Malá nukleolární RNA SNORD115 - Small nucleolar RNA SNORD115
| Malá nukleolární RNA SNORD115 | |
|---|---|
 Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence SNORD115 | |
| Identifikátory | |
| Symbol | SNORD115 |
| Alt. Symboly | snoHBII-52; HBII-52 |
| Rfam | RF00105 |
| Další údaje | |
| RNA typ | Gen; snRNA; snoRNA; CD-box |
| Domény | Eukaryota |
| JÍT | GO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO: |
| TAK | SO: 0000593 |
| PDB struktur | PDBe |
SNORD115 (také známý jako HBII-52) je nekódující RNA (ncRNA) molekula známá jako a malá nukleolární RNA který obvykle funguje při vedení modifikace jiných nekódující RNA. Tento typ modifikující RNA se obvykle nachází v jádro eukaryotické buňky, která je hlavním místem biogeneze snRNA. HBII-52 se týká lidského genu, zatímco RBII-52 se používá pro krysí gen a MBII-52 se používá pro pojmenování myšího genu.
HBII-52 patří k C / D box třída snoRNA, která obsahuje konzervovaná sekvence motivy známé jako C box (UGAUGA) a D box (CUGA). Většina členů rodiny box / C / D funguje při směrování 2'-O- pro konkrétní webmethylace substrátových RNA.[1]
V lidském genomu je HBII-52 kódován v tandemově opakovaném poli s další C / D box snoRNA, HBII-85 (SNORD116), v Prader-Williho syndrom (PWS) region chromozom 15.[2] Nicméně, a mikrodelece v jedné rodině klastru snoRNA HBII-52 ji vyloučil z hraní hlavní role v nemoci.[3] HBII-52 se nachází ve 47 tandemech poblíž identických kopií na lidském chromozomu 15q11-13. Toto místo je vytištěno mateřsky, což znamená, že je přepsána pouze otcovská kopie místa. HBII-52 je exprimován výhradně v mozku, ale chybí u pacientů s PWS. HBII-52 postrádá jakoukoli významnou komplementaritu s ribozomální RNA, ale má 18 nukleotid oblast konzervované komplementarity k receptor serotoninu 2C mRNA.[4] Receptor serotoninu 2C je také exprimován v mozku. Ukázalo se, že tato snoRNA se pravděpodobně váže na umlčující prvek exonu Vb, čímž zvyšuje jeho inkluzi a produkci funkční sestřihu receptoru serotoninu 2C.
Chromozomální lokus obsahující genový shluk SNORD115 byl u mnoha jedinců duplikován autistické rysy.[5][6] Model myši navržený tak, aby měl duplikaci klastru SNORD115, zobrazuje chování podobné autismu.[7]
Existují důkazy, že zkrácená forma MBII-52 (SNORD115 nalezená u myší) reguluje alternativní sestřih genů kódujících proteiny DPM2, TAF1, RALGPS1, PBRM1, a CRHR1.[8]
Reference
- ^ Galardi, S .; Fatica, A .; Bachi, A .; Scaloni, A .; Presutti, C .; Bozzoni, I. (říjen 2002). „Purifikovaný box C / D snoRNP je schopen reprodukovat 2'-O-methylaci cílové RNA specifické pro konkrétní místo in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (19): 6663–6668. doi:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. PMC 134041. PMID 12215523.
- ^ Cavaillé J, Buiting K, Kiefmann M a kol. (2000). „Identifikace mozkových specifických a otištěných malých nukleolárních genů RNA vykazujících neobvyklou genomovou organizaci“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 97 (26): 14311–6. Bibcode:2000PNAS ... 9714311C. doi:10.1073 / pnas.250426397. PMC 18915. PMID 11106375.
- ^ Runte M, Varon R, Horn D, Horsthemke B, Buiting K (2005). „Vyloučení shluku genů snoRNA boxu C / D HBII-52 z hlavní role v Prader-Williho syndromu“. Hum Genet. 116 (3): 228–30. doi:10.1007 / s00439-004-1219-2. PMID 15565282.
- ^ Kishore S, Stamm S (leden 2006). „SnoRNA HBII-52 reguluje alternativní sestřih serotoninového receptoru 2C“. Věda. 311 (5758): 230–2. Bibcode:2006Sci ... 311..230K. doi:10.1126 / science.1118265. PMID 16357227.
- ^ Bolton PF, Veltman MW, Weisblatt E a kol. (Září 2004). „Abnormality chromozomu 15q11-13 a další zdravotní stavy u jedinců s poruchami autistického spektra“. Psychiatr. Genet. 14 (3): 131–7. doi:10.1097/00041444-200409000-00002. PMID 15318025.
- ^ Cook EH, Scherer SW (říjen 2008). "Varianty počtu kopií spojené s neuropsychiatrickými stavy". Příroda. 455 (7215): 919–23. Bibcode:2008Natur.455..919C. doi:10.1038 / nature07458. PMID 18923514.
- ^ Nakatani J, Tamada K, Hatanaka F a kol. (Červen 2009). "Abnormální chování v modelu myši s chromozomovým inženýrstvím pro lidskou duplikaci 15q11-13 pozorováno u autismu". Buňka. 137 (7): 1235–46. doi:10.1016 / j.cell.2009.04.024. PMC 3710970. PMID 19563756.
- ^ Kishore S, Khanna A, Zhang Z, Hui J, Balwierz PJ, Stefan M, Beach C, Nicholls RD, Zavolan M, Stamm S (2010). „SnoRNA MBII-52 (SNORD 115) je zpracována na menší RNA a reguluje alternativní sestřih“. Hum Mol Genet. 19 (7): 1153–64. doi:10,1093 / hmg / ddp585. PMC 2838533. PMID 20053671.