Kosočtverečná proteáza - Rhomboid protease

Kosodélník
Identifikátory
SymbolKosodélník
PfamPF01694
Pfam klanCL0207
InterProIPR002610
MEROPSS54
SCOP2144092 / Rozsah / SUPFAM
OPM nadčeleď165
OPM protein2ic8

The kosodélníkové proteázy jsou rodina enzymy které existují téměř u všech druhů. Oni jsou proteázy: rozřezali polypeptid řetězec jiných proteinů. Toto proteolytické štěpení je nevratné buňky a důležitý typ buněčné regulace. Ačkoli jsou proteázy jednou z nejstarších a nejlépe studovaných skupin enzymů, rhomboidy patří k mnohem nověji objevenému typu: intramembránové proteázy. U intramembránových proteáz je jedinečné to, že jejich aktivní místa jsou pohřbena v lipidová dvojvrstva z buněčné membrány a štěpí další transmembránu bílkoviny v jejich transmembránové domény.[1] Asi 30% všech proteinů má transmembránové domény a jejich regulované zpracování má často významné biologické důsledky. Kosočtverce tedy regulují mnoho důležitých buněčných procesů a mohou se podílet na celé řadě lidských onemocnění.

Intramembránové proteázy

Kosočtverce jsou intramembránové serinové proteázy.[2][3][4] Jiné typy intramembránové proteázy jsou aspartyl- a metaloproteázy, resp. The preseniliny a signální peptid peptidáza rodina, kterou jsou intramembránové aspartylproteázy, štěpí substráty, které zahrnují Zářez receptor a amyloidový prekurzorový protein, který je zahrnut v Alzheimerova choroba. The rodina proteáz typu 2, což jsou intramembránové metaloproteázy, regulují mimo jiné cholesterol biosyntéza a stresové reakce v bakterie. Různé rodiny intramembránových proteáz jsou evolučně a mechanicky nesouvisející, ale existují jasná společná funkční témata, která je spojují. Kosočtverce jsou možná nejlépe charakterizovanou třídou.

Dějiny

Kosočtverce byly poprvé pojmenovány po mutaci ovocné mušky Drosophila, objevený na slavné genetické obrazovce, která vedla k Nobelova cena pro Christiane Nüsslein-Volhard a Eric Wieschaus.[5] Na této obrazovce našli řadu mutantů s podobnými fenotypy: „špičaté“ kostry embryonální hlavy. Pojmenovali je každý jménem se špičatou tematikou - jeden byl kosodélník. Genetická analýza později prokázala, že tato skupina genů byla členy receptor epidermálního růstového faktoru (EGF) signální dráha,[6][7] a tento kosodélník byl potřebný ke generování signálu, který aktivuje receptor EGF.[8][9] Rozluštění molekulární funkce kosodélníku trvalo o něco déle, ale kombinace genetiky a molekulárních technik vedla k objevu, že kosočtverec Drosophila a další členové rodiny byli prvními známými intramembránovými serinovými proteázami.[2]

Funkce

Kosočtverce byly poprvé objeveny jako proteázy, které regulují signalizaci receptoru EGF Drosophila. Uvolněním extracelulární domény růstový faktor Spitz, od svého transmembránového předchůdce, kosodélník spouští signalizaci.[2] Od té doby bylo navrženo mnoho dalších důležitých biologických funkcí.[10][11]

Struktura

Kosočtverce byly prvními intramembránovými proteázami, u nichž bylo vysoké rozlišení Krystalická struktura byl vyřešen.[32][33][34][35][36] Tyto struktury potvrdily předpovědi, že kosodélníky mají jádro šesti transmembránových domén a že katalytické místo závisí na serinové a histidinové katalytické dyádě. Struktury také vysvětlily, jak může v hydrofobním prostředí lipidové dvojvrstvy nastat proteolytická reakce, která vyžaduje molekuly vody: jedno z ústředních tajemství intramembránových proteáz.[37] Aktivní místo kosočtverečné proteázy je v hydrofilním vtisku, v zásadě přístupné vodě z objemového roztoku.[32][33][34][35][36] Bylo však navrženo, že by mohl existovat pomocný mechanismus, který by usnadňoval přístup molekul vody k katalytickému dyadu na dně aktivního místa, aby se zajistila katalytická účinnost.[38]

Aktivní místo rhomboidní proteázy je chráněno laterálně od lipidové dvojvrstvy svými šesti transmembránovými helixy, což naznačuje, že je regulován přístup substrátu k rhomboidnímu aktivnímu místu. Jednou z oblastí nejistoty byla cesta Podklad přístup. Substráty byly původně navrženy pro vstup mezi transmembránové segmenty (TMS) 1 a 3,[32][35] ale současné důkazy silně podporují alternativní přístupový bod mezi TMS 2 a 5.[33][34][36][39][40] Tuto představu podporuje také skutečnost, že mutace v TMS 5 mají na rozdíl od jiných oblastí molekuly pouze okrajový účinek na termodynamickou stabilitu kosodélníku.[41] Velmi nedávno vůbec první kokrystalová struktura intramembránové proteázy - Escherichia coli rhomboidní proteáza GlpG - a peptid odvozený od substrátu vázaný v aktivním místě [42] potvrzuje a rozšiřuje tento model přístupu k substrátu a poskytuje důsledky pro mechanismus dalších proteinů nadrodiny rhomboidů.[43] Podrobnosti o tom, jak může být kosodélník rozpoznán TMS substrátu, jsou však stále nejasné. Někteří autoři navrhují, aby přístup k substrátu zahrnoval velký laterální posunutí TMS 5 k otevření jádra kosodélníku.[33][39] Jiné zprávy místo toho naznačují, že není nutný velký boční pohyb TMS 5,[44] a navrhnout, aby povrch TMS 2 a 5 spíše sloužil jako „intramembránový exosit“ zprostředkující rozpoznání substrátu TMS.[42][45]

Enzymatická specificita

Kosodélníky neštěpí všechny transmembránové domény. Ve skutečnosti jsou vysoce specifické s omezeným počtem substrátů. Nejpřirozenějšími dosud známými substráty kosočtverce jsou proteiny jediné transmembránové domény typu 1 s jejich amino konci v luminálním / extracelulárním kompartmentu. Nedávné studie však naznačují, že membránový protein typu 2 (tj. S opačnou topologií: amino-konec je cytoplazmatický),[46] nebo dokonce víceprůchodové membránové proteiny mohou působit jako kosodélníkové substráty.[47] Specifičnost kosodélníků je základem jejich schopnosti řídit funkce v široké škále biologických procesů a pochopení toho, co dělá určitou transmembránovou doménu v kosodélníkovém substrátu, může osvětlit kosodélníkovou funkci v různých kontextech.

Počáteční práce naznačily, že kosodélníky rozpoznávají nestabilitu transmembránové alfa-šroubovice v místě štěpení jako hlavní determinant substrátu.[48] Více nedávno bylo zjištěno, že kosodélníkové substráty jsou definovány dvěma oddělitelnými prvky: transmembránovou doménou a motivem primární sekvence v ní nebo bezprostředně s ní sousedící.[45] Tento rozpoznávací motiv řídí, kde je substrát štěpen, což se může vyskytovat buď uvnitř, nebo těsně mimo transmembránovou doménu v juxtamembránové oblasti.[45] V prvním případě jsou pro účinné štěpení nezbytné také destabilizující zbytky šroubovice v substrátu TMS.[45] Podrobná analýza kinetiky enzymů ve skutečnosti ukázala, že interakce rozpoznávacího motivu s kosodélníkovým aktivním místem určují kkočka štěpení substrátu.[49] Zásady rozpoznávání TMS substrátu kosodélníkem zůstávají špatně pochopeny, ale řada důkazů naznačuje, že kosodélníky (a možná i další intramembránové proteázy ) nějakým způsobem rozpoznávají strukturální flexibilitu nebo dynamiku transmembránové domény jejich substrátů.[38][50] Plné zhodnocení použitých biofyzikálních a strukturálních principů bude vyžadovat strukturální charakterizaci komplexu kosodélníku s úplným transmembránovým substrátem.[51] Jako první krok k tomuto cíli vysvětluje nedávná kokrystalová struktura enzymu v komplexu s inhibitorem založeným na mechanismu peptidu odvozeným od substrátu pozorované preference rozpoznávaných sekvencí motivu v rhomboidních substrátech strukturálně a poskytuje významný pokrok v současném pochopení romboidní specificity a mechanismu proteinů z rodiny rhomboidů.[42]

V některých Gramnegativní bakterie, včetně Shewanella a Vibrio, až třináct proteinů se nachází s GlyGly-CTERM, C-koncem doména homologie sestávající z motivu bohatého na glycin, vysoce hydrofobní transmembránové šroubovice a shluku bazických zbytků. Tato doména se jeví jako rozpoznávací sekvence pro rhombosortázu, větev rhomboidní proteázové rodiny omezená pouze na ty bakterie s doménou GlyGly-CTERM.[52]

Lékařský význam

Rozmanitost biologických funkcí, o nichž je již známo, že závisí na rhomboidech, se odráží v důkazech, že rhomboidy hrají roli při různých onemocněních rakovina, parazitární infekce a cukrovka.[11][53] Je však důležité si uvědomit, že dosud neexistuje žádný případ, kdy by byl plně validován přesný lékařský význam.

Dosud nebyly hlášeny žádné léky, které modulují kosočtvercovou aktivitu, ačkoli nedávná studie identifikovala malé molekuly, inhibitory založené na mechanismech, které by mohly poskytnout základ pro budoucí vývoj léků.[54]

Rodina podobná kosodélníku

Zdá se, že kosočtverečné proteázy jsou ve všech zachovány eukaryoty a drtivá většina z prokaryoty. Bioinformatické analýza zdůrazňuje, že některým členům rodiny kosodélníků chybí aminokyselinové zbytky nezbytné pro proteolýzu, což znamená, že nemohou štěpit substráty. Mezi tyto „pseudoproteázy“ patří podčeleď, která byla pojmenována iRhoms[55] (také známý jako RHBDF1 a RHBDF2 ). iRhoms může propagovat Degradace spojená s ER (ERAD) ze dne EGF receptor ligandy v Drosophila, čímž poskytuje mechanismus pro regulaci aktivity receptoru EGF v mozku.[56] To znamená, že je využíván základní mechanismus kontroly kvality buněk mnohobuněčné organismy regulovat signalizaci mezi buňkami. U myší jsou iRhoms klíčovými chaperony pro obchodování vyžadovanými pro export ER 17. ADAM / TACE a jeho zrání. iRhoms jsou tedy vyžadovány pro TNF-alfa a EGF receptor signalizace, což je činí lékařsky vysoce atraktivními.[56][57][58][59][60]

Fylogenetická analýza naznačuje, že kosočtverce jsou ve skutečnosti členy větší nadrodiny nebo klanu podobného kosodélníku, který zahrnuje Derlin proteiny, také zapojené do ERAD.[61]

Reference

  1. ^ Brown MS, Ye J, Rawson RB, Goldstein JL (únor 2000). „Regulovaná intramembránová proteolýza: kontrolní mechanismus konzervovaný od bakterií po člověka“. Buňka. 100 (4): 391–8. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80675-3. PMID  10693756. S2CID  12194770.
  2. ^ A b C Urban S, Lee JR, Freeman M (říjen 2001). „Drosophila rhomboid-1 definuje rodinu domnělých intramembránových serinových proteáz“. Buňka. 107 (2): 173–82. doi:10.1016 / s0092-8674 (01) 00525-6. PMID  11672525. S2CID  9026083.
  3. ^ Lemberg MK, Menendez J, Misik A, Garcia M, Koth CM, Freeman M (únor 2005). "Mechanismus intramembránové proteolýzy vyšetřovaný s purifikovanými kosodélníkovými proteázami". Časopis EMBO. 24 (3): 464–72. doi:10.1038 / sj.emboj.7600537. PMC  548647. PMID  15616571.
  4. ^ Urban S, Wolfe MS (únor 2005). „Rekonstituce intramembránové proteolýzy in vitro ukazuje, že čistý kosodélník je dostatečný pro katalýzu a specificitu.“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 102 (6): 1883–8. Bibcode:2005PNAS..102.1883U. doi:10.1073 / pnas.0408306102. PMC  548546. PMID  15684070.
  5. ^ G. Jürgens, E. Wieschaus, C. Nüsslein-Volhard, H. Kluding, oblouk Wilhelma Rouxe “ Dev. Biol 1984; 193, 283
  6. ^ M. A. Sturtevant, M. Roark, E. Bier, Genes Dev. 7, 961 (1993)
  7. ^ Freeman, M. (1994). „Spitz gen je vyžadován pro stanovení fotoreceptorů v oku Drosophila, kde interaguje s receptorem EGF“. Mech Dev. 48 (1): 25–33. doi:10.1016/0925-4773(94)90003-5. PMID  7833286. S2CID  40396109.
  8. ^ Wasserman JD, Urban S, Freeman M (červenec 2000). „Rodina genů podobných kosodélníku: Drosophila rhomboid-1 a roughoid / rhomboid-3 spolupracují na aktivaci signalizace receptoru EGF“. Geny a vývoj. 14 (13): 1651–63. PMC  316740. PMID  10887159.
  9. ^ Bang AG, Kintner C (leden 2000). „Kosodélník a hvězda usnadňují prezentaci a zpracování homologu Spitz Drosophila TGF-alfa“. Geny a vývoj. 14 (2): 177–86. PMC  316351. PMID  10652272.
  10. ^ Freeman M (01.01.2008). "Kosočtverečné proteázy a jejich biologické funkce". Výroční přehled genetiky. 42: 191–210. doi:10.1146 / annurev.genet.42.110807.091628. PMID  18605900.
  11. ^ A b Urban S (červen 2009). „Provedení řezu: ústřední role intramembránové proteolýzy v patogenních mikroorganismech“. Recenze přírody. Mikrobiologie. 7 (6): 411–23. doi:10.1038 / nrmicro2130. PMC  2818034. PMID  19421188.
  12. ^ Adrain C, Strisovsky K, Zettl M, Hu L, Lemberg MK, Freeman M (květen 2011). „Aktivace savčího EGF receptoru kosodélníkovou proteázou RHBDL2“. Zprávy EMBO. 12 (5): 421–7. doi:10.1038 / embor.2011.50. PMC  3090019. PMID  21494248.
  13. ^ Pascall JC, Brown KD (duben 2004). "Intramembránové štěpení ephrinB3 proteázou lidské rhomboidní rodiny, RHBDL2". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 317 (1): 244–52. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.03.039. PMID  15047175.
  14. ^ Lohi O, Urban S, Freeman M (únor 2004). „Různorodé mechanismy rozpoznávání substrátu pro kosočtverce; trombomodulin je štěpen savčími kosočtverci“. Aktuální biologie. 14 (3): 236–41. doi:10.1016 / j.cub.2004.01.025. PMID  14761657. S2CID  17760607.
  15. ^ Cheng TL, Wu YT, Lin HY, Hsu FC, Liu SK, Chang BI, Chen WS, Lai CH, Shi GY, Wu HL (prosinec 2011). "Funkce rhomboidní rodinné proteázy RHBDL2 a trombomodulinu při hojení ran". The Journal of Investigative Dermatology. 131 (12): 2486–94. doi:10.1038 / jid.2011.230. PMID  21833011.
  16. ^ Herlan M, Vogel F, Bornhovd C, Neupert W, Reichert AS (červenec 2003). „Zpracování Mgm1 proteázou rhomboidního typu Pcp1 je nutné pro udržení mitochondriální morfologie a mitochondriální DNA.“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (30): 27781–8. doi:10.1074 / jbc.m211311200. PMID  12707284.
  17. ^ McQuibban GA, Saurya S, Freeman M (květen 2003). „Remodelace mitochondriální membrány regulovaná konzervovanou kosodélníkovou proteázou“. Příroda. 423 (6939): 537–41. Bibcode:2003 Natur.423..537M. doi:10.1038 / nature01633. PMID  12774122. S2CID  4398146.
  18. ^ McQuibban GA, Lee JR, Zheng L, Juusola M, Freeman M (květen 2006). „Normální mitochondriální dynamika vyžaduje kosodélník-7 a ovlivňuje životnost a neuronální funkci Drosophila“. Aktuální biologie. 16 (10): 982–9. doi:10.1016 / j.cub.2006.03.062. PMID  16713954. S2CID  18751418.
  19. ^ A b Cipolat S, Rudka T, Hartmann D, Costa V, Serneels L, Craessaerts K, Metzger K, Frezza C, Annaert W, D'Adamio L, Derks C, Dejaegere T, Pellegrini L, D'Hooge R, Scorrano L, De Strooper B (červenec 2006). „Mitochondriální kosodélník PARL reguluje uvolňování cytochromu c během apoptózy prostřednictvím remodelace cristae závislé na OPA1“. Buňka. 126 (1): 163–75. doi:10.1016 / j.cell.2006.06.021. PMID  16839884. S2CID  6396519.
  20. ^ Civitarese AE, MacLean PS, Carling S, Kerr-Bayles L, McMillan RP, Pierce A, Becker TC, Moro C, Finlayson J, Lefort N, Newgard CB, Mandarino L, Cefalu W, Walder K, Collier GR, Hulver MW, Smith SR, Ravussin E (květen 2010). „Regulace oxidativní kapacity kosterního svalstva a signalizace inzulínu mitochondriální kosodélníkovou proteázou PARL“. Buněčný metabolismus. 11 (5): 412–26. doi:10.1016 / j.cmet.2010.04.004. PMC  3835349. PMID  20444421.
  21. ^ Whitworth AJ, Lee JR, Ho VM, Flick R, Chowdhury R, ​​McQuibban GA (2008). „Rhomboid-7 a HtrA2 / Omi působí společnou cestou s faktory Parkinsonovy choroby Pink1 a Parkin“. Modely a mechanismy nemocí. 1 (2–3): 168–74, diskuse 173. doi:10,1242 / dmm.000109. PMC  2562193. PMID  19048081.
  22. ^ Deas E, Plun-Favreau H, Gandhi S, Desmond H, Kjaer S, Loh SH, Renton AE, Harvey RJ, Whitworth AJ, Martins LM, Abramov AY, Wood NW (březen 2011). „Štěpení PINK1 v poloze A103 mitochondriální proteázou PARL“. Lidská molekulární genetika. 20 (5): 867–79. doi:10,1093 / hmg / ddq526. PMC  3033179. PMID  21138942.
  23. ^ Meissner C, Lorenz H, Weihofen A, Selkoe DJ, Lemberg MK (červen 2011). „Mitochondriální intramembránová proteáza PARL štěpí lidskou Pink1 za účelem regulace obchodování Pink1“. Journal of Neurochemistry. 117 (5): 856–67. doi:10.1111 / j.1471-4159.2011.07253.x. PMID  21426348.
  24. ^ Urban S, Freeman M (červen 2003). „Substrátová specificita rhomboidních intramembránových proteáz je řízena zbytky štěpícími šroubovice v transmembránové doméně substrátu“. Molekulární buňka. 11 (6): 1425–34. doi:10.1016 / s1097-2765 (03) 00181-3. PMID  12820957.
  25. ^ Baker RP, Wijetilaka R, Urban S (říjen 2006). „Dvě plazmatické rhomboidní proteázy přednostně štěpí různé adhesiny, které se podílejí na všech invazivních stádiích malárie“. PLOS patogeny. 2 (10): e113. doi:10.1371 / journal.ppat.0020113. PMC  1599764. PMID  17040128.
  26. ^ O'Donnell RA, Hackett F, Howell SA, Treeck M, Struck N, Krnajski Z, Withers-Martinez C, Gilberger TW, Blackman MJ (září 2006). „Intramembránová proteolýza zprostředkovává vylučování klíčového adhesinu během invaze erytrocytů parazitem malárie“. The Journal of Cell Biology. 174 (7): 1023–33. doi:10.1083 / jcb.200604136. PMC  2064393. PMID  17000879.
  27. ^ Santos JM, Ferguson DJ, Blackman MJ, Soldati-Favre D (leden 2011). „Intramembránové štěpení AMA1 spouští toxoplazmu k přechodu z invazivního do replikativního režimu“. Věda. 331 (6016): 473–7. Bibcode:2011Sci ... 331..473S. doi:10.1126 / science.1199284. PMID  21205639. S2CID  26806264.
  28. ^ Srinivasan P, Coppens I, Jacobs-Lorena M (leden 2009). „Zřetelné role Plasmodium rhomboid 1 ve vývoji parazitů a patogenezi malárie“. PLOS patogeny. 5 (1): e1000262. doi:10.1371 / journal.ppat.1000262. PMC  2607553. PMID  19148267.
  29. ^ Lin JW, Meireles P, Prudêncio M, Engelmann S, Annoura T, Sajid M, Chevalley-Maurel S, Ramesar J, Nahar C, Avramut CM, Koster AJ, Matuschewski K, Waters AP, Janse CJ, Mair GR, Khan SM ( Duben 2013). „Analýzy ztráty funkce definují životně důležité a nadbytečné funkce rodiny rhomboidních proteáz Plasmodium.“ Molekulární mikrobiologie. 88 (2): 318–38. doi:10,1111 / mmi.12187. PMID  23490234.
  30. ^ Baxt LA, Baker RP, Singh U, Urban S (červen 2008). „Kosočtverečná proteáza Entamoeba histolytica s atypickou specificitou štěpí povrchový lektin účastnící se fagocytózy a imunitní úniky“. Geny a vývoj. 22 (12): 1636–46. doi:10.1101 / gad.1667708. PMC  2428061. PMID  18559479.
  31. ^ Stevenson LG, Strisovsky K, Clemmer KM, Bhatt S, Freeman M, spíše PN (leden 2007). „Kosočtverečná proteáza AarA zprostředkovává snímání kvora v Providencia stuartii aktivací TatA translokázy s dvojitým argininem“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (3): 1003–8. doi:10.1073 / pnas.0608140104. PMC  1783354. PMID  17215357.
  32. ^ A b C Wang Y, Zhang Y, Ha Y (listopad 2006). "Krystalová struktura rhomboidní rodiny intramembránové proteázy". Příroda. 444 (7116): 179–80. Bibcode:2006 Natur.444..179W. doi:10.1038 / nature05255. PMID  17051161. S2CID  4350345.
  33. ^ A b C d Wu Z, Yan N, Feng L, Oberstein A, Yan H, Baker RP, Gu L, Jeffrey PD, Urban S, Shi Y (prosinec 2006). „Strukturní analýza intramembránové proteázy rodiny kosodélníků odhaluje hradlovací mechanismus pro vstup do substrátu“. Přírodní strukturní a molekulární biologie. 13 (12): 1084–91. doi:10.1038 / nsmb1179. PMID  17099694. S2CID  8308111.
  34. ^ A b C Ben-Shem A, Fass D, Bibi E (leden 2007). „Strukturální základ pro intramembránovou proteolýzu kosočtverečnými serinovými proteázami“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (2): 462–6. doi:10.1073 / pnas.0609773104. PMC  1766407. PMID  17190827.
  35. ^ A b C Lemieux MJ, Fischer SJ, Cherney MM, Bateman KS, James MN (leden 2007). „Krystalová struktura kosodélníkové peptidázy z Haemophilus influenzae poskytuje pohled na intramembránovou proteolýzu.“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (3): 750–4. doi:10.1073 / pnas.0609981104. PMC  1783385. PMID  17210913.
  36. ^ A b C Vinothkumar KR (březen 2011). "Struktura kosočtverečné proteázy v lipidovém prostředí". Journal of Molecular Biology. 407 (2): 232–47. doi:10.1016 / j.jmb.2011.01.029. PMC  3093617. PMID  21256137.
  37. ^ Lemberg MK, Freeman M (prosinec 2007). "Řezání proteinů v lipidových dvojvrstvách: kosodélníková struktura a mechanismus". Molekulární buňka. 28 (6): 930–40. doi:10.1016 / j.molcel.2007.12.003. PMID  18158892.
  38. ^ A b Moin SM, Urban S (listopad 2012). „Ponoření do membrány umožňuje kosočtvercovým proteázám dosáhnout specificity čtením dynamiky transmembránového segmentu“. eLife. 1: e00173. doi:10,7554 / eLife.00173. PMC  3494066. PMID  23150798.
  39. ^ A b Baker RP, Young K, Feng L, Shi Y, Urban S (květen 2007). „Enzymatická analýza kosodélníkové intramembránové proteázy implikuje transmembránovou šroubovici 5 jako boční hradlo substrátu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (20): 8257–62. doi:10.1073 / pnas.0700814104. PMC  1895938. PMID  17463085.
  40. ^ Wang Y, Maegawa S, Akiyama Y, Ha Y (prosinec 2007). „Role smyčky L1 v mechanismu kosodélníkové intramembránové proteázy GlpG“. Journal of Molecular Biology. 374 (4): 1104–13. doi:10.1016 / j.jmb.2007.10.014. PMC  2128867. PMID  17976648.
  41. ^ Baker RP, Urban S (září 2012). „Architektonické a termodynamické principy, které jsou základem funkce intramembránové proteázy“. Přírodní chemická biologie. 8 (9): 759–68. doi:10.1038 / nchembio.1021. PMC  4028635. PMID  22797666.
  42. ^ A b C Zoll S, Stanchev S, Began J, Skerle J, Lepšík M, Peclinovská L, Majer P, Strisovsky K (říjen 2014). "Vazba substrátu a specificita rhomboidní intramembránové proteázy odhalená strukturami komplexu substrát-peptid". Časopis EMBO. 33 (20): 2408–21. doi:10.15252 / embj.201489367. PMC  4253528. PMID  25216680.
  43. ^ Freeman M (2014). „Nadrodina podobná kosodélníku: molekulární mechanismy a biologické role“. Roční přehled buněčné a vývojové biologie. 30: 235–54. doi:10.1146 / annurev-cellbio-100913-012944. PMID  25062361.
  44. ^ Xue Y, Ha Y (červen 2013). „Velký boční pohyb transmembránové šroubovice S5 není vyžadován pro přístup substrátu k aktivnímu místu kosodélníkové intramembránové proteázy“. The Journal of Biological Chemistry. 288 (23): 16645–54. doi:10,1074 / jbc.M112.438127. PMC  3675599. PMID  23609444.
  45. ^ A b C d Strisovsky K, Sharpe HJ, Freeman M (prosinec 2009). „Sekvenčně specifická intramembránová proteolýza: identifikace rozpoznávacího motivu v kosočtverečných substrátech“. Molekulární buňka. 36 (6): 1048–59. doi:10.1016 / j.molcel.2009.11.006. PMC  2941825. PMID  20064469.
  46. ^ Tsruya R, Wojtalla A, Carmon S, Yogev S, Reich A, Bibi E, Merdes G, Schejter E, Shilo BZ (březen 2007). „Kosodélník štěpí hvězdu, aby reguloval hladinu vylučovaného špice“. Časopis EMBO. 26 (5): 1211–20. doi:10.1038 / sj.emboj.7601581. PMC  1817629. PMID  17304216.
  47. ^ Fleig L, Bergbold N, Sahasrabudhe P, Geiger B, Kaltak L, Lemberg MK (srpen 2012). „Intramembránová rhomboidní proteáza závislá na ubikvitinu podporuje ERAD membránových proteinů“. Molekulární buňka. 47 (4): 558–69. doi:10.1016 / j.molcel.2012.06.008. PMID  22795130.
  48. ^ Akiyama Y, Maegawa S (květen 2007). "Sekvenční vlastnosti substrátů vyžadovaných pro štěpení GlpG, kosočtverečnou proteázou Escherichia coli". Molekulární mikrobiologie. 64 (4): 1028–37. doi:10.1111 / j.1365-2958.2007.05715.x. PMID  17501925.
  49. ^ Dickey SW, Baker RP, Cho S, Urban S (prosinec 2013). „Proteolýza uvnitř membrány je reakce řízená rychlostí, která není řízena afinitou substrátu“. Buňka. 155 (6): 1270–81. doi:10.1016 / j.cell.2013.10.053. PMC  3917317. PMID  24315097.
  50. ^ Langosch D, Scharnagl C, Steiner H, Lemberg MK (červen 2015). „Pochopení intramembránové proteolýzy: od dynamiky proteinů po kinetiku reakce“. Trendy v biochemických vědách. 40 (6): 318–27. doi:10.1016 / j.tibs.2015.04.001. PMID  25941170.
  51. ^ Strisovsky K (duben 2013). "Strukturální a mechanické principy intramembránové proteolýzy - lekce z kosodélníků". FEBS Journal. 280 (7): 1579–603. doi:10.1111 / febs.12199. PMID  23432912.
  52. ^ Haft DH, Varghese N (2011). „GlyGly-CTERM a rhombosortase: signál zpracování C-terminálního proteinu v párování typu„ n-to-one “s kosočtverečnou rodinou intramembránovou serinovou proteázou“. PLOS ONE. 6 (12): e28886. doi:10.1371 / journal.pone.0028886. PMC  3237569. PMID  22194940.
  53. ^ <Freeman M (2008). "Kosočtverečné proteázy a jejich biologické funkce". Výroční přehled genetiky. 42: 191–210. doi:10.1146 / annurev.genet.42.110807.091628. PMID  18605900.
  54. ^ Pierrat OA, Strisovsky K, Christova Y, Large J, Ansell K, Bouloc N, Smiljanic E, Freeman M (duben 2011). „Monocyklické β-laktamy jsou selektivní, na mechanismu založené inhibitory romboidních intramembránových proteáz“. ACS Chemická biologie. 6 (4): 325–35. doi:10.1021 / cb100314y. PMC  3077804. PMID  21175222.
  55. ^ Lemberg MK, Freeman M (listopad 2007). „Funkční a evoluční důsledky vylepšené genomové analýzy kosodélníkových intramembránových proteáz“. Výzkum genomu. 17 (11): 1634–46. doi:10,1101 / gr. 6425307. PMC  2045146. PMID  17938163.
  56. ^ A b Zettl M, Adrain C, Strisovsky K, Lastun V, Freeman M (duben 2011). „Pseudoproteázy rodiny kosodélníků používají k regulaci mezibuněčné signalizace zařízení pro řízení kvality ER“. Buňka. 145 (1): 79–91. doi:10.1016 / j.cell.2011.02.047. PMC  3149277. PMID  21439629.
  57. ^ Adrain C, Zettl M, Christova Y, Taylor N, Freeman M (leden 2012). „Signalizace faktoru nekrózy nádorů vyžaduje iRhom2 k podpoře obchodování a aktivaci TACE“. Věda. 335 (6065): 225–8. Bibcode:2012Sci ... 335..225A. doi:10.1126 / science.1214400. PMC  3272371. PMID  22246777.
  58. ^ McIlwain DR, Lang PA, Maretzky T, Hamada K, Ohishi K, Maney SK, Berger T, Murthy A, Duncan G, Xu HC, Lang KS, Häussinger D, Wakeham A, Itie-Youten A, Khokha R, Ohashi PS, Blobel CP, Mak TW (leden 2012). „Regulace iRhom2 TACE kontroluje ochranu zprostředkovanou TNF proti Listeria a odpovědi na LPS“. Věda. 335 (6065): 229–32. doi:10.1126 / science.1214448. PMC  4250273. PMID  22246778.
  59. ^ Christova Y, Adrain C, Bambrough P, Ibrahim A, Freeman M (říjen 2013). „Savčí iRhoms mají odlišné fyziologické funkce včetně zásadní role v regulaci TACE“. Zprávy EMBO. 14 (10): 884–90. doi:10.1038 / embor.2013.128. PMC  3807218. PMID  23969955.
  60. ^ Li X, Maretzky T, Weskamp G, Monette S, Qing X, Issuree PD, Crawford HC, McIlwain DR, Mak TW, Salmon JE, Blobel CP (květen 2015). „iRhoms 1 a 2 jsou základní upstream regulátory signalizace EGFR závislé na ADAM17“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 112 (19): 6080–5. Bibcode:2015PNAS..112.6080L. doi:10.1073 / pnas.1505649112. PMC  4434755. PMID  25918388.
  61. ^ "Klan: Kosodélník podobný (CL0207)". Pfam.

externí odkazy