Prekurzor mikroRNA Mir-29 - Mir-29 microRNA precursor
| mir-29 prekurzor microRNA | |
|---|---|
 Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence mir-29 | |
| Identifikátory | |
| Symbol | mir-29 |
| Rfam | RF00074 |
| miRBase | MI0000087 |
| rodina miRBase | MIPF0000009 |
| Další údaje | |
| RNA typ | Gen; miRNA |
| Domény | Eukaryota |
| JÍT | GO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO: |
| TAK | SO: 0001244 |
| PDB struktur | PDBe |
The Prekurzor mikroRNA miR-29nebo pre-miRNA je malá RNA molekula ve tvaru a kmenová smyčka nebo sponka do vlasů. Každé rameno vlásenky lze zpracovat na jednoho člena blízce příbuzné rodiny krátkých vlasů nekódující RNA které se podílejí na regulaci genová exprese.[1] Zpracované nebo „zralé“ produkty prekurzorové molekuly jsou známé jako mikroRNA (miRNA) a byly předpovězeny nebo potvrzeny u široké škály druhů (viz 'MIPF0000009' v miRBase: databáze microRNA ).
zpracování miRNA
Zvířecí miRNA se nejprve přepisují jako primární molekula miRNA. Tato „pri-miRNA“ může obsahovat jeden nebo více vlásenkových vlásenek, které jsou uvolněny z pri-miRNA jaderným enzymem Drosha. Přibližně 70 nukleotid Prekurzorová vlásenka je exportována z jádra a následně zpracována Hráč v kostky enzym za vzniku zralé miRNA, která je v průměru dlouhá 22 nukleotidů. Každé rameno prekurzoru může poskytnout zralou RNA, i když buď 3 '(3p) nebo 5' (5p) rameno je přednostně zpracováno a zavedeno do Komplex umlčování vyvolaný RNA (RISC) ve většině případů. U prekurzoru miR-29 poskytuje 3 'rameno prekurzorové RNA převážně převládající produkt (miR-29 nebo miR-29-3p), ačkoli 5' rameno (miR-29 * nebo miR-29-5p) má byly také experimentálně ověřeny.
Rodina miR-29
Mnoho savčích genomů kóduje čtyři blízce příbuzné prekurzory miR-29, které jsou transkribovány do dvou transkripčních jednotek. Například lidské miR-29a a miR-29b-1 jsou zpracovány z intron a dlouhý nekódující přepis (LOC646329) z chromozomu 7. miR-29b-2 (shodné v sekvenci s miR-29b-1) a miR-29c jsou transkribovány z chromozomu 1. Tři hlavní zralé miRNA zpracované z těchto prekurzorů jsou známé jako has-miR -29a, má-miR-29b a má-miR-29c.
Analýza přežití ve třech nezávislých souborech dat ukazuje, že hsa-miR-29c je spojen s přežitím u rakoviny prsu.[2]
Cíle miR-29
Předpokládá se, že zralé produkty mají regulační role vazbou s částečnou komplementaritou k mikroRNA rozpoznávacím prvkům (MRE) v 3 'nepřekládané oblasti (3' UTR) cílových transkriptů. Experimentální důkazy naznačují, že předpokládané cíle zralých produktů miR-29 zahrnují následující:
- The protein diferenciace buněk myeloidní leukémie (MCL1),[3] anti-apoptotický člen Bcl-2 rodina proteinů.
- The TCL1A (T-buněčná leukémie / lymfom 1) onkogen,[4] bylo zjištěno, že je narušeno v mnoha T-buňkách leukémie.
- DNA methyltransferázy DNMT3A a DNMT3B, které jsou často upregulované v rakovina plic.[5]
- Homolog proteinu se zinkovým prstem 36 (ZFP36),[6] také známý jako tristetraprolin (TTP), protizánětlivý a protirakovinový gen.[7]
Nedávno, ve snaze identifikovat cíle na globální úrovni pomocí Kvantitativní proteomika - SILAC přístup, VDAC1 a VDAC2 byly identifikovány jako cíle miR-29a v Buňky HEK293T.[8]
Reference
- ^ Ambros V (prosinec 2001). „mikroRNA: malé regulátory s velkým potenciálem“. Buňka. 107 (7): 823–6. doi:10.1016 / S0092-8674 (01) 00616-X. PMID 11779458.
- ^ Lánczky, András; Nagy, Ádám; Bottai, Giulia; Munkácsy, Gyöngyi; Szabó, András; Santarpia, Libero; Győrffy, Balázs (01.12.2016). „miRpower: webový nástroj k ověření miRNA souvisejících s přežitím využívající údaje o expresi od 2178 pacientů s rakovinou prsu“. Výzkum a léčba rakoviny prsu. 160 (3): 439–446. doi:10.1007 / s10549-016-4013-7. ISSN 1573-7217. PMID 27744485.
- ^ Mott JL, Kobayashi S, Bronk SF, Gores GJ (září 2007). "mir-29 reguluje expresi proteinu Mcl-1 a apoptózu". Onkogen. 26 (42): 6133–40. doi:10.1038 / sj.onc.1210436. PMC 2432524. PMID 17404574.
- ^ Pekarsky Y, Santanam U, Cimmino A, Palamarchuk A, Efanov A, Maximov V, Volinia S, Alder H, Liu CG, Rassenti L, Calin GA, Hagan JP, Kipps T, Croce CM (prosinec 2006). „Exprese Tcl1 u chronické lymfocytární leukémie je regulována miR-29 a miR-181“. Výzkum rakoviny. 66 (24): 11590–3. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-06-3613. PMID 17178851.
- ^ Fabbri M, Garzon R, Cimmino A, Liu Z, Zanesi N, Callegari E, Liu S, Alder H, Costinean S, Fernandez-Cymering C, Volinia S, Guler G, Morrison CD, Chan KK, Marcucci G, Calin GA, Huebner K, Croce CM (říjen 2007). „Rodina MicroRNA-29 vrací aberantní metylaci u rakoviny plic zaměřením na DNA methyltransferázy 3A a 3B“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (40): 15805–10. doi:10.1073 / pnas.0707628104. PMC 2000384. PMID 17890317.
- ^ Gebeshuber CA, Zatloukal K, Martinez J (duben 2009). „miR-29a potlačuje tristetraprolin, který je regulátorem polarity epitelu a metastáz“. Zprávy EMBO. 10 (4): 400–5. doi:10.1038 / embor.2009.9. PMC 2672883. PMID 19247375.
- ^ Sanduja S, Blanco FF, Dixon DA (2011). „Role TTP a BRF proteinů v regulovaném rozpadu mRNA“. Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA. 2 (1): 42–57. doi:10,1002 / wrna.28. PMC 3030256. PMID 21278925.
- ^ Bargaje R, Gupta S, Sarkeshik A, Park R, Xu T, Sarkar M, Halimani M, Roy SS, Yates J, Pillai B (2012). „Identifikace nových cílů pro miR-29a pomocí miRNA proteomiky“. PLOS ONE. 7 (8): e43243. doi:10.1371 / journal.pone.0043243. PMC 3428309. PMID 22952654.
Další čtení
- Zhang X, Zhao X, Fiskus W, Lin J, Lwin T, Rao R, Zhang Y, Chan JC, Fu K, Marquez VE, Chen-Kiang S, Moscinski LC, Seto E, Dalton WS, Wright KL, Sotomayor E, Bhalla K, Tao J (říjen 2012). „Koordinované umlčování MYC zprostředkovaného miR-29 pomocí HDAC3 a EZH2 jako terapeutického cíle modifikace histonu u agresivních B-buněčných lymfomů“. Rakovinová buňka. 22 (4): 506–23. doi:10.1016 / j.ccr.2012.09.003. PMC 3973134. PMID 23079660.