Malá nukleolární RNA SNORD82 - Small nucleolar RNA SNORD82

Malá nukleolární RNA SNORD82
RF00158.jpg
Identifikátory
SymbolSNORD82
Alt. SymbolyU82
RfamRF00158
Další údaje
RNA typGen; snRNA; snoRNA; C / D-box
DoményEukaryota
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000593
PDB strukturPDBe

snoRNA U82 (také známý jako SNORD82 nebo Z25) je nekódující RNA (ncRNA) molekula, která funguje při modifikaci jiné malé jaderné RNA (snRNA). Tento typ modifikující RNA se obvykle nachází v jádro eukaryotické buňky, která je hlavním místem biogeneze snRNA. Je znám jako malá nukleolární RNA (snoRNA) a také se často označuje jako vodicí RNA.

snoRNA U82 / Z25 patří do C / D box třída snoRNA, které obsahují konzervované sekvenční motivy známé jako C box (UGAUGA) a D box (CUGA). Většina členů rodiny box / C / D funguje při směrování 2'-O- pro konkrétní webmethylace substrátových RNA.[1]

snoRNA U82 byla identifikována u lidí i myší:[2] nachází se v pátém intron z nukleolin gen u obou druhů. Dvě další snoRNA (C / D box snoRNA U20 a H / ACA snoRNA U23) jsou také kódovány v intronech nukleolinového genu.[3]

Předpokládá se, že U82 vede methylaci 2'O-ribózy 18S ribozomální RNA (rRNA) zbytek A1678.[3]

V intronech L3 byla předpovězena další, odlišná snoRNA, pojmenovaná U82 ribozomální protein gen (RPL3) u lidí a krav.[4] Exprese této snoRNA však nemohla být potvrzena Northern blot nebo Reverzní transkripční polymerázová řetězová reakce (RT-PCR) a neměla by být zaměňována s touto snoRNA umístěnou v nukleolinovém genu.

Reference

  1. ^ Galardi S, Fatica A, Bachi A, Scaloni A, Presutti C, Bozzoni I (říjen 2002). „Purifikovaný box C / D snoRNP je schopen reprodukovat místně specifickou 2'-O-methylaci cílové RNA in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (19): 6663–8. doi:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. PMC  134041. PMID  12215523.
  2. ^ Rebane A, Metspalu A (Září 1999). „U82, nová snoRNA identifikovaná z pátého intronu lidského a myšího nukleolinového genu“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - genová struktura a exprese. 1446 (3): 426–30. doi:10.1016 / S0167-4781 (99) 00093-7. PMID  10524220.
  3. ^ A b Lestrade L, Weber MJ (leden 2006). „snoRNA-LBME-db, komplexní databáze lidských H / ACA a C / D box snoRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D158-62. CiteSeerX  10.1.1.105.7552. doi:10.1093 / nar / gkj002. PMC  1347365. PMID  16381836.
  4. ^ Duga S, Asselta R, Malcovati M, Tenchini ML, Ronchi S, Simonic T (únor 2000). „Intron obsahující gen L3 ribozomálního proteinu (RPL3): sekvenční analýza a identifikace U43 a dvou nových intronních malých nukleolárních RNA“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - genová struktura a exprese. 1490 (3): 225–36. doi:10.1016 / S0167-4781 (99) 00237-7. PMID  10684968.

externí odkazy