Trans-sestřih - Trans-splicing

Trans- krájení je speciální forma Zpracování RNA kde exony ze dvou různých primárních RNA přepisy jsou spojeny mezi sebou a ligován. Obvykle se nachází v eukaryoty a zprostředkována spliceosome, i když některé bakterie a archea mají také „napůl geny“ tRNA.[1]

Genic trans- krájení

Zatímco „normální“ (cis-) sestřih zpracovává jedinou molekulu, trans-splicing generuje jeden přepis RNA z několika samostatných pre-mRNA. Tento jev lze využít pro molekulární terapii k řešení mutovaných genových produktů.[2]

Onkogeneze

Zatímco některé fúzní přepisy se vyskytují prostřednictvím trans-střih v normálních lidských buňkách,[1] trans-stříhání může být také mechanismem za určitou onkogenní fúzní přepisy.[3][4]

SL trans- krájení

Spliced ​​leader (SL) trans- krájení je používáno určitými mikroorganismy, zejména protistami Třída Kinetoplastae exprimovat geny. V těchto organismech je transkribována vedoucí RNA sestřihu a současně jsou geny transkribovány do dlouhých polycistronů.[5] Omezený vedoucí spojky je trans- nakrájené na každý gen pro generování monocistronicky omezených a polyadenylovaných transkriptů.[6] Tyto rané divergující eukaryoty používají jen málo introny a spliceosom, který mají, vykazují některé neobvyklé variace v jejich strukturní sestavě.[6][7] Mají také několik eIF4E izoformy se specializovanou rolí v zastropování[8]

Některé další eukaryoty, zejména mezi dinoflageláty, houby, hlístice, cnidarians, ctenofory, ploché červy, korýši, chaetognaths, vířníky, a pláštěnci také více či méně často používejte SL trans- krájení.[1][9] V tunikátu Ciona intestinalis, rozsah SL trans- krájení je lépe popsáno kvantitativním pohledem, který často a zřídka rozpoznává transspíše než binární a konvenční kategorizaci genů trans-krájet versus netrans- nakrájené geny.[10]

Jedna funkce SL trans-splicing je rozlišení polycistronic přepisy operony do jednotlivých 5'-uzavřených mRNA. Toto zpracování je dosaženo, když outrons jsou trans- nakrájené na nepárové následné akceptační stránky sousedící s cistronem otevřené čtecí rámce.[11][12]

Viz také

Reference

  1. ^ A b C Lei Q, Li C, Zuo Z, Huang C, Cheng H, Zhou R (březen 2016). „Evoluční pohledy na transkripci RNA u obratlovců“. Biologie genomu a evoluce. 8 (3): 562–77. doi:10.1093 / gbe / evw025. PMC  4824033. PMID  26966239.
  2. ^ Iwasaki R, Kiuchi H, Ihara M, Mori T, Kawakami M, Ueda H (červenec 2009). „Trans-sestřih jako nová metoda rychlé produkce fúzních proteinů protilátek“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 384 (3): 316–21. doi:10.1016 / j.bbrc.2009.04.122. PMID  19409879.
  3. ^ Li H, Wang J, Mor G, Sklar J (září 2008). „Neoplastická genová fúze napodobuje trans-sestřih RNA v normálních lidských buňkách“. Věda. 321 (5894): 1357–61. Bibcode:2008Sci ... 321.1357L. doi:10.1126 / science.1156725. PMID  18772439.
  4. ^ Rickman DS, Pflueger D, Moss B, VanDoren VE, Chen CX, de la Taille A a kol. (Duben 2009). „SLC45A3-ELK4 je nový a častý fúzní transkript specifický pro transformaci erytroblastů u rakoviny prostaty“. Výzkum rakoviny. 69 (7): 2734–8. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-08-4926. PMC  4063441. PMID  19293179.
  5. ^ Campbell DA, Sturm NR, Yu MC (únor 2000). "Přepis kinetoplastidového sestřihu vedoucího genu RNA". Parazitologie dnes. 16 (2): 78–82. doi:10.1016 / s0169-4758 (99) 01545-8. PMID  10652494.
  6. ^ A b Liang XH, Haritan A, Uliel S, Michaeli S (říjen 2003). „sestřih trans a cis v trypanosomatidech: mechanismus, faktory a regulace“. Eukaryotická buňka. 2 (5): 830–40. doi:10.1128 / EC. 2.5.830-840.2003. PMC  219355. PMID  14555465.
  7. ^ Günzl A (srpen 2010). „Mechanismus sestřihu trypanosomů před mRNA: složitý nebo zjednodušený?“. Eukaryotická buňka. 9 (8): 1159–70. doi:10.1128 / EC.00113-10. PMC  2918933. PMID  20581293.
  8. ^ Freire ER, Sturm NR, Campbell DA, de Melo Neto OP (říjen 2017). „Role cytoplazmatických mRNA vázajících proteinové komplexy v Trypanosoma brucei a dalších trypanosomatidech“. Patogeny. 6 (4): 55. doi:10,3390 / patogeny6040055. PMC  5750579. PMID  29077018.
  9. ^ Lasda EL, Blumenthal T (2011-05-01). "Trans-sestřih". Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA. 2 (3): 417–34. doi:10,1002 / wrna.71. PMID  21957027.
  10. ^ Matsumoto J, Dewar K, Wasserscheid J, Wiley GB, Macmil SL, Roe BA a kol. (Květen 2010). „Vysoce výkonná sekvenční analýza Ciona intestinalis SL trans-sestřižených mRNA: alternativní způsoby exprese a genové funkce korelují“. Výzkum genomu. 20 (5): 636–45. doi:10,1101 / gr. 100271.109. PMC  2860165. PMID  20212022.
  11. ^ Clayton, Christine E. (2002-04-15). „Život bez transkripční kontroly? Od mouchy k člověku a zase zpátky.“. Časopis EMBO. 21 (8): 1881–1888. doi:10.1093 / emboj / 21.8.1881. ISSN  1460-2075. PMC  125970. PMID  11953307.
  12. ^ Blumenthal, Thomas; Gleason, Kathy Seggerson (únor 2003). "Caenorhabditis elegans operony: forma a funkce ". Genetika hodnocení přírody. 4 (2): 110–118. doi:10.1038 / nrg995. ISSN  1471-0056. PMID  12560808.

Další čtení