Malá nukleolární RNA U3 - Small nucleolar RNA U3

U3
Sekundární struktura metazoanu U3.png
Sekundární struktura a zachování sekvence RNA metazoanu U3
Identifikátory
SymbolU3
Alt. SymbolyRNU3P2,
RfamRF00012
NCBI Gene26844
HGNC10176
OMIM180710
Další údaje
RNA typsnoRNA
DoményEukaryota;
PDB strukturPDBe

U3 snoRNA je nekódující RNA nalezené převážně v jádro.U3 má C / D motivy krabičky které ho technicky činí členem třídy C / D krabice snoRNA; na rozdíl od jiných snoRNA boxu C / D však nebylo prokázáno, že směruje 2'-Ó-methylace U RNA se spíše předpokládá, že vede k místně specifickému štěpení ribozomální RNA (rRNA) během zpracování pre-rRNA.[1]

Prvek box C / D je podmnožinou šesti prvků krátké sekvence nalezených ve všech snoRNA U3, konkrétně boxů A, A ', B, C, C' a D.[2] U3 snoRNA sekundární struktura se vyznačuje malým 5' doména (s rámečky A a A ') a větší 3' doména (s rámečky B, C, C 'a D), přičemž tyto dvě domény jsou spojeny jednořetězcovým závěsem. Krabice B a C tvoří motiv B / C, který se jeví jako výlučný pro snoRNA U3, a krabice C 'a D tvoří motiv C' / D. Ten je funkčně podobný C / D motivům nalezeným v jiných snoRNA. 5 'doména a pantová oblast působí jako doména vázající pre-rRNA. 3 'doména má konzervovaná vazebná místa pro proteiny. Oba motivy box B / C a box C '/ D jsou dostatečné pro jadernou retenci U3 snoRNA. Motiv box C '/ D je také nezbytný pro nukleolární lokalizaci, stabilitu a hypermethylaci U3 snoRNA.[3] Oba motivy rámečku B / C a C '/ D jsou specifické protein interakce a jsou nezbytné pro rRNA zpracování funkcí U3 snoRNA.

Druhově specifické modely sekundární struktury

S. cerevisiae sekundární struktura určená chemickým mapováním U3A RNA ve vyčištěném snoRNP je k dispozici.[4] A člověk byl rovněž navržen model struktury.[5] Stejně jako kvasinky a lidé, protozoální protist Entamoeba histolytica: primitivní eukaryot přijal stejnou konzervovanou sekundární strukturu U3 snoRNA.[6] Čtyři struktury konsensu specifické pro metazoa, houby, rostliny a bazální eukaryoty.[7]

Viz také

Reference

  1. ^ Cléry, A .; Senty-Ségault, V .; Leclerc, F .; Raué, A .; Branlant, C. (únor 2007). "Analýza sekvence a strukturních znaků, které identifikují B / C motiv U3 malé nukleolární RNA jako rozpoznávací místo pro proteinový pár Snu13p-Rrp9p". Molekulární a buněčná biologie. 27 (4): 1191–1206. doi:10.1128 / MCB.01287-06. ISSN  0270-7306. PMC  1800722. PMID  17145781.
  2. ^ Zwieb, C (1997). „Databáze uRNA“. Nucleic Acids Res. 25 (1): 102–103. doi:10.1093 / nar / 25.1.102. PMC  146409. PMID  9016512.
  3. ^ Speckmann, W; Narayanan A; Rybáci R; Terns MP (1999). „Nukleární retenční prvky malé nukleolární RNA U3“. Mol Cell Biol. 19 (12): 8412–8421. doi:10.1128 / MCB.19.12.8412. PMC  84939. PMID  10567566.
  4. ^ Méreau A, Fournier R, Grégoire A a kol. (Říjen 1997). „In vivo a in vitro analýza struktury a funkce Saccharomyces cerevisiae U3A snoRNP: kontakty protein-RNA a interakce párů bází s pre-ribozomální RNA“. J. Mol. Biol. 273 (3): 552–71. doi:10.1006 / jmbi.1997.1320. PMID  9356246.
  5. ^ Granneman S, Vogelzangs J, Lührmann R, van Venrooij WJ, Pruijn GJ, Watkins NJ (říjen 2004). „Role párování bází pre-rRNA a tvorba komplexu 80S v subnukleolární lokalizaci snoRNP U3“. Mol. Buňka. Biol. 24 (19): 8600–10. doi:10.1128 / MCB.24.19.8600-8610.2004. PMC  516741. PMID  15367679.
  6. ^ Srivastava A, Ahamad J, Ray AK, Kaur D, Bhattacharya A, Bhattacharya S (2014). Analýza U3 snoRNA a malých procesních komponent podjednotky v parazitickém protistovi Entamoeba histolytica. Mol Biochem Parasitol. 193 (2): 82-92. doi: 10.1016 / j.molbiopara.2014.03.001. EPUB 2014 12. března
  7. ^ Marz M, Stadler PF (2009). "Srovnávací analýza eukaryotické U3 snoRNA". RNA Biol. 6 (5): 503–7. CiteSeerX  10.1.1.380.4189. doi:10,4161 / rna.6.5.9607. PMID  19875933.

externí odkazy