Ribozomální protein - Ribosomal protein

Mitochondriální ribozomální protein L31
Identifikátory
SymbolL31
PfamPF09784
InterProIPR016340
STRÁNKAPDOC00880
SCOP21 m 90 / Rozsah / SUPFAM

A ribozomální protein (r-protein nebo rprotein[1][2][3]) je některý z bílkoviny že ve spojení s rRNA, tvoří ribozomální podjednotky zapojené do buněčného procesu překlad. Velká část znalostí o těchto organických molekulách pochází ze studia E-coli ribozomy. Všechny ribozomální proteiny byly izolovány a bylo vyrobeno mnoho specifických protilátek. Tyto spolu s elektronová mikroskopie a použití určitých reaktivních látek umožnilo stanovení topografie proteinů v ribozomu. E-coli, jiné bakterie a Archaea mají 30S malou podjednotku a 50S velkou podjednotku, zatímco lidé a droždí mít malou podjednotku 40S a velkou podjednotku 60S.[4] Ekvivalentní podjednotky jsou často číslovány odlišně mezi bakteriemi, Archeaami, kvasinkami a lidmi.[5] Nedávno se z nejnovějších kryo-EM dat s vysokým rozlišením (včetně PDB ID: 5AFI) objevuje téměř úplný (téměř) atomový obraz ribozomálních proteinů.

Zachování

2016 strom života pomocí 16 všeobecně konzervovaných ribozomální protein sekvence[6]

Ribozomální proteiny patří mezi nejvíce konzervované proteiny ve všech formách života.[5] Mezi 40 proteiny nalezené v různých malé ribozomální podjednotky (RPS), 15 podjednotek je všeobecně konzervováno napříč prokaryoty a eukaryoty. 7 podjednotek se však nachází pouze v bakteriích (S21, S6, S16, S18, S20, S21 a THX), zatímco 17 podjednotek se nachází pouze v archaeách a eukaryotech.[5] Typicky se 22 proteinů nachází v malých bakteriálních podjednotkách a 32 v kvasinkových, lidských a nejpravděpodobněji nejvhodnějších eukaryotických druzích. Dvacet sedm (z 32) proteinů eukaryotických proteinů malé ribozomální podjednotky je také přítomno v archaeách (žádný ribozomální protein se nenachází výlučně v archaei), což potvrzuje, že jsou více příbuzné eukaryotům než eubakteriím.[5]

Mezi velká ribozomální podjednotka (RPL), 18 proteinů je univerzálních, tj. Nacházejí se v obou bakteriích, eukaryotech a archeaách. 14 proteinů se nachází pouze v bakteriích, zatímco 27 ​​proteinů se nachází pouze v archaeách a eukaryotech. Archaea opět nemá žádné jedinečné proteiny[5]

Podstata

Navzdory jejich vysoké ochraně po miliardy let evoluce absence několika ribozomálních proteinů u určitých druhů ukazuje, že v průběhu evoluce byly přidány a ztraceny ribozomální podjednotky. To se odráží také ve skutečnosti, že několik ribozomálních proteinů se při odstranění nejeví jako nezbytné.[7] Například v E-coli devět ribozomálních proteinů (L15, L21, L24, L27, L29, L30, L34, S9 a S17) není pro přežití při deletování nezbytných. Dohromady s předchozími výsledky, 22 z 54 E-coli geny ribozomálních proteinů lze z genomu jednotlivě deletovat.[8] Podobně bylo úspěšně odstraněno 16 ribozomálních proteinů (L1, L9, L15, L22, L23, L28, L29, L32, L33.1, L33.2, L34, L35, L36, S6, S20 a S21) Bacillus subtilis. Ve spojení s předchozími zprávami bylo u 22 ribozomálních proteinů prokázáno, že jsou nepodstatné B. subtilis, alespoň pro buněčnou proliferaci.[9]

Shromáždění

v E-coli

Ribozom E-coli má asi 22 proteinů v malé podjednotce (označených S1 až S22) a 33 proteinů ve velké podjednotce (poněkud proti intuitivně nazývaných L1 až L36). Všechny jsou odlišné až na tři výjimky: jeden protein se nachází v obou podjednotkách (S20 a L26), L7 a L12 jsou acetylované a methylované formy stejného proteinu a L8 je komplex L7 / L12 a L10. Kromě toho je známo, že L31 existuje ve dvou formách, plné délce 7,9 kilodaltonů (kDa) a fragmentovaných 7,0 kDa. To je důvod, proč je počet proteinů v ribozomu 56. Kromě S1 (s molekulovou hmotností 61,2 kDa) se ostatní proteiny pohybují v rozmezí 4,4 až 29,7 kDa.[10]

Nedávno de novo proteomické experimenty, kde autoři charakterizovali in vivo ribozomální montážní meziprodukty a související montážní faktory divokého typu Escherichia coli buňky využívající přístup obecné kvantitativní hmotnostní spektrometrie (qMS) potvrdily přítomnost všech známých složek malé a velké podjednotky a identifikovaly celkem 21 známých a potenciálně nových faktorů sestavování ribozomu, které se lokalizují společně s různými ribozomálními částicemi.[11]

Dispozice v malé ribozomální podjednotce

V malé (30S) podjednotce E-coli ribozomy, proteiny označené S4, S7, S8, S15, S17, S20 se vážou nezávisle na 16S rRNA. Po shromáždění těchto primárních vazebných proteinů, S5, S6 „S9, S12, S13, S16, S18 a S19 se váží na rostoucí ribozom. Tyto proteiny také potencují přidání S2, S3, S10, S11, S14 a S21. Vazba proteinu na šroubovicové spoje je důležitá pro zahájení správného terciárního záhybu RNA a pro organizaci celkové struktury. Téměř všechny proteiny obsahují jednu nebo více globulárních domén. Navíc téměř všechny obsahují dlouhé extenze, které mohou kontaktovat RNA v dalekosáhlých oblastech.[Citace je zapotřebí ] Další stabilizace je výsledkem základních zbytků proteinů, protože tyto neutralizují odpuzování náboje páteře RNA. Existují také interakce protein - protein, které drží strukturu pohromadě elektrostatickými a vodíkovými vazbami. Teoretické výzkumy poukázaly na korelované účinky vazby proteinů na vazebné afinity během procesu montáže[12]

U eukaryot

Ribosomy, které syntetizují proteom buněk, jsou komplexní ribonukleoproteiny, které v eukaryotech obsahují 79–80 proteinů a čtyři ribozomální RNA (rRNA). Obecné nebo specializované chaperony solubilizovat ribozomální proteiny a usnadnit jejich import do jádro. Sestavení eukaryotického ribozomu se zdá být poháněno ribozomálními proteiny in vivo, když sestavení je také podporováno chaperony. Většina ribozomálních proteinů se shromažďuje s rRNA ko-transkripčně a stává se stabilnější asociovanou s postupem montáže a aktivní místa obou podjednotek jsou konstruována jako poslední.[5]

Tabulka ribozomálních proteinů

E-coli malá 30S podjednotka

Podjednotka č.Název podjednotkyE-coli proteinPfam rodina s E-coli proteinUniprot přistoupení E-coli protein
1S1RS1_ECOLIPF00575P0AG67
2S2RS2_ECOLIPF00318P0A7V0
3S3RS3_ECOLIPF00189, PF07650P0A7V3
4S4RS4_ECOLIPF00163, PF01479P0A7V8
5S5RS5_ECOLIPF00333, PF03719P0A7W1
6S6RS6_ECOLIPF01250P02358
7S7RS7_ECOLIPF00177P02359
8S8RS8_ECOLIPF00410P0A7W7
9S9RS9_ECOLIPF00380P0A7X3
10S10RS10_ECOLIPF00338P0A7R5
11S11RS11_ECOLIPF00411P0A7R9
12S12RS12_ECOLIPF00164P0A7S3
13S13RS13_ECOLIPF00416P0A7S9
14S14RS14_ECOLIPF00253P0AG59
15S15RS15_ECOLIPF00312P0ADZ4
16S16RS16_ECOLIPF00886P0A7T3
27S17RS17_ECOLIPF00366P0AG63
28S18RS18_ECOLIPF01084P0A7T7
29S19RS19_ECOLIPF00203P0A7U3
20S20RS20_ECOLIPF01649P0A7U7
21S21RS21_ECOLIPF01165P68681
22S22RS22_ECOLIPF08136C8U8F3

E-coli velká podjednotka 50S

Podjednotka č.Název podjednotkyE-coli proteinPfam rodina s E-coli proteinUniprot přistoupení E-coli protein
150S ribozomální protein L1RL1_ECOLIPF00687 Rodina ribozomálních proteinů L1p / L10eP0A7L0
250S ribozomální protein L2RL2_ECOLIPF03947 Ribozomální proteiny L2, C-koncová doménaP60422
250S ribozomální protein L2RL2_ECOLIPF00181 Ribozomální proteiny L2, vazebná doména RNAP60422
350S ribozomální protein L3RL3_ECOLIPF00297 Ribozomální protein L3P60438
450S ribozomální protein L4RL4_ECOLIPF00573 Rodina ribozomálních proteinů L4 / L1P60723
550S ribozomální protein L5RL5_ECOLIPF00281 Ribozomální protein L5P62399
550S ribozomální protein L5RL5_ECOLIC-konec PF00673 ribozomální L5P rodinyP62399
650S ribozomální protein L6RL6_ECOLIPF00347 Ribozomální protein L6P0AG55
7/1250S ribozomální protein L7 / L12RL7_ECOLIPF16320 Dimerizační doména ribozomálního proteinu L7 / L12P0A7K2
850S ribozomální protein L7 / L12RL7_ECOLIPF00542 C-koncová doména ribozomálního proteinu L7 / L12P0A7K2
950S ribozomální protein L9RL9_ECOLIPF03948 Ribozomální protein L9, C-koncová doménaP0A7R1
950S ribozomální protein L9RL9_ECOLIPF01281 Ribozomální protein L9, N-terminální doménaP0A7R1
1050S ribozomální protein L10RL10_ECOLIPF00466 Ribozomální protein L10P0A7J3
1150S ribozomální protein L11RL11_ECOLIPF03946 Ribozomální protein L11, N-koncová doménaP0A7J7
1150S ribozomální protein L11RL11_ECOLIPF00298 Ribozomální protein L11, vazebná doména RNAP0A7J7
1350S ribozomální protein L13RL13_ECOLIPF00572 Ribozomální protein L13P0AA10
1450S ribozomální protein L14RL14_ECOLIPF00238 Ribozomální protein L14p / L23eP0ADY3
1550S ribozomální protein L15RL15_ECOLIPF00828 Ribozomální protein L18e / L15P02413
1650S ribozomální protein L16RL16_ECOLIPF00252 Ribozomální protein L16p / L10eP0ADY7
1750S ribozomální protein L17RL17_ECOLIPF01196 Ribozomální protein L17P0AG44
1850S ribozomální protein L18RL18_ECOLIRodina PF00861 Ribozomální L18p / L5eP0C018
1950S ribozomální protein L19RL19_ECOLIPF01245 Ribozomální protein L19B1LPB3
2050S ribozomální protein L20RL20_ECOLIPF00453 Ribozomální protein L20P0A7L3
2150S ribozomální protein L21RL21_ECOLIPF00829 Ribozomální prokaryotický protein L21P0AG48
2250S ribozomální protein L22RL22_ECOLIPF00237 Ribozomální protein L22p / L17eP61175
2350S ribozomální protein L23RL23_ECOLIPF00276 Ribozomální protein L23P0ADZ0
2450S ribozomální protein L24RL24_ECOLIMotiv PF00467 KOWP60624
2550S ribozomální protein L25RL25_ECOLIPF01386 Ribosomální rodina L25pP68919
2750S ribozomální protein L27RL27_ECOLIPF01016 Ribozomální protein L27P0A7M0
2850S ribozomální protein L28RL28_ECOLIRodina PF00830 Ribosomal L28P0A7M2
2950S ribozomální protein L29RL29_ECOLIPF00831 Ribozomální protein L29P0A7M6
3050S ribozomální protein L30RL30_ECOLIPF00327 Ribozomální protein L30p / L7eP0AG51
3150S ribozomální protein L31RL31_ECOLIPF01197 Ribozomální protein L31P0A7M9
31B50S ribozomální protein L31 typu B.RL31B_ECOLIPF01197 Ribozomální protein L31P0A7M9
3250S ribozomální protein L32RL32_ECOLIPF01783 Ribozomální rodina proteinů L32pC4ZS29
3350S ribozomální protein L33RL33_ECOLIPF00471 Ribozomální protein L33P0A7N9
3450S ribozomální protein L34RL34_ECOLIPF00468 Ribozomální protein L34P0A7P6
3550S ribozomální protein L35RL35_ECOLIPF01632 Ribozomální protein L35P0A7Q2
3650S ribozomální protein L36RL36_ECOLIPF00444 Ribozomální protein L36P0A7Q7

Lidská malá podjednotka 40S

Podjednotka č.Název podjednotkyLidský proteinPfam rodina s lidským proteinem
240S ribozomální protein S2RS2_HUMANPF03719 Ribozomální protein S5, C-koncová doména
240S ribozomální protein S2RS2_HUMANPF00333 Ribozomální protein S5, N-terminální doména
340S ribozomální protein S3RS3_HUMANPF00189 Ribozomální protein S3, C-koncová doména
3A40S ribozomální protein S3aRS3A_HUMANPF01015 Ribosomální rodina S3Ae
440S ribozomální protein S4, X izoformaRS4X_HUMANPF08071 doména RS4NT (NUC023)
440S ribozomální protein S4, X izoformaRS4X_HUMANPF01479 doména S4
440S ribozomální protein S4, X izoformaRS4X_HUMANPF00900 Ribozomální rodina S4e
440S ribozomální protein S4, X izoformaRS4X_HUMANPF16121 40S ribozomální protein S4 C-konec
4Izoforma 40S ribozomálního proteinu S4, YRS4Y1_HUMANPF08071 doména RS4NT (NUC023)
4Izoforma 40S ribozomálního proteinu S4, YRS4Y1_HUMANPF00900 Ribozomální rodina S4e
4Izoforma 40S ribozomálního proteinu S4, YRS4Y1_HUMANPF16121 40S ribozomální protein S4 C-konec
440S ribozomální protein S4, izoforma Y 2.RS4Y2_HUMANPF08071 doména RS4NT (NUC023)
440S ribozomální protein S4, izoforma Y 2.RS4Y2_HUMANPF00900 Ribozomální rodina S4e
440S ribozomální protein S4, izoforma Y 2.RS4Y2_HUMANPF16121 40S ribozomální protein S4 C-konec
540S ribozomální protein S5RS5_HUMANPF00177 Ribozomální protein S7p / S5e
640S ribozomální protein S6RS6_HUMANPF01092 Ribozomální protein S6e
740S ribozomální protein S7RS7_HUMANPF01251 Ribozomální protein S7e
840S ribozomální protein S8RS8_HUMANPF01201 Ribozomální protein S8e
940S ribozomální protein S9RS9_HUMANPF01479 doména S4
940S ribozomální protein S9RS9_HUMANPF00163 N-terminální doména ribozomálního proteinu S4 / S9
1040S ribozomální protein S10RS10_LIDSKÉPF03501 Plectin / S10 doména
1140S ribozomální protein S11RS11_HUMANPF16205 Ribosomal_S17 N-terminál
1140S ribozomální protein S11RS11_HUMANPF00366 Ribozomální protein S17
1240S ribozomální protein S12RS12_LIDSKÉPF01248 Rodina ribozomálních proteinů L7Ae / L30e / S12e / Gadd45
1340S ribozomální protein S13RS13_HUMANPF08069 Ribosomální S13 / S15 N-koncová doména
1340S ribozomální protein S13RS13_HUMANPF00312 Ribozomální protein S15
1440S ribozomální protein S14RS14_HUMANPF00411 Ribozomální protein S11
1540S ribozomální protein S15RS15_HUMANPF00203 Ribozomální protein S19
15A40S ribozomální protein S15aRS15A_HUMANPF00410 Ribozomální protein S8
1640S ribozomální protein S16RS16_HUMANPF00380 Ribozomální protein S9 / S16
1740S ribozomální protein S17RS17_HUMANPF00833 Ribozomální S17
1840S ribozomální protein S18RS18_HUMANPF00416 Ribozomální protein S13 / S18
1940S ribozomální protein S19RS19_HUMANPF01090 Ribozomální protein S19e
2040S ribozomální protein S20RS20_HUMANPF00338 Ribozomální protein S10p / S20e
2140S ribozomální protein S21RS21_HUMANPF01249 Ribozomální protein S21e
2340S ribozomální protein S23RS23_HUMANPF00164 Ribozomální protein S12 / S23
2440S ribozomální protein S24RS24_HUMANPF01282 Ribozomální protein S24e
2540S ribozomální protein S25RS25_HUMANPF03297 S25 ribozomální protein
2640S ribozomální protein S26RS26_HUMANPF01283 Ribozomální protein S26e
2740S ribozomální protein S27RS27_HUMANPF01667 Ribozomální protein S27
2840S ribozomální protein S28RS28_HUMANPF01200 Ribozomální protein S28e
2940S ribozomální protein S29RS29_HUMANPF00253 Ribozomální protein S14p / S29e
3040S ribozomální protein S30RS30_HUMANPF04758 Ribozomální protein S30
A40S ribozomální protein SARSSA_HUMANPF16122 40S ribozomální protein SA C-konec
A40S ribozomální protein SARSSA_HUMANPF00318 Ribozomální protein S2
RACK1 / GNB2L1RACK1_HUMANReceptor PF00400 pro aktivovanou C kinázu 1

Lidská velká podjednotka 60S

Podjednotka č.Název podjednotkyLidský proteinPfam rodina s lidským proteinem
360S ribozomální protein L3RL3_HUMANPF00297 Ribozomální protein L3
460S ribozomální protein L4RL4_HUMANPF00573 Rodina ribozomálních proteinů L4 / L1
460S ribozomální protein L4RL4_HUMANPF14374 60S ribozomální protein L4
560S ribozomální protein L5RL5_HUMANRodina PF00861 Ribozomální L18p / L5e
560S ribozomální protein L5RL5_HUMANPF14204 Ribozomální L18 C-koncová oblast
660S ribozomální protein L6RL6_HUMANPF01159 Ribozomální protein L6e
660S ribozomální protein L6RL6_HUMANPF03868 Ribozomální protein L6, N-terminál
7A60S ribozomální protein L7aRL7A_HUMANPF01248 Rodina ribozomálních proteinů L7Ae / L30e / S12e / Gadd45
760S ribozomální protein L7RL7_HUMANPF00327 Ribozomální protein L30p / L7e
760S ribozomální protein L7RL7_HUMANPF08079 Ribozomální L30 N-koncová doména
860S ribozomální protein L8RL8_HUMANPF00181 Ribozomální proteiny L2, doména vázající RNA
860S ribozomální protein L8RL8_HUMANPF03947 Ribozomální proteiny L2, C-terminální
960S ribozomální protein L9RL9_HUMANPF00347 Ribozomální protein L6
960S ribozomální protein L9RL9_HUMANPF00347 Ribozomální protein L6
10A60S ribozomální protein L10aRL10A_HUMANPF00687 Rodina ribozomálních proteinů L1p / L10e
1060S ribozomální protein L10RL10_HUMANPF00252 Ribozomální protein L16p / L10e
1160S ribozomální protein L11RL11_HUMANPF00281 Ribozomální protein L5
1160S ribozomální protein L11RL11_HUMANC-konec PF00673 ribozomální L5P rodiny
1260S ribozomální protein L12RL12_HUMANPF00298 Ribozomální protein L11, doména vázající RNA
1260S ribozomální protein L12RL12_HUMANPF03946 Ribozomální protein L11, N-terminál
13A60S ribozomální protein L13aRL13A_HUMANPF00572 Ribozomální protein L13
1360S ribozomální protein L13RL13_HUMANPF01294 Ribozomální protein L13e
1460S ribozomální protein L14RL14_HUMANPF01929 Ribozomální protein L14
1560S ribozomální protein L15RL15_HUMANPF00827 Ribozomální L15
1760S ribozomální protein L17RL17_HUMANPF00237 Ribozomální protein L22p / L17e
18A60S ribozomální protein L18aRL18A_HUMANPF01775 Ribozomální doména proteinu L18ae / LX
1860S ribozomální protein L18RL18_HUMANPF00828 Ribosomal_L18e
1960S ribozomální protein L19RL19_HUMANPF01280 Ribozomální protein L19e
2160S ribozomální protein L21RL21_HUMANPF01157 Ribozomální protein L21e
2260S ribozomální protein L22RL22_HUMANPF01776 Ribozomální rodina proteinů L22e
23A60S ribozomální protein L23aRL23A_HUMANPF00276 Ribozomální protein L23
23A60S ribozomální protein L23aRL23A_HUMANPF03939 Ribozomální protein L23, N-terminál
2360S ribozomální protein L23RL23_HUMANPF00238 Ribozomální protein L14p / L23e
2460S ribozomální protein L24RL24_HUMANPF01246 Ribozomální protein L24e
2660S ribozomální protein L26RL26_HUMANPF16906 Ribozomální proteiny L26 eukaryotické, L24P archaeal
27A60S ribozomální protein L27aRL27A_HUMANPF00828 Ribozomální protein L18e / L15
2760S ribozomální protein L27RL27_HUMANPF01777 Rodina proteinů ribozomálního L27e
2860S ribozomální protein L28RL28_HUMANPF01778 Rodina proteinů ribozomálního L28e
2960S ribozomální protein L29RL29_HUMANPF01779 Ribosomální rodina proteinů L29e
3060S ribozomální protein L30RL30_HUMANPF01248 Rodina ribozomálních proteinů L7Ae / L30e / S12e / Gadd45
3160S ribozomální protein L31RL31_HUMANPF01198 Ribozomální protein L31e
3260S ribozomální protein L32RL32_HUMANPF01655 Ribozomální protein L32
3460S ribozomální protein L34RL34_HUMANPF01199 Ribozomální protein L34e
35A60S ribozomální protein L35aRL35A_HUMANPF01247 Ribozomální protein L35Ae
3560S ribozomální protein L35RL35_HUMANPF00831 Ribozomální protein L29
36A60S ribozomální protein L36aRL36A_HUMANPF00935 Ribozomální protein L44
3660S ribozomální protein L36RL36_HUMANPF01158 Ribozomální protein L36e
37A60S ribozomální protein L37aRL37A_HUMANPF01780 Ribozomální rodina proteinů L37ae
3760S ribozomální protein L37RL37_HUMANPF01907 Ribozomální protein L37e
3860S ribozomální protein L38RL38_HUMANPF01781 Rodina proteinů ribozomálního L38e
3960S ribozomální protein L39RL39_HUMANPF00832 Ribozomální L39 proteiin
40Ubiquitin-60S ribozomální protein L40RL40_HUMANRodina PF01020 Ribosomal L40e
4160S ribozomální protein L41RL41_HUMANPF05162 Ribozomální protein L41
P060S kyselý ribozomální protein P0RLA0_HUMANPF00466 Ribozomální protein L10
P060S kyselý ribozomální protein P0RLA0_HUMANPF00428 60. Kyselý ribozomální protein
P160S kyselý ribozomální protein P1RLA1_HUMANPF00428 60. Kyselý ribozomální protein
P260S kyselý ribozomální protein P2RLA2_HUMANPF00428 60. Kyselý ribozomální protein

Viz také

Reference

  1. ^ Salini Konikkat: Události dynamického přestavování vedou k odstranění sekvence mezerníku ITS2 během montáže 60S ribozomálních podjednotek v S. cerevisiae. Carnegie Mellon University Dizertace, únor 2016.
  2. ^ Elmar W. Weiler, Lutz Nover (2008), [[1], str. 532, v Knihy Google Allgemeine und molekulare Botanik] Šek | url = hodnota (Pomoc) (v němčině), Stuttgart: Georg Thieme Verlag, str. 532, ISBN  978-3-13-152791-2
  3. ^ Jesus de la Cruz, Katrin Karbstein, John L. Woolford, Jr. (2015), „Funkce ribozomálních proteinů při shromáždění eukaryotických ribozomů in Vivo“, Roční přehled biochemie (v němčině), 84, str. 93–129, doi:10,1146 / annurev-biochem-060614-033917, PMC  4772166, PMID  25706898CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  4. ^ Rodnina MV, Wintermeyer W (duben 2011). „Ribozom jako molekulární stroj: mechanismus pohybu tRNA-mRNA při translokaci“. Transakce s biochemickou společností. 39 (2): 658–62. doi:10.1042 / BST0390658. PMID  21428957.
  5. ^ A b C d E F Ban N, Beckmann R, Cate JH, Dinman JD, Dragon F, Ellis SR, Lafontaine DL, Lindahl L, Liljas A, Lipton JM, McAlear MA, Moore PB, Noller HF, Ortega J, Panse VG, Ramakrishnan V, Spahn CM , Steitz TA, Tchorzewski M, Tollervey D, Warren AJ, Williamson JR, Wilson D, Yonath A, Yusupov M (únor 2014). „Nový systém pro pojmenování ribozomálních proteinů“. Aktuální názor na strukturní biologii. 24: 165–9. doi:10.1016 / j.sbi.2014.01.002. PMC  4358319. PMID  24524803.
  6. ^ Hug, Laura A .; Baker, Brett J .; Anantharaman, Karthik; Brown, Christopher T .; Probst, Alexander J .; Castelle, Cindy J .; Butterfield, Cristina N .; Hernsdorf, Alex W .; Amano, Yuki; Ise, Kotaro; Suzuki, Yohey; Dudek, Nataša; Relman, David A .; Finstad, Kari M .; Amundson, Ronald; Thomas, Brian C .; Banfield, Jillian F. (11. dubna 2016). „Nový pohled na strom života“. Přírodní mikrobiologie. 1 (5): 16048. doi:10,1038 / nmicrobiol.2016,48. PMID  27572647.
  7. ^ Gao, F; Luo, H; Zhang, C. T .; Zhang, R (2015). „Gene Essentiality Analysis Based on DEG 10, an Updated Database of Essential Genes“. Genová esence. Metody v molekulární biologii. 1279. 219–33. doi:10.1007/978-1-4939-2398-4_14. ISBN  978-1-4939-2397-7. PMID  25636622.
  8. ^ Shoji S, Dambacher CM, Shajani Z, Williamson JR, Schultz PG (2011). „Systematická chromozomální delece genů bakteriálních ribozomálních proteinů“. J. Mol. Biol. 413 (4): 751–61. doi:10.1016 / j.jmb.2011.09.004. PMC  3694390. PMID  21945294.
  9. ^ Akanuma G, Nanamiya H, Natori Y, Yano K, Suzuki S, Omata S, Ishizuka M, Sekine Y, Kawamura F (2012). „Inaktivace genů ribozomálních proteinů v Bacillus subtilis odhaluje význam každého ribozomálního proteinu pro buněčnou proliferaci a diferenciaci buněk“. J. Bacteriol. 194 (22): 6282–91. doi:10.1128 / JB.01544-12. PMC  3486396. PMID  23002217.
  10. ^ Arnold RJ, Reilly JP (duben 1999). "Pozorování ribozomálních proteinů Escherichia coli a jejich posttranslační modifikace hmotnostní spektrometrií". Analytická biochemie. 269 (1): 105–12. doi:10.1006 / abio.1998.3077. PMID  10094780.
  11. ^ Chen SS, Williamson JR (únor 2013). "Charakterizace krajiny biogeneze ribozomu v E-coli pomocí kvantitativní hmotnostní spektrometrie ". Journal of Molecular Biology. 425 (4): 767–79. doi:10.1016 / j.jmb.2012.11.040. PMC  3568210. PMID  23228329.
  12. ^ Hamacher K, Trylska J, McCammon JA (únor 2006). "Mapa závislosti proteinů v malé ribozomální podjednotce". PLOS výpočetní biologie. 2 (2): e10. Bibcode:2006PLSCB ... 2 ... 10H. doi:10.1371 / journal.pcbi.0020010. PMC  1364506. PMID  16485038.

Další čtení

externí odkazy