Malá nukleolární RNA SNORD93 - Small nucleolar RNA SNORD93

Malá nukleolární RNA SNORD93
RF00606.jpg
Identifikátory
SymbolSNORD93
RfamRF00606
Další údaje
RNA typGen; snRNA; snoRNA; C / D-box
DoményEukaryota
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000593
PDB strukturPDBe

Malá nukleolární RNA SNORD93 (také známý jako HBII-336) je a nekódující RNA (ncRNA) molekula, která funguje v biogenezi (modifikaci) jiné malé jaderné RNA (snRNA). Tento typ modifikující RNA se nachází v jádro eukaryotické buňky, která je hlavním místem biogeneze snRNA. Je znám jako malá nukleolární RNA (snoRNA) a také se často označuje jako vodicí RNA.

SNORD93 patří do C / D box třída snoRNA, která obsahuje motivy C (UGAUGA) a D (CUGA). Většina členů rodiny box / C / D funguje při směrování 2'-O- pro konkrétní webmethylace substrátových RNA.[1] Tato snoRNA je člověk ortolog myší snoRNA MBII-336.[2]Předpokládá se, že SNORD93 vede methylaci 2'O-ribózy 18S ribozomální RNA (rRNA) zbytek A576.[3]Kromě toho lze SNORD93 zpracovat na menší fragment podobný mikroRNA (nazývaný RNA odvozená od snoRNA (sdRNA)), který přispívá k malignímu fenotypu rakoviny prsu.[4]Bylo prokázáno, že zpracovaný kus (sdRNA-93) cílí na Pipox, protein související s metabolizmem sarkosinu, jehož exprese významně koreluje s odlišnými molekulárními podtypy rakoviny prsu.

Reference

  1. ^ Galardi S, Fatica A, Bachi A, Scaloni A, Presutti C, Bozzoni I (říjen 2002). „Purifikovaný box C / D snoRNP je schopen reprodukovat místně specifickou 2'-O-methylaci cílové RNA in vitro“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (19): 6663–8. doi:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. PMC  134041. PMID  12215523.
  2. ^ Hüttenhofer A, Kiefmann M, Meier-Ewert S, O'Brien J, Lehrach H, Bachellerie JP, Brosius J (červen 2001). „RNomics: experimentální přístup, který identifikuje 201 kandidátů na nové malé RNA bez poselství u myší“. Časopis EMBO. 20 (11): 2943–53. doi:10.1093 / emboj / 20.11.2943. PMC  125495. PMID  11387227.
  3. ^ Lestrade L, Weber MJ (leden 2006). „snoRNA-LBME-db, komplexní databáze lidských H / ACA a C / D box snoRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D158-62. CiteSeerX  10.1.1.105.7552. doi:10.1093 / nar / gkj002. PMC  1347365. PMID  16381836.
  4. ^ Patterson DG, Roberts JT, King VM, Houserova D, Barnhill EC, Crucello A, Polska CJ, Brantley LW, Kaufman GC, Nguyen M, Santana MW, Schiller IA, Spicciani JS, Zapata AK, Miller MM, Sherman TD, Ma R , Zhao H, Arora R, Coley AB, Zeidan MM, Tan M, Xi Y, Borchert GM (2017). „Lidská snoRNA-93 je zpracována na RNA podobnou mikroRNA, která podporuje invazi buněk rakoviny prsu“. NPJ rakovina prsu. 3: 25. doi:10.1038 / s41523-017-0032-8. PMC  5503938. PMID  28702505.

externí odkazy