Malá nukleolární RNA SNORD34 - Small nucleolar RNA SNORD34

Malá nukleolární RNA SNORD34
RF00147.jpg
Identifikátory
SymbolSNORD34
Alt. SymbolyU34
RfamRF00147
Další údaje
RNA typGen; snRNA; snoRNA; CD-box
DoményEukaryota
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000593
PDB strukturPDBe

snoRNA U34 (také známý jako SNORD34) je nekódující RNA (ncRNA) molekula, která funguje při modifikaci jiné malé jaderné RNA (snRNA). Tento typ modifikující RNA se obvykle nachází v jádro eukaryotické buňky, která je hlavním místem biogeneze snRNA. Je znám jako malá nukleolární RNA (snoRNA) a také se často označuje jako vodicí RNA.

snoRNA U34 patří do C / D box třída snoRNA, které obsahují konzervované sekvenční motivy známé jako C box (UGAUGA) a D box (CUGA). Většina členů rodiny box / C / D funguje při směrování 2'-O- pro konkrétní webmethylace substrátových RNA.[1]

snoRNA U34 byla původně charakterizována výpočtovým screeningem a v lidském genomu je kódována v intronu 5 genu pro ribozomální protein L13a.[2] Předpokládá se, že U34 řídí místně specifickou 2'-O-methylaci 25S rRNA. Neobvykle pro snoRNA, i když výběr cílového nukleotidu vyžaduje antisense prvek a konzervovaný rámeček D nebo D 'snoRNA, v případě U34 snoRNP se předpokládá, že aktivita methyltransferázy spočívá v jedné z proteinových složek.[1] U34 snoRNA má homology u myší, Arabidopsis (anotováno jako snoR4) a v několika kopiích v rýži (alternativně pojmenované snoZ181).[3]

Reference

  1. ^ A b Galardi, S .; Fatica, A .; Bachi, A .; Scaloni, A .; Presutti, C .; Bozzoni, I. (říjen 2002). „Purifikovaný box C / D snoRNP je schopen reprodukovat 2'-O-methylaci cílové RNA specifické pro konkrétní místo in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (19): 6663–6668. doi:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. PMC  134041. PMID  12215523.
  2. ^ Nicoloso M, Qu LH, Michot B, Bachellerie JP (1996). „Intronem kódovaná, antisense malá nukleolární RNA: charakterizace devíti nových druhů ukazuje na jejich přímou roli jako vodítka pro methylaci 2R-O-ribózy rRNA“. J. Mol. Biol. 260 (2): 178–95. doi:10.1006 / jmbi.1996.0391. PMID  8764399.
  3. ^ Chen CL, Liang D, Zhou H, Zhuo M, Chen YQ, Qu LH (2003). „Vysoká rozmanitost snoRNA v rostlinách: identifikace a srovnávací studie 120 genů snoRNA z Oryza sativa“. Nucleic Acids Res. 31 (10): 2601–13. doi:10,1093 / nar / gkg373. PMC  156054. PMID  12736310.

externí odkazy