U2 malý nukleární RNA pomocný faktor 1 - U2 small nuclear RNA auxiliary factor 1
Faktor sestřihu U2AF 35 kDa podjednotka je protein že u lidí je kódován U2AF1 gen.[3][4][5]
Funkce
Tento gen patří k faktoru sestřihu SR rodina genů[Citace je zapotřebí ]. U2AF1 je podjednotka komplexu pomocných faktorů U2 vedle větší podjednotky, U2AF2. U2AF1 je non-snRNP protein požadovaný pro vazbu U2 snRNP na místo odbočky pre-mRNA. Tento gen kóduje malou (~ 35 kDa) podjednotku, která hraje rozhodující roli při sestřihu RNA rozpoznáváním a vazbou na AG nukleotidy v místě 3 'sestřihu, aby se usnadnilo sestavení spliceosomu. [6] Alternativně sestříhané varianty přepisu kódující různé izoformy byl identifikován[Citace je zapotřebí ]. Somatické mutace v U2AF1 byly nalezeny u řady lidských rakovin, s výrazným vzorem těchto mutací na zinkových prstech implikujících funkční roli při výběru [7]. U rakoviny plic tyto mutace ovlivňují alternativní sestřih několika transkriptů, včetně onkogenních fúzí ROS1.[8]
Interakce
Ukázalo se, že pomocný faktor 1 malé nukleární RNA U2 komunikovat s:
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000160201 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Lalioti MD, Gos A, Green MR, Rossier C, Morris MA, Antonarakis SE (leden 1997). „Gen pro malou 35-kDa podjednotku lidského U2 snRNP pomocného faktoru (U2AF1) se mapuje na kritickou oblast progresivní myoklonální epilepsie (EPM1) na chromozomu 21q22.3.“ Genomika. 33 (2): 298–300. doi:10.1006 / geno.1996.0196. PMID 8660980.
- ^ Kalcheva I, Plass C, Sait S, Eddy R, Shows T, Watkins-Chow D, Camper S, Shibata H, Ueda T, Takagi N (prosinec 1994). "Srovnávací mapování vtisknutého genu U2afbpL na myší chromozom 11 a lidský chromozom 5". Cytogenet Cell Genet. 68 (1–2): 19–24. doi:10.1159/000133881. PMID 7956352.
- ^ „Entrez Gene: U2AF1 U2 malý nukleární RNA pomocný faktor 1“.
- ^ Zamore PD, Green MR (1989). „Identifikace, čištění a biochemická charakterizace pomocného faktoru malého nukleárního ribonukleoproteinu U2“. PNAS. 86 (23): 9243–9247. doi:10.1073 / pnas.86.23.9243. PMC 298470. PMID 2531895.Wu S, Romfo CM, Nilsen TW, Green MR (1999). "Funkční rozpoznávání 3 'spojovacího místa AG spojovacím faktorem U2AF35". Příroda. 402 (6763): 832–5. doi:10.1038/45590. PMID 10617206.
- ^ Imielinski M, Berger AG, Hammerman PS, Hernandez B, Pugh TJ, Hodis E, Cho J, Suh J, Capelletti M, Sivachenko A, Sougnez C, Auclair A, Lawrence MS, Stojanov P, Cibulskis K, Choi K, de Waal L, Sharifnia T, Brooks A, Greulich H, Banerji S, Zander T, Seidel D, Leenders F, Ansén S, Ludwig C, Engel-Riedel W, Stoelben E, Wolf J, Goparju C, Thompson K, Winckler W, Kwiatkowski D, Johnson BE, Jänne PA, Miller VA, Pao W, Travis WD, Pass HI, Gabriel SB, Lander ES, Thomas RK, Garraway LA, Getz G a kol. (2012). „Mapování charakteristických znaků plicního adenokarcinomu pomocí masivně paralelního sekvenování“. Buňka. 150 (6): 1107–1120. doi:10.1016 / j.cell.2012.08.029.
- ^ Esfahani MS, Lee LJ, Jeon YJ, Flynn RA, Stehr H, Hui AB a kol. (Prosinec 2019). „Funkční význam mutací U2AF1 S34F v plicních adenokarcinomech“. Příroda komunikace. 10 (1): 5712. Bibcode:2019NatCo..10.5712E. doi:10.1038 / s41467-019-13392-r. PMC 6911043. PMID 31836708.
- ^ Xiao SH, Manley JL (listopad 1998). „Fosforylace-defosforylace odlišně ovlivňuje aktivity spojovacího faktoru ASF / SF2“. EMBO J.. 17 (21): 6359–67. doi:10.1093 / emboj / 17.21.6359. PMC 1170960. PMID 9799243.
- ^ Zhang WJ, Wu JY (říjen 1996). „Funkční vlastnosti p54, nového proteinu SR aktivního v konstitutivním a alternativním sestřihu“. Mol. Buňka. Biol. 16 (10): 5400–8. doi:10.1128 / MCB.16.10.5400. PMC 231539. PMID 8816452.
- ^ Zolotukhin AS, Tan W, Bear J, Smulevitch S, Felber BK (únor 2002). „U2AF se účastní vazby TAP (NXF1) na mRNA“. J. Biol. Chem. 277 (6): 3935–42. doi:10,1074 / jbc.M107598200. PMID 11724776.
- ^ Maita H, Kitaura H, Keen TJ, Inglehearn CF, Ariga H, Iguchi-Ariga SM (listopad 2004). „PAP-1, mutovaný gen, který je podkladem pro formu RP9 dominantní retinitis pigmentosa, je spojovacím faktorem“. Exp. Cell Res. 300 (2): 283–96. doi:10.1016 / j.yexcr.2004.07.029. PMID 15474994.
- ^ Little JT, Jurica MS (březen 2008). „Splicing factor SPF30 přemosťuje interakci mezi prespliceosomovým proteinem U2AF35 a tri-malým nukleárním ribonukleoproteinovým proteinem hPrp3“. J. Biol. Chem. 283 (13): 8145–52. doi:10,1074 / jbc.M707984200. PMID 18211889.
- ^ Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
- ^ Zhang M, Zamore PD, Carmo-Fonseca M, Lamond AI, Green MR (září 1992). "Klonování a intracelulární lokalizace malé podjednotky malého nukleárního ribonukleoproteinového faktoru U2". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89 (18): 8769–73. Bibcode:1992PNAS ... 89,8769Z. doi:10.1073 / pnas.89.18.8769. PMC 50002. PMID 1388271.
- ^ Adams DJ, van der Weyden L, Mayeda A, Stamm S, Morris BJ, Rasko JE (červenec 2001). „ZNF265 - nový spliceozomální protein schopný indukovat alternativní sestřih“. J. Cell Biol. 154 (1): 25–32. doi:10.1083 / jcb.200010059. PMC 2196870. PMID 11448987.
Další čtení
- Zhang M, Zamore PD, Carmo-Fonseca M, Lamond AI, Green MR (1992). "Klonování a intracelulární lokalizace malé podjednotky malého nukleárního ribonukleoproteinového faktoru U2". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89 (18): 8769–8773. Bibcode:1992PNAS ... 89,8769Z. doi:10.1073 / pnas.89.18.8769. PMC 50002. PMID 1388271.
- Zamore PD, Green MR (1991). „Biochemická charakterizace pomocného faktoru U2 snRNP: základní faktor sestřihu pre-mRNA s novou intranukleární distribucí“. EMBO J.. 10 (1): 207–14. doi:10.1002 / j.1460-2075.1991.tb07937.x. PMC 452631. PMID 1824937.
- Wu JY, Maniatis T (1994). "Specifické interakce mezi proteiny zapojenými do výběru místa sestřihu a regulovaného alternativního sestřihu". Buňka. 75 (6): 1061–1070. doi:10.1016 / 0092-8674 (93) 90316-I. PMID 8261509. S2CID 22951690.
- Zuo P, Maniatis T (1996). „Faktor sestřihu U2AF35 zprostředkovává kritické interakce protein-protein v sestřihu konstitutivním a na zesilovači závislém“. Genes Dev. 10 (11): 1356–1368. doi:10.1101 / gad.10.11.1356. PMID 8647433.
- Hong W, Bennett M, Xiao Y, Feld Kramer R, Wang C, Reed R (1997). "Sdružení U2 snRNP se spliceozomálním komplexem E". Nucleic Acids Res. 25 (2): 354–361. doi:10.1093 / nar / 25.2.354. PMC 146436. PMID 9016565.
- Tronchère H, Wang J, Fu XD (1997). „Protein související s faktorem sestřihu U2AF35, který interaguje s proteiny U2AF65 a SR při sestřihu pre-mRNA“. Příroda. 388 (6640): 397–400. Bibcode:1997 Natur.388..397T. doi:10.1038/41137. PMID 9237760. S2CID 4386808.
- Wang HY, Lin W, Dyck JA, Yeakley JM, Songyang Z, Cantley LC, Fu XD (1998). „SRPK2: diferenciálně exprimovaná kináza specifická pro SR proteiny zapojená do zprostředkování interakce a lokalizace faktorů sestřihu pre-mRNA v buňkách savců“. J. Cell Biol. 140 (4): 737–750. doi:10.1083 / jcb.140.4.737. PMC 2141757. PMID 9472028.
- Rudner DZ, Kanaar R, Breger KS, Rio DC (1998). „Interakce mezi podjednotkami heterodimerního spojovacího faktoru U2AF je nezbytná in vivo“. Mol. Buňka. Biol. 18 (4): 1765–73. doi:10.1128 / MCB.18.4.1765. PMC 121406. PMID 9528748.
- Lallena MJ, Martínez C, Valcárcel J, Correas I (1998). "Funkční asociace jaderného proteinu 4.1 s faktory sestřihu pre-mRNA". J. Cell Sci. 111 (14): 1963–71. PMID 9645944.
- Gozani O, Potashkin J, Reed R (1998). „Potenciální role interakcí U2AF-SAP 155 při náboru U2 snRNP na pobočku“. Mol. Buňka. Biol. 18 (8): 4752–60. doi:10,1128 / mcb.18.8.4752. PMC 109061. PMID 9671485.
- Neubauer G, král A, Rappsilber J, Calvio C, Watson M, Ajuh P, Sleeman J, Lamond A, Mann M (1998). „Hmotnostní spektrometrie a vyhledávání v databázi EST umožňuje charakterizaci komplexu víceproteinových spliceosomů“. Nat. Genet. 20 (1): 46–50. doi:10.1038/1700. PMID 9731529. S2CID 585778.
- Xiao SH, Manley JL (1999). „Fosforylace-defosforylace odlišně ovlivňuje aktivity spojovacího faktoru ASF / SF2“. EMBO J.. 17 (21): 6359–6367. doi:10.1093 / emboj / 17.21.6359. PMC 1170960. PMID 9799243.
- de Vries H, Rüegsegger U, Hübner W, Friedlein A, Langen H, Keller W (2000). „Lidský pre-mRNA štěpný faktor II (m) obsahuje homology kvasinkových proteinů a spojuje další dva štěpné faktory“. EMBO J.. 19 (21): 5895–5904. doi:10.1093 / emboj / 19.21.5895. PMC 305781. PMID 11060040.
- Gama-Carvalho M, poslanec Carvalho, Kehlenbach A, Valcarcel J, Carmo-Fonseca M (2001). „Nukleocytoplazmatická přestávka heterodimerního sestřihového faktoru U2AF“. J. Biol. Chem. 276 (16): 13104–13112. doi:10,1074 / jbc.M008759200. PMID 11118443.
- Adams DJ, van der Weyden L, Mayeda A, Stamm S, Morris BJ, Rasko JE (2001). „ZNF265 - nový spliceozomální protein schopný indukovat alternativní sestřih“. J. Cell Biol. 154 (1): 25–32. doi:10.1083 / jcb.200010059. PMC 2196870. PMID 11448987.
- Will CL, Schneider C, MacMillan AM, Katopodis NF, Neubauer G, Wilm M, Lührmann R, Query CC (2001). „Nový protein snRNP U2 a U11 / U12, který se asociuje s místem pobočky pre-mRNA“. EMBO J.. 20 (16): 4536–4546. doi:10.1093 / emboj / 20.16.4536. PMC 125580. PMID 11500380.
- Nesic D, Krämer A (2001). „Domény v lidských spojovacích faktorech SF3a60 a SF3a66 potřebné pro vazbu na SF3a120, sestavení 17S U2 snRNP a tvorbu prespliceosomu“. Mol. Buňka. Biol. 21 (19): 6406–6417. doi:10.1128 / MCB.21.19.6406-6417.2001. PMC 99788. PMID 11533230.
- Esfahani MS, Lee LJ, Jeon YJ, Flynn R, Stehr H, Hui A, Ishisoko N, Kildebeck E, Newman AM, Bratman SV, Porteus MH, Chang HY, Alizadeh AA, Diehn M (2019). „Funkční význam mutací U2AF1 S34F v plicních adenokarcinomech“. Příroda komunikace. 10 (1): 5712. Bibcode:2019NatCo..10.5712E. doi:10.1038 / s41467-019-13392-r. PMC 6911043. PMID 31836708.