Intron skupiny III - Group III intron

Intron skupiny III je třída introny nalezený v genech mRNA chloroplastů v euglenid protistů. Mají konvenční skupina II dVI s vybouleným adenosinem, efektivní dI, žádný dII-dV a uvolněná shoda místa sestřihu.[1](obr. 2) Spojování se provádí dvěma transesterifikace reakce s dVI vyklenutým adenosinem jako iniciační nukleofil; intron je vyříznut jako lariat.[2] O jejich fungování se toho moc neví,[1] ačkoli byl zkonstruován izolovaný systém transformace chloroplastů.[3]

Objev a identifikace

V roce 1984 Montandon a Stutz uvedli příklady nového typu intronů v Eugleně chloroplast.[4] V roce 1989 našli David A. Christopher a Richard B. Hallick několik dalších příkladů a navrhli název „Introny skupiny III“, aby identifikovali tuto novou třídu s následujícími charakteristikami:[5]

  • Introny skupiny III jsou mnohem kratší než jiné samosestřihovací třídy intronů, v rozmezí od 95 do 110 nukleotidů mezi těmi, které jsou známé Christopherovi a Hallickovi, a identifikovány v chloroplastech. Na druhou stranu Christopher a Hallick prohlásili: „Naopak nejmenší Euglena chloroplast intron skupiny II ... je 277 nukleotidů. “[5]
  • Jejich konzervované sekvence proximálně ke spojovacím místům mají podobnosti se sekvencemi intronů skupiny II, ale mají méně konzervovaných pozic.
  • Nemapují do konzervované sekundární struktury intronů skupiny II. (Christopher a Hallick ve skutečnosti nebyli schopni identifikovat žádné konzervované prvky sekundární struktury mezi introny skupiny III.)
  • Obvykle jsou spojovány s geny zapojenými do translace a transkripce.
  • Jsou velmi bohatí na A + T.

V roce 1994 objev intronu skupiny III o délce o jeden řád delší naznačil, že samotná délka není určující sestřih v intronech skupiny III.[2]

Ke spojování intronů skupiny III dochází prostřednictvím lariátu a kruhová RNA formace.[2] Podobnosti mezi skupinami III a jadernými introny zahrnují konzervované 5 'hraniční sekvence, tvorbu lariátu, nedostatek vnitřní struktury a schopnost používat alternativní hranice sestřihu.[1]

Reference

  1. ^ A b C Copertino DW, Hallick RB (prosinec 1993). „Skupina II a skupina III introny twintronů: potenciální vztahy s nukleárními pre-mRNA introny“. Trends Biochem. Sci. 18 (12): 467–71. doi:10.1016 / 0968-0004 (93) 90008-b. PMID  8108859.
  2. ^ A b C Donald W. Copertino DW; Hala ET; Van Hook FW; Jenkins KP; Hallick RB (1994). „Twintron skupiny III kódující gen podobný maturase exciduje prostřednictvím meziproduktů lariátu“. Nucleic Acids Res. 22 (6): 1029–36. doi:10.1093 / nar / 22.6.1029. PMC  307926. PMID  7512259.
  3. ^ Doetsch, NA; Favreau, MR; Kuscuoglu, N; Thompson, MD; Hallick, RB (únor 2001). „Chloroplastová transformace v Euglena gracilis: sestřih twintronu skupiny III přepsaného z transgenního operonu psbK“. Současná genetika. 39 (1): 49–60. doi:10,1007 / s002940000174. PMID  11318107.
  4. ^ Montandon PE, Stutz E (září 1983). „Nukleotidová sekvence oblasti genomu chloroplastů Euglena gracilis kódující elongační faktor Tu; důkazy o sestřižené mRNA“. Nucleic Acids Res. 11 (17): 5877–92. doi:10.1093 / nar / 11.17.5877. PMC  326324. PMID  6310519.
  5. ^ A b Christopher DA, Hallick RB (říjen 1989). „Euglena gracilis chloroplastový ribozomální proteinový operon: nový gen chloroplastů pro ribozomální protein L5 a popis nové kategorie intronů organel určené skupině III“. Nucleic Acids Res. 17 (19): 7591–608. doi:10.1093 / nar / 17.19.7591. PMC  334869. PMID  2477800.

Viz také

externí odkazy