PTPN22 - PTPN22 - Wikipedia

PTPN22
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2P6X, 2QCJ, 2QCT, 3 BRH, 3H2X, 3OLR, 3 MOM, 4J51
Identifikátory
Aliasy	PTPN22, protein tyrosin fosfatáza, nereceptor typ 22 (lymfoidní), LYP, LYP1, LYP2, PEP, PTPN8, protein tyrosin fosfatáza, nereceptor typ 22, PTPN22.6, PTPN22.5, protein tyrosin fosfatáza nereceptor typ 22
Externí ID	OMIM: 600716 MGI: 107170 HomoloGene: 7498 Genové karty: PTPN22
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 1 (lidský)
Konec	113,871,753 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 3 (myš)
Konec	103,912,247 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita fosfoprotein fosfatázy; • Vazba domény SH3; • aktivita fosfatázy; • vazba kinázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita hydrolázy; • vazba ubikvitinové proteinové ligázy; • aktivita protein tyrosin fosfatázy;
Buněčná složka	• cytoplazma; • perinukleární oblast cytoplazmy; • cytoplazmatická strana plazmatické membrány; • buněčné jádro; • cytosol;
Biologický proces	• pozitivní regulace ubikvitinace spojené s proteinem K63; • regulace signalizace NIK / NF-kappaB; • regulace vrozené imunitní odpovědi; • regulace proliferace přirozených zabijáckých buněk; • pozitivní regulace signální dráhy podobného mýtnému receptoru 3; • regulace signální dráhy receptoru T buněk; • regulace signální dráhy receptoru B buněk; • fosfoanandamid defosforylace; • proces imunitního systému; • negativní regulace oligomerizační domény vázající nukleotidy obsahující 2 signální cestu; • negativní regulace kaskády p38MAPK; • defosforylace bílkovin; • negativní regulace genové exprese; • negativní regulace signální dráhy receptoru T buněk; • buněčná odpověď na muramyldipeptid; • autofagie; • reakce na lipopolysacharid; • Diferenciace T buněk; • pozitivní regulace genové exprese; • pozitivní regulace kaskády ERK1 a ERK2; • pozitivní regulace signální dráhy podobného mýtnému receptoru 4; • negativní regulace produkce faktoru nekrózy nádorů; • negativní regulace autofagie; • negativní regulace aktivity JUN kinázy; • negativní regulace aktivace T buněk; • pozitivní regulace produkce interferonu typu I.; • lipopolysacharidem zprostředkovaná signální dráha; • defosforylace; • peptidyl-tyrosin defosforylace; • Signální dráha receptoru T buněk;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	26191
	19260
	ENSG00000134242
	ENSMUSG00000027843
	Q9Y2R2
	P29352
	NM_001193431; NM_001308297; NM_012411; NM_015967
	NM_008979
	NP_001180360; NP_001295226; NP_036543; NP_057051
	NP_033005
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein tyrosin fosfatáza, nereceptor typu 22 (lymfoidní), také známý jako PTPN22, je protein že u lidí je kódován PTPN22 gen.^[5]^[6]^[7] Tento gen může být exprimován různě formuláře. PTPN22 ovlivňuje citlivost receptorů T a B buněk a mutace jsou spojeny se zvýšením nebo snížením rizika autoimunitních onemocnění.

Molekulární biologie

Gen se nachází na krátkém rameni chromozomu 1 poblíž centromery (1p13,2) na Cricku (minus) pramen. Má délku 57 898 bází a kóduje protein o 807 aminokyselinách (molekulová hmotnost 91 705 Da). Existuje 24 exony v genu a 21 transkriptových variant kódujících 10 odlišných proteinů je známo. Proteiny jsou umístěny v cytoplazma.^{[Citace je zapotřebí ]}

Funkce

Tento gen kóduje a protein tyrosin fosfatáza který je vyjádřen především v lymfoidní tkáně. Tento enzym se účastní několika signálních drah spojených s imunitní odpovědí. Na základě modelů myší fosfatázy^[8]^[9] strukturální identifikace,^[10] a lidská genetika^[11] fosfatáza tvoří komplexy s C-src tyrosinkináza (Csk), spojené s kontrolou členů rodiny Src. Mutace Arg620Trp narušuje vazbu na Csk, mění citlivost receptorů T a B buněk a je spojena s autoimunitními chorobami. Existují další návrhy, které fosfatáza reguluje CBL funkce v T buňka signální dráha receptoru.^[5] Další interakce jsou pravděpodobné.

Sdružení nemocí

Společný nesynonymní Arg620Trp 1858T (rs2476601) polymorfismus jednoho nukleotidu nachází se v PTPN22 Gen byl spojován s autoimunitními poruchami, včetně zvýšeného rizika Cukrovka 1. typu, revmatoidní artritida, lupus, Vitiligo a Gravesova nemoc, ale snížené riziko Crohnova nemoc.^[12]^[13]^[14]

Nedávná studie naznačuje, že mutace na populační bázi nezkrátí délku života.^[15] Mutace může být zachována v lidské evoluci, protože může poskytnout hyperimunní odpověď na infekční onemocnění.^[16]

Mutace v PTPN22 jsou nadměrně zastoupeni v rakovina prsu.^[17]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000134242 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000027843 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b EntrezGene 26191
^ Matthews RJ, Bowne DB, Flores E, Thomas ML (květen 1992). "Charakterizace hematopoetických intracelulárních proteinových tyrosin fosfatáz: popis fosfatázy obsahující doménu SH2 a další obohacené o sekvence bohaté na prolin, kyselinu glutamovou, serin a threonin". Mol. Buňka. Biol. 12 (5): 2396–405. doi:10,1128 / mcb.12.5.2396. PMC 364412. PMID 1373816.
^ Cohen S, Dadi H, Shaoul E, Sharfe N, Roifman CM (březen 1999). "Klonování a charakterizace lymfoidně specifického, indukovatelného lidského proteinu tyrosin fosfatázy, Lyp". Krev. 93 (6): 2013–24. doi:10.1182 / krev.V93.6.2013.406k25_2013_2024. PMID 10068674.
^ Cloutier JF, Veillette A (září 1996). „Sdružení inhibiční tyrosinproteinkinázy p50csk s proteinproteinfosfatázou PEP v T buňkách a dalších hemopoetických buňkách“. EMBO J.. 15 (18): 4909–18. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00871.x. PMC 452228. PMID 8890164.
^ Gregorieff A, Cloutier JF, Veillette A (květen 1998). "Požadavky na sekvenci pro asociaci protein-tyrosin fosfatázy PEP s doménou Src homologie 3 inhibiční tyrosin protein kinázy p50 (csk)". J. Biol. Chem. 273 (21): 13217–22. doi:10.1074 / jbc.273.21.13217. PMID 9582365.
^ Ghose R, Shekhtman A, Goger MJ, Ji H, Cowburn D (listopad 2001). "Nová specifická interakce zahrnující doménu Csk SH3 a její přirozený ligand". Nat. Struct. Biol. 8 (11): 998–1004. doi:10.1038 / nsb1101-998. PMID 11685249.
^ Vang T, Miletic AV, Bottini N, Mustelin T (září 2007). "Protein tyrosin fosfatáza PTPN22 v lidské autoimunitě". Autoimunita. 40 (6): 453–61. doi:10.1080/08916930701464897. PMID 17729039.
^ Qu H, Tessier MC, Hudson TJ, Polychronakos C (březen 2005). „Potvrzení asociace polymorfismu R620W v proteinové tyrosin fosfatáze PTPN22 s diabetem 1. typu v rodinné studii“. J. Med. Genet. 42 (3): 266–70. doi:10.1136 / jmg.2004.026971. PMC 1736025. PMID 15744042.
^ Vang T, Congia M, Macis MD, Musumeci L, Orrú V, Zavattari P, Nika K, Tautz L, Taskén K, Cucca F, Mustelin T, Bottini N (prosinec 2005). "Autoimunitně asociovaná lymfoidní tyrosin fosfatáza je variantou zesílení funkce". Nat. Genet. 37 (12): 1317–9. doi:10.1038 / ng1673. PMID 16273109.
^ Ghorban KH, Ezzeddini R, Eslami M, Yousefi B, Sadighi Moghaddam B, Tahoori MT, Dadmanesh M, Salek Farrokhi A (prosinec 2019). „Polymorfismus PTPN22 1858 C / T je spojen se změnou profilů cytokinů jako potenciálního patogenního mechanismu u revmatoidní artritidy“. Imunologické dopisy. 216: 106–113. doi:10.1016 / j.imlet.2019.10.010. PMID 31669381.
^ Napolioni V, Natali A, Saccucci P, Lucarini N (srpen 2011). "PTPN22 1858C> T (R620W) funkční polymorfismus a dlouhověkost člověka". Mol. Biol. Rep. 38 (6): 4231–5. doi:10.1007 / s11033-010-0546-8. PMID 21113673.
^ „PTPN22“. NLM (americká vláda). Citováno 5. dubna 2013.
^ Koboldt DC (2012). „Komplexní molekulární portréty lidských nádorů prsu“. Příroda. Nature Publishing Group. 490 (7418): 61–70. doi:10.1038 / příroda11412. PMC 3465532. PMID 23000897.

Další čtení

Gregersen PK (2005). "Cesty k identifikaci genů u revmatoidní artritidy: PTPN22 a dále". Immunol. Rev. 204: 74–86. doi:10.1111 / j.0105-2896.2005.00243.x. PMID 15790351.
Brand O, Gough S, Heward J (2005). „HLA, CTLA-4 a PTPN22: sdílený genetický hlavní klíč k autoimunitě?“. Expert Rev Mol Med. 7 (23): 1–15. doi:10.1017 / S1462399405009981. PMID 16229750.
Bottini N, Vang T, Cucca F, Mustelin T (2006). "Úloha PTPN22 u cukrovky typu 1 a dalších autoimunitních onemocnění". Semin. Immunol. 18 (4): 207–13. doi:10.1016 / j.smim.2006.03.008. PMID 16697661.
Gjörloff-Wingren, A .; Saxena, M .; Han, S .; Wang, X .; Alonso, A .; Renedo, M .; Oh, P .; Williams, S .; Schnitzer, J .; Mustelin, T. (2000). "Subcelulární lokalizace intracelulárních proteinových tyrosin fosfatáz v T buňkách". European Journal of Immunology. 30 (8): 2412–2421. doi:10.1002 / 1521-4141 (2000) 30: 8 <2412 :: AID-IMMU2412> 3.0.CO; 2-J. PMID 10940933.
Hill RJ, Zozulya S, Lu YL, Ward K, Gishizky M, Jallal B (2002). „Lymfoidní protein tyrosin fosfatáza Lyp interaguje s adaptorovou molekulou Grb2 a funguje jako negativní regulátor aktivace T-buněk“. Exp. Hematol. 30 (3): 237–44. doi:10.1016 / S0301-472X (01) 00794-9. PMID 11882361.
Chien W, Tidow N, Williamson EA, Shih LY, Krug U, Kettenbach A, Fermin AC, Roifman CM, Koeffler HP (2003). „Charakterizace myeloidní tyrosin fosfatázy, Lyp, a její role v signální transdukční cestě Bcr-Abl“. J. Biol. Chem. 278 (30): 27413–20. doi:10,1074 / jbc.M304575200. PMID 12764153.
Bottini N, Musumeci L, Alonso A, Rahmouni S, Nika K, Rostamkhani M, MacMurray J, Meloni GF, Lucarelli P, Pellecchia M, Eisenbarth GS, Comings D, Mustelin T (2004). „Funkční varianta lymfoidní tyrosin fosfatázy je spojena s diabetem typu I“. Nat. Genet. 36 (4): 337–8. doi:10.1038 / ng1323. PMID 15004560.
Begovich AB, Carlton VE, Honigberg LA, Schrodi SJ, Chokkalingam AP, Alexander HC, Ardlie KG, Huang Q, Smith AM, Spoerke JM, Conn MT, Chang M, Chang SY, Saiki RK, Catanese JJ, Leong DU, Garcia VE , McAllister LB, Jeffery DA, Lee AT, Batliwalla F, Remmers E, Criswell LA, Seldin MF, Kastner DL, Amos CI, Sninsky JJ, Gregersen PK (2004). „Jednorázový polymorfismus missense v genu kódujícím proteinovou tyrosin fosfatázu (PTPN22) je spojen s revmatoidní artritidou“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 75 (2): 330–7. doi:10.1086/422827. PMC 1216068. PMID 15208781.
Kyogoku C, Langefeld CD, Ortmann WA, Lee A, Selby S, Carlton VE, Chang M, Ramos P, Baechler EC, Batliwalla FM, Novitzke J, Williams AH, Gillett C, Rodine P, Graham RR, Ardlie KG, Gaffney PM Moser KL, Petri M, Begovich AB, Gregersen PK, Behrens TW (2004). "Genetická asociace polymorfismu R620W proteinové tyrosin fosfatázy PTPN22 s lidským SLE". Dopoledne. J. Hum. Genet. 75 (3): 504–7. doi:10.1086/423790. PMC 1182029. PMID 15273934.
Smyth D, Cooper JD, Collins JE, Heward JM, Franklyn JA, Howson JM, Vella A, Nutland S, Rance HE, Maier L, Barratt BJ, Guja C, Ionescu-Tîrgoviste C, Savage DA, Dunger DB, Widmer B, Strachan DP, Ring SM, Walker N, Clayton DG, Twells RC, Gough SC, Todd JA (2004). „Replikace asociace mezi lokusem lymfoidní tyrosin fosfatázy (LYP / PTPN22) s diabetem 1. typu a důkazy o jeho roli obecného lokusu autoimunity“. Cukrovka. 53 (11): 3020–3. doi:10.2337 / diabetes.53.11.3020. PMID 15504986.
Ladner MB, Bottini N, Valdes AM, Noble JA (2005). „Sdružení polymorfismu jednoho nukleotidu C1858T genu PTPN22 s diabetem 1. typu“. Hučení. Immunol. 66 (1): 60–4. doi:10.1016 / j.humimm.2004.09.016. PMID 15620463.
Orozco G, Sánchez E, González-Gay MA, López-Nevot MA, Torres B, Cáliz R, Ortego-Centeno N, Jiménez-Alonso J, Pascual-Salcedo D, Balsa A, de Pablo R, Nuñez-Roldan A, González -Escribano MF, Martín J (leden 2005). „Sdružení funkčního jedno-nukleotidového polymorfismu PTPN22 kódujícího lymfoidní protein fosfatázu s revmatoidní artritidou a systémovým lupus erythematodes“. Artritida Rheum. 52 (1): 219–24. doi:10.1002 / čl. 20771. PMID 15641066.
Steer S, Lad B, Grumley JA, Kingsley GH, Fisher SA (2005). „Sdružení R602W v genu pro protein tyrosin fosfatázu s vysokým rizikem revmatoidní artritidy v britské populaci: důkazy o účinku časného nástupu / závažnosti onemocnění“. Artritida Rheum. 52 (1): 358–60. doi:10.1002 / článek.20737. PMID 15641088.
Zheng W, She JX (2005). „Genetická asociace mezi lymfoidní tyrosin fosfatázou (PTPN22) a diabetem 1. typu“. Cukrovka. 54 (3): 906–8. doi:10 2337 / cukrovka. 54.3.906. PMID 15734872.
Zhernakova A, Eerligh P, Wijmenga C, Barrera P, Roep BO, Koeleman BP (2005). „Diferenciální asociace varianty kódující PTPN22 s autoimunitními chorobami u nizozemské populace“. Genes Immun. 6 (6): 459–61. doi:10.1038 / sj.gene.6364220. PMID 15875058.

externí odkazy

Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: Q9Y2R2 (Nereceptor tyrosin-protein fosfatáza typu 22) na PDBe-KB.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000134242 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000027843 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] A ^b EntrezGene 26191

[pmid1373816-6] Matthews RJ, Bowne DB, Flores E, Thomas ML (květen 1992). "Charakterizace hematopoetických intracelulárních proteinových tyrosin fosfatáz: popis fosfatázy obsahující doménu SH2 a další obohacené o sekvence bohaté na prolin, kyselinu glutamovou, serin a threonin". Mol. Buňka. Biol. 12 (5): 2396–405. doi:10,1128 / mcb.12.5.2396. PMC 364412. PMID 1373816.

[pmid10068674-7] Cohen S, Dadi H, Shaoul E, Sharfe N, Roifman CM (březen 1999). "Klonování a charakterizace lymfoidně specifického, indukovatelného lidského proteinu tyrosin fosfatázy, Lyp". Krev. 93 (6): 2013–24. doi:10.1182 / krev.V93.6.2013.406k25_2013_2024. PMID 10068674.

[8] Cloutier JF, Veillette A (září 1996). „Sdružení inhibiční tyrosinproteinkinázy p50csk s proteinproteinfosfatázou PEP v T buňkách a dalších hemopoetických buňkách“. EMBO J.. 15 (18): 4909–18. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00871.x. PMC 452228. PMID 8890164.

[9] Gregorieff A, Cloutier JF, Veillette A (květen 1998). "Požadavky na sekvenci pro asociaci protein-tyrosin fosfatázy PEP s doménou Src homologie 3 inhibiční tyrosin protein kinázy p50 (csk)". J. Biol. Chem. 273 (21): 13217–22. doi:10.1074 / jbc.273.21.13217. PMID 9582365.

[10] Ghose R, Shekhtman A, Goger MJ, Ji H, Cowburn D (listopad 2001). "Nová specifická interakce zahrnující doménu Csk SH3 a její přirozený ligand". Nat. Struct. Biol. 8 (11): 998–1004. doi:10.1038 / nsb1101-998. PMID 11685249.

[11] Vang T, Miletic AV, Bottini N, Mustelin T (září 2007). "Protein tyrosin fosfatáza PTPN22 v lidské autoimunitě". Autoimunita. 40 (6): 453–61. doi:10.1080/08916930701464897. PMID 17729039.

[pmid15719322-12] Qu H, Tessier MC, Hudson TJ, Polychronakos C (březen 2005). „Potvrzení asociace polymorfismu R620W v proteinové tyrosin fosfatáze PTPN22 s diabetem 1. typu v rodinné studii“. J. Med. Genet. 42 (3): 266–70. doi:10.1136 / jmg.2004.026971. PMC 1736025. PMID 15744042.

[pmid16273109-13] Vang T, Congia M, Macis MD, Musumeci L, Orrú V, Zavattari P, Nika K, Tautz L, Taskén K, Cucca F, Mustelin T, Bottini N (prosinec 2005). "Autoimunitně asociovaná lymfoidní tyrosin fosfatáza je variantou zesílení funkce". Nat. Genet. 37 (12): 1317–9. doi:10.1038 / ng1673. PMID 16273109.

[pmid131669381-14] Ghorban KH, Ezzeddini R, Eslami M, Yousefi B, Sadighi Moghaddam B, Tahoori MT, Dadmanesh M, Salek Farrokhi A (prosinec 2019). „Polymorfismus PTPN22 1858 C / T je spojen se změnou profilů cytokinů jako potenciálního patogenního mechanismu u revmatoidní artritidy“. Imunologické dopisy. 216: 106–113. doi:10.1016 / j.imlet.2019.10.010. PMID 31669381.

[15] Napolioni V, Natali A, Saccucci P, Lucarini N (srpen 2011). "PTPN22 1858C> T (R620W) funkční polymorfismus a dlouhověkost člověka". Mol. Biol. Rep. 38 (6): 4231–5. doi:10.1007 / s11033-010-0546-8. PMID 21113673.

[Genetics_Home_Reference-16] „PTPN22“. NLM (americká vláda). Citováno 5. dubna 2013.

[nature11412-17] Koboldt DC (2012). „Komplexní molekulární portréty lidských nádorů prsu“. Příroda. Nature Publishing Group. 490 (7418): 61–70. doi:10.1038 / příroda11412. PMC 3465532. PMID 23000897.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]