Chloroflexi (třída) - Chloroflexi (class)

Chloroflexie
Vědecká klasifikace
Doména:
Bakterie
Kmen:
Chloroflexi
Třída:
Chloroflexie

Gupta a kol. 2013
Objednávky a podřádky

Herpetosiphonales
Chloroflexales

Synonyma

Chloroflexie Castenholz 2001

The Chloroflexie jsou jednou ze šesti tříd bakterie v kmen Chloroflexi, známý jako vláknitý zelené nesírové bakterie. Používají světlo pro energii a jsou pojmenovány podle svého zeleného pigmentu, který se obvykle nachází ve fotosyntetických tělech zvaných chlorosomy.

Chloroflexie jsou obvykle vláknité a mohou se pohybovat bakteriální klouzání. Jsou fakultativně aerobní, ale neprodukují kyslík v procesu výroby energie ze světla, nebo fototrofie. Chloroflexie navíc mají jinou metodu fototrofie (fotoheterotrofie ) než pravda fotosyntetizující bakterie.

Etymologie

Název „Chloroflexi“ je neolatinovým množným číslem „Chloroflexus“, což je název prvního popsaného rodu. Podstatné jméno je kombinací řečtiny chloros (χλωρός)[1] což znamená „zelenožlutá“ a latinka flexus (z flecto)[2] což znamená „ohnuté“ znamená „zelený ohyb“.[3] Název není způsoben chlorem, což je prvek, který jako takový potvrdil v roce 1810 Sir Humphry Davy a pojmenoval podle své světle zelené barvy.

Taxonomie a molekulární podpisy

Viz také: Genomika a Zachované podpisové indels

Třída Chloroflexia je skupina hlubokých větví fotosyntetizující bakterie (s výjimkou Herpetosifon a Kallotenue druhů), které v současné době sestávají ze tří řádů: Chloroflexales, Herpetosiphonales, a Kallotenuales.[4][5][6][7][8] Herpetosiphonales a Kallotenuales se každý skládá z jednoho rodu ve své vlastní rodině, Herpetosiphonaceae (Herpetosifon ) a Kallotenuaceae (Kallotenue ), v uvedeném pořadí, zatímco Chloroflexales jsou fylogeneticky rozmanitější.[4][5][7]

Mikroskopické rozlišovací vlastnosti

Členové kmene Chloroflexi jsou monodermy a barvení většinou gramnegativní, zatímco většina bakteriálních druhů je diderms a skvrna Gram negativní s grampozitivními výjimkami Firmicutes (nízká GC Gram pozitiva), Aktinobakterie (vysoká GC, grampozitivní) a Deinococcus-Thermus skupina (gram pozitivní, didermy se silným peptidoglykanem).[9][10][11]

Genetické rozlišovací vlastnosti

Srovnávací genomová analýza nedávno vylepšila taxonomii třídy Chloroflexie, dělení Chloroflexales do podřádu Chloroflexineae skládající se z rodin Oscillachloridaceae a Chloroflexaceae a podřád Roseiflexineae obsahující rodinu Roseiflexaceae.[4] Revidovaná taxonomie byla založena na identifikaci řady konzervované podpisové indely (CSI), které slouží jako vysoce spolehlivé molekulární markery sdíleného původu.[12][13][14][15]

Fyziologické rozlišovací vlastnosti

Další podporou pro rozdělení Chloroflexales do dvou podřádů jsou pozorované rozdíly ve fyziologických charakteristikách, kde každý podřád je charakterizován odlišnými karotenoidy, chinony, a mastné kyseliny profily, které v druhém podřádu trvale chybí.[4][16][17]

Kromě vymezení taxonomických řad mohou CSI hrát roli v jedinečných charakteristikách členů v subtypu: Zejména čtyřaminokyselinová inzert v proteinu pyruvát flavodoxin / ferredoxin oxidoreduktáza, protein, který hraje důležitou roli v fotosyntetické organismy, byl nalezen výlučně mezi všemi členy rodu Chloroflexus, a má se za to, že hraje důležitou funkční roli.[18][19]

Byly provedeny další práce s využitím CSI k vymezení fylogenetické polohy Chloroflexie vzhledem k sousedním fotosyntetickým skupinám, jako jsou sinice.[20]

Chloroflexie druhy tvoří zřetelnou linii s Chlorobi druhy, jejich nejbližší fylogenetičtí příbuzní. Bylo zjištěno, že CSI je sdílen mezi oběma Chloroflexie a Chlorobi členů, který byl interpretován jako výsledek a horizontální přenos genů událost mezi dvěma příbuznými.[21]

Taxonomie

Viz také: Bakteriální taxonomie

Aktuálně přijímaná taxonomie je následující:[4][5][22]

Navíc nebyly úplně popsány „Kouleothrix aurantiaca“ a „Dehalobium chlorocoercia“.

Reference

  1. ^ χλωρός. Liddell, Henry George; Scott, Robert; Řecko-anglický lexikon na Projekt Perseus
  2. ^ Lewis, Charlton T. a Charles Short, Latinský slovník. Oxford: Clarendon Press, 1879. Online verze na Perseus
  3. ^ Brenner, Don J .; Krieg, Noel R .; James T. Staley (26. července 2005) [1984]. „Úvodní eseje“. V Garrity, George M. (ed.). Bergeyho příručka systematické bakteriologie. 2A (2. vyd.). New York: Springer (orig-pub London: Williams & Wilkins). str. 304. ISBN  978-0-387-24143-2. Britská knihovna č. GBA561951.
  4. ^ A b C d E Gupta RS, Chander P, George S (2013). „Fylogenetický rámec a molekulární podpisy pro třídu Chloroflexia a její různé subtypy; návrh na rozdělení třídy Chloroflexia třídy. Nov. [Opraveno] do podřádu Chloroflexineae subord. Nov., Který se skládá z emendované rodiny Oscillochloridaceae a rodiny Chloroflexaceae fam. nov. a podřád Roseiflexineae subord. nov., obsahující rodinu Roseiflexaceae fam. nov ". Antonie van Leeuwenhoek. 103 (1): 99–119. doi:10.1007 / s10482-012-9790-3. PMID  22903492.
  5. ^ A b C Cole JK, Gieler BA, Heisler DL, Palisoc MM, Williams AJ, Dohnalkova AC, Ming H, Yu TT, Dodsworth JA, Li WJ, Hedlund BP (2013). „Kallotenue papyrolyticum gen. Nov., Sp. Nov., Celulolytický a vláknitý termofil, který představuje novou linii (Kallotenuales ord. Nov., Kallotenuaceae fam. Nov.) Ve třídě Chloroflexia“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 63 (Část 12): 4675–82. doi:10.1099 / ijs.0.053348-0. PMID  23950149.
  6. ^ Gupta RS, Mukhtar T, Singh B (1999). „Evoluční vztahy mezi fotosyntetickými prokaryoty (Heliobacterium chlorum, Chloroflexus aurantiacus, sinice, Chlorobium tepidum a proteobakterie): Důsledky týkající se původu fotosyntézy“. Mol Microbiol. 32 (5): 893–906. doi:10.1046 / j.1365-2958.1999.01417.x. PMID  10361294.
  7. ^ A b Sayers; et al. "Chloroflexia". taxonomická databáze. Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI). Citováno 25. října 2016.
  8. ^ Euzeby J (2013). Msgstr "Seznam nových jmen a nových kombinací dříve publikovaných efektivně, ale neplatně". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 63: 1577–1580. doi:10.1099 / ijs.0.052571-0.
  9. ^ Sutcliffe, I.C. (2010). "Pohled na úroveň kmene na architekturu obálky bakteriálních buněk". Trendy v mikrobiologii. 18 (10): 464–470. doi:10.1016 / j.tim.2010.06.005. PMID  20637628.
  10. ^ Campbell C, Sutcliffe IC, Gupta RS (2014). „Srovnávací proteomová analýza Acidaminococcus intestini podporuje vztah mezi biogenezí vnější membrány v Negativicutes a Proteobacteria“ (PDF). Oblouk. Microbiol. 196 (4): 307–310. doi:10.1007 / s00203-014-0964-4. PMID  24535491.
  11. ^ Gupta RS (2003). „Evoluční vztahy mezi fotosyntetickými bakteriemi“. Photosynth Res. 76 (1–3): 173–183. doi:10.1023 / A: 1024999314839. PMID  16228576.
  12. ^ Gupta, R.S. (2016). „Dopad genomiky na porozumění mikrobiální evoluci a klasifikaci: Důležitost Darwinových názorů na klasifikaci“. FEMS Microbiol. Rev. 40 (4): 520–553. doi:10.1093 / femsre / fuw011. PMID  27279642.
  13. ^ Gupta, R.S. (1998). „Proteinové fylogeneze a signální sekvence: Přehodnocení evolučních vztahů mezi archaebakteriemi, eubakteriemi a eukaryoty“. Recenze mikrobiologie a molekulární biologie. 62 (4): 1435–1491. doi:10.1128 / MMBR.62.4.1435-1491.1998. PMC  98952. PMID  9841678.
  14. ^ Rokas, A .; Holland, P.W. (2000). "Vzácné genomové změny jako nástroj pro fylogenetiku". Trendy v ekologii a evoluci. 15 (11): 454–459. doi:10.1016 / S0169-5347 (00) 01967-4. PMID  11050348.
  15. ^ Gupta, R.S .; Griffiths, E. (2002). "Kritické problémy bakteriální fylogeneze". Teoretická populační biologie. 61 (4): 423–434. doi:10.1006 / tpbi.2002.1589. PMID  12167362.
  16. ^ Hanada, S .; Pierson, B.K. (2006). „Čeleď Chloroflexaceae“. In Dworkin, M .; Falkow, S .; Rosenberg, E .; Schleifer, K.H .; Stackebrandt, E. (eds.). Prokaryotes: Příručka o biologii bakterií. New York: Springer. 815–842.
  17. ^ Pierson, B.K .; Castenholz, R.W. (1992). „Čeleď Chloroflexaceae“. In Balows, A .; Truper, H.G .; Dworkin, M .; Harder, W .; Schleifer, K.H. (eds.). Prokaryotes. New York: Springer. 3754–3775.
  18. ^ Gupta RS (2010). "Molekulární podpisy pro hlavní kmen fotosyntetizujících bakterií a jejich podskupin". Fotosyntéza. Res. 104 (2–3): 357–372. doi:10.1007 / s11120-010-9553-9. PMID  20414806.
  19. ^ Stolz, F.M .; Hansmann, I. (1990). „MspI RFLP detekovaný sondou pFMS76 D20S23 izolovanou z knihovny DNA specifické pro chromozom 20 podle toku“. Výzkum nukleových kyselin. 18 (7): 1929. doi:10.1093 / nar / 18.7.1929. PMC  330654. PMID  1692410.
  20. ^ Khadka B, Adeolu M, Blankenship RE, Gupta RS (2016). „Nové poznatky o původu a diverzifikaci fotosyntézy založené na analýze konzervovaných indelů v proteinech jádra reakčního centra“. Photosynth Res. 131 (2): 159–171. doi:10.1007 / s11120-016-0307-1. PMID  27638319.
  21. ^ Gupta RS (2012). „Původ a šíření fotosyntézy na základě konzervovaných sekvenčních znaků v klíčových proteinech biosyntézy bakteriochlorofylu“. Mol Biol Evol. 29 (11): 3397–412. doi:10,1093 / molbev / mss145. PMID  22628531.
  22. ^ Klasifikace položky Chloroflexi v LPSN; Euzéby, J.P. (1997). „Seznam bakteriálních jmen se stálým názvoslovím: složka dostupná na internetu“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 47 (2): 590–2. doi:10.1099/00207713-47-2-590. PMID  9103655.

Další čtení

  • Garrity GM, Holt JG (2001). "Kmen BVI. Chloroflexi phy. Nov". In Boone, D.R., Castenholz, R.W. (eds.). Archaea a hluboce se rozvětvující a fototrofní bakterie. Bergeyho příručka systematické bakteriologie. 1 (2. vyd.). New York: Springer Verlag. str.169. ISBN  978-0-387-98771-2.

externí odkazy

externí odkazy