Methanocaldococcus jannaschii - Methanocaldococcus jannaschii
| Methanocaldococcus jannaschii | |
|---|---|
| Vědecká klasifikace | |
| Doména: | |
| Království: | |
| Kmen: | |
| Třída: | |
| Objednat: | |
| Rodina: | |
| Rod: | |
| Druh: | M. jannaschii |
| Binomické jméno | |
| Methanocaldococcus jannaschii | |
| Synonyma | |
| |
Methanocaldococcus jannaschii (dříve Methanococcus jannaschii) je termofilní methanogenní archaean ve třídě Methanokoky. Byl to první archeon, který měl celý genom seřazeno.[1] Sekvenování identifikovalo mnoho genů jedinečných pro archaea. Mnoho syntetických drah pro methanogenní kofaktory byly v tomto organismu zpracovány biochemicky,[2] stejně jako několik dalších archaeal-specifických metabolických drah.
Dějiny
Methanocaldococcus jannaschii byl izolován z podmořského hydrotermálního otvoru v Oceánografická instituce Woods Hole.[3]
Sekvenování
Methanocaldococcus jannaschii byl sekvenován skupinou v TIGR vedené Craig Venter[4] pomocí celého genomu sekvenování brokovnice. Methanocaldococcus jannaschii představoval prvního člena Archea, u kterého byl sekvenován genom. Podle Ventera jedinečné vlastnosti genomu poskytly silné důkazy, že existují tři oblasti života.[4]
Taxonomie
Methanocaldoccus jannaschii je členem rodu Methanocaldococcus (dříve součást Methanococcus ), a proto se někdy označuje jako methanogen „třídy I“ (např. [1] ).
Biologie a biochemie
Methanocaldococcus jannaschii je teplomilný methanogen, což znamená, že roste výroba metanu jako metabolického vedlejšího produktu. Je schopen růst dále oxid uhličitý a vodík jako primární zdroje energie, na rozdíl od mnoha jiných methanokoků (např Methanococcus maripalidus ), které lze také použít mravenčan jako primární zdroj energie.[3] Genom zahrnuje mnoho hydrogenázy, jako je a 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenáza,[5] A ferredoxin hydrogenáza (eha) a koenzym F420 hydrogenáza.[6]
Proteomic studie to ukázaly M. jannaschii obsahuje velké množství inteins: 19 objevila jedna studie.[7]
Bylo vyvinuto mnoho nových metabolických drah M. jannaschii, včetně cest pro syntézu mnoha methanogenních kofaktorů,[2] riboflavin,[8] a nové způsoby syntézy aminokyselin.[Citace je zapotřebí ] V tomto organismu bylo také studováno mnoho cest zpracování informací, například archaeal-specific DNA polymeráza rodina.[9] Informace o jednoprůchodové transmembránové proteiny z M. jannaschii byl sestaven v Membranomová databáze.
Reference
- ^ Carol J. Bult, Owen White, Gary J. Olsen, Lixin Zhou, Robert D. Fleischmann, Granger G. Sutton, Judith A. Blake, Lisa M. FitzGerald, Rebecca A. Clayton, Jeannine D. Gocayne, Anthony R. Kerlavage , Brian A. Dougherty, Jean-Francois Tomb, Mark D. Adams, Claudia I. Reich, Ross Overbeek, Ewen F. Kirkness, Keith G. Weinstock, Joseph M. Merrick, Anna Glodek, John L. Scott, Neil SM Geoghagen Janice F. Weidman, Joyce L. Fuhrmann, Dave Nguyen, Teresa R. Utterback, Jenny M. Kelley, Jeremy D. Peterson, Paul W. Sadow, Michael C. Hanna, Matthew D. Cotton, Kevin M. Roberts, Margaret A. Hurst, Brian P. Kaine, Mark Borodovsky, Hans-Peter Klenk, Claire M. Fraser, Hamilton O. Smith, Carl R. Woese & J. Craig Venter (1996). „Kompletní genomová sekvence methanogenního archeona, Methanococcus jannaschii". Věda. 273 (5278): 1058–1073. Bibcode:1996Sci ... 273.1058B. doi:10.1126 / science.273.5278.1058. PMID 8688087.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ A b Robert H. White (2001). "Biosyntéza methanogenních kofaktorů". Vitamíny a hormony. 61: 299–337. doi:10.1016 / s0083-6729 (01) 61010-0. PMID 11153270.
- ^ A b W. J. Jones, J. A. Leigh, F. Mayer, C. R. Woese a R. S. Wolfe (1983). "Methanococcus jannaschii sp. listopadu., extrémně termofilní methanogen z podmořského hydrotermálního otvoru “. Archiv mikrobiologie. 136 (4): 254–261. doi:10.1007 / BF00425213.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ A b Nicholas Wade (23. srpna 1996). „Hluboké moře poskytuje vodítko k původu života“. New York Times.
- ^ Erica J. Lyon, Seigo Shima, Gerrit Buurman, Shantanu Chowdhuri, Alfred Batschauer, Klaus Steinbach & Rudolf K. Thauer (leden 2004). „Inaktivace UV-A / modrého světla„ nekovové “hydrogenázy (Hmd) z methanogenní archea.“. European Journal of Biochemistry. 271 (1): 195–204. doi:10.1046 / j.1432-1033.2003.03920.x. PMID 14686932.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ Rudolf K. Thauer, Anne-Kristin Kaster, Meike Goenrich, Michael Schick, Takeshi Hiromoto & Seigo Shima (2010). „Hydrogenázy z methanogenní archea, nikl, nový kofaktor a H.2 úložný prostor". Roční přehled biochemie. 79: 507–536. doi:10.1146 / annurev.biochem.030508.152103.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ Wenhong Zhu, Claudia I. Reich, Gary J. Olsen, Carol S. Giometti a John R. Yates III (2004). "Brokovnice proteomika Methanococcus jannaschii a poznatky o methanogenezi “. Journal of Proteome Research. 3 (3): 538–548. doi:10.1021 / pr034109s. PMID 15253435.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ Ilka Haase, Simone Mörtl, Peter Köhler, Adelbert Bacher a Markus Fischer (2003). „Biosyntéza riboflavinu v Archea: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazin syntáza Methanococcus jannaschii". European Journal of Biochemistry. 270 (5): 1025–1032. doi:10.1046 / j.1432-1033.2003.03478.x. PMID 12603336.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
- ^ Yoshizumi Ishino, Kayoko Komori, Isaac K. O. Cann a Yosuke Koga (1998). „Nová rodina DNA polymeráz nalezená v Archaei“. Journal of Bacteriology. 180 (8): 2232–2236. doi:10.1128 / JB.180.8.2232-2236.1998. PMC 107154. PMID 9555910.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
Další čtení
- Gao, Yongxiang (listopad 2013). „Krystalizace a předběžná rentgenová difrakční analýza MJ0458, adenylátkinázy z Methanocaldococcus jannaschii". Acta Crystallographica oddíl F. 69: 1272–1274. doi:10.1107 / S1744309113026638. PMC 3818051. PMID 24192367.
- Wang, Yu; Xu, Huimin; White, Robert H. (srpen 2014). „Biosyntéza beta-alaninu v Methanocaldococcus jannaschii". Americká společnost pro mikrobiologii. 196: 2869–2875. doi:10.1128 / JB.01784-14. PMC 4135672. PMID 24891443.
- Allen, Kyle D .; Xu, Huimin; White, Robert H. (září 2014). „Identifikace jedinečné radikálové S-adenosylmethionin methylázy, která se pravděpodobně podílí na biosyntéze methanopterinu v Methanocaldococcus jannaschii" (PDF). Journal of Bacteriology. 196 (18): 3315–3323. doi:10.1128 / JB.01903-14. PMC 4135684. PMID 25002541.
- Lee, Eun Hye; Lee, Kitaik; Hwang, Kwang Yeon (13. prosince 2013). "Strukturální charakterizace a srovnání velkých podjednotek IPM izomerázy a homoakonitázy z Methanococcus jannaschii". Acta Crystallographica oddíl D. 70 (4): 922–931. doi:10.1107 / S1399004713033762.