Malá nukleolární RNA SNORD18 - Small nucleolar RNA SNORD18

Malá nukleolární RNA SNORD18
RF00093.jpg
Identifikátory
SymbolSNORD18
Alt. SymbolyU18
RfamRF00093
Další údaje
RNA typGen; snRNA; snoRNA; CD-box
DoményEukaryota
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000593
PDB strukturPDBe

SNORD18 (také známý jako U18) je nekódující RNA (ncRNA) molekula, která funguje při modifikaci jiné malé jaderné RNA (snRNA). Tento typ modifikující RNA se obvykle nachází v jádro eukaryotické buňky, která je hlavním místem biogeneze snRNA. Je znám jako malá nukleolární RNA (snoRNA) a také se často označuje jako vodicí RNA.

U18 patří do C / D box třída snoRNA, které obsahují konzervované sekvenční motivy známé jako C box (UGAUGA) a D box (CUGA). Většina členů rodiny box / C / D funguje při směrování 2'-O- pro konkrétní webmethylace substrátových RNA.[1]

U lidí a Xenopus laevis jsou zakódovány tři úzce související kopie U18 (nazývané U18A, U18B, U18C) introny ribozomálního proteinu L1.[2] V kvasinkách se U18 nachází v intronech elongačního faktoru 1 beta (EF1-beta). Související snoRNA v Arabidopsis thaliana a rýže Oryza sativa byly pojmenovány R63 a Z106. Faktory podílející se na zpracování intronové snoRNA byly nedávno objasněny.[3]

Reference

  1. ^ Galardi, S .; Fatica, A .; Bachi, A .; Scaloni, A .; Presutti, C .; Bozzoni, I. (říjen 2002). „Purifikovaný box C / D snoRNP je schopen reprodukovat 2'-O-methylaci cílové RNA specifické pro konkrétní místo in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (19): 6663–6668. doi:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. PMC  134041. PMID  12215523.
  2. ^ Prislei S, Michienzi A, Presutti C, Fragapane P, Bozzoni I (1993). „Dvě různé snoRNA jsou kódovány v intronech genů ribozomálních proteinů obojživelníků a lidských L1“. Nucleic Acids Res. 21 (25): 5824–30. doi:10.1093 / nar / 21.25.5824. PMC  310460. PMID  7507233.
  3. ^ Giorgi C, Fatica A, Nagel R, Bozzoni I (2001). „Uvolnění snoRNA U18 z intronu hostitele vyžaduje interakci Nop1p s endonukleázou Rnt1p“. EMBO J.. 20 (23): 6856–65. doi:10.1093 / emboj / 20.23.6856. PMC  125767. PMID  11726521.

externí odkazy