Outron - Outron

An outron je nukleotidová sekvence na 5 'konci primární přepis a gen který je odstraněn speciální formou Sestřih RNA v době zrání konečného produktu RNA.[1] Zatímco intron sekvence jsou umístěny uvnitř genu, vnější sekvence leží mimo gen.[2]

Vlastnosti

Outron je sekvence podobná intronu mající podobné vlastnosti, jako je Obsah G + C.[3] a místo akceptoru sestřihu, které je signálem trans- krájení.[4][5] Takový trans-splice site je v podstatě definováno jako akceptorové (3 ') spojovací místo bez upstream donorového (5') spojovacího místa.

U eukaryot, jako je euglenozoans, dinoflageláty, houby, hlístice, cnidarians, ctenofory, ploché červy, korýši, chaetognaths, vířníky, a pláštěnci, délka spletených vůdců (SL) se pohybuje od 30 do 102 nukleotidy (nt), s délkou SL exonu v rozmezí od 16 do 51 nt a plnou délkou SL RNA v rozmezí od 46 do 141 nt.[3]

zpracovává se

Standardně cis-sestřih, je nutné donorové spojovací místo v upstream poloze spolu s akceptorovým místem umístěným v downstream pozici na stejné molekule před RNA. Naproti tomu SL trans-splicing se opírá o 3 'akceptorové spojovací místo na outronu a 5' donorové spojovací místo (GU dinukleotid) umístěné na samostatné molekule RNA, SL RNA.[3]Nadbytek předčasné mRNA navíc obsahuje větev adenosin - následovaný po proudu polypyrimidinový trakt - který interaguje s intronovou částí SL RNA za vzniku vedlejšího produktu rozvětveného „Y“, který připomíná laso struktura vytvořená během sestřihu intronu. Jaderné stroje poté tuto větvící strukturu „Y“ vyřeší trans-plikování sekvence SL RNA na 3 ' trans-splice akceptorové místo (AG dinukleotid) pre-mRNA.[2]

Když jsou zpracovány outrony, je to SL exon trans- nakrájené na odlišná, nepárová následná akceptorová místa sousedící s každým otevřený čtecí rámec polycistronické pre-mRNA, což vede k odlišným zralým limitovaným transkriptům.[6][7][8]

Viz také

Reference

  1. ^ Conrad, Richard; Fen Liou, Ruey; Blumenthal, Thomas (1993-02-25). "Funkční analýza a C. elegans akceptor trans-splice ". Výzkum nukleových kyselin. 21 (4): 913–919. doi:10.1093 / nar / 21.4.913. ISSN  0305-1048. PMC  309224. PMID  8451190.
  2. ^ A b Stover, Nicholas A .; Kaye, Michelle S .; Cavalcanti, Andre R. O. (10.01.2006). „Splices leader trans-Splicing“. Aktuální biologie. 16 (1): R8 – R9. doi:10.1016 / j.cub.2005.12.019. ISSN  0960-9822. PMID  16401417.
  3. ^ A b C Lasda, Erika L .; Blumenthal, Thomas (01.05.2011). "Trans-splicing “. Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA. 2 (3): 417–434. doi:10,1002 / wrna.71. PMID  21957027.
  4. ^ „Oxford reference - Outron“. Citováno 26. září 2019.
  5. ^ „Prohlížeč ontologie MISO Sequence - Outron (SO: 0001475)“. Citováno 26. září 2019.
  6. ^ Clayton, Christine E. (2002-04-15). „Život bez transkripční kontroly? Od mouchy k člověku a zase zpátky.“. Časopis EMBO. 21 (8): 1881–1888. doi:10.1093 / emboj / 21.8.1881. ISSN  1460-2075. PMC  125970. PMID  11953307.
  7. ^ Blumenthal, Thomas; Gleason, Kathy Seggerson (únor 2003). "Caenorhabditis elegans operony: forma a funkce ". Genetika hodnocení přírody. 4 (2): 110–118. doi:10.1038 / nrg995. ISSN  1471-0056. PMID  12560808.
  8. ^ Lei Q, Li C, Zuo Z, Huang C, Cheng H, Zhou R (březen 2016). „Evoluční vhled do trans-sestřihu RNA u obratlovců“. Biologie genomu a evoluce. 8 (3): 562–77. doi:10.1093 / gbe / evw025. PMC  4824033. PMID  26966239.