Malá nukleolární RNA SNORD102 - Small nucleolar RNA SNORD102

Malá nukleolární RNA SNORD102
RF00187.jpg
Identifikátory
SymbolSNORD102
Alt. SymbolyU102
RfamRF00187
Další údaje
RNA typGen; snRNA; snoRNA; CD-box
DoményEukaryota
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000593
PDB strukturPDBe

snoRNA U102 (také známý jako SNORD102) je nekódující RNA (ncRNA) molekula, která funguje při modifikaci jiné malé jaderné RNA (snRNA). Tento typ modifikující RNA se obvykle nachází v jádro eukaryotické buňky, která je hlavním místem biogeneze snRNA. Je znám jako malá nukleolární RNA (snoRNA) a také se často označuje jako vodicí RNA.

snoRNA U102 patří do C / D box třída snoRNA, které obsahují konzervované sekvenční motivy známé jako C box (UGAUGA) a D box (CUGA). Většina členů rodiny box / C / D funguje při směrování 2'-O- pro konkrétní webmethylace substrátových RNA.[1]

U102 byl identifikován výpočtovým screeningem intronů ribozomální protein geny pro konzervované motivy sekvence boxu C / D a exprese experimentálně ověřena Northern blot.[2] Nachází se v intronu 2 genu pro ribozomální protein L21. The H / ACA box snoRNA ACA27 se nachází ve stejném hostitelském genu v jiném intronu.[3]

Předpokládá se, že U102 vede methylaci 2'O-ribózy 28S ribozomální RNA (rRNA) zbytku G4020.[3]

Reference

  1. ^ Galardi, S .; Fatica, A .; Bachi, A .; Scaloni, A .; Presutti, C .; Bozzoni, I. (říjen 2002). „Purifikovaný box C / D snoRNP je schopen reprodukovat 2'-O-methylaci cílové RNA specifické pro konkrétní místo in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (19): 6663–6668. doi:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. PMC  134041. PMID  12215523.
  2. ^ Vitali P, Royo H, Seitz H, Bachellerie JP, Hüttenhofer A, Cavaillé J (2003). „Identifikace 13 nových RNA pro lidské úpravy průvodce“. Nucleic Acids Res. 31 (22): 6543–51. doi:10.1093 / nar / gkg849. PMC  275545. PMID  14602913.
  3. ^ A b Lestrade, Laurent; Weber, Michel J. (2006). „snoRNA-LBME-db, komplexní databáze lidských H / ACA a C / D box snoRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Dodatek 1: Vydání databáze): D158 – D162. CiteSeerX  10.1.1.105.7552. doi:10.1093 / nar / gkj002. PMC  1347365. PMID  16381836.

externí odkazy