Organismus - Organism

„Biologická forma“ přeadresuje tady. Neformální taxonomický termín v botanice viz Rasa (biologie) § Fyziologická rasa.
„Forma života“ přeadresuje tady. Filozofický koncept viz Forma života (filozofie).
"Živá stvoření" přeadresuje tady. Biblický koncept viz Živí tvorové (Bible).
Escherichia coli (E-coli), a prokaryot, je mikroskopický jednobuněčný organismus.
Améby jsou jednobuněčné eukaryoty
Polypore houby a krytosemenná rostlina stromy jsou velké mnohobuněčné eukaryoty.

v biologie, an organismus (z řecký: ὀργανισμός, organismy) je každá jednotlivá entita, která ztělesňuje vlastnosti života. Je to synonymum pro „forma života ".

Organismy jsou klasifikovány podle taxonomie do skupin jako např mnohobuňečný zvířata, rostliny, a houby; nebo jednobuněčný mikroorganismy jako protistů, bakterie, a archaea.[1] Jsou schopny všechny druhy organismů reprodukce, růst a vývoj, údržba, a určitý stupeň reakce na podněty. Lidé, chobotnice, houby, a cévnatých rostlin jsou příklady mnohobuněčných organismů, které odlišit specializované papírové kapesníky a orgány v době rozvoj.

Organismus může být buď a prokaryot nebo a eukaryot. Prokaryoty jsou reprezentovány dvěma samostatnými domén  – bakterie a archaea. Eukaryotické organismy se vyznačují přítomností vázanou na membránu buněčné jádro a obsahují další volané oddíly vázané na membránu organely (jako mitochondrie u zvířat a rostlin a plastidy v rostlinách a řasy, vše obecně považováno za odvozené z endosymbiotikum bakterie).[2] Houby, zvířata a rostliny jsou příklady království organismů v eukaryotech.

Odhady počtu zemského proudu druh v rozmezí od 2 milionů do 1 bilionu,[3] z toho je zdokumentováno přes 1,7 milionu.[4] Více než 99% všech druhů, což představuje více než pět miliard druhů,[5] které kdy žily se odhadují na vyhynulý.[6][7]

V roce 2016 sada 355 geny z poslední univerzální společný předek (LUCA) všech organismů byla identifikována.[8][9]

Etymologie

Pojem "organismus" (od řecký ὀργανισμός, organismy, z ὄργανον, organon, tj. „nástroj, nářadí, nástroj, smyslový orgán nebo obava“)[10][11] se poprvé objevil v anglickém jazyce v roce 1703 a svou současnou definici převzal do roku 1834 (Oxfordský anglický slovník ). To přímo souvisí s pojmem „organizace“. Existuje dlouhá tradice, kdy se organismy definují jako samoorganizující se bytosti, a to minimálně zpět Immanuel Kant rok 1790 Kritika soudu.[12]

Definice

Organismus lze definovat jako soubor molekuly fungující jako víceméně stabilní celek, který vykazuje vlastnosti života. Definice slovníku mohou být široké a používají fráze jako „jakákoli živá struktura, jako je rostlina, zvíře, houba nebo bakterie, schopná růstu a reprodukce“.[13] Mnoho definic vylučuje viry a možná člověkem neorganický život formy, protože viry jsou pro reprodukci závislé na biochemickém aparátu hostitelské buňky.[14] A superorganismus je organismus skládající se z mnoha jedinců pracujících společně jako jeden funkční nebo sociální jednotka.[15]

O tom, jak nejlépe definovat organismus, se vedou spory[16][17][18][19][20][21][22][23][24][25] a skutečně o tom, zda je taková definice nezbytná.[26][27] Několik příspěvků[28] jsou odpovědi na tvrzení, že kategorie „organismu“ nemusí být v biologii dostačující.[29][stránka potřebná ]

Viry

Hlavní článek: Nebuněčný život

Viry nejsou obvykle považovány za organismy, protože nejsou schopné autonomie reprodukce, růst nebo metabolismus. Ačkoli některé organismy také nejsou schopné samostatného přežití a žijí jako povinné intracelulární paraziti, jsou schopni nezávislého metabolismu a plodení. I když viry jich mají několik enzymy a molekuly charakteristické pro živé organismy, nemají vlastní metabolismus; nemohou syntetizovat a organizovat organické sloučeniny, ze kterých jsou vytvořeny. To přirozeně vylučuje autonomní reprodukci: mohou být pasivně replikovány pouze strojním zařízením hostitelská buňka. V tomto smyslu jsou podobné neživé hmotě.

I když viry nepodporují žádný nezávislý metabolismus, a proto nejsou obvykle klasifikovány jako organismy, mají svůj vlastní geny a oni to dělají rozvíjet se mechanismy podobnými evolučním mechanismům organismů. Argumentem, že viry by měly být klasifikovány jako živé organismy, je tedy jejich schopnost podstoupit evoluci a replikaci prostřednictvím sebezhromažďování. Někteří vědci však tvrdí, že viry se nevyvíjejí ani se samy nerozmnožují. Místo toho se viry vyvíjejí hostitelskými buňkami, což znamená, že došlo k společné evoluci virů a hostitelských buněk. Pokud by hostitelské buňky neexistovaly, virová evoluce by byla nemožná. To neplatí pro buňky. Pokud by viry neexistovaly, mohl by se směr buněčné evoluce lišit, ale buňky by se přesto mohly vyvíjet. Pokud jde o reprodukci, viry se zcela spoléhají na replikaci strojů hostitele.[30] Objev virů s geny kódujícími energetický metabolismus a syntézu bílkovin podnítil debatu o tom, zda jsou viry živými organismy. Přítomnost těchto genů naznačuje, že viry byly kdysi schopné metabolizovat. Později však bylo zjištěno, že geny kódující energii a metabolismus bílkovin mají buněčný původ. Tyto geny byly s největší pravděpodobností získány prostřednictvím horizontální přenos genů od virových hostitelů.[30]

Chemie

Organismy jsou složité chemické systémy, organizované způsoby, které podporují reprodukci a určitou míru udržitelnosti nebo přežití. Vládnou stejné zákony, které upravují neživou chemii chemické procesy života. Obecně jsou to jevy celých organismů, které určují jejich vhodnost k prostředí, a tedy jejich přežití DNA -založené na genech.

Organismy jasně vděčí za svůj původ, metabolismus a mnoho dalších vnitřních funkcí chemickým jevům, zejména chemii velkých organických molekul. Organismy jsou složité systémy chemické sloučeniny že prostřednictvím interakce a prostředí hrají širokou škálu rolí.

Organismy jsou polouzavřené chemické systémy. I když jsou to jednotlivé jednotky života (jak to vyžaduje definice), nejsou uzavřeny prostředí kolem sebe. K provozu neustále přijímají a uvolňují energii. Autotrofy vyrábět využitelnou energii (ve formě organických sloučenin) pomocí světla ze slunce nebo anorganických sloučenin, zatímco heterotrofy přijímat organické sloučeniny z prostředí.

Primární chemický prvek v těchto sloučeninách je uhlík. The chemické vlastnosti tohoto prvku, jako je jeho velká afinita k vazbě s jinými malými atomy, včetně jiných atomů uhlíku, a jeho malá velikost, díky níž je schopen vytvářet více vazeb, je ideální jako základ organického života. Je schopen tvořit malé sloučeniny se třemi atomy (např oxid uhličitý ), stejně jako velké řetězce mnoha tisíců atomů, které mohou ukládat data (nukleové kyseliny ), držet buňky pohromadě a přenášet informace (bílkoviny).

Makromolekuly

Sloučeniny, které tvoří organismy, lze rozdělit na makromolekuly a další, menší molekuly. Čtyři skupiny makromolekul jsou nukleové kyseliny, bílkoviny, sacharidy a lipidy. Nukleové kyseliny (konkrétně deoxyribonukleová kyselina nebo DNA) ukládají genetická data jako sekvenci nukleotidy. Konkrétní sekvence čtyř různých typů nukleotidů (adenin, cytosin, guanin, a tymin ) diktovat mnoho vlastností, které tvoří organismus. Sekvence je rozdělena na kodony, z nichž každý je konkrétní sekvence tří nukleotidů a odpovídá konkrétnímu aminokyselina. Sekvence DNA tedy kóduje konkrétní protein, který díky chemickým vlastnostem aminokyselin, z nichž je vyroben, záhyby konkrétním způsobem, a tak vykonává určitou funkci.

Byly rozpoznány tyto proteinové funkce:

  1. Enzymy, které katalyzují všechny reakce metabolismu
  2. Strukturní proteiny, jako jsou tubulin nebo kolagen
  3. Regulační proteiny, jako např transkripční faktory nebo cykliny, které regulují buněčný cyklus
  4. Signální molekuly nebo jejich receptory, například některé hormony a jejich receptory
  5. Obranné proteiny, které mohou zahrnovat vše od protilátky z imunitní systém, na toxiny (např. dendrotoxiny hadů), na proteiny, které zahrnují neobvyklé aminokyseliny jako kanavanin

Dvojvrstva fosfolipidy tvoří membrána buněk, které tvoří bariéru, obsahují vše v buňce a brání sloučeninám ve volném průchodu do buňky a ven z buňky. Vzhledem k selektivní permeabilitě fosfolipidové membrány mohou přes ni procházet pouze specifické sloučeniny.

Struktura

Všechny organismy se skládají ze strukturních jednotek zvaných buňky; některé obsahují jednu buňku (jednobuněčnou) a jiné obsahují mnoho jednotek (vícebuněčných). Mnohobuněčné organismy jsou schopny buňky specializovat na vykonávání specifických funkcí. Skupina takových buněk je a tkáň a u zvířat se vyskytují jako čtyři základní typy, jmenovitě epitel, nervová tkáň, svalová tkáň, a pojivová tkáň. Několik druhů tkání pracuje společně ve formě orgán k dosažení určité funkce (jako je čerpání krve pomocí srdce, nebo jako bariéra pro životní prostředí jako kůže ). Tento vzorec pokračuje na vyšší úrovni a několik orgánů funguje jako systém orgánů tak jako rozmnožovací systém, a zažívací ústrojí. Mnoho mnohobuněčných organismů se skládá z několika orgánových systémů, které se koordinují a umožňují život.

Buňka

The buněčná teorie, poprvé vyvinut v roce 1839 Schleiden a Schwann, uvádí, že všechny organismy jsou složeny z jedné nebo více buněk; všechny buňky pocházejí z již existujících buněk; a buňky obsahují dědičné informace nezbytné pro regulaci funkcí buněk a pro přenos informací do další generace buněk.

Existují dva typy buněk, eukaryotické a prokaryotické. Prokaryotické buňky jsou obvykle singletony, zatímco eukaryotické buňky se obvykle nacházejí v mnohobuněčných organismech. Prokaryotickým buňkám chybí a jaderná membrána tak DNA je nevázaný v buňce; eukaryotické buňky mají jaderné membrány.

Všechny buňky, ať už prokaryotické nebo eukaryotické, mají a membrána, který obklopuje buňku, odděluje její vnitřek od jejího prostředí, reguluje, co se pohybuje dovnitř a ven, a udržuje elektrický potenciál článku. Uvnitř membrány, a Slaný cytoplazma zabírá většinu objemu buňky. Všechny buňky mají DNA, dědičný materiál geny, a RNA, obsahující informace nezbytné k stavět rozličný bílkoviny jako enzymy, primární zařízení buňky. Existují i ​​jiné druhy biomolekuly v buňkách.

Všechny buňky mají několik podobných charakteristik:[31]

Vývoj

Viz také: Původ života, Nejdříve známé formy života, a Společný sestup

Poslední univerzální společný předek

Precambrian stromatolity ve formaci Siyeh, Národní park Glacier. V roce 2002 příspěvek ve vědeckém časopise Příroda navrhl, aby tyto 3.5 Gya (miliard let) geologické útvary obsahovat zkamenělé sinice mikroby. To naznačuje, že jsou důkazem jedné z nejstarších známých forem života na Zemi.
Hlavní článek: Poslední univerzální společný předek
Další informace: Časová osa evoluční historie života

Poslední univerzální společný předek (LUCA) je nejnovější organismus, ze kterého nyní žijí všechny organismy na Zemi sestoupit.[32] Tak to je poslední společný předek veškerého současného života na Zemi. Odhaduje se, že LUCA někteří žili Před 3,5 až 3,8 miliardami let (někdy v Paleoarchean éra ).[33][34] Nejstarší důkazy o život na Zemi je grafit bylo zjištěno biogenní ve stáří 3,7 miliardy let metasedimentární horniny objeveno v Západní Grónsko[35] a mikrobiální mat fosilie nalezen u 3,48 miliard let starého pískovec objeveno v západní Austrálie.[36][37] Ačkoli se odhaduje, že vyhynulo více než 99 procent všech druhů, které kdy žily na planetě,[6][7] v současné době žije na Zemi 2 miliony až 1 bilion druhů života.[3]

Informace o časném vývoji života zahrnují vstupy z mnoha různých oblastí, včetně geologie a planetární věda. Tyto vědy poskytují informace o historii Země a změnách vyvolaných životem. Velké množství informací o rané Zemi však bylo v průběhu roku zničeno geologickými procesy čas.

Všechny organismy pocházejí ze společného předka nebo genofondu předků. Důkazy o společném původu lze nalézt ve vlastnostech sdílených všemi živými organismy. V době Darwina byly důkazy o sdílených vlastnostech založeny pouze na viditelném pozorování morfologických podobností, jako je skutečnost, že všichni ptáci mají křídla, dokonce i ti, kteří nelétají.

Z genetiky existují silné důkazy, že všechny organismy mají společného předka. Například každá živá buňka využívá nukleové kyseliny jako svůj genetický materiál a používá stejných dvacet aminokyseliny jako stavební kameny pro bílkoviny. Všechny organismy používají stejné genetický kód (s některými extrémně vzácnými a malými odchylkami) do přeložit sekvence nukleových kyselin do proteinů. Univerzálnost těchto znaků silně naznačuje společný původ, protože výběr mnoha z těchto znaků se zdá být libovolný. Horizontální přenos genů ztěžuje studium posledního univerzálního předka.[38] Díky univerzálnímu použití stejného genetického kódu, stejných nukleotidů a stejných aminokyselin je však existence takového předka naprosto pravděpodobná.[39]

Fylogeneze

LUA
 

Chlorobakterie (přijatý název = Chloroflexi)

 
 
 

Hadobakterie (= Skupina Deinococcus-Thermus)

 
Glykobakterie
 

Sinice

 
 
Gracilicutes
 

Spirochaetae

 
 
Sfingobakterie
 

Fibrobakterie

 
 
 

Chlorobi

 
 

Bacteroidetes

 
 
 
 
Planktobakterie
 

Planctomycetes

 
 
 

Chlamydie

 
 
 

Lentisphaerae

 
 

Verukomikrobie

 
 
 
 
Proteobakterie
Geobakterie
 

Deferribacteres

 
 

Acidobakterie

 
 
Thiobakterie
 

Deltaproteobakterie

 
 

Epsilonproteobakterie

 
 
Rhodobakterie
 

Alphaproteobacteria

 
Chromatibakterie
 

Betaproteobakterie

 
 

Gammaproteobakterie

 
 
 
 
 
 
 
Unibakterie
Eurybacteria
 

Thermotogae

 
 

Fusobakterie

 
 

Negativicutes

 
 
 
 

Endobakterie (= Firmicutes, Mollicutes)

 
 
 

Aktinobakterie

 
Neomura
 

Archaea

 
 

Eukarya

 
 
 
 
 
 
 
 
 

Umístění kořenového adresáře

LUCA používala Cesta dřeva – Ljungdahl nebo reduktivní acetyl – CoA fixovat uhlík.
Rozvětvení bakterií Phyla, viz Bakteriální kmen.

Nejčastěji přijímané umístění kořenového adresáře strom života je mezi a monofyletický doména Bakterie a a clade tvořil Archaea a Eukaryota toho, co je na základě několika molekulárních studií označováno jako „tradiční strom života“.[40][41][42][43][44][45] Velmi malá menšina studií dospěla k odlišným závěrům, konkrétně k tomu, že kořen je v doméně Bakterie, buď v kmeni Firmicutes[46] nebo že kmen Chloroflexi je bazální k clade s Archeaou a Eukaryotes a zbytkem bakterií, jak navrhuje Thomas Cavalier-Smith.[47]

Výzkum publikovaný v roce 2016 autorem William F. Martin genetickou analýzou 6,1 milionu genů kódujících proteiny ze sekvenovaných prokaryotických genomů různých fylogenetických stromů identifikoval 355 proteinových shluků z 286 514 proteinových shluků, které byly pravděpodobně společné pro LUCA. Výsledky „zobrazují LUCA as anaerobní, CO2-pevnění, H2-závislý s a Cesta dřevo – Ljungdahl (redukční acetyl-koenzym A cesta), N2- fixační a termofilní. Biochemie LUCA byla plná shluků FeS a radikálních reakčních mechanismů. Jeho kofaktory odhalují závislost na přechodné kovy, flaviny, S-adenosyl methionin, koenzym A, ferredoxin, molybdopterin, corrins a selen. Je vyžadován jeho genetický kód nukleosid modifikace a závislé na S-adenosylmethioninu methylace "Výsledky zobrazují methanogenní klostria jako bazální clade v 355 zkoumaných liniích a naznačuje, že LUCA obýval anaerobní hydrotermální ventilace nastavení v geochemicky aktivním prostředí bohatém na H2, CO2a železo.[8] Identifikace těchto genů přítomných v LUCA však byla kritizována, což naznačuje, že mnoho proteinů, u nichž se předpokládá přítomnost v LUCA, představuje pozdější horizontální přenosy genů mezi archeaou a bakteriemi.[48]

Reprodukce

Hlavní článek: Reprodukce

Sexuální reprodukce je rozšířený mezi současnými eukaryoty a pravděpodobně byl přítomen u posledního společného předka.[49] To naznačuje nález základní sady genů pro meiózu u potomků linií, které se brzy lišily od eukaryotického evolučního stromu.[50] a Malik et al.[51] Je dále podpořen důkazy, že eukaryoty dříve považované za „starověké asexuály“, jako např Améba, byly v minulosti pravděpodobně sexuální, a že většina současných nepohlavních améboidních linií pravděpodobně vznikla nedávno a nezávisle.[52]

U prokaryot přirozená bakteriální transformace zahrnuje přenos DNA z jedné bakterie na druhou a integraci dárcovské DNA do chromozomu příjemce rekombinací. Přirozená bakteriální transformace je považována za primitivní sexuální proces a dochází k ní jak u bakterií, tak u archaeí, ačkoli byla studována hlavně u bakterií. Transformace je zjevně bakteriální adaptací a nikoli náhodným výskytem, ​​protože závisí na mnoha genových produktech, které vzájemně specificky interagují, aby vstoupily do stavu přirozená kompetence provést tento složitý proces.[53] Transformace je běžný způsob přenosu DNA mezi prokaryoty.[54]

Horizontální přenos genů

Hlavní článek: Horizontální přenos genů

Původ živých organismů byl tradičně rekonstruován z morfologie, ale je stále více doplňován fylogenetikou - rekonstrukcí fylogenetů porovnáním genetické (DNA) sekvence.

Porovnání sekvencí naznačuje nedávné horizontální přenos mnoha genů mezi různými druh včetně přes hranice fylogenetické "domény". Stanovení fylogenetické historie druhu tedy nelze provést přesvědčivě stanovením evolučních stromů pro jednotlivé geny.[55]

Biolog Peter Gogarten naznačuje, že „původní metafora stromu již neodpovídá údajům z nedávného výzkumu genomu“, proto „by biologové (měli) použít metaforu mozaiky k popisu různých dějin kombinovaných v jednotlivých genomech a použít síť pro vizualizaci bohaté výměny a kooperativních účinků HGT mezi mikroby. “[56]

Budoucnost života (klonování a syntetické organismy)

Moderní biotechnologie je výzvou pro tradiční pojmy organismus a druh. Klonování je proces vytváření nového mnohobuněčného organismu, geneticky identického s jiným, s potenciálem vytváření zcela nových druhů organismů. Klonování je předmětem hodně etické debaty.

V roce 2008 Institut J. Craiga Ventera sestavil syntetický bakteriální genom, Mycoplasma genitalium pomocí rekombinace 25 překrývajících se fragmentů DNA v kvasinkách v jednom kroku. Použití kvasinkové rekombinace výrazně zjednodušuje sestavování velkých molekul DNA ze syntetických i přírodních fragmentů.[57] Jiné společnosti, jako např Syntetická genomika, již byly vytvořeny za účelem využití mnoha komerčních využití genomů navržených na míru.

Viz také

Reference

  1. ^ Hine, RS. (2008). Slovník biologie (6. vydání). Oxford: Oxford University Press. str. 461. ISBN  978-0-19-920462-5.
  2. ^ Cavalier-Smith T. (1987). "Původ eukaryotických a archebakteriálních buněk". Annals of the New York Academy of Sciences. 503 (1): 17–54. Bibcode:1987NYASA.503 ... 17C. doi:10.1111 / j.1749-6632.1987.tb40596.x. PMID  3113314. S2CID  38405158.
  3. ^ A b Brendan B. Larsen; Elizabeth C. Miller; Matthew K. Rhodes; John J. Wiens (září 2017). „Násobení a distribuce nadměrné laskavosti: Počet druhů na Zemi a nový život“ (PDF). Čtvrtletní přehled biologie. 92 (3): 230. Citováno 11. listopadu 2019.
  4. ^ Anderson, Alyssa M. (2018). „Popis neobjevených“. Chironomus: Journal of Chironomidae Research (31): 2–3. doi:10.5324 / cjcr.v0i31.2887.
  5. ^ Kunin, W. E.; Gaston, Kevin, eds. (1996). Biologie vzácnosti: Příčiny a důsledky vzácných - běžných rozdílů. ISBN  978-0-412-63380-5. Citováno 26. května 2015.
  6. ^ A b Stearns, Beverly Peterson; Stearns, S.C .; Stearns, Stephen C. (2000). Sledování, na pokraji vyhynutí. Yale University Press. str. předmluva x. ISBN  978-0-300-08469-6. Citováno 30. května 2017.
  7. ^ A b Nováček, Michael J. (8. listopadu 2014). „Brilantní budoucnost pravěku“. New York Times. Citováno 25. prosince 2014.
  8. ^ A b Weiss, Madeline C .; Sousa, Filipa L .; Mrnjavac, Natalia; Neukirchen, Sinje; Roettger, Mayo; Nelson-Sathi, Shijulal; Martin, William F. (2016). "Fyziologie a stanoviště posledního univerzálního společného předka". Přírodní mikrobiologie. 1 (9): 16116. doi:10.1038 / nmicrobiol.2016.116. PMID  27562259. S2CID  2997255.
  9. ^ Wade, Nicholas (25. července 2016). „Seznamte se s Lucem, předkem všeho živého“. New York Times. Citováno 25. července 2016.
  10. ^ ὄργανον. Liddell, Henry George; Scott, Robert; Řecko-anglický lexikon na Projekt Perseus
  11. ^ "organismus". Online slovník etymologie.
  12. ^ Kant I., Kritika soudu: §64.
  13. ^ "organismus". Slovník komor 21. století (online vydání). 1999.
  14. ^ "organismus". Oxfordský anglický slovník (Online ed.). Oxford University Press. 2004. (Předplatné nebo zúčastněné instituce členství Požadované.)
  15. ^ Kelly, Kevin (1994). Mimo kontrolu: nová biologie strojů, sociálních systémů a ekonomického světa. Boston: Addison-Wesley. str.98. ISBN  978-0-201-48340-6.
  16. ^ Dupré, J. (2010). "Polygenomický organismus". Sociologický přehled. 58: 19–99. doi:10.1111 / j.1467-954X.2010.01909.x. S2CID  142512990.
  17. ^ Folse Hj, 3 .; Roughgarden, J. (2010). „Co je to individuální organismus? Víceúrovňová perspektiva výběru“. Čtvrtletní přehled biologie. 85 (4): 447–472. doi:10.1086/656905. PMID  21243964.CS1 maint: číselné názvy: seznam autorů (odkaz)
  18. ^ Pradeu, T. (2010). „Co je to organismus? Imunologická odpověď“. Dějiny a filozofie věd o živé přírodě. 32 (2–3): 247–267. PMID  21162370.
  19. ^ Clarke, E. (2010). „Problém biologické individuality“. Biologická teorie. 5 (4): 312–325. doi:10.1162 / BIOT_a_00068. S2CID  28501709.
  20. ^ Gardner, A .; Grafen, A. (2009). "Zachycení superorganismu: formální teorie skupinové adaptace". Journal of Evolutionary Biology. 22 (4): 659–671. doi:10.1111 / j.1420-9101.2008.01681.x. PMID  19210588. S2CID  8413751.
  21. ^ Michod, RE (1999). Darwinovská dynamika: evoluční přechody ve fitness a individualitě. Princeton University Press. ISBN  978-0-691-05011-9.
  22. ^ Queller, D.C .; J.E.Strassmann (2009). „Mimo společnost: vývoj organismu“. Filozofické transakce Královské společnosti B: Biologické vědy. 364 (1533): 3143–3155. doi:10.1098 / rstb.2009.0095. PMC  2781869. PMID  19805423.
  23. ^ Santelices B. (1999). „Kolik druhů jedinců je?“. Trendy v ekologii a evoluci. 14 (4): 152–155. doi:10.1016 / s0169-5347 (98) 01519-5. PMID  10322523.
  24. ^ Wilson, R (2007). "Biologická představa jednotlivce". Stanfordská encyklopedie filozofie.
  25. ^ Longo, Giuseppe; Montévil, Maël (2014). Pohledy na organismy - Springer. Poznámky k přednášce v morfogenezi. doi:10.1007/978-3-642-35938-5. ISBN  978-3-642-35937-8. S2CID  27653540.
  26. ^ Pepper, J.W .; M. Herron (2008). „Potřebuje biologie koncept organismu?“. Biologické recenze. 83 (4): 621–627. doi:10.1111 / j.1469-185X.2008.00057.x. PMID  18947335. S2CID  4942890.
  27. ^ Wilson, J (2000). "Ontologické řeznictví: pojmy organismu a biologické zobecnění". Filozofie vědy. 67: 301–311. doi:10.1086/392827. JSTOR  188676.
  28. ^ Bateson, P. (2005). „Návrat celého organismu“. Journal of Biosciences. 30 (1): 31–39. doi:10.1007 / BF02705148. PMID  15824439. S2CID  26656790.
  29. ^ Dawkins, Richarde (1982). Rozšířený fenotyp. Oxford University Press. ISBN  978-0-19-286088-0.
  30. ^ A b Moreira, D .; López-García, P.N. (2009). "Deset důvodů k vyloučení virů ze stromu života". Příroda Recenze Mikrobiologie. 7 (4): 306–311. doi:10.1038 / nrmicro2108. PMID  19270719. S2CID  3907750.
  31. ^ Univerzální vlastnosti buněk na Zemi v kapitole 1 Molekulární biologie buňky čtvrté vydání, editoval Bruce Alberts (2002) vydané Garland Science.
  32. ^ Theobald, D.L.I (2010), „Formální test teorie univerzálního společného původu“, Příroda, 465 (7295): 219–222, Bibcode:2010Natur.465..219T, doi:10.1038 / nature09014, PMID  20463738, S2CID  4422345
  33. ^ Doolittle, W.F. (2000), „Vykořenění stromu života“ (PDF), Scientific American, 282 (6): 90–95, Bibcode:2000SciAm.282b..90D, doi:10.1038 / scientificamerican0200-90, PMID  10710791, archivovány z originál (PDF) dne 31. ledna 2011.
  34. ^ Glansdorff, N .; Xu, Y; Labedan, B. (2008), „Poslední univerzální společný předek: Vznik, ústava a genetické dědictví nepolapitelného předchůdce“, Biology Direct, 3: 29, doi:10.1186/1745-6150-3-29, PMC  2478661, PMID  18613974.
  35. ^ Yoko Ohtomo; Takeshi Kakegawa; Akizumi Ishida; Toshiro Nagase; Minik T. Rosing (8. prosince 2013). „Důkazy o biogenním grafitu v časných archaeanských metasedimentárních horninách Isua“. Nature Geoscience. 7 (1): 25–28. Bibcode:2014NatGe ... 7 ... 25O. doi:10.1038 / ngeo2025.
  36. ^ Borenstein, Seth (13. listopadu 2013). „Nalezena nejstarší fosílie: Seznamte se se svou mikrobiální matkou“. Zprávy AP. Citováno 15. listopadu 2013.
  37. ^ Noffke, Nora; Christian, Daniel; Wacey, David; Hazen, Robert M. (8. listopadu 2013). „Mikrobiálně indukované sedimentární struktury zaznamenávající starověký ekosystém ve formaci prádelníku staré asi 3,48 miliardy let, Pilbara, západní Austrálie“. Astrobiologie. 13 (12): 1103–1124. Bibcode:2013AsBio..13.1103N. doi:10.1089 / ast.2013.1030. PMC  3870916. PMID  24205812.
  38. ^ Doolittle, W. Ford (2000). „Vykořenění stromu života“ (PDF). Scientific American. 282 (6): 90–95. Bibcode:2000SciAm.282b..90D. doi:10.1038 / scientificamerican0200-90. PMID  10710791. Archivovány od originál (PDF) dne 7. září 2006.
  39. ^ Theobald, Douglas L. (13. května 2010), „Formální test teorie univerzálního společného původu“, Příroda, 465 (7295): 219–222, Bibcode:2010Natur.465..219T, doi:10.1038 / nature09014, ISSN  0028-0836, PMID  20463738, S2CID  4422345.
  40. ^ Brown, J. R.; Doolittle, W.F. (1995). „Kořen univerzálního stromu života založený na duplikátech genů starodávné aminoacyl-tRNA syntetázy“. Proc Natl Acad Sci U S A. 92 (7): 2441–2445. Bibcode:1995PNAS ... 92.2441B. doi:10.1073 / pnas.92.7.2441. PMC  42233. PMID  7708661.
  41. ^ Gogarten, J.P .; Kibak, H .; Dittrich, P .; Taiz, L .; Bowman, E.J .; Bowman, B.J .; Manolson, M.F .; et al. (1989). „Vývoj vakuové H + -ATPázy: důsledky pro původ eukaryot“. Proc Natl Acad Sci U S A. 86 (17): 6661–6665. Bibcode:1989PNAS ... 86.6661G. doi:10.1073 / pnas.86.17.6661. PMC  297905. PMID  2528146.
  42. ^ Gogarten, J.P .; Taiz, L. (1992). „Evoluce protonových čerpacích ATPáz: zakořenění stromu života“. Fotosyntetický výzkum. 33 (2): 137–146. doi:10.1007 / BF00039176. PMID  24408574. S2CID  20013957.
  43. ^ Gribaldo, S; Cammarano, P (1998). „Kořen univerzálního stromu života odvozený z dávných duplikovaných genů kódujících komponenty zařízení zaměřeného na proteiny“. Journal of Molecular Evolution. 47 (5): 508–516. Bibcode:1998JMolE..47..508G. doi:10.1007 / pl00006407. PMID  9797401. S2CID  21087045.
  44. ^ Iwabe, Naoyuki; Kuma, Kei-Ichi; Hasegawa, Masami; Osawa, Syozo; Zdroj Miyata, Takashi; Hasegawa, Masami; Osawa, Syozo; Miyata, Takashi (1989). „Evoluční vztah archeobakterií, eubakterií a eukaryot odvozený z fylogenetických stromů duplikovaných genů“. Proc Natl Acad Sci U S A. 86 (23): 9355–9359. Bibcode:1989PNAS ... 86,9355I. doi:10.1073 / pnas.86.23.9355. PMC  298494. PMID  2531898.
  45. ^ Boone, David R .; Castenholz, Richard W .; Garrity, George M., eds. (2001). The Archaea a hluboce se rozvětvující a fototrofní Bakterie. Bergeyho příručka systematické bakteriologie. Springer. doi:10.1007/978-0-387-21609-6. ISBN  978-0-387-21609-6. S2CID  41426624.[stránka potřebná ]
  46. ^ Valas, R.E .; Bourne, P.E. (2011). „Původ odvozené superknihy: jak grampozitivní bakterie přešla pouští, aby se stala archeonem“. Biology Direct. 6: 16. doi:10.1186/1745-6150-6-16. PMC  3056875. PMID  21356104.
  47. ^ Cavalier-Smith T (2006). „Zakořenění stromu života analýzou přechodu“. Biology Direct. 1: 19. doi:10.1186/1745-6150-1-19. PMC  1586193. PMID  16834776.
  48. ^ Gogarten, JP; Deamer, D (listopad 2016). „Je LUCA termofilní předek?“. Nat Microbiol. 1 (12): 16229. doi:10.1038 / nmicrobiol.2016.229. PMID  27886195. S2CID  205428194.
  49. ^ Dacks J; Roger AJ (červen 1999). "První sexuální linie a význam fakultativního sexu". J. Mol. Evol. 48 (6): 779–783. Bibcode:1999JMolE..48..779D. doi:10.1007 / PL00013156. PMID  10229582. S2CID  9441768.
  50. ^ Ramesh MA; Malik SB; Logsdon JM (leden 2005). „Fylogenomický soupis meiotických genů; důkazy o sexu v Giardii a časný eukaryotický původ meiózy“. Curr. Biol. 15 (2): 185–191. doi:10.1016 / j.cub.2005.01.003. PMID  15668177. S2CID  17013247.
  51. ^ Malik SB; Pightling AW; Stefaniak LM; Schurko AM; Logsdon JM (2008). „Rozšířený soupis konzervovaných meiotických genů poskytuje důkazy o pohlaví v Trichomonas vaginalis“. PLOS ONE. 3 (8): e2879. Bibcode:2008PLoSO ... 3,2879 mil. doi:10,1371 / journal.pone.0002879. PMC  2488364. PMID  18663385.
  52. ^ Lahr DJ; Parfrey LW; Mitchell EA; Katz LA; Lara E (červenec 2011). „Cudnost améb: přehodnocování důkazů o sexu v améboidních organismech“. Proc. Biol. Sci. 278 (1715): 2081–2090. doi:10.1098 / rspb.2011.0289. PMC  3107637. PMID  21429931.
  53. ^ Chen I; Dubnau D (březen 2004). "Příjem DNA během bakteriální transformace". Nat. Rev. Microbiol. 2 (3): 241–249. doi:10.1038 / nrmicro844. PMID  15083159. S2CID  205499369.
  54. ^ Johnsborg O; Eldholm V; Håvarstein LS (prosinec 2007). "Přirozená genetická transformace: prevalence, mechanismy a funkce". Res. Microbiol. 158 (10): 767–778. doi:10.1016 / j.resmic.2007.09.004. PMID  17997281.
  55. ^ Stát Oklahoma - Horizontální přenos genů
  56. ^ Peter Gogarten. „Horizontální přenos genů - nové paradigma pro biologii“. esalenctr.org. Citováno 20. srpna 2011.
  57. ^ Gibsona, Daniel G .; Benders, Gwynedd A .; Axelroda, Kevin C .; et al. (2008). "Jednokrokové sestavení v kvasinkách 25 překrývajících se fragmentů DNA za vzniku kompletního syntetického genomu Mycoplasma genitalium". PNAS. 105 (51): 20404–20409. Bibcode:2008PNAS..10520404G. doi:10.1073 / pnas.0811011106. PMC  2600582. PMID  19073939.

externí odkazy