzných genů obsahujících konzervovaný intron v kvasinkách“. Mol. Buňka. Biol. 11 (3): 1326–33. doi:10.1128 / MCB.11.3.1326. PMC 369403. PMID 1996094.
- Hloch P, Schiedner G, Stahl H (1990). „Complete cDNA sequence of the human p68 protein“. Nucleic Acids Res. 18 (10): 3045. doi:10.1093 / nar / 18.10.3045. PMC 330836. PMID 2349099.
- Ford MJ, Anton IA, Lane DP (1988). "Nukleární protein se sekvenční homologií s iniciačním faktorem translace eIF-4A". Příroda. 332 (6166): 736–8. doi:10.1038 / 332736a0. PMID 2451786. S2CID 4351448.
- Iggo R, Gough A, Xu W a kol. (1989). „Chromozomové mapování lidského genu kódujícího 68-kDa jaderný antigen (p68) pomocí polymerázové řetězové reakce“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 86 (16): 6211–4. doi:10.1073 / pnas.86.16.6211. PMC 297807. PMID 2762324.
- Buelt MK, Glidden BJ, Storm DR (1994). "Regulace p68 RNA helikázy kalmodulinem a proteinkinázou C". J. Biol. Chem. 269 (47): 29367–70. PMID 7525583.
- Brody LC, Abel KJ, Castilla LH a kol. (1995). „Konstrukce transkripční mapy obklopující lokus BRCA1 lidského chromozomu 17“. Genomika. 25 (1): 238–47. doi:10.1016/0888-7543(95)80131-5. PMID 7774924.
- Endoh H, Maruyama K, Masuhiro Y a kol. (1999). „Purifikace a identifikace p68 RNA helikázy působící jako transkripční koaktivátor specifický pro aktivační funkci 1 lidského estrogenového receptoru α“. Mol. Buňka. Biol. 19 (8): 5363–72. doi:10.1128 / MCB.19.8.5363. PMC 84379. PMID 10409727.
- Rössler OG, Hloch P, Schütz N, et al. (2000). "Struktura a exprese lidského genu p68 RNA helikázy". Nucleic Acids Res. 28 (4): 932–9. doi:10.1093 / nar / 28.4.932. PMC 102575. PMID 10648785.
- Nicol SM, Causevic M, Prescott AR, Fuller-Pace FV (2000). „Nukleární DEAD box RNA helikáza p68 interaguje s nukleolárním proteinem fibrillarinem a kolokalizuje se specificky v rodících se nukleolech během telofázy“. Exp. Cell Res. 257 (2): 272–80. doi:10,1006 / excr. 2000,4886. PMID 10837141.
- Watanabe M, Yanagisawa J, Kitagawa H a kol. (2001). „Podrodina proteinů DEAD-box vázajících RNA působí jako koaktivátor estrogenového receptoru α prostřednictvím N-koncové aktivační domény (AF-1) s RNA koaktivátorem, SRA“. EMBO J.. 20 (6): 1341–52. doi:10.1093 / emboj / 20.6.1341. PMC 145523. PMID 11250900.
- Akileswaran L, Taraska JW, Sayer JA a kol. (2001). „A-kinázový kotvící protein AKAP95 je zaměřen na jadernou matrici a asociuje se s p68 RNA helikázou“. J. Biol. Chem. 276 (20): 17448–54. doi:10,1074 / jbc.M101171200. PMID 11279182.
- Andersen JS, Lyon CE, Fox AH a kol. (2002). "Řízená proteomická analýza lidského nukleolu". Curr. Biol. 12 (1): 1–11. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
- Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR a kol. (2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
- Liu ZR (2002). „Helicase p68 RNA je základním lidským spojovacím faktorem, který působí v duplexu Splice Site U1 snRNA-5 ′“. Mol. Buňka. Biol. 22 (15): 5443–50. doi:10.1128 / MCB.22.15.5443-5450.2002. PMC 133941. PMID 12101238.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Rossow KL, Janknecht R (2003). „Synergismus mezi p68 RNA helikázou a transkripčními koaktivátory CBP a p300“. Onkogen. 22 (1): 151–6. doi:10.1038 / sj.onc.1206067. PMID 12527917.
- Guil S, Gattoni R, Carrascal M a kol. (2003). „Role hnRNP A1, SR proteinů a p68 helikázy v alternativní regulaci sestřihu c-H-ras“. Mol. Buňka. Biol. 23 (8): 2927–41. doi:10.1128 / MCB.23.8.2927-2941.2003. PMC 152554. PMID 12665590.
- Fujita T, Kobayashi Y, Wada O a kol. (2003). „Plná aktivace funkce 1 aktivace estrogenového receptoru alfa indukuje proliferaci buněk rakoviny prsu“. J. Biol. Chem. 278 (29): 26704–14. doi:10,1074 / jbc.M301031200. PMID 12738788.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
