Mir-2 microRNA prekurzor - Mir-2 microRNA precursor

mir-2 prekurzor microRNA
RF00047.jpg
Identifikátory
Symbolmir-2
RfamRF00047
miRBaseMI0000117
rodina miRBaseMIPF0000049
Další údaje
RNA typGen; miRNA
DoményEukaryota
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0001244
PDB strukturPDBe

The rodina mikro-RNA mir-2 zahrnuje mikroRNA geny mir-2 a mir-13 (MIPF0000049 ). Mir-2 je rozšířený u bezobratlých a je to největší rodina mikroRNA v modelových druzích Drosophila melanogaster. MikroRNA z této rodiny se vyrábějí z 3 'rameno předchůdce vlásenky.[1] Leaman et al. ukázaly, že rodina miR-2 reguluje přežití buněk translační represí proapoptotických faktorů.[2] Na základě výpočetní predikce cílů, byla navržena role v nervovém vývoji a údržbě.[1]

Distribuce druhů

Rodina mir-2 je specifická pro protostomy.[1] Existuje 8 souvisejících s mir-2 loci v Drosophila melanogaster: mir-2a-1, mir-2a-2, mir-2b-1, mir-2b-2, mir-2c, mir-13a, mir-13b-1 a mir-13b-2.[3] Většina ostatních genomů hmyzu je hostitelem pěti mir-2 loci[4] i když počet se u jiných bezobratlých liší.[1] Podrodina Mir-13 se vynořila ze sekvencí mir-2 před radiací hmyzu.[1]

Ačkoli mir-11 a mir-6 mají podobné sekvence jako mikroRNA mir-2, nejsou evolučně příbuzné,[1] a proto by neměly být považovány za ze stejné rodiny mikroRNA.

Konsenzuální struktura předchůdce vlásenky rodiny mir-2.

Mir-2 vlásenkové prekurzorové sekvence jsou vysoce konzervované, zejména v jejich 3 'rameni, ve kterém je prvních 10 nukleotidů identických se všemi členy rodiny. Funkční mikroRNA mir-2 pocházejí ze 3 'ramene prekurzorů a většina z nich má stejné Drosha bod zpracování.[1][3][5] To znamená, že sekvence semen je ve všech těchto produktech prakticky stejná,[6] proto by se měly zaměřovat na stejné přepisy.

Genomická distribuce mir-2 mikroRNA v ovocný let a červený moučný brouk genomy.

MikroRNA Mir-2 jsou u většiny hmyzu organizovány ve velkém shluku. Tento klastr má typicky 5 členů rodiny mir-2 plus mir-71, evolučně nesouvisející mikroRNA.[1][4] Počet sekvencí mir-2 se u linií bezobratlých liší, i když zůstávají v genomu pevně seskupeny. Pozoruhodná výjimka byla pozorována u Drosophila melanogaster, ve kterém je rodina mir-2 organizována ve dvou klastrech a dvou samostatných lokusech.[3] Navíc byla mikroRNA mir-7 ztracena v Drosophila linie.[4]

Původ a vývoj

Rodina mir-2 vznikla před posledním společným předkem protostomy, a od té doby byl spojen s mir-71.[1] Vývoj mir-2 je charakterizován postupným rozšiřováním o duplikační události. Protože většina paralogní mikroRNA zachovávají svou funkci, bylo navrženo, že evoluci mir-2 dominuje a narození a smrt dynamika poháněna náhodný drift.[1]

Jedna mir-2 mikroRNA dovnitř Drosophila, dme-miR-2a-2 [1], jsou dva nukleotidy posunuté s ohledem na kanonické produkty jiných prekurzorů mir-2.[5] To pravděpodobně ovlivní funkci konkrétní mikroRNA. Tento funkční posun je spojen se změnou genomové distribuce sekvencí mir-2 v Drosophila. Funkční diverzifikace mikroRNA může vyžadovat přerušení genomové vazby mezi paralogy, pravděpodobně proto, aby se zabránilo společné regulaci více produktů stejnou regulační sekvence.[1]

U lidského parazita Schistosoma mansoni celý cluster mir-71 / mir-2 byl duplikován a jedna z kopií je v souboru sexuální chromozom.[7]

Cíle mir-2 / mir-13

MikroRNA Mir-2 v Drosophila cíleně na tři pro-apoptotické geny: rpr, ponurý a skl.[2] Represe z rpr a ponurý podle Hox gen ABD-B zabraňuje apoptóze v nervových buňkách.[8] Na druhou stranu výpočetní predikce cílů mikroRNA ukazuje, že mir-2 může cílit na neurální geny v obou Drosophila a Caenorhabditis elegans.[1] To vše naznačuje zachovanou roli mir-2 v nervovém vývoji a údržbě.[1] K potvrzení této asociace jsou však nutné další experimenty.

Viz také

Reference

  1. ^ A b C d E F G h i j k l m Marco A, Hooks K, Griffiths-Jones S (březen 2012). „Vývoj a funkce rozšířené rodiny mikroRNA miR-2“. RNA Biology. 9 (3): 242–8. doi:10,4161 / rna.19160. PMC  3384581. PMID  22336713.
  2. ^ A b Leaman D, Chen PY, Fak J, Yalcin A, Pearce M, Unnerstall U, Marks DS, Sander C, Tuschl T, Galie U (červenec 2005). „Antisense zprostředkovaná deplece odhaluje základní a specifické funkce mikroRNA ve vývoji Drosophila“. Buňka. 121 (7): 1097–108. doi:10.1016 / j.cell.2005.04.016. hdl:11858 / 00-001M-0000-0012-EB54-F. PMID  15989958.
  3. ^ A b C Ruby JG, Stark A, Johnston WK, Kellis M, Bartel DP, Lai EC (prosinec 2007). „Evoluce, biogeneze, exprese a cílové předpovědi podstatně rozšířené sady mikroskopických buněk Drosophila“. Výzkum genomu. 17 (12): 1850–64. doi:10,1101 / gr. 6597907. PMC  2099593. PMID  17989254.
  4. ^ A b C Marco A, Hui JH, Ronshaugen M, Griffiths-Jones S (2010). „Funkční posuny ve vývoji mikroRNA hmyzu“. Biologie genomu a evoluce. 2: 686–96. doi:10.1093 / gbe / evq053. PMC  2956262. PMID  20817720.
  5. ^ A b Wang X, Liu XS (2011). „Systematický kurátor miRBase anotace s využitím integrovaných dat s vysokou propustností malé RNA pro C. elegans a Drosophila“. Frontiers in Genetics. 2: 25. doi:10.3389 / fgene.2011.00025. PMC  3268580. PMID  22303321.
  6. ^ Bartel DP (leden 2009). „MicroRNA: rozpoznávání cílů a regulační funkce“. Buňka. 136 (2): 215–33. doi:10.1016 / j.cell.2009.01.002. PMC  3794896. PMID  19167326.
  7. ^ de Souza Gomes M, Muniyappa MK, Carvalho SG, Guerra-Sá R, Spillane C (srpen 2011). „Identifikace nových mikroRNA a jejich cílových genů u lidského parazita Schistosoma mansoni v celém genomu“. Genomika. 98 (2): 96–111. doi:10.1016 / j.ygeno.2011.05.007. PMID  21640815.
  8. ^ Miguel-Aliaga I, Thor S (prosinec 2004). „Segmentově specifická prevence apoptózy neuronů pionýrů buněčnou autonomní, postmitotickou aktivitou genu Hox“. Rozvoj. 131 (24): 6093–105. doi:10.1242 / dev.01521. PMID  15537690.

externí odkazy