Fytanoyl-CoA dioxygenáza - Phytanoyl-CoA dioxygenase
| fytanoyl-CoA dioxygenáza | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| EC číslo | 1.14.11.18 | ||||||||
| Číslo CAS | 185402-46-4 | ||||||||
| Databáze | |||||||||
| IntEnz | IntEnz pohled | ||||||||
| BRENDA | Vstup BRENDA | ||||||||
| EXPASY | Pohled NiceZyme | ||||||||
| KEGG | Vstup KEGG | ||||||||
| MetaCyc | metabolická cesta | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB struktur | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Genová ontologie | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
| fytanoyl-CoA 2-hydroxyláza | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||
| Symbol | PHYH | ||||||
| Alt. symboly | PAHX | ||||||
| Gen NCBI | 5264 | ||||||
| HGNC | 8940 | ||||||
| OMIM | 602026 | ||||||
| RefSeq | NM_001037537 | ||||||
| UniProt | O14832 | ||||||
| Další údaje | |||||||
| Místo | Chr. 10 p15.3-10p12.2 | ||||||
| |||||||
v enzymologie, a fytanoyl-CoA dioxygenáza (ES 1.14.11.18 ) je enzym že katalyzuje the chemická reakce
- fytanoyl-CoA + 2-oxoglutarát + O2 2-hydroxyfytanoyl-CoA + sukcinát + CO2
Strom substráty tohoto enzymu jsou fytanoyl-CoA, 2-oxoglutarát (2OG) a Ó2, zatímco jeho tři produkty jsou 2-hydroxyfytanoyl-CoA, sukcinát, a CO2.
Tento enzym patří rodina kyslíkem závislých na železu (II), které typicky začleňují jeden atom dioxygenu do substrátu a jeden atom do sukcinátkarboxylátové skupiny. Mechanismus je složitý, ale předpokládá se, že zahrnuje uspořádanou vazbu 2-oxoglutarátu na železo (II) obsahující enzym následovaný substrátem. Vazba substrátu způsobí vytěsnění molekuly vody z kofaktoru železa (II) a ponechá volnou koordinační polohu, na kterou se váže dioxygen. Dochází k přeskupení, při kterém se tvoří vysokoenergetické druhy železa a kyslíku (které se obecně považují za železo (IV) = O), které provádí skutečnou oxidační reakci.[2][3]
Nomenklatura
The systematické jméno této třídy enzymů je fytanoyl-CoA, 2-oxoglutarát: kyslík-oxidoreduktáza (2-hydroxylační). Tento enzym se také nazývá fytanoyl-CoA hydroxyláza a fytanoyl-CoA alfa-hydroxyláza.[4]
Příklady
U lidí je fytanoyl-CoA hydroxyláza kódována PHYH (aka PAHX) gen a je vyžadován pro alfa-oxidace rozvětveného řetězce mastné kyseliny (např. kyselina fytanová ) v peroxisomy. Nedostatek PHYH vede k akumulaci velkých zásob tkáně kyselina fytanová a je hlavní příčinou Refsum nemoc.[5]
Související enzymy
Železo (II) a 2OG-dependentní oxygenázy jsou běžné v mikroorganismy, rostliny a zvířata; the lidský genom Předpokládá se, že bude obsahovat asi 80 příkladů, a modelový závod Arabidopsis thaliana pravděpodobně obsahuje více.[2] U rostlin a mikroorganismů je tato rodina enzymů spojena s velkou rozmanitostí oxidačních reakcí.[6]
Reference
- ^ McDonough MA, Kavanagh KL, Butler D, Searls T, Oppermann U, Schofield CJ (prosinec 2005). „Struktura lidské fytanoyl-CoA 2-hydroxylázy identifikuje molekulární mechanismy Refsumovy choroby“. The Journal of Biological Chemistry. 280 (49): 41101–10. doi:10,1074 / jbc.M507528200. PMID 16186124.
- ^ A b Hausinger, Robert P. (2015). "KAPITOLA 1. Biochemická diverzita oxygenáz závislých na 2-oxoglutarátu". Oxygenázy závislé na 2-oxoglutarátu. Metallobiologie. s. 1–58. doi:10.1039/9781782621959-00001. ISBN 978-1-84973-950-4. S2CID 85596364.
- ^ Martinez S, Hausinger RP (srpen 2015). „Katalytické mechanizmy Fe (II) - a 2-oxoglutarát-dependentních oxygenáz“. The Journal of Biological Chemistry. 290 (34): 20702–11. doi:10,1074 / jbc.R115,648691. PMC 4543632. PMID 26152721.
- ^ "PHYH fytanoyl-CoA 2-hydroxyláza [Homo sapiens (člověk)]" ". Národní centrum pro biotechnologické informace.
- ^ Mihalik SJ, Morrell JC, Kim D, Sacksteder KA, Watkins PA, Gould SJ (říjen 1997). "Identifikace PAHX, genu Refsumovy choroby". Genetika přírody. 17 (2): 185–9. doi:10.1038 / ng1097-185. PMID 9326939. S2CID 39214017.
- ^ McDonough MA, Loenarz C, Chowdhury R, Clifton IJ, Schofield CJ (prosinec 2010). "Strukturální studie na lidských 2-oxoglutarát závislých oxygenázách". Aktuální názor na strukturní biologii. 20 (6): 659–72. doi:10.1016 / j.sbi.2010.08.006. PMID 20888218.
Další čtení
- Jansen GA, Mihalik SJ, Watkins PA, Jakobs C, Moser HW, Wanders RJ (březen 1998). "Charakterizace fytanoyl-koenzymu A hydroxylázy v lidských játrech a měření aktivity u pacientů s peroxisomálními poruchami". Clinica Chimica Acta; International Journal of Clinical Chemistry. 271 (2): 203–11. doi:10.1016 / S0009-8981 (97) 00259-3. PMID 9565335.
- Jansen GA, Mihalik SJ, Watkins PA, Moser HW, Jakobs C, Denis S, Wanders RJ (prosinec 1996). „Fytanoyl-CoA hydroxyláza je přítomna v lidských játrech, nachází se v peroxisomech a je nedostatečná u Zellwegerova syndromu: přímý, jednoznačný důkaz nové, revidované cesty alfa-oxidace kyseliny fytové u lidí“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 229 (1): 205–10. doi:10.1006 / bbrc.1996.1781. PMID 8954107.
- Jansen GA, Ofman R, Ferdinandusse S, Ijlst L, Muijsers AO, Skjeldal OH, Stokke O, Jakobs C, Besley GT, Wraith JE, Wanders RJ (říjen 1997). „Refsumova choroba je způsobena mutacemi v genu fytanoyl-CoA hydroxylázy“. Genetika přírody. 17 (2): 190–3. doi:10.1038 / ng1097-190. PMID 9326940. S2CID 5856245.
- Mihalik SJ, Rainville AM, Watkins PA (září 1995). „Alfa-oxidace kyseliny fytové v peroxisomech jater potkana. Produkce alfa-hydroxyfytanoyl-CoA a mravenčanu je zvýšena kofaktory dioxygenázy“. European Journal of Biochemistry / FEBS. 232 (2): 545–51. doi:10.1111 / j.1432-1033.1995.545zz.x. PMID 7556205.
