ATP fosforibosyltransferáza - ATP phosphoribosyltransferase - Wikipedia
| ATP fosforibosyltransferáza | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 ATP fosforibosyltransferáza hexamer, Campylobacter jejuni | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| EC číslo | 2.4.2.17 | ||||||||
| Číslo CAS | 9031-46-3 | ||||||||
| Databáze | |||||||||
| IntEnz | IntEnz pohled | ||||||||
| BRENDA | Vstup BRENDA | ||||||||
| EXPASY | Pohled NiceZyme | ||||||||
| KEGG | Vstup KEGG | ||||||||
| MetaCyc | metabolická cesta | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB struktur | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Genová ontologie | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
| ATP fosforibosyltransferáza | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 struktura e.coli atp-fosforibosyltransferázy | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | HisG | ||||||||
| Pfam | PF01634 | ||||||||
| Pfam klan | CL0177 | ||||||||
| InterPro | IPR013820 | ||||||||
| STRÁNKA | PDOC01020 | ||||||||
| SCOP2 | 1nh8 / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
| HisG, C-koncová doména | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 atp fosforibosyltransferáza (atp-prtáza) z mycobacterium tuberculosis v komplexu s amp a histidinem | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | HisG_C | ||||||||
| Pfam | PF08029 | ||||||||
| Pfam klan | CL0089 | ||||||||
| InterPro | IPR013115 | ||||||||
| |||||||||
v enzymologie, an ATP fosforibosyltransferáza (ES 2.4.2.17 ) je enzym že katalyzuje the chemická reakce
- 1- (5-fosfo-D-ribosyl) -ATP + difosfát ATP + 5-fosfo-alfa-D-ribóza 1-difosfát
Tedy dva substráty tohoto enzymu jsou 1- (5-fosfo-D-ribosyl) -ATP a difosfát, zatímco jeho dva produkty jsou ATP a 5-fosfo-alfa-D-ribóza-1-difosfát.
Tento enzym patří do rodiny glykosyltransferázy, konkrétně pentosyltransferázy. The systematické jméno této třídy enzymů je 1- (5-fosfo-D-ribosyl) -ATP: difosfátfosfo-alfa-D-ribosyl-transferáza. Mezi další běžně používaná jména patří fosforibosyl-ATP pyrofosforyláza, adenosintrifosfát fosforibosyltransferáza, fosforibosyladenosintrifosfát: pyrofosfát, fosforibosyltransferáza, fosforibosyl ATP syntetáza, fosforibosyl ATP: pyrofosfát fosforibosyltransferáza, fosforibosyl-ATP: pyrofosfát-fosforibosyl fosfotransferáza, fosforibosyladenosintrifosfát pyrofosforyláza, a fosforibosyladenosintrifosfát syntetáza.
Tento enzym katalýzy první krok v biosyntéza z histidin v bakterie, houby a rostliny. Je členem většího fosforibosyltransferáza nadčeleď enzymy který katalyzovat kondenzace 5-fosfo-alfa-D-ribóza-1-difosfátu s dusíkaté báze v přítomnosti dvojmocný kov ionty.[1]
Biosyntéza histidinu je energeticky nákladný proces a aktivita ATP fosforibosyltransferázy podléhá kontrole na několika úrovních. Transkripční regulace je založen především na živina podmínky a určuje množství enzymu přítomného v buňce, zatímco zpětnovazebná inhibice rychle moduluje aktivitu v reakci na buněčný podmínky. Ukázalo se, že enzym je inhibován 1- (5-fosfo-D-ribosyl) -ATP, histidin, ppGpp (signál spojený s nepříznivými podmínkami prostředí) a ADP a AMP (které odrážejí celkový energie stav buňky). Protože tato cesta biosyntézy histidinu je přítomna pouze v prokaryoty, rostliny a houby, je tento enzym slibným cílem pro vývoj nových antimikrobiální sloučeniny a herbicidy.
ATP fosforibosyltransferáza se nachází ve dvou odlišných formách: dlouhá forma obsahující dvě katalytické domén a C-koncová regulační doména a krátká forma, ve které regulační doména chybí. Dlouhá forma je katalyticky kompetentní, ale v organismy s krátkou formou, a histidyl-tRNA syntetáza je vyžadován paralog, HisZ aktivita enzymu.[2]
The struktur z dlouhé formy enzymů z Escherichia coli a Mycobacterium tuberculosis byly určeny.[3][4] Interkonverze mezi různými formami je do značné míry reverzibilní a je ovlivněna vazbou přirozeného substráty a inhibitory enzymu. Dva katalytické domén jsou spojeny dvouvláknovou sítí beta-list a společně tvoří „periplazmatický skládací vazebný protein ". Štěrbina mezi těmito doménami obsahuje Aktivní stránky. C-koncová doména se přímo nepodílí na katalýze, ale zdá se, že se podílí na tvorbě hexamerů vyvolané vazbou inhibitory jako je histidin k enzymu, čímž reguluje aktivitu.
Strukturální studie
Ke konci roku 2007, 10 struktur byly pro tuto třídu enzymů vyřešeny pomocí PDB přístupové kódy 1H3D, 1NH7, 1NH8, 1O63, 1O64, 1Q1K, 1USY, 1VE4, 1Z7M, a 1Z7N.
Reference
- ^ Sinha SC, Smith JL (prosinec 2001). "Rodina proteinových PRT". Curr. Opin. Struct. Biol. 11 (6): 733–9. doi:10.1016 / S0959-440X (01) 00274-3. PMID 11751055.
- ^ Sissler M, Delorme C, Bond J, Ehrlich SD, Renault P, Francklyn C (srpen 1999). „Aminoacyl-tRNA syntetáza paralog s katalytickou rolí v biosyntéze histidinu“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (16): 8985–90. Bibcode:1999PNAS ... 96.8985S. doi:10.1073 / pnas.96.16.8985. PMC 17719. PMID 10430882.
- ^ Lohkamp B, McDermott G, Campbell SA, Coggins JR, Lapthorn AJ (únor 2004). "Struktura Escherichia coli ATP-fosforibosyltransferázy: identifikace vazebných míst pro substrát a způsob inhibice AMP". J. Mol. Biol. 336 (1): 131–44. doi:10.1016 / j.jmb.2003.12.020. PMID 14741209.
- ^ Cho Y, Sharma V, Sacchettini JC (březen 2003). "Krystalová struktura ATP fosforibosyltransferázy z Mycobacterium tuberculosis". J. Biol. Chem. 278 (10): 8333–9. doi:10,1074 / jbc.M212124200. PMID 12511575.
Další čtení
- AMES BN, MARTIN RG, GARRY BJ (1961). "První krok biosyntézy histidinu". J. Biol. Chem. 236: 2019–26. PMID 13682989.
- Martin RG (1963). "Fosforolýza nukleosidů králičí kostní dřeně: Povaha zpětnovazebné inhibice histidinem". J. Biol. Chem. 238: 257–268.
- Voll MJ, Appella E, Martin RG (1967). „Studie čištění a složení fosforibosyladenosintrifosfátu: pyrofosfátfosforibosyltransferáza, první enzym biosyntézy histidinu“. J. Biol. Chem. 242 (8): 1760–7. PMID 5337591.
