SF1 (gen) - SF1 (gene) - Wikipedia

SF1
Dostupné struktury
PDB	Lidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1K1G, 1O0P, 1 OPI, 2M09, 4FXW, 4FXX
Identifikátory
Aliasy	SF1, BBP, D11S636, MBBP, ZCCHC25, ZFM1, ZNF162, spojovací faktor 1
Externí ID	OMIM: 601516 HomoloGene: 138518 Genové karty: SF1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 11 (lidský)
Konec	64,778,786 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: Aktivita transkripčního corepresoru 0001106; • vazba iontů zinku; • vazba kovových iontů; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • identická vazba na protein; • pre-mRNA vazba větvového bodu; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• ribozom; • spliceosomální komplex; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • jaderné těleso;
Biologický proces	• negativní regulace proliferace buněk hladkého svalstva; • regulace transkripce, DNA-šablony; • Diferenciace Leydigových buněk; • Zpracování mRNA; • regulace procesu biosyntézy steroidů; • určení mužského pohlaví; • transkripce, chráněná DNA; • sestava spliceozomálního komplexu; • rozpoznávání mRNA 3'-místa sestřihu; • Sestřih RNA; • negativní regulace transkripce templátované nukleovou kyselinou; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • organizace jaderných orgánů;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	7536
	n / a
	ENSG00000168066
	n / a
	Q15637
	n / a
NM_001178030; NM_001178031; NM_004630; NM_201995; NM_201997;
	NM_201998; NM_001346363; NM_001346364; NM_001346409; NM_001346410; NM_001378956; NM_001378957
	n / a
NP_001171501; NP_001171502; NP_001333292; NP_001333293; NP_001333338;
	NP_001333339; NP_004621; NP_973724; NP_973726; NP_973727; NP_001365885; NP_001365886
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka

Faktor sestřihu 1 také známý jako protein zinkového prstu 162 (ZFM162) je protein že u lidí je kódován SF1 gen.^[3]^[4]^[5]

Faktor sestřihu SF1 se podílí na tvorbě ATP závislé na spliceosome komplex.^[6] Gen SF1 je nezbytný k vytvoření bipotenciální pohlavní žlázy; ale zatímco hladiny SF1 klesají v genitálním hřebeni XX myších embryí, gen SF1 zůstává na vyvíjejících se varlatech. Zdá se, že SF 1 (transkripční faktor) je aktivní při maskování jak Leydigových buněk, tak Sertoliho buněk. V buňkách Sertoli s proteinem SOX9 zvyšuje hladinu transkripce AMH. V Leydigových buňkách aktivuje gen kódující enzym, který tvoří testosteronový hormon.

Interakce

Bylo prokázáno, že SF1 (gen) komunikovat s Oblast zlomu Ewingova sarkomu 1,^[7] U2AF2,^[8]^[9]^[10] Faktor určující varlata,^[11] a Regulátor prodloužení transkripce 1.^[12]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000168066 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Toda T, Iida A, Miwa T, Nakamura Y, Imai T (červenec 1994). „Izolace a charakterizace nového genu kódujícího jaderný protein v místě (D11S636) pevně spojeném s mnohočetnou endokrinní neoplazií typu 1 (MEN1)“. Hum Mol Genet. 3 (3): 465–70. doi:10,1093 / hmg / 3,3,465. PMID 7912130.
^ Kramer A, Quentin M, Mulhauser F (červen 1998). „Různorodé způsoby alternativního sestřihu lidského sestřihového faktoru SF-1 odvozené ze struktury exon-intron genu“. Gen. 211 (1): 29–37. doi:10.1016 / S0378-1119 (98) 00058-4. PMID 9573336.
^ „Entrez Gene: SF1 splicing factor 1“.
^ Rino J, Desterro JM, Pacheco TR, Gadella TW, Carmo-Fonseca M (květen 2008). „Faktory sestřihu SF1 a U2AF se sdružují v extraspliceosomálních komplexech“. Mol. Buňka. Biol. 28 (9): 3045–57. doi:10.1128 / MCB.02015-07. PMC 2293075. PMID 18285458.
^ Zhang D, Paley AJ, Childs G (červenec 1998). „Transkripční represor ZFM1 interaguje s a moduluje schopnost EWS aktivovat transkripci“. J. Biol. Chem. 273 (29): 18086–91. doi:10.1074 / jbc.273.29.18086. PMID 9660765.
^ Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě interakční sítě lidský protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
^ Berglund JA, Abovich N, Rosbash M (březen 1998). „Kooperativní interakce mezi U2AF65 a mBBP / SF1 usnadňuje rozpoznávání oblasti pobočkových bodů“. Genes Dev. 12 (6): 858–67. doi:10,1101 / gad.12.6.858. PMC 316625. PMID 9512519.
^ Abovich N, Rosbash M (květen 1997). „Interakce přemostění napříč introny v komplexu kvasinkových závazků jsou u savců zachovány“. Buňka. 89 (3): 403–12. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80221-4. PMID 9150140. S2CID 18466775.
^ Kashimada K, Koopman P (prosinec 2010). „Sry: hlavní přepínač v určování pohlaví savců“. Rozvoj. 137 (23): 3921–30. doi:10,1242 / dev.048983. PMID 21062860.
^ Goldstrohm AC, Albrecht TR, Suñé C, Bedford MT, Garcia-Blanco MA (listopad 2001). „Faktor pro prodloužení transkripce CA150 interaguje s RNA polymerázou II a faktorem sestřihu pre-mRNA SF1“. Mol. Buňka. Biol. 21 (22): 7617–28. doi:10.1128 / MCB.21.22.7617-7628.2001. PMC 99933. PMID 11604498.

Další čtení

Krämer A (1992). „Čištění sestřihového faktoru SF1, tepelně stabilního proteinu, který funguje při sestavování komplexu předplnění“. Mol. Buňka. Biol. 12 (10): 4545–52. doi:10.1128 / MCB.12.10.4545. PMC 360381. PMID 1406644.
Naumovski L, Cleary ML (1996). „Protein vázající p53 53BP2 také interaguje s Bc12 a brání progresi buněčného cyklu při G2 / M“. Mol. Buňka. Biol. 16 (7): 3884–92. doi:10.1128 / MCB.16.7.3884. PMC 231385. PMID 8668206.
Arning S, Grüter P, Bilbe G, Krämer A (1996). „Savčí sestřihový faktor SF1 je kódován variantními cDNA a váže se na RNA“. RNA. 2 (8): 794–810. PMC 1369416. PMID 8752089.
Abovich N, Rosbash M (1997). „Interakce přemostění napříč introny v komplexu kvasinkových závazků jsou u savců zachovány“. Buňka. 89 (3): 403–12. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80221-4. PMID 9150140. S2CID 18466775.
Caslini C, Spinelli O, Cazzaniga G a kol. (1997). „Identifikace dvou nových izoforem genu ZNF162: rostoucí rodina signální transdukce a aktivátor RNA proteinů“. Genomika. 42 (2): 268–77. doi:10.1006 / geno.1997.4705. PMID 9192847.
Zhang D, Childs G (1998). „Lidský protein ZFM1 je transkripční represor, který interaguje s aktivační doménou transkripce aktivačního proteinu specifického pro daný stupeň“. J. Biol. Chem. 273 (12): 6868–77. doi:10.1074 / jbc.273.12.6868. PMID 9506990.
Berglund JA, Abovich N, Rosbash M (1998). „Kooperativní interakce mezi U2AF65 a mBBP / SF1 usnadňuje rozpoznávání oblasti pobočkových bodů“. Genes Dev. 12 (6): 858–67. doi:10,1101 / gad.12.6.858. PMC 316625. PMID 9512519.
Zhang D, Paley AJ, Childs G (1998). „Transkripční represor ZFM1 interaguje s a moduluje schopnost EWS aktivovat transkripci“. J. Biol. Chem. 273 (29): 18086–91. doi:10.1074 / jbc.273.29.18086. PMID 9660765.
Neubauer G, král A, Rappsilber J a kol. (1998). „Hmotnostní spektrometrie a vyhledávání v databázi EST umožňuje charakterizaci komplexu víceproteinových spliceosomů“. Nat. Genet. 20 (1): 46–50. doi:10.1038/1700. PMID 9731529. S2CID 585778.
Wang X, Bruderer S, Rafi Z a kol. (1999). "Fosforylace sestřihového faktoru SF1 na Ser20 pomocí cGMP-dependentní protein kinázy reguluje montáž spliceosomu". EMBO J.. 18 (16): 4549–59. doi:10.1093 / emboj / 18.16.4549. PMC 1171529. PMID 10449420.
Lapteva N, Nieda M, Ando Y a kol. (2001). "Exprese genů systému renin-angiotensin v nezralých a zralých dendritických buňkách identifikovaných pomocí lidské cDNA microarray". Biochem. Biophys. Res. Commun. 285 (4): 1059–65. doi:10.1006 / bbrc.2001.5215. PMID 11467860.
Goldstrohm AC, Albrecht TR, Suñé C a kol. (2001). „Faktor pro prodloužení transkripce CA150 interaguje s RNA polymerázou II a faktorem sestřihu pre-mRNA SF1“. Mol. Buňka. Biol. 21 (22): 7617–28. doi:10.1128 / MCB.21.22.7617-7628.2001. PMC 99933. PMID 11604498.
Liu Z, Luyten I, Bottomley MJ a kol. (2001). "Strukturální základna pro rozpoznání intronové větve v místě větve sestřihem faktoru 1". Věda. 294 (5544): 1098–102. doi:10.1126 / science.1064719. PMID 11691992. S2CID 21402023.
Rappsilber J, Ryder U, Lamond AI, Mann M (2002). „Proteomická analýza lidského spliceosomu ve velkém měřítku“. Genome Res. 12 (8): 1231–45. doi:10,1101 / gr. 473902. PMC 186633. PMID 12176931.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Selenko P, Gregorovic G, Sprangers R a kol. (2003). "Strukturální základ pro molekulární rozpoznávání mezi lidskými sestřihovými faktory U2AF65 a SF1 / mBBP". Mol. Buňka. 11 (4): 965–76. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00115-1. PMID 12718882.
Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D a kol. (2004). „Rozsáhlá charakterizace jaderných fosfoproteinů z buněk HeLa“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (33): 12130–5. doi:10.1073 / pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
Lin KT, Lu RM, Tarn WY (2004). „Proteiny obsahující WW doménu interagují s časným spliceosomem a účastní se sestřihu pre-mRNA in vivo“. Mol. Buňka. Biol. 24 (20): 9176–85. doi:10.1128 / MCB.24.20.9176-9185.2004. PMC 517884. PMID 15456888.

Tento článek o gen na lidský chromozom 11 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000168066 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid7912130-3] Toda T, Iida A, Miwa T, Nakamura Y, Imai T (červenec 1994). „Izolace a charakterizace nového genu kódujícího jaderný protein v místě (D11S636) pevně spojeném s mnohočetnou endokrinní neoplazií typu 1 (MEN1)“. Hum Mol Genet. 3 (3): 465–70. doi:10,1093 / hmg / 3,3,465. PMID 7912130.

[pmid9573336-4] Kramer A, Quentin M, Mulhauser F (červen 1998). „Různorodé způsoby alternativního sestřihu lidského sestřihového faktoru SF-1 odvozené ze struktury exon-intron genu“. Gen. 211 (1): 29–37. doi:10.1016 / S0378-1119 (98) 00058-4. PMID 9573336.

[entrez-5] „Entrez Gene: SF1 splicing factor 1“.

[pmid18285458-6] Rino J, Desterro JM, Pacheco TR, Gadella TW, Carmo-Fonseca M (květen 2008). „Faktory sestřihu SF1 a U2AF se sdružují v extraspliceosomálních komplexech“. Mol. Buňka. Biol. 28 (9): 3045–57. doi:10.1128 / MCB.02015-07. PMC 2293075. PMID 18285458.

[pmid9660765-7] Zhang D, Paley AJ, Childs G (červenec 1998). „Transkripční represor ZFM1 interaguje s a moduluje schopnost EWS aktivovat transkripci“. J. Biol. Chem. 273 (29): 18086–91. doi:10.1074 / jbc.273.29.18086. PMID 9660765.

[pmid16189514-8] Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě interakční sítě lidský protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

[pmid9512519-9] Berglund JA, Abovich N, Rosbash M (březen 1998). „Kooperativní interakce mezi U2AF65 a mBBP / SF1 usnadňuje rozpoznávání oblasti pobočkových bodů“. Genes Dev. 12 (6): 858–67. doi:10,1101 / gad.12.6.858. PMC 316625. PMID 9512519.

[pmid9150140-10] Abovich N, Rosbash M (květen 1997). „Interakce přemostění napříč introny v komplexu kvasinkových závazků jsou u savců zachovány“. Buňka. 89 (3): 403–12. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80221-4. PMID 9150140. S2CID 18466775.

[Kashimada_Koopman_2010-11] Kashimada K, Koopman P (prosinec 2010). „Sry: hlavní přepínač v určování pohlaví savců“. Rozvoj. 137 (23): 3921–30. doi:10,1242 / dev.048983. PMID 21062860.

[pmid11604498-12] Goldstrohm AC, Albrecht TR, Suñé C, Bedford MT, Garcia-Blanco MA (listopad 2001). „Faktor pro prodloužení transkripce CA150 interaguje s RNA polymerázou II a faktorem sestřihu pre-mRNA SF1“. Mol. Buňka. Biol. 21 (22): 7617–28. doi:10.1128 / MCB.21.22.7617-7628.2001. PMC 99933. PMID 11604498.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]