Malá nukleolární RNA SNORD43 - Small nucleolar RNA SNORD43

Malá nukleolární RNA SNORD43
RF00221.jpg
Identifikátory
Symbol43. SNORD
Alt. SymbolyU43
RfamRF00221
Další údaje
RNA typGen; snRNA; snoRNA; CD-box
DoményEukaryota
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000593
PDB strukturPDBe

snoRNA U43 (také známý jako 43. SNORD) je nekódující RNA (ncRNA) molekula, která funguje při modifikaci jiné malé jaderné RNA (snRNA). Tento typ modifikující RNA se obvykle nachází v jádro eukaryotické buňky, která je hlavním místem biogeneze snRNA. Je znám jako malá nukleolární RNA (snoRNA) a také se často označuje jako vodicí RNA.

snoRNA U43 patří do C / D box třída snoRNA, které obsahují konzervované sekvenční motivy známé jako C box (UGAUGA) a D box (CUGA). Většina členů rodiny box / C / D funguje při směrování 2'-O- pro konkrétní webmethylace substrátových RNA.[1]

U43 je zakódován intron 1 z ribozomální protein Gen L3 u člověka a krávy.[2] Tři další snoRNA (U82, U83a a U83b) jsou také kódovány ve stejném hostitelském genu, ale z různých intronů.[2] The Arabidopsis thaliana homolog se ve veřejných databázích sekvencí (Genbank) nazývá snoR41. Homolog rýže je exprimován z klastru, který také obsahuje snoR16.[3]

U43 se předpokládá, že vede methylaci 2'-O-ribózových zbytků na 18S ribozomální RNA.[3]

Reference

  1. ^ Galardi S, Fatica A, Bachi A, Scaloni A, Presutti C, Bozzoni I (říjen 2002). „Purifikovaný box C / D snoRNP je schopen reprodukovat místně specifickou 2'-O-methylaci cílové RNA in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (19): 6663–8. doi:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. PMC  134041. PMID  12215523.
  2. ^ A b Duga S, Asselta R, Malcovati M, Tenchini ML, Ronchi S, Simonic T (únor 2000). „Intron obsahující gen L3 ribozomálního proteinu (RPL3): sekvenční analýza a identifikace U43 a dvou nových intronních malých nukleolárních RNA“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - genová struktura a exprese. 1490 (3): 225–36. doi:10.1016 / S0167-4781 (99) 00237-7. PMID  10684968.
  3. ^ A b Chen CL, Liang D, Zhou H, Zhuo M, Chen YQ, Qu LH (květen 2003). „Vysoká rozmanitost snoRNA v rostlinách: identifikace a srovnávací studie 120 genů snoRNA z Oryza sativa“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (10): 2601–13. doi:10,1093 / nar / gkg373. PMC  156054. PMID  12736310.

externí odkazy