Malá nukleolární RNA SNORD88 - Small nucleolar RNA SNORD88

Malá nukleolární RNA SNORD88
RF00604.jpg
Identifikátory
SymbolSNORD88
RfamRF00604
Další údaje
RNA typGen; snRNA; snoRNA; C / D-box
DoményEukaryota
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000593
PDB strukturPDBe

Malá nukleolární RNA SNORD88 (také známý jako HBII-180) je a nekódující RNA (ncRNA) molekula, která funguje v biogenezi (modifikaci) jiné malé jaderné RNA (snRNA). Tento typ modifikující RNA se nachází v jádro eukaryotické buňky, která je hlavním místem biogeneze snRNA. Je znám jako malá nukleolární RNA (snoRNA) a také se často označuje jako vodicí RNA.

SNORD88 patří do C / D box třída snoRNA obsahující motivy C (UGAUGA) a D (CUGA). Většina členů rodiny C / D boxů pracuje při směrování 2′-O- pro konkrétní webmethylace substrátových RNA.[1]Tato snoRNA je člověk ortolog myší snoRNA MBII-180.[2] SNORD88 také souvisí s myší snoRNA MBII-211. Předpokládá se, že SNORD88 vede methylaci 2'O-ribózy 28S ribozomální RNA (rRNA) zbytek C3680.[3]

Existují důkazy, že SNORD88 je zpracován na menší fragmenty podobným způsobem jako a mikroRNA a může potlačit expresi proteinu.[4][5]

Reference

  1. ^ Galardi S, Fatica A, Bachi A, Scaloni A, Presutti C, Bozzoni I (říjen 2002). „Purifikovaný box C / D snoRNP je schopen reprodukovat místně specifickou 2′-O-methylaci cílové RNA in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (19): 6663–6668. doi:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. PMC  134041. PMID  12215523.
  2. ^ Hüttenhofer A, Kiefmann M, Meier-Ewert S, O'Brien J, Lehrach H, Bachellerie JP, Brosius J (červen 2001). „RNomics: experimentální přístup, který identifikuje 201 kandidátů na nové malé RNA bez poselství u myší“. Časopis EMBO. 20 (11): 2943–2953. doi:10.1093 / emboj / 20.11.2943. PMC  125495. PMID  11387227.
  3. ^ Lestrade L, Weber MJ (leden 2006). „snoRNA-LBME-db, komplexní databáze lidských H / ACA a C / D box snoRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D158–162. CiteSeerX  10.1.1.105.7552. doi:10.1093 / nar / gkj002. PMC  1347365. PMID  16381836.
  4. ^ Ono M, Yamada K, Avolio F, Scott MS, van Koningsbruggen S, Barton GJ, Lamond AI (květen 2010). „Analýza lidských malých nukleolárních RNA (snoRNA) a vývoj modulátoru snoRNA genových expresních vektorů“. Molekulární biologie buňky. 21 (9): 1569–1584. doi:10,1091 / mbc.E10-01-0078. PMC  2861615. PMID  20219969.
  5. ^ Ono M, Scott MS, Yamada K, Avolio F, Barton GJ, Lamond AI (květen 2011). "Identifikace lidských prekurzorů miRNA, které se podobají box C / D snoRNA". Výzkum nukleových kyselin. 39 (9): 3879–3891. doi:10.1093 / nar / gkq1355. PMC  3089480. PMID  21247878.

externí odkazy