Avsunviroidae - Avsunviroidae
Avsunviroidae | |
---|---|
Klasifikace virů ![]() | |
(bez hodnocení): | Virus |
Oblast: | incertae sedis |
Království: | incertae sedis |
Kmen: | incertae sedis |
Třída: | incertae sedis |
Objednat: | incertae sedis |
Rodina: | Avsunviroidae |
Rody | |
The Avsunviroidae jsou rodina viroidy. Existují čtyři druhy ve třech rodech (Avsunviroid, Elaviroid a Pelamoviroid ).[1] Skládají se z genomů RNA mezi 246-375 nukleotidy v délce. Jsou to jednovláknové kovalentní kruhy a mají intramolekulární párování bází. Všem členům chybí centrální konzervovaný region.[2]
Replikace
K replikaci dochází v chloroplasty rostlinných buněk. Mezi klíčové vlastnosti replikace patří, že není vyžadován žádný pomocný virus a nejsou kódovány žádné proteiny. Na rozdíl od jiné rodiny viroidy, Pospiviroidae, Avsunviroidae se předpokládá, že se replikují prostřednictvím symetrického válcovacího mechanismu. Předpokládá se, že pozitivní řetězec RNA působí jako templát pro tvorbu negativních řetězců pomocí enzymu považovaného za RNA polymerázu plus 3 II. Negativní řetězce RNA se poté štěpí aktivitou ribozymu a cirkulují. Druhý mechanismus rotujícího kruhu tvoří pozitivní vlákno, které je také štěpeno aktivitou ribozymu a poté ligováno, aby se stalo kruhovým. Místo replikace není známo, ale předpokládá se, že je v chloroplastu a v přítomnosti Mg2+ ionty.[2]
Struktura
Předpovědi struktury naznačují, že existují buď jako tyčinkovité molekuly s oblastmi párování bází způsobující tvorbu některých smyček vlasových pinů, nebo mají rozvětvené konfigurace.[2][3]
Rodina má čtyři úseky konzervovaných nukleotidů, guuuc, vidíš, ucag, ac od 5 'do 3', plus jejich párování Watson-Crick na druhém konci smyčky. To je jeho součástí ribozym hammerhead.[1]
Klasifikace
Rodina má tři rody, celkem pět druhů.[2]
- Rodina Avsunviroidae
- Rod Avsunviroid; druh druhu: Avokádový sluneční paprsek viroid
- Druh: Avokádový sluneční paprsek viroid
- Rod Elaviroid; druh druhu: Latentní viroid lilku
- Druh: Latentní viroid lilku
- Rod Pelamoviroid; druh druhu: Broskvový latentní mozaikový viroid
- Druh: Aplikační kladívkový viroid, Chryzantéma chlorotický skvrnitý viroid a Broskvový latentní mozaikový viroid
- Rod Avsunviroid; druh druhu: Avokádový sluneční paprsek viroid
Detekce
Nedostatek dlouhé, centrálně konzervované oblasti činí Avsunviroidae hůře identifikovatelným než Pospiviroidae. Metodou jejich detekce je použití jejich kruhovitosti: počítač dokáže sestavit mnoho překrývajících se čtení, která se při lineárním umístění zdají tvořit opakování.[4]
Reference
- ^ A b Di Serio, F; Li, SF; Matoušek, J; Owens, RA; Pallás, V; Randles, JW; Sano, T; Verhoeven, JTJ; Vidalakis, G; Flores, R; Zpráva ICTV, konsorcium (květen 2018). „Profil taxonomie virů ICTV: Avsunviroidae“. The Journal of General Virology. 99 (5): 611–612. doi:10.1099 / jgv.0.001045. PMID 29580320.
- ^ A b C d „Online zpráva ICTV Avsunviroidae“.
- ^ Giguère, T; Adkar-Purushothama, ČR; Bolduc, F; Perreault, JP (říjen 2014). „Objasnění struktur všech členů rodiny Avsunviroidae“. Molekulární rostlinná patologie. 15 (8): 767–79. doi:10,1111 / mpp.12130. PMC 6638799. PMID 25346967.
- ^ Wu, Q; Wang, Y; Cao, M; Pantaleo, V; Burgyan, J; Li, WX; Ding, SW (6. března 2012). „Na homologii nezávislý objev replikujících se patogenních kruhových RNA pomocí hloubkového sekvenování a nového výpočetního algoritmu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 109 (10): 3938–43. Bibcode:2012PNAS..109,3938W. doi:10.1073 / pnas.1117815109. PMC 3309787. PMID 22345560.
externí odkazy
- Zpráva o ICTV online (10.); Avsunviroidae
- Mikrobiologie Bytes: Viroidy, archivovány z originál dne 2007-02-24, vyvoláno 2007-03-16
- Popis rostlinných virů - Avsunviroidae, vyvoláno 2007-03-16
- STUDIE NA KATALYTICKÝCH MOLEKULECH RNA RELEVANTNÍCH K HYPOTÉZE SVĚTA RNA (PDF), archivovány z originál (PDF) dne 22.07.2011