MiRBase - MiRBase

miRBase
MiRBase logo.png
Obsah
Popisdatabáze microRNA
Kontakt
Výzkumné centrumUniversity of Manchester
AutořiAna Kozomara
Primární citaceKozomara a spol. (2011)[1]
Datum vydání2010
Přístup
webová stránkawww.irbase.org

v bioinformatika, miRBase je biologická databáze který funguje jako archiv mikroRNA sekvence a anotace.[1][2][3][4] V září 2010 obsahovala informace o 15 172 mikroRNA.[1] Do března 2018 se tento počet zvýšil na 38 589.[5] Registr miRBase poskytuje centralizovaný systém pro přiřazování nových jmen genům microRNA.[6]

miRBase vyrostl z prostředku registru microRNA vytvořeného Samem Griffiths-Jonesem v roce 2003.[7]

Podle Ana Kozomara a Sam Griffiths-Jones miRBase má pět cílů:[1]

  1. Poskytnout konzistentní systém pojmenování pro mikroRNA
  2. Poskytnout centrální místo sběru všech známých sekvencí mikroRNA
  3. Poskytnout člověku a počítači čitelné informace pro každou mikroRNA
  4. Poskytnout primární důkaz pro každou mikroRNA
  5. Agregace a propojení s cílovými informacemi microRNA

MiRBase obsahuje miRNA patřící k různým druhům Alveolata, Chromalveolata, Metazoa, Mycetozoa, Viridiplantae a Viry. Pro Viridiplantae, ve verzi 21 (2014) jsou k dispozici údaje pro 73 druh. To zahrnuje 4800 jedinečných dospělých miRNA a 8480 prekurzorových sekvencí.[8]

Aktuální verze MiRBase je vydání 22 (březen 2018).

Reference

  1. ^ A b C d Kozomara, A .; Griffiths-Jones, S. (2010). „MiRBase: integrace anotací mikroRNA a dat hloubkového řazení“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s databází): D152–7. doi:10.1093 / nar / gkq1027. PMC  3013655. PMID  21037258.
  2. ^ Griffiths-Jones, Sam (2010). "MiRBase: sekvence a poznámky mikroRNA". Současné protokoly v bioinformatice. Kapitola 12. s. Jednotka 12.9.1–10. doi:10.1002 / 0471250953.bi1209s29. ISBN  978-0471250951. PMID  20205188.
  3. ^ Griffiths-Jones, S .; Saini, H. K.; Van Dongen, S .; Enright, A. J. (2007). „MiRBase: nástroje pro genomiku microRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 36 (Problém s databází): D154–8. doi:10.1093 / nar / gkm952. PMC  2238936. PMID  17991681.
  4. ^ Griffiths-Jones, Sam (2006). „MiRBase: MicroRNA Sequence Database“. MicroRNA protokoly. Metody v molekulární biologii. 342. str. 129–38. doi:10.1385/1-59745-123-1:129. ISBN  1-59745-123-1. PMID  16957372.
  5. ^ „Poznámky k verzi Mirbase 22“.
  6. ^ Griffiths-Jones, S .; Grocock, RJ; Van Dongen, S; Bateman, A; Enright, AJ (2006). „MiRBase: sekvence mikroRNA, cíle a genová nomenklatura“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D140–4. doi:10.1093 / nar / gkj112. PMC  1347474. PMID  16381832.
  7. ^ Griffiths-Jones S (leden 2004). „Registr microRNA“. Nucleic Acids Res. 32 (Problém s databází): D109–11. doi:10.1093 / nar / gkh023. PMC  308757. PMID  14681370.
  8. ^ Nithin, Chandran; Thomas, Amal; Basak, Jolly; Bahadur, Ranjit Prasad (2017-11-15). „Identifikace miRNA a lncRNA v celém genomu v Cajanus cajan“. BMC Genomics. 18 (1): 878. doi:10.1186 / s12864-017-4232-2. ISSN  1471-2164. PMC  5688659. PMID  29141604.

externí odkazy