Malá nukleolární RNA SNORD15 - Small nucleolar RNA SNORD15

Malá nukleolární RNA SNORD15
RF00067.jpg
Identifikátory
Symbol15. SNORD
Alt. SymbolyU15
RfamRF00067
Další údaje
RNA typGen; snRNA; snoRNA; CD-box
DoményEukaryota
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000593
PDB strukturPDBe

15. SNORD (také známý jako U15) je nekódující RNA (ncRNA) molekula, která funguje při modifikaci jiné malé jaderné RNA (snRNA). Tento typ modifikující RNA se obvykle nachází v jádro eukaryotické buňky, která je hlavním místem biogeneze snRNA. Je znám jako malá nukleolární RNA (snoRNA) a také se často označuje jako vodicí RNA.

U15 patří do C / D box třída snoRNA, které obsahují konzervované sekvenční motivy známé jako C box (UGAUGA) a D box (CUGA). Většina členů rodiny box / C / D funguje při směrování 2'-O- pro konkrétní webmethylace substrátových RNA.[1] Předpokládá se, že U15 vede methylaci 2'O-ribózy 28S ribozomální RNA (rRNA) zbytku A3764.[2][3]

U lidí existují dvě úzce související kopie snoRNA U15 (nazývané SNORD15A a SNORD15B). Oba jsou kódovány v intronech ribozomální protein S3.[4] v Xenopus laevis nachází se uvnitř intronů ribozomální protein S1 [5]

snoR75 od Arabidopsis thaliana[6] a homology v rýži Oryza sativa a další rostliny jsou alternativně známé jako U15 a navzdory výrazně kratší délce sekvence se zdají být příbuzné.[7]

Reference

  1. ^ Galardi, S .; Fatica, A .; Bachi, A .; Scaloni, A .; Presutti, C .; Bozzoni, I. (říjen 2002). „Purifikovaný box C / D snoRNP je schopen reprodukovat 2'-O-methylaci cílové RNA specifické pro konkrétní místo in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (19): 6663–6668. doi:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. PMC  134041. PMID  12215523.
  2. ^ Kiss-László Z, Henry Y, Bachellerie JP, Caizergues-Ferrer M, Kiss T (1996). „Site-specific ribose methylation of preribosomal RNA: a new function for small nucleolar RNAs“. Buňka. 85 (7): 1077–88. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81308-2. PMID  8674114.
  3. ^ Lestrade, Laurent; Weber, Michel J. (2006). „snoRNA-LBME-db, komplexní databáze lidských H / ACA a C / D box snoRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Dodatek 1: Vydání databáze): D158 – D162. CiteSeerX  10.1.1.105.7552. doi:10.1093 / nar / gkj002. PMC  1347365. PMID  16381836.
  4. ^ Tycowski KT, Shu MD, Steitz JA (1993). „Malá nukleolární RNA je zpracována z intronu lidského genu kódujícího ribozomální protein S3“. Genes Dev. 7 (7A): 1176–90. doi:10,1101 / gad.7.7a.1176. PMID  8319909.
  5. ^ Pellizzoni L, Crosio C, Campioni N, Loreni F, Pierandrei-Amaldi P (1994). „Různé formy snoRNA U15 jsou kódovány v intronech genu S1 ribozomálního proteinu Xenopus laevis.“. Nucleic Acids Res. 22 (22): 4607–13. doi:10.1093 / nar / 22.22.4607. PMC  308507. PMID  7984408.
  6. ^ Barneche F, Gaspin C, Guyot R, Echeverría M (2001). „Identifikace 66 box C / D snoRNA v Arabidopsis thaliana: rozsáhlé duplikace genů generovaly mnohočetné izoformy předpovídající nová ribozomální RNA 2'-O-methylační místa“. J. Mol. Biol. 311 (1): 57–73. doi:10.1006 / jmbi.2001.4851. PMID  11469857.
  7. ^ Brown JW, Echeverria M, Qu LH a kol. (2003). "Plant snoRNA database". Nucleic Acids Res. 31 (1): 432–5. doi:10.1093 / nar / gkg009. PMC  165456. PMID  12520043.

externí odkazy