Malá nukleolární RNA SNORD42 - Small nucleolar RNA SNORD42

Malá nukleolární RNA SNORD42
RF00150.jpg
Identifikátory
SymbolSNORD42
Alt. SymbolyU42
RfamRF00150
Další údaje
RNA typGen; snRNA; snoRNA; CD-box
DoményEukaryota
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000593
PDB strukturPDBe

snoRNA U42 (také známý jako SNORD42) je nekódující RNA (ncRNA) molekula, která funguje při modifikaci jiné malé jaderné RNA (snRNA). Tento typ modifikující RNA se obvykle nachází v jádro eukaryotické buňky, která je hlavním místem biogeneze snRNA. Je znám jako malá nukleolární RNA (snoRNA) a také se často označuje jako vodicí RNA.

snoRNA U42 patří do C / D box třída snoRNA, které obsahují konzervované sekvenční motivy známé jako C box (UGAUGA) a D box (CUGA). Většina členů rodiny box / C / D funguje při směrování místně specifického 2'-O-methylace substrátových RNA.[1][2]

V lidském genomu jsou dvě blízce příbuzné kopie U42 (nazývané U42A a U42B), obě umístěné uvnitř introny z ribozomální protein Gen L23a (RPL23a). Předpokládá se, že obě snoRNA budou řídit místně specifickou methylaci 2'O-ribózy 18S ribozomální RNA (rRNA) zbytek U116.[3]Myš ortolog (MBII-287) byla také identifikována.[4]

Reference

  1. ^ Galardi S, Fatica A, Bachi A, Scaloni A, Presutti C, Bozzoni I (říjen 2002). „Purifikovaný box C / D snoRNP je schopen reprodukovat místně specifickou 2'-O-methylaci cílové RNA in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (19): 6663–8. doi:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. PMC  134041. PMID  12215523.
  2. ^ Kiss T (duben 2002). „Malé nukleolární RNA: hojná skupina nekódujících RNA s různými buněčnými funkcemi“. Buňka. 109 (2): 145–8. doi:10.1016 / S0092-8674 (02) 00718-3. PMID  12007400.
  3. ^ Lestrade L, Weber MJ (leden 2006). „snoRNA-LBME-db, komplexní databáze lidských H / ACA a C / D box snoRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D158-62. CiteSeerX  10.1.1.105.7552. doi:10.1093 / nar / gkj002. PMC  1347365. PMID  16381836.
  4. ^ Hüttenhofer A, Kiefmann M, Meier-Ewert S, O'Brien J, Lehrach H, Bachellerie JP, Brosius J (červen 2001). „RNomics: experimentální přístup, který identifikuje 201 kandidátů na nové malé RNA bez poselství u myší“. Časopis EMBO. 20 (11): 2943–53. doi:10.1093 / emboj / 20.11.2943. PMC  125495. PMID  11387227.

externí odkazy