Projekt ARB - ARB Project

The Projekt ARB je bezplatný softwarový balíček pro fylogenetické analýza rRNA a další biologické sekvence, jako jsou aminokyseliny. Umožňuje inovativní a alternativní provedení fylogeneze. Poskytuje také snadné importování a sestavování genetických sekvencí z jakýchkoli organismů pomocí automatizovaného zarovnávače. Tento proces úprav lze znázornit do dvou podkategorií; „Editor primární struktury“ a „Editor sekundární struktury“. Komplexně to umožňuje nezbytné vyrovnání „fylogenetického stromování“. Software také umožňuje vizualizaci těchto biologických sekvencí, což uživateli umožňuje hlubší zážitek a interakci. To je zvláště nutné při porovnávání fylogenetických údajů z různých organismů.[1]

Úvod

Z vlastního popisu autorů[2]

ARB (z latiny altán, strom) Programový balíček ARB obsahuje řadu přímo interagujících softwarových nástrojů pro údržbu a analýzu sekvenční databáze, které jsou řízeny běžným grafické uživatelské prostředí. Ačkoli to bylo původně navrženo pro ribozomální RNA data lze použít pro libovolné nukleový a aminokyselina sekvenční data. Centrální databáze obsahuje zpracované (zarovnané) primární struktura data. Jakákoli další popisná data mohou být uložena do databázových polí přiřazených jednotlivým sekvencím nebo propojena prostřednictvím místních nebo celosvětových sítí. Fylogenetický strom vizualizovaný v hlavním okně lze použít pro přístup k datům a vizualizaci. Balíček obsahuje další nástroje pro import a export dat, zarovnání sekvence, primární a sekundární struktura editace, výpočet profilu a filtru, fylogenetické analýzy, návrh a vyhodnocení specifických hybridizačních sond a další komponenty pro analýzu dat. V současné době balíček používá mnoho pracovních skupin po celém světě.

Reference

  1. ^ Kumar, Yadhu. „Projekt ARB“ (PDF).
  2. ^ Ludwig, W. (23. února 2004). „ARB: softwarové prostředí pro sekvenční data“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (4): 1363–1371. doi:10.1093 / nar / gkh293. PMC  390282. PMID  14985472.

externí odkazy