DHX36 - DHX36

DHX36
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2N16, 2N21
Identifikátory
Aliasy	DHX36, DDX36, G4R1, MLEL1, RHAU, DEAH-box helicase 36
Externí ID	OMIM: 612767 MGI: 1919412 HomoloGene: 6356 Genové karty: DHX36
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 3 (lidský)
Konec	154,324,487 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 3 (myš)
Konec	62,507,004 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba nukleotidů; • Vazba DNA; • Aktivita ATPázy závislá na DNA; • GO: Aktivita helikázy 0008026; • Vazba G-kvadruplexu na RNA; • vazba histon-deacetylázy; • Vazba G-kvadruplexu na DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • dvouvláknová vazba RNA; • aktivita hydrolázy; • ATP vazba; • vazba telomerázy RNA; • Vazba RNA; • jednořetězcová vazba DNA; • vazba iontů hořčíku; • GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA; • mRNA 3'-UTR vazba; • GO: 0004003 aktivita DNA helikázy; • GO: 0034459 aktivita 3'-5 'RNA helikázy; • Vazba na oblast bohatou na mRNA 3'-UTR AU; • vazba kovových iontů; • mRNA 5'-UTR vazba; • pre-miRNA vazba;
Buněčná složka	• chromozóm; • chromozom, telomerická oblast; • extracelulární exosom; • cytosol; • buněčné jádro; • cytoplazma; • mitochondrie; • Stresová granule; • jaderná skvrna; • axon; • dendrit; • buněčná projekce; • perikaryon;
Biologický proces	• Zpracování RNA; • regulace transkripce, DNA-šablony; • zkostnatění; • reakce na exogenní dsRNA; • reakce na virus; • transkripce, chráněná DNA; • pozitivní regulace údržby telomer; • Odvíjení sekundární struktury RNA; • pozitivní regulace produkce interferonu typu I.; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • stabilizace telomerázové RNA; • proces imunitního systému; • pozitivní regulace produkce cytokinů myeloidních dendritických buněk; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy III; • regulace překladu; • vývoj mnohobuněčných organismů; • spermatogeneze; • pozitivní regulace genové exprese; • negativní regulace překladu; • diferenciace buněk; • pozitivní regulace zpracování mRNA na 3'-konci; • Odvíjení duplexu DNA; • buněčná reakce na teplo; • buněčná odpověď na UV záření; • pozitivní regulace signalizace I-kappaB kinázy / NF-kappaB; • regulace stability mRNA; • Odvíjení G-kvadruplexní DNA; • vrozený imunitní systém; • regulace embryonálního vývoje; • obranná reakce na virus; • pozitivní regulace diferenciace kardioblastů; • pozitivní regulace iniciace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace morfogeneze dendritické páteře; • Destabilizace mRNA zprostředkovaná 3'-UTR; • pozitivní regulace jaderně transkribovaného katabolického procesu mRNA, rozpad závislý na deadenylaci; • pozitivní regulace diferenciace krvetvorných buněk; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II zapojeného do spermatogeneze; • buněčná odpověď na iont arsenitu; • pozitivní regulace údržby telomer pomocí prodloužení telomer; • pozitivní regulace intracelulární lokalizace mRNA; • pozitivní regulace cytoplazmatického překladu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	170506
	72162
	ENSG00000174953; ENSG00000281763
	ENSMUSG00000027770
	Q9H2U1
	Q8VHK9
	NM_020865; NM_001114397
	NM_028136
	NP_001107869; NP_065916
	NP_082412
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Pravděpodobná ATP-dependentní RNA helikáza DHX36 také známý jako DEAH box protein 36 (DHX36) nebo MLE podobný protein 1 (MLEL1) nebo G4 resolváza 1 (G4R1) nebo RNA helikáza spojená s prvky bohatými na AU (RHAU ) je enzym že u lidí je kódován DHX36 gen.^[5]^[6]

Struktura

Strukturálně je DHX36 1008 aminokyselin dlouhý modulární protein, který byl krystalizován v komplexu s DNA G-kvadruplexem.^[7] Skládá se z ~ 440 aminokyselinového jádra helikázy zahrnujícího všechny charakteristické motivy rodiny DEAH / RHA helikázy s N- a C-koncovými hraničními oblastmi ~ 180, respektive ~ 380 aminokyselinami. Část N-terminální ohraničující oblasti tvoří alfa-šroubovici zvanou DHX36-specifický motiv, který rozpoznává 5'-nejvíce G-kvadruplexový kvartet. OB-násobná doména se váže na 3'-většinu G-traktu cukr-fosfátový páteř.^[8] Stejně jako všechny helikázy DEAH / RHA je doména asociovaná s helikázou umístěna v sousedství jádrové oblasti helikázy a zaujímá 75% C-terminální oblasti.^[9]

Funkce

DEAH / RHA proteiny jsou RNA a DNA helikázy typicky charakterizované nízkou procesní translokací na substráty a schopností vázat / odvíjet nekanonické sekundární struktury nukleových kyselin.^[10] Jsou zapojeny do řady buněčných procesů zahrnujících alteraci Sekundární struktura RNA jako je zahájení překladu, jaderný a mitochondriální sestřih, a ribozom a spliceosome shromáždění. Na základě jejich distribučních vzorců se předpokládá, že jsou zahrnuti někteří členové této rodiny proteinů DEAH / RHA embryogeneze, spermatogeneze a buněčný růst a dělení.^[5]

DHX36 vykazuje jedinečnou závislost na ATP guanin-kvadruplex (G4) aktivita resolvázy a specificita pro její substrát in vitro.^[11]^[12] DHX36 zobrazuje aktivitu opakovaného odvíjení jako funkci tepelné stability substrátu G-kvadruplexu, což je charakteristické pro řadu dalších G-kvadruplexních rezolváz, jako jsou BLM / WRN helikázy.^[13]^[14] DHX36 váže G4-nukleovou kyselinu se subnanomolární afinitou a odvíjí struktury G4 mnohem efektivněji než dvouvláknová nukleová kyselina. V souladu s těmito biochemickými pozorováními byl DHX36 také identifikován jako hlavní zdroj aktivity štěpení tetramolekulární RNA v buněčných lyzátech HeLa.

Předchozí práce ukázala, že DHX36 se asociuje s mRNA a znovu se lokalizuje stresové granule (SG) po translační zástavě vyvolané různými stresy prostředí.^[15]^[16] Ukázalo se, že oblast prvních 105 aminokyselin je kritická pro vazbu RNA a opětovnou lokalizaci na SG.

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000281763 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000174953, ENSG00000281763 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000027770 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b „Entrez Gene: DHX36 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptid 36".
^ Abdelhaleem M, Maltais L, Wain H (červen 2003). "Lidské rodiny genů DDX a DHX domnělých RNA helikáz". Genomika. 81 (6): 618–22. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00049-1. PMID 12782131.
^ Chen MC, Tippana R, Demeshkina NA, Murat P, Balasubramanian S, Myong S, Ferré-D'Amaré AR (červen 2018). „Strukturální základ rozložení G-kvadruplexu pomocí DEAH / RHA helikázy DHX36“. Příroda. 558 (7710): 465–469. doi:10.1038 / s41586-018-0209-9. PMC 6261253. PMID 29899445.
^ Heddi B, Cheong VV, Martadinata H, Phan AT (srpen 2015). „Pohledy na specifické rozpoznávání G-kvadruplexu pomocí DEAH-box helikázy RHAU: Struktura řešení komplexu peptid-kvadruplex“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 112 (31): 9608–13. doi:10.1073 / pnas.1422605112. PMC 4534227. PMID 26195789.
^ Chen WF, Rety S, Guo HL, Dai YX, Wu WQ, Liu NN, Auguin D, Liu QW, Hou XM, Dou SX, Xi XG (březen 2018). „Pohled na molekulární mechanismy do rozvinutí G-Quadruplexu zprostředkovaného Drosophila DHX36: model založený na struktuře“. Struktura. 26 (3): 403–415.e4. doi:10.1016 / j.str.2018.01.008. PMID 29429875.
^ Chen MC, Ferré-D'Amaré AR (15. srpna 2017). „Strukturální základ aktivity DEAH / RHA Helicase“. Krystaly. 7 (8): 253. doi:10,3390 / krystaly7080253.
^ Vaughn JP, Creacy SD, Routh ED, Joyner-Butt C, Jenkins GS, Pauli S, Nagamine Y, Akman SA (listopad 2005). „Proteinový produkt DEXH genu DHX36 je hlavním zdrojem aktivity rozkladu tetramolekulárního kvadruplexu G4-DNA v buněčných lyzátech HeLa.“. The Journal of Biological Chemistry. 280 (46): 38117–20. doi:10,1074 / jbc.C500348200. PMID 16150737.
^ Creacy SD, Routh ED, Iwamoto F, Nagamine Y, Akman SA, Vaughn JP (prosinec 2008). „G4 rezolváza 1 váže jak tetramolekulární kvadruplex DNA, tak RNA s vysokou afinitou a je hlavním zdrojem tetramolekulární kvadruplexní aktivity G4-DNA a G4-RNA v lyzátech HeLa buněk“. The Journal of Biological Chemistry. 283 (50): 34626–34. doi:10,1074 / jbc.M806277200. PMC 2596407. PMID 18842585.
^ Chen MC, Murat P, Abecassis K, Ferré-D'Amaré AR, Balasubramanian S (únor 2015). „Pohledy na mechanismus G-quadruplex-odvíjení helikázy DEAH-box“. Nucleic Acids Res. 43 (4): 2223–31. doi:10.1093 / nar / gkv051. PMC 4344499. PMID 25653156.
^ Tippana R, Hwang H, Opresko PL, Bohr VA, Myong S (červenec 2016). „Zobrazování jedné molekuly odhaluje společný mechanismus sdílený helikázami s rozlišením G-quadruplex“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 113 (30): 8448–53. doi:10.1073 / pnas.1603724113. PMC 4968719. PMID 27407146.
^ Chalupníková K, Lattmann S, Selak N, Iwamoto F, Fujiki Y, Nagamine Y (prosinec 2008). „Nábor RNA helikázy RHAU k namáhání granulí prostřednictvím jedinečné domény vázající RNA“. The Journal of Biological Chemistry. 283 (50): 35186–98. doi:10,1074 / jbc.M804857200. PMC 3259895. PMID 18854321.
^ Chalupníková, Kateřina (2008). „Charakterizace funkčních domén RNA helikázy RHAU zapojených do subcelulární lokalizace a interakce RNA“ (PDF).^{[nespolehlivý lékařský zdroj? ]}

Další čtení

Nagase T, Kikuno R, Ishikawa K, Hirosawa M, Ohara O (duben 2000). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. XVII. Kompletní sekvence 100 nových cDNA klonů z mozku, které kódují velké proteiny in vitro“. Výzkum DNA. 7 (2): 143–50. doi:10.1093 / dnares / 7.2.143. PMID 10819331.
Fu JJ, Li LY, Lu GX (září 2002). "Molekulární klonování a charakterizace lidských genů DDX36 a myší Ddx36, noví členové nadrodiny boxu DEAD / H". Sheng Wu Hua Xue Yu Sheng Wu Wu Li Xue Bao Acta Biochimica et Biophysica Sinica. 34 (5): 655–61. PMID 12198572.
Tran H, Schilling M, Wirbelauer C, Hess D, Nagamine Y (leden 2004). "Usnadnění mRNA deadenylace a rozpadu na exosomem vázaný, DExH protein RHAU". Molekulární buňka. 13 (1): 101–11. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00481-7. PMID 14731398.
Brill LM, Salomon AR, Ficarro SB, Mukherji M, Stettler-Gill M, Peters EC (květen 2004). „Robustní fosfoproteomické profilování míst fosforylace tyrosinu z lidských T buněk pomocí imobilizované kovové afinitní chromatografie a tandemové hmotnostní spektrometrie“. Analytická chemie. 76 (10): 2763–72. doi:10.1021 / ac035352d. PMID 15144186.
Brown V, Brown RA, Ozinsky A, Hesselberth JR, Fields S (březen 2006). "Vazebná specificita cytoplazmatických domén receptoru podobného Toll". European Journal of Immunology. 36 (3): 742–53. doi:10.1002 / eji.200535158. PMC 2762736. PMID 16482509.
Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). „Mapování interakcí lidských proteinů a proteinů ve velkém měřítku hmotnostní spektrometrií“. Molekulární biologie systémů. 3 (1): 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.

externí odkazy

Tento článek o gen na lidský chromozom 3 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000281763 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000174953, ENSG00000281763 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000027770 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] A ^b „Entrez Gene: DHX36 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptid 36".

[pmid12782131-6] Abdelhaleem M, Maltais L, Wain H (červen 2003). "Lidské rodiny genů DDX a DHX domnělých RNA helikáz". Genomika. 81 (6): 618–22. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00049-1. PMID 12782131.

[7] Chen MC, Tippana R, Demeshkina NA, Murat P, Balasubramanian S, Myong S, Ferré-D'Amaré AR (červen 2018). „Strukturální základ rozložení G-kvadruplexu pomocí DEAH / RHA helikázy DHX36“. Příroda. 558 (7710): 465–469. doi:10.1038 / s41586-018-0209-9. PMC 6261253. PMID 29899445.

[pmid26195789-8] Heddi B, Cheong VV, Martadinata H, Phan AT (srpen 2015). „Pohledy na specifické rozpoznávání G-kvadruplexu pomocí DEAH-box helikázy RHAU: Struktura řešení komplexu peptid-kvadruplex“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 112 (31): 9608–13. doi:10.1073 / pnas.1422605112. PMC 4534227. PMID 26195789.

[9] Chen WF, Rety S, Guo HL, Dai YX, Wu WQ, Liu NN, Auguin D, Liu QW, Hou XM, Dou SX, Xi XG (březen 2018). „Pohled na molekulární mechanismy do rozvinutí G-Quadruplexu zprostředkovaného Drosophila DHX36: model založený na struktuře“. Struktura. 26 (3): 403–415.e4. doi:10.1016 / j.str.2018.01.008. PMID 29429875.

[10] Chen MC, Ferré-D'Amaré AR (15. srpna 2017). „Strukturální základ aktivity DEAH / RHA Helicase“. Krystaly. 7 (8): 253. doi:10,3390 / krystaly7080253.

[pmid16150737-11] Vaughn JP, Creacy SD, Routh ED, Joyner-Butt C, Jenkins GS, Pauli S, Nagamine Y, Akman SA (listopad 2005). „Proteinový produkt DEXH genu DHX36 je hlavním zdrojem aktivity rozkladu tetramolekulárního kvadruplexu G4-DNA v buněčných lyzátech HeLa.“. The Journal of Biological Chemistry. 280 (46): 38117–20. doi:10,1074 / jbc.C500348200. PMID 16150737.

[pmid18842585-12] Creacy SD, Routh ED, Iwamoto F, Nagamine Y, Akman SA, Vaughn JP (prosinec 2008). „G4 rezolváza 1 váže jak tetramolekulární kvadruplex DNA, tak RNA s vysokou afinitou a je hlavním zdrojem tetramolekulární kvadruplexní aktivity G4-DNA a G4-RNA v lyzátech HeLa buněk“. The Journal of Biological Chemistry. 283 (50): 34626–34. doi:10,1074 / jbc.M806277200. PMC 2596407. PMID 18842585.

[pmid25653156-13] Chen MC, Murat P, Abecassis K, Ferré-D'Amaré AR, Balasubramanian S (únor 2015). „Pohledy na mechanismus G-quadruplex-odvíjení helikázy DEAH-box“. Nucleic Acids Res. 43 (4): 2223–31. doi:10.1093 / nar / gkv051. PMC 4344499. PMID 25653156.

[pmid27407146-14] Tippana R, Hwang H, Opresko PL, Bohr VA, Myong S (červenec 2016). „Zobrazování jedné molekuly odhaluje společný mechanismus sdílený helikázami s rozlišením G-quadruplex“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 113 (30): 8448–53. doi:10.1073 / pnas.1603724113. PMC 4968719. PMID 27407146.

[pmid18854321-15] Chalupníková K, Lattmann S, Selak N, Iwamoto F, Fujiki Y, Nagamine Y (prosinec 2008). „Nábor RNA helikázy RHAU k namáhání granulí prostřednictvím jedinečné domény vázající RNA“. The Journal of Biological Chemistry. 283 (50): 35186–98. doi:10,1074 / jbc.M804857200. PMC 3259895. PMID 18854321.

[16] Chalupníková, Kateřina (2008). „Charakterizace funkčních domén RNA helikázy RHAU zapojených do subcelulární lokalizace a interakce RNA“ (PDF).^{[nespolehlivý lékařský zdroj? ]}

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

Enzymy
Aktivita	Aktivní stránky Závazný web Katalytická triáda Oxyanionový otvor Enzymová promiskuita Katalyticky dokonalý enzym Koenzym Kofaktor Enzymatická katalýza
Nařízení	Alosterická regulace Spolupráce Inhibitor enzymu Aktivátor enzymu
Klasifikace	EC číslo Nadčeleď enzymů Rodina enzymů Seznam enzymů
Kinetika	Kinetika enzymů Eadie – Hofsteeův diagram Hanes – Woolfův děj Lineweaver – Burkův graf Kinetika Michaelis – Menten
Typy	EC1 Oxidoreduktázy (seznam ) EC2 Transferázy (seznam ) EC3 Hydrolázy (seznam ) EC4 Lyázy (seznam ) EC5 Izomerázy (seznam ) EC6 Ligázy (seznam ) EC7 Translocases (seznam )