Malá nukleolární RNA sR8 - Small nucleolar RNA sR8

sR8
SR8.png
konsenzuální sekvence sR8
Identifikátory
SymbolsR8
RfamRF01311
Další údaje
RNA typsnoRNA; CD-box
DoménySulfolobaceae, Thermococcaceae
PDB strukturPDBe

Malá nukleolární RNA sR8 je nekódující RNA patřící k C / D box třída snoRNA. sR8, spolu s dalšími C / D box snoRNA, provádí 2′-Ó-methylace z ribóza na cílovém řetězci ribozomální RNA.[1][2] Cílení je dosaženo prostřednictvím komponent C a D boxu, což jsou krátké úseky konzervované sekvence, stejně jako boxy C '/ D' (vnitřní ekvivalenty boxů C a D). Tyto sekvence základní pár s nukleotidy v cílové rRNA k nasměrování jejich methylace.[3]

sR8 RNA působí vedle proteinových složek v a ribonukleoprotein (RNP) komplex. sR8 je schopen řídit methylaci cílů nalezených uvnitř strukturovaných kmenové smyčky, což znamená, že součást komplexu je schopna takové struktury uvolnit.[3]

Jako modelový systém

sR8 je považován za „model“[3] C / D box sRNA a byla použita v několika experimentech zkoumajících povahu C / D box sRNA a ribonukleoproteinových komplexů.[4][5] To je zvláště užitečné ve studiích, protože RNP může být zcela konstruován in vitro.[3]

RNA sR8 z hypertermofil Methanocaldococcus jannaschii byl použit k objasnění 3 dimenzionální struktura C / D boxu RNP.[6] Neočekávaně bylo zjištěno, že struktura je dimerní, přičemž dvě molekuly RNA se vážou s několika proteiny ve stejném komplexu.[6][7]

Reference

  1. ^ Galardi, S .; Fatica, A .; Bachi, A .; Scaloni, A .; Presutti, C .; Bozzoni, I. (říjen 2002). „Purifikovaný box C / D snoRNP je schopen reprodukovat 2'-O-methylaci cílové RNA specifické pro konkrétní místo in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (19): 6663–6668. doi:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. PMC  134041. PMID  12215523.
  2. ^ Kiss-Laszlo, Z; Henry Y; Bachellerie JP; Caizergues-Ferrer M; Polibek T (1996). „Site-specific ribose methylation of preribosomal RNA: a new function for small nucleolar RNAs“. Buňka. 85 (7): 1077–1088. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81308-2. PMID  8674114.
  3. ^ A b C d Appel CD, Maxwell ES (červen 2007). "Strukturální rysy průvodce: cílový RNA duplex vyžadovaný pro archaeal box C / D sRNA naváděný nukleotid 2'-O-methylace". RNA. 13 (6): 899–911. doi:10,1261 / rna.517307. PMC  1869030. PMID  17438123.
  4. ^ Tran, E .; Zhang, X .; Lackey, L .; Maxwell, E. S. (2005). „Pro účinnou 2'-O-methylaci cílových RNA je vyžadován zachovaný odstup mezi boxem C / D a C '/ D' RNP komplexu archaealního boxu C / D sRNP.“. RNA. 11 (3): 285–293. doi:10,1261 / rna.7223405. PMC  1370718. PMID  15661846.
  5. ^ Rashid R, Aittaleb M, Chen Q, Spiegel K, Demeler B, Li H (říjen 2003). "Funkční požadavek na symetrické sestavení archaeal boxu C / D malých ribonukleoproteinových částic". J. Mol. Biol. 333 (2): 295–306. doi:10.1016 / j.jmb.2003.08.012. PMID  14529617.
  6. ^ A b Bleichert F, Gagnon KT, Brown BA a kol. (Září 2009). "Dimerní struktura pro archaeal box C / D malé ribonukleoproteiny". Věda. 325 (5946): 1384–7. doi:10.1126 / science.1176099. PMC  2975540. PMID  19745151.
  7. ^ „Studie odhaluje neočekávanou starověkou buněčnou strukturu“. PhysOrg.com.

externí odkazy