Halobacteriaceae - Halobacteriaceae

Halobacteriaceae
Vědecká klasifikace
Doména:
Archaea
Království:
Euryarchaeota
Kmen:
Euryarchaeota
Třída:
Halobakterie Grant a kol. 2002
Objednat:
Halobacteriales Grant a Larsen 1989
Rodina:
Halobacteriaceae Gibbons 1974
Rody

v taxonomie, Halobacteriaceae plocha rodina z Halobacteriales v doméně Archaea.[1] Halobacteriaceae představují velkou část halofilní Archaea spolu se členy dvou dalších methanogenních rodin Methanosarcinaceae a Methanocalculaceae.[2] Rodina se skládá z mnoha různých rodů, které mohou přežít extrémní prostředí.[3] Nejčastěji se Halobacteriaceae vyskytují v hypersalinních jezerech a mohou dokonce tolerovat místa znečištěná těžkými kovy.[4] Obsahují neutrofily, acidofily (např. Halarchaeum acidiphilum), alkalifilové (např. Natronobacterium ), a tam dokonce byly psychrotolerant objevený druh (např. Hrr. lacusprofundi ).[3] O některých členech je známo, že žijí aerobně i anaerobně a přicházejí v mnoha různých podobách morfologie.[3] Tyto rozmanité morfologie zahrnují tyče rodu Halobacterium, koky v Halococcus, zploštělé disky nebo poháry dovnitř Haloferax a další tvary od zploštělých trojúhelníků v Haloarcula na čtverce v Haloquadratum, a Natronorubrum.[5][6] Většina druhů Halobacteriaceae je nejlépe známá svou vysokou tolerancí solí a červeno-růžovými pigmentovanými členy (kvůli bakterioruberinovým karotenoidům[5]), ale existují i ​​nepigmentované druhy a ty, které vyžadují mírné solné podmínky.[3][7] Ukázalo se, že některé druhy Halobacteriaceae vykazují solubilizace fosforu činnosti, které přispívají k cyklování fosforu v hypersalinních prostředích.[8] Techniky jako Analýza 16S rRNA a Hybridizace DNA-DNA byly hlavními přispěvateli k taxonomické klasifikaci u Halobacteriaceae, částečně kvůli obtížnosti kultivace halofilních Archea.[7][3][2]

Přehled

Halobacteriaceae se nacházejí ve vodě nasycené nebo téměř nasycené solí. Také se jim říká halofili, i když se tento název používá také pro jiné organismy, které žijí v poněkud méně koncentrované slané vodě. Jsou běžné ve většině prostředí, kde je k dispozici velké množství soli, vlhkosti a organického materiálu. Velké květy vypadají od pigmentu načervenalé bakteriorhodopsin. Tento pigment se používá k absorpci světla, které dodává energii k tvorbě ATP. Halobakterie také obsahují druhý pigment, halorhodopsin, který čerpá v chloridových iontech v reakci na fotony, vytváří gradient napětí a pomáhá při výrobě energie ze světla. Tento proces nesouvisí s jinými formami fotosyntéza zahrnující transport elektronů; a halobakterie však nejsou schopny fixační uhlík z oxid uhličitý.

Halobakterie mohou existovat ve slaném prostředí, protože i když jsou aerobes, mají samostatný a odlišný způsob vytváření energie pomocí světelné energie. Části membrány halobakterií má purpurovou barvu a obsahuje sítnici pigment. To jim umožňuje vytvořit protonový gradient přes membránu buňky, kterou lze použít k vytvoření ATP pro vlastní potřebu.

Mají určité adaptace, aby žili ve svém slaném prostředí. Například jejich buněčný aparát je přizpůsoben vysokým koncentracím solí tím, že má na povrchu nabité aminokyseliny, což umožňuje buňce udržet své molekuly vody kolem těchto složek. Osmotický tlak a tyto aminokyseliny pomáhají řídit množství soli v buňce. Kvůli těmto adaptacím je však pravděpodobné, že pokud je buňka umístěna ve vlhkém, méně slaném prostředí, okamžitě praskne osmotickým tlakem.

Fylogeneze

Aktuálně přijímaná taxonomie je založena na Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN)[9] a Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI)[10]a fylogeneze je založena na 16S rRNA založeném uvolňování LTP 106 o Projekt „All-Species Living Tree“.[11]

 
 

?Haloalcalophilium atacamensis ♠ Lizama a kol. 2000

 
 

?Halobaculum gomorrense Oren a kol. 1995

 
 

?Halobellus clavatus Cui a kol. 2011

 
 

?Halolamina pelagica Cui a kol. 2011

 
 

?Halorientalis regularis Cui a kol. 2011

 
 

?Halorussus rarus ♠ Cui a kol. 2010

 
 

?Salarchaeum japonicum Shimane a kol. 2011

 
 

Halomarina oriensis Inoue et al. 2011

 
 
 

Natronomonas Kamekura a kol. 1997 vychází. Burns a kol. 2010

 
 
 
 

?Halomicrobium zhouii ♣ Yang & Cui 2011

 
 
 
 

Halomicrobium mukohataei [typ sp.] (Ihara a kol. 1997) Oren a kol. 2002

 
 

Halorhabdus Wainø et al. 2000 emend. Antunes a kol. 2008

 
 
 
 

Halarchaeum acidiphilum Minegishi et al. 2010

 
 

Halobacterium Elazari-Volcani 1957 vychází. Oren a kol. 2009

 
 
 
 
 

Halosimplex carlsbadense Vreeland a kol. 2003

 
 
 

Halomicrobium katesii Kharroub a kol. 2008

 
 

Haloarcula Torreblanca a kol. 1986 vychází. Oren a kol. 2009

 
 
 
 
 
 
 

Haladaptatus Savage a kol. 2007 pozměnit. Roh a kol. 2010

 
 
 
 

Haloquadratum walsbyi Burns a kol. 2007

 
 
 

Halopelagius inordinatus Cui a kol. 2010

 
 
 

Halosarcina limi Cui a kol. 2010

 
 
 

Halosarcina pallida Savage a kol. 2008 [typ sp.]

 
 

Halogeometricum Montalvo-Rodríguez a kol. 1998 vychází. Cui a kol. 2010

 
 
 
 
 
 
 

Haloferax Torreblanca a kol. 1986 vychází. Oren a kol. 2009

 
 
 

Halogran Cui a kol. 2010 vydáno. Cui a kol. 2011

 
 
 
 

Halonotius pteroides Burns a kol. 2010

 
 

Haloplanus Bardavid et al. 2007 pozměnit. Cui a kol. 2010

 
 
 

Halorubrum McGenity a Grant 1996 vznikají. Oren a kol. 2009

 
 
 
 
 
 
 
 
 

Halalkalicoccus Xue a kol. 2005

 
 

Halococcus Schoop 1935 emend. Oren a kol. 2009

 
 
 
 

Natronoarchaeum mannanilyticum Shimane a kol. 2010

 
 
 

Halovivax Castillo a kol. 2006

 
 
 

Halopiger Gutiérrez a kol. 2007

 
 
 
 

Halobiforma Hezayen a kol. 2002 vychází. Oren a kol. 2009

 
 
 

Natronobacterium Tindall a kol. 1984

 
 

Natronococcus Tindall a kol. 1984

 
 
 
 
 

Haloterrigena skupina druhů 1 [vč. Halorubrum trapanicum, Natrinema & Natronorubrum sediminis ]

 
 
 

Haloterrigena skupina druhů 2

 
 
 

Natronolimnobius Itoh a kol. 2005

 
 
 

Natronorubrum Xu a kol. 1999 vychází. Oren a kol. 2009

 
 

Natrialba [vč. Halostagnicola ]

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Poznámky:
♠ Kmeny nalezené na Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI), ale není uveden v seznamu Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN)
♣ International Journal of Systematic Bacteriology nebo International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSB / IJSEM) zveřejnil druhy, které jsou v tisku.

Reference

  1. ^ Viz NCBI webová stránka o Halobacteriaceae. Data extrahovaná z „Zdroje taxonomie NCBI“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 2007-03-19.
  2. ^ A b Oren, Aharon (září 2014). „Taxonomie halophilic Archaea: současný stav a budoucí výzvy“. Extremophiles. 18 (5): 825–834. doi:10.1007 / s00792-014-0654-9. PMID  25102811.
  3. ^ A b C d E Oren, Aharon (1. února 2012). „Taxonomie čeledi Halobacteriaceae: paradigma pro změnu konceptů v prokaryotické systematice“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 62 (2): 263–271. doi:10.1099 / ijs.0.038653-0. PMID  22155757.
  4. ^ Naik, Sanika; Furtado, Irene (2017). Znečištění moří a mikrobiální sanace. Singapur: Springer Nature. 143–152. ISBN  978-981-10-1044-6.
  5. ^ A b Oren, Aharon; Arahal, David; Ventosa, Antonio (2009). "Upravené popisy rodů čeledi Halobacteriaceae". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 59 (3): 637–642. doi:10.1099 / ijs.0.008904-0. PMID  19244452.
  6. ^ Tully, Benjamin; Emerson, Joanne; Andrade, Karen; Brocks, Jochen; Allen, Eric; Banfield, Jillian; Heidelberg, Karla (16. září 2014). „De novo sekvence Haloquadratum walsbyi z jezera Tyrrell v Austrálii odhalují variabilní genomickou krajinu“. Archaea. 2015: 875784. doi:10.1155/2015/875784. PMC  4330952. PMID  25709557.
  7. ^ A b Ventosa, A .; Marquez, M .; Sanchez-Porro, C .; Haba, R. (2012). Pokroky v porozumění biologii halofilních mikroorganismů ([Aktualizováno vyd.]. Vyd.). Dordrecht: Springer, Dordrecht. doi:10.1007/978-94-007-5539-0_3. ISBN  978-94-007-5538-3.
  8. ^ Yadav, Ajar Nath; Sharma, Divya; Gulati, Sneha; Singh, Surender; Dey, Rinku; Pal, Kamal Krišna; Kaushik, Rajeev; Saxena, Anil Kumar (28. července 2015). „Haloarchaea obdařená atributem solubilizace fosforem implikovaným v cyklu fosforu“. Vědecké zprávy. 5 (1): 12293. Bibcode:2015NatSR ... 512293Y. doi:10.1038 / srep12293. PMC  4516986. PMID  26216440.
  9. ^ J.P.Euzéby. "Halobacteriaceae". Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře (LPSN). Archivovány od originál dne 2013-01-27. Citováno 2011-11-17.
  10. ^ Sayers; et al. "Halobacteriaceae". Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) databáze taxonomie. Citováno 2011-06-05.
  11. ^ Projekt „All-Species Living Tree“.„Vydání LTP založené na 16S rRNA 106 (plný strom)“ (PDF). Silva komplexní databáze ribozomálních RNA. Citováno 2011-11-17.

Další čtení

Vědecké časopisy

Vědecké knihy

  • Grant WD, Larsen H (1989). „Skupina III. Extrémně halofilní archeobakterie. Řád Halobacteriales ord. Nov.“. V JT Staley, MP Bryant, N Pfennig, JG Holt (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, svazek 3 (1. vyd.). Baltimore: The Williams & Wilkins Co. str. 169.
  • Gibbons, NE (1974). „Rodina V. Halobacteriaceae fam. Nov.“. V publikaci RE Buchanan a NE Gibbons (ed.). Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (8. vydání). Baltimore: Williams & Wilkins Co.
  • Blum P, ed. (2008). Archaea: Nové modely pro prokaryotickou biologii. Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-27-1. [1].

Vědecké databáze

externí odkazy