Fibrillarin - Fibrillarin - Wikipedia

Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury

Fibrillarin
	pyrococcus horikoshii fibrillarin před zpracováním protein pro zpracování
Identifikátory
Symbol	Fibrillarin
Pfam	PF01269
Pfam klan	CL0063
InterPro	IPR000692
STRÁNKA	PDOC00489
SCOP2	1 miliarda / Rozsah / SUPFAM
Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury

FBL
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2IPX
Identifikátory
Aliasy	FBL, FIB, FLRN, RNU3IP1, fibrillarin, Nop1
Externí ID	OMIM: 134795 MGI: 95486 HomoloGene: 1099 Genové karty: FBL
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 19 (lidský)
Konec	39,846,379 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 7 (myš)
Konec	28,179,269 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita methyltransferázy; • aktivita transferázy; • aktivita rRNA methyltransferázy; • Vazba ATPázy; • aktivita histon-glutamin methyltransferázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba transkripčního faktoru třídy TFIID; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• procesní malá podjednotka; • Cajal tělo; • membrána; • jádro; • hustá fibrilární složka; • extracelulární exosom; • buněčné jádro; • komplex C / D snoRNP; • granulovaná složka; • chromozóm; • nukleoplazma; • fibrilární centrum;
Biologický proces	• Zpracování tRNA; • lokalizace snoRNA; • Methylace rRNA; • methylace histon-glutamin; • methylace; • 3'-endové zpracování C / D snoRNA; • metabolický proces snoRNA; • diferenciace osteoblastů; • zpracování rRNA;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	2091
	14113
	ENSG00000105202; ENSG00000280548
	ENSMUSG00000046865
	P22087
	P35550
	NM_001436
	NM_007991
	NP_001427
	NP_032017
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

rRNA 2'-O-methyltransferáza fibrillarin je enzym že u lidí je kódován FBL gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

Tento genový produkt je součástí nukleolární částice malého nukleárního ribonukleoproteinu (snRNP), o které se předpokládá, že se účastní prvního kroku při zpracování pre-ribosomální (r) RNA. Je spojena s U3, U8, a U13 malé nukleolární RNA a nachází se v husté fibrilární složce (DFC) jádro. Kódovaný protein obsahuje N-terminální repetitivní doménu, která je bohatá na glycinové a argininové zbytky, jako jsou fibrillariny u jiných druhů. Jeho centrální oblast připomíná doménu vázající RNA a obsahuje konsenzuální sekvenci RNP. Antiséra od přibližně 8% lidí s autoimunitním onemocněním sklerodermie rozpoznat fibrillarin.^[7]

Fibrillarin je složkou několika ribonukleoproteinů včetně malého nukleárního ribonukleoproteinu (SnRNP ) a jedna ze dvou tříd malé nukleolární ribonukleoproteiny (snoRNP). SnRNA fungují v Sestřih RNA zatímco snoRNPs fungují v ribozomální RNA zpracovává se.

Fibrillarin je spojován s U3, U8 a U13 malé jaderné RNA u savců a je podobný kvasinkovému proteinu NOP1. Fibrillarin má dobře konzervovanou sekvenci přibližně 320 aminokyselin a obsahuje 3 domény, N-koncovou oblast bohatou na Gly / Arg; centrální doména připomínající jiné proteiny vázající RNA a obsahující konsenzuální sekvenci podobnou RNP-2; a C-koncovou alfa-helikální doménu. Evolučně související protein zpracovávající pre-rRNA, kterému chybí doména bohatá na Gly / Arg, byl nalezen v různých archaeách.

Studie Schultze a kol. naznačil, že K-turn vázající 15,5-kDa protein (v kvasinkách nazývaný Snu13) interaguje s spliceosome proteiny hPRP31, hPRP3, hPRP4, CYPH a malé nukleolární ribonukleoproteiny NOP56, NOP58 a fibrillarin. Protein 15,5 kDa má sekvenční podobnost s jinými proteiny vázajícími RNA, jako jsou ribozomální proteiny S12, L7a a L30 a protein snoRNP NHP2. U4 / U6 snRNP obsahuje protein 15,5 kDa.^[8] Protein 15,5 kDa také existuje v komplexu ribonukleoproteinů, který váže motiv B / C boxu U3. Protein 15,5 kDa také existuje jako jeden ze čtyř hlavních proteinů proteinu C / D malý nukleolární ribonukleoprotein který zprostředkovává methylaci pre-ribozomálních RNA.

Strukturální důkazy podporující myšlenku, že fibrillarin je snoRNA methyltransferáza byl zkontrolován.^[9]

Interakce

Fibrillarin byl prokázán komunikovat s DDX5^[10] a SMN1.^[11]

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000280548 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000105202, ENSG00000280548 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000046865 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Aris JP, Blobel G (únor 1991). "cDNA klonování a sekvenování lidského fibrillarinu, konzervovaného nukleolárního proteinu rozpoznávaného autoimunitním antisérem". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 88 (3): 931–5. Bibcode:1991PNAS ... 88..931A. doi:10.1073 / pnas.88.3.931. PMC 50928. PMID 1846968.
^ Jansen RP, Hurt EC, Kern H, Lehtonen H, Carmo-Fonseca M, Lapeyre B, Tollervey D (květen 1991). "Evoluční ochrana lidského nukleolárního proteinu fibrillarinu a jeho funkční exprese v kvasinkách". The Journal of Cell Biology. 113 (4): 715–29. doi:10.1083 / jcb.113.4.715. PMC 2288999. PMID 2026646.
^ ^A ^b „Entrez Gene: FBL fibrillarin“.
^ Kontakty Protein-Protein a Protein-RNA přispívají k 15,5K zprostředkovanému shromáždění U4 / U6 snRNP a Box C / D snoRNP Annemarie Schultz, Stephanie Nottrott, Nicholas James Watkins a Reinhard Lührmann v Molekulární a buněčná biologie (2006), svazek 26, strany 5146–5154.
^ Struktura a funkce malých nukleolárních ribonukleoproteinů Steve L. Reichow, Tomoko Hamma, Adrian R. Ferré-D'Amaré a Gabriele Varani v Výzkum nukleových kyselin (2007) Svazek 35, strany 1452–1464.
^ Nicol SM, Causevic M, Prescott AR, Fuller-Pace FV (červen 2000). „Nukleární DEAD box RNA helikáza p68 interaguje s nukleolárním proteinem fibrillarinem a kolokalizuje se specificky v rodících se nukleolech během telofázy“. Experimentální výzkum buněk. 257 (2): 272–80. doi:10,1006 / excr. 2000,4886. PMID 10837141.
^ Pellizzoni L, Baccon J, Charroux B, Dreyfuss G (červenec 2001). „Přežití proteinu motorických neuronů (SMN) interaguje s proteiny snoRNP fibrillarinem a GAR1“. Aktuální biologie. 11 (14): 1079–88. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00316-5. PMID 11509230. S2CID 12392702.

Člověk neuroblastom, (SH-SY5Y ) buňky obarvené zeleně protilátkou na fibrillarin, protilátka na neurofilament NF-H v červené barvě a DNA v tmavě modré barvě. Protilátka proti fibrillarinu se váže na skvrny v jádře odpovídající nukleolům. Nukleoly také obsahují DNA, takže vypadají jako bledě modré tečky. Neurofilamentová protilátka NF-H se váže na cytoplazmatickou střední nebo 10 nm vlákna. Image, protilátky a barvení EnCor Biotechnology Inc.

Další čtení

Baserga SJ, Yang XD, Steitz JA (září 1991). "Intaktní sekvence Box C v U3 snRNA je nutná pro navázání fibrillarinu, proteinu společného s hlavní rodinou nukleolárních snRNP". Časopis EMBO. 10 (9): 2645–51. doi:10.1002 / j.1460-2075.1991.tb07807.x. PMC 452965. PMID 1714385.
Okano Y, Steen VD, Medsger TA (leden 1992). "Autoprotilátka proti U3 nukleolární ribonukleoprotein (fibrillarin) u pacientů se systémovou sklerózou". Artritida a revmatismus. 35 (1): 95–100. doi:10.1002 / art.1780350114. PMID 1731817.
Lischwe MA, Ochs RL, Reddy R, Cook RG, Yeoman LC, Tan EM, Reichlin M, Busch H (listopad 1985). „Čištění a částečná charakterizace antigenu nukleolární sklerodermie (Mr = 34 000; pI, 8,5) bohatého na NG, NG-dimethylarginin“. The Journal of Biological Chemistry. 260 (26): 14304–10. PMID 2414294.
Méhes G, Pajor L (červen 1995). "Exprese nukleolinu a fibrillarinu ve stimulovaných lymfocytech a diferenciaci buněk HL-60. Průtoková cytometrická analýza". Proliferace buněk. 28 (6): 329–36. doi:10.1111 / j.1365-2184.1995.tb00074.x. PMID 7626687. S2CID 34753195.
Liu Q, Dreyfuss G (červenec 1996). „Nová jaderná struktura obsahující přežití proteinu motorických neuronů“. Časopis EMBO. 15 (14): 3555–65. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00725.x. PMC 451956. PMID 8670859.
Magoulas C, Zatsepina OV, Jordan PW, Jordan EG, Fried M (únor 1998). „Protein SURF-6 je součástí nukleolární matrice a má vysokou vazebnou kapacitu pro nukleové kyseliny in vitro.“ European Journal of Cell Biology. 75 (2): 174–83. doi:10.1016 / s0171-9335 (98) 80059-9. PMID 9548374.
Ai LS, Lin CH, Hsieh M, Li C (říjen 1999). „Argininová methylace peptidu bohatého na glycin a arginin odvozeného ze sekvencí lidského FMRP a fibrillarinu“. Sborník Národní rady pro vědu, Čínská republika. Část B, vědy o živé přírodě. 23 (4): 175–80. PMID 10518318.
Pintard L, Kressler D, Lapeyre B (únor 2000). „Spb1p je kvasinkový nukleolární protein spojený s Nop1p a Nop58p, který je schopen vázat S-adenosyl-L-methionin in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 20 (4): 1370–81. doi:10.1128 / MCB.20.4.1370-1381.2000. PMC 85287. PMID 10648622.
Nicol SM, Causevic M, Prescott AR, Fuller-Pace FV (červen 2000). „Nukleární DEAD box RNA helikáza p68 interaguje s nukleolárním proteinem fibrillarinem a kolokalizuje se specificky v rodících se nukleolech během telofázy“. Experimentální výzkum buněk. 257 (2): 272–80. doi:10,1006 / excr. 2000,4886. PMID 10837141.
Pellizzoni L, Baccon J, Charroux B, Dreyfuss G (červenec 2001). „Přežití proteinu motorických neuronů (SMN) interaguje s proteiny snoRNP fibrillarinem a GAR1“. Aktuální biologie. 11 (14): 1079–88. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00316-5. PMID 11509230. S2CID 12392702.
Zhou X, Tan FK, Xiong M, Milewicz DM, Feghali CA, Fritzler MJ, Reveille JD, Arnett FC (prosinec 2001). „Systémová skleróza (sklerodermie): specifické autoantigenové geny jsou selektivně nadměrně exprimovány ve fibroblastech sklerodermie“. Journal of Immunology. 167 (12): 7126–33. doi:10,4049 / jimmunol.167.12.7126. PMID 11739535.
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, Leung AK, Lam YW, Steen H, Mann M, Lamond AI (leden 2002). "Řízená proteomická analýza lidského nukleolu". Aktuální biologie. 12 (1): 1–11. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
Cimato TR, Tang J, Xu Y, Guarnaccia C, Herschman HR, Pongor S, Aletta JM (únor 2002). „Zvýšení methylace proteinů zprostředkované nervovým růstovým faktorem se vyskytuje převážně na methylačních místech argininu typu I a zahrnuje protein arginin methyltransferázu 1“. Journal of Neuroscience Research. 67 (4): 435–42. doi:10.1002 / jnr.10123. PMID 11835310. S2CID 8041481.
Fujiyama S, Yanagida M, Hayano T, Miura Y, Isobe T, Fujimori F, Uchida T, Takahashi N (červen 2002). „Izolace a proteomická charakterizace lidských komplexů preribozomálních ribonukleoproteinů asociovaných s parvulinem“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (26): 23773–80. doi:10,1074 / jbc.M201181200. PMID 11960984.
Whitehead SE, Jones KW, Zhang X, Cheng X, Terns RM, Terns MP (prosinec 2002). „Determinanty interakce proteinu SMN s spinální svalovou atrofií s dimethylargininem modifikovaným boxem H / ACA s malým nukleolárním ribonukleoproteinem GAR1“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (50): 48087–93. doi:10,1074 / jbc.M204551200. PMID 12244096.
Herrera-Esparza R, Kruse L, von Essen M, Campos L, Barbosa O, Bollain JJ, Badillo I, Avalos-Díaz E (říjen 2002). „U3 snoRNP asociuje s fibrillarinem složku sklerodermické shlukové nukleolární domény“. Archiv dermatologického výzkumu. 294 (7): 310–7. doi:10.1007 / s00403-002-0338-7. PMID 12373336. S2CID 10316081.
Chen M, Rockel T, Steinweger G, Hemmerich P, Risch J, von Mikecz A (říjen 2002). „Subcelulární nábor fibrillarinu do nukleoplazmatických proteazomů: důsledky pro zpracování nukleolárního autoantigenu“. Molekulární biologie buňky. 13 (10): 3576–87. doi:10.1091 / mbc.02-05-0083. PMC 129967. PMID 12388758.
Watkins NJ, Dickmanns A, Lührmann R (prosinec 2002). „Konzervovaný kmen II motivu C / D boxu je nezbytný pro nukleolární lokalizaci a je vyžadován spolu s proteinem 15.5K pro hierarchické sestavení box C / D snoRNP“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (23): 8342–52. doi:10.1128 / MCB.22.23.8342-8352.2002. PMC 134055. PMID 12417735.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000280548 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000105202, ENSG00000280548 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000046865 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid1846968-5] Aris JP, Blobel G (únor 1991). "cDNA klonování a sekvenování lidského fibrillarinu, konzervovaného nukleolárního proteinu rozpoznávaného autoimunitním antisérem". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 88 (3): 931–5. Bibcode:1991PNAS ... 88..931A. doi:10.1073 / pnas.88.3.931. PMC 50928. PMID 1846968.

[pmid2026646-6] Jansen RP, Hurt EC, Kern H, Lehtonen H, Carmo-Fonseca M, Lapeyre B, Tollervey D (květen 1991). "Evoluční ochrana lidského nukleolárního proteinu fibrillarinu a jeho funkční exprese v kvasinkách". The Journal of Cell Biology. 113 (4): 715–29. doi:10.1083 / jcb.113.4.715. PMC 2288999. PMID 2026646.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: FBL fibrillarin“.

[8] Kontakty Protein-Protein a Protein-RNA přispívají k 15,5K zprostředkovanému shromáždění U4 / U6 snRNP a Box C / D snoRNP Annemarie Schultz, Stephanie Nottrott, Nicholas James Watkins a Reinhard Lührmann v Molekulární a buněčná biologie (2006), svazek 26, strany 5146–5154.

[9] Struktura a funkce malých nukleolárních ribonukleoproteinů Steve L. Reichow, Tomoko Hamma, Adrian R. Ferré-D'Amaré a Gabriele Varani v Výzkum nukleových kyselin (2007) Svazek 35, strany 1452–1464.

[pmid10837141-10] Nicol SM, Causevic M, Prescott AR, Fuller-Pace FV (červen 2000). „Nukleární DEAD box RNA helikáza p68 interaguje s nukleolárním proteinem fibrillarinem a kolokalizuje se specificky v rodících se nukleolech během telofázy“. Experimentální výzkum buněk. 257 (2): 272–80. doi:10,1006 / excr. 2000,4886. PMID 10837141.

[pmid11509230-11] Pellizzoni L, Baccon J, Charroux B, Dreyfuss G (červenec 2001). „Přežití proteinu motorických neuronů (SMN) interaguje s proteiny snoRNP fibrillarinem a GAR1“. Aktuální biologie. 11 (14): 1079–88. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00316-5. PMID 11509230. S2CID 12392702.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]