Nikotinát-nukleotid - dimethylbenzimidazol fosforibosyltransferáza - Nicotinate-nucleotide—dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
| nikotinát-nukleotid-dimethylbenzimidazol fosforibosyltransferáza | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| EC číslo | 2.4.2.21 | ||||||||
| Číslo CAS | 37277-76-2 | ||||||||
| Databáze | |||||||||
| IntEnz | IntEnz pohled | ||||||||
| BRENDA | Vstup BRENDA | ||||||||
| EXPASY | Pohled NiceZyme | ||||||||
| KEGG | Vstup KEGG | ||||||||
| MetaCyc | metabolická cesta | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB struktur | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Genová ontologie | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
| Fosforibosyltransferáza | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 krystalová struktura kobt z Thermus thermophilus hb8 | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | DBI_PRT | ||||||||
| Pfam | PF02277 | ||||||||
| InterPro | IPR003200 | ||||||||
| SCOP2 | 1d0s / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd02439 | ||||||||
| |||||||||
v enzymologie, a nikotinát-nukleotid-dimethylbenzimidazol fosforibosyltransferáza (ES 2.4.2.21 ) je enzym že katalyzuje the chemická reakce
- beta-nikotinát D-ribonukleotid + 5,6-dimethylbenzimidazol nikotinát + alfa-ribazol 5'-fosfát
Tedy dva substráty tohoto enzymu jsou beta-nikotinát D-ribonukleotid a 5,6-dimethylbenzimidazol, zatímco jeho dva produkty jsou nikotinát a alfa-ribazol 5'-fosfát.
Tento enzym patří do rodiny glykosyltransferázy, konkrétně pentosyltransferázy. The systematické jméno této třídy enzymů je nikotinát-nukleotid: 5,6-dimethylbenzimidazol fosfo-D-ribosyltransferáza. Mezi další běžně používaná jména patří CobT, nikotinát mononukleotid-dimethylbenzimidazol fosforibosyltransferáza, nikotinát ribonukleotid: benzimidazol (adenin) fosforibosyltransferáza, nikotinát-nukleotid: dimethylbenzimidazol fosfo-D-ribosyltransferáza, a nikotinát mononukleotid (NaMN): 5,6-dimethylbenzimidazol fosforibosyltransferáza. Tento enzym je součástí biosyntetické cesty k kobalamin (vitamin B12) v bakterie.
Funkce
Tento enzym hraje ústřední roli při syntéze alfa-ribazol-5'-fosfátu, an středně pokročilí pro nižší ligand z kobalamin.[1] Je to jeden z enzymy z anaerobní cesta z kobalamin biosyntéza a jeden ze čtyř bílkoviny (CobU, CobT, CobC a CobS) podílející se na syntéze dolního ligandu a sestavení nukleotid smyčka.[2][3]
Biosyntéza kobalaminu
Vitamin B12 (kobalamin ) se používá jako a kofaktor v řadě reakcí katalyzovaných enzymy v bakterie, archaea a eukaryoty.[4] Biosyntetická cesta k adenosylkobalamin z jeho pětikarbonového prekurzoru, kyseliny 5-aminolaevulinové, lze rozdělit do tří částí: (1) biosyntéza z uroporphyrinogen III z 5-aminolaevulinové kyseliny; (2) přeměna uroporfyrinogenu III na kruhově stažený, deacylovaný meziprodukt precorrin 6 nebo kobalt-precorrin 6; a (3) transformace tohoto meziproduktu na formu adenosylkobalamin.[5] Cobalamin je syntetizován bakteriemi a archeami dvěma alternativními způsoby, které se liší primárně v krocích v části 2, které vedou ke kontrakci makrocyklus a excize extrudovaného uhlík molekula (a jeho přiložený methyl skupina).[6] Jedna cesta (příkladem je Pseudomonas denitrificans ) zahrnuje molekulární kyslík do makrocyklu jako předpoklad k prstencové kontrakci, a proto byl označen jako aerobní cesta. Alternativní, anaerobní cesta (příkladem je Salmonella typhimurium ) využívá výhody a chelátovaný kobalt iontu, v nepřítomnosti kyslíku, připravit půdu pro kontrakci prstence.[5]
Strukturální studie
Ke konci roku 2007, 28 struktur byly pro tuto třídu enzymů vyřešeny pomocí PDB přístupové kódy 1D0S, 1D0V, 1JH8, 1JHA, 1JHM, 1JHP, 1JHQ, 1JHR, 1JHU, 1JHV, 1JHX, 1JHY, 1L4B, 1L4E, 1L4F, 1L4G, 1L4H, 1L4K, 1L4L, 1L4M, 1L4N, 1L5F, 1L5K, 1L5L, 1L5M, 1L5N, 1L5O, a 1WX1.
Reference
- ^ Trzebiatowski JR, O'Toole GA, Escalante-Semerena JC (červen 1994). „Gen cobT Salmonella typhimurium kóduje NaMN: 5,6-dimethylbenzimidazol fosforibosyltransferázu odpovědnou za syntézu N1- (5-fosfo-alfa-D-ribosyl) -5,6-dimethylbenzimidazolu, meziproduktu při syntéze nukleotidu smyčka kobalaminu ". J. Bacteriol. 176 (12): 3568–75. doi:10.1128 / jb.176.12.3568-3575.1994. PMC 205545. PMID 8206834.
- ^ Cheong CG, Escalante-Semerena JC, Rayment I (říjen 2002). „Zachycení labilního substrátu vyloučením molekul vody z aktivního místa nikotinátmononukleotidu: 5,6-dimethylbenzimidazol fosforibosyltransferáza (CobT) ze Salmonella enterica“. J. Biol. Chem. 277 (43): 41120–7. doi:10,1074 / jbc.M203535200. PMID 12101181.
- ^ Lawrence JG, Roth JR (listopad 1995). „Kobalamin (koenzym B12) biosyntetické geny Escherichia coli“. J. Bacteriol. 177 (22): 6371–80. doi:10.1128 / jb.177.22.6371-6380.1995. PMC 177486. PMID 7592411.
- ^ Raux E, Lanois A, Levillayer F, Warren MJ, Brody E, Rambach A, Thermes C (únor 1996). „Salmonella typhimurium cobalamin (vitamin B12) biosyntetické geny: funkční studie u S. typhimurium a Escherichia coli“. J. Bacteriol. 178 (3): 753–67. doi:10.1128 / jb.178.3.753-767.1996. PMC 177722. PMID 8550510.
- ^ A b Scott AI, Roessner CA (srpen 2002). "Biosyntéza kobalaminu (vitamin B (12))". Biochem. Soc. Trans. 30 (4): 613–20. doi:10.1042 / bst0300613. PMID 12196148.
- ^ Roessner CA, Santander PJ, Scott AI (2001). "Více biosyntetických drah pro vitamin B12: variace na ústřední téma". Biosyntéza kofaktorů. Vitam. Horm. Vitamíny a hormony. 61. 267–97. doi:10.1016 / s0083-6729 (01) 61009-4. ISBN 9780127098616. PMID 11153269.
Další čtení
- Friedmann HC (1965). „Částečné čištění a vlastnosti trans-N-glykosidázy s jedním posunem“. J. Biol. Chem. 240: 413–8. PMID 14253445.
- Friedmann HC, Fyfe JA (1969). "Biosyntéza pseudovitaminu B12. Enzymatická tvorba nové kyseliny adenylové, 7-alfa-D-ribofuranosyladenin 5'-fosfátu". J. Biol. Chem. 244 (7): 1667–71. PMID 5780835.
- Fyfe JA, Friedmann HC (1969). "Biosyntéza vitaminu B 12. Enzymové studie tvorby prekurzoru alfa-glykosidových nukleotidů". J. Biol. Chem. 244 (7): 1659–66. PMID 4238408.
- Cauchois L, Thibaut D, Debussche L, Crouzet J (1991). „Genetická analýza, nukleotidová sekvence a produkty dvou genů klasu Pseudomonas denitrificans kódujících nikotinát-nukleotid: dimethylbenzimidazol fosforibosyltransferázu a kobalamin (5'-fosfát) syntázu“. J. Bacteriol. 173 (19): 6066–73. doi:10.1128 / jb.173.19.6066-6073.1991. PMC 208353. PMID 1917841.
- Cheong CG, Escalante-Semerena JC, Rayment I (2001). „Strukturální zkoumání biosyntézy alternativních nižších ligandů pro kobamidy nikotinátmononukleotidem: 5,6-dimethylbenzimidazol fosforibosyltransferáza ze Salmonella enterica“. J. Biol. Chem. 276 (40): 37612–20. doi:10,1074 / jbc.M105390200. PMID 11441022.
- Cheong CG, Escalante-Semerena JC, Rayment I (2002). „Zachycení labilního substrátu vyloučením molekul vody z aktivního místa nikotinátmononukleotidu: 5,6-dimethylbenzimidazol fosforibosyltransferáza (CobT) ze Salmonella enterica“. J. Biol. Chem. 277 (43): 41120–7. doi:10,1074 / jbc.M203535200. PMID 12101181.
