Seznam fylogenetického softwaru - List of phylogenetics software

Tento seznam fylogenetického softwaru je kompilací výpočetní fylogenetika software používaný k výrobě fylogenetické stromy. Takové nástroje se běžně používají v komparativní genomika, kladistika, a bioinformatika. Metody pro odhad fylogenií zahrnují sousedství, maximální šetrnost (také jednoduše označované jako šetrnost), UPGMA, Bayesovská fylogenetická inference, maximální pravděpodobnost a metody matice vzdálenosti.

názevPopisMetodyAutor
AncesTree [1]Algoritmus pro rekonstrukci klonálního stromu z vícevzorkových dat sekvenování rakoviny.Maximum Likelihood, Integer Linear Programming (ILP)M. El-Kebir, L. Oesper, H. Acheson-Field a B. J. Raphael
AliGROOVE [2]Vizualizace heterogenní divergence sekvencí v rámci více sekvenčních zarovnání a detekce podpory nafouknuté větveIdentifikace jednotlivých taxonů, které vykazují převážně randomizovanou podobnost sekvence ve srovnání s jinými taxony v porovnání více sekvencí a vyhodnocení spolehlivosti podpory uzlů v dané topologiiPatrick Kück, Sandra A Meid, Christian Groß, Bernhard Misof, Johann Wolfgang Wägele.
opice [3]R-projekt balíček pro analýzu fylogenetiky a evolucePoskytuje širokou škálu fylogenetických funkcíSprávce: Emmanuel Paradis
Armadillo Workflow Platform [4]Platforma pracovního postupu věnovaná fylogenetické a obecné bioinformatické analýzeOdvoz fylogenetických stromů pomocí vzdálenosti, maximální pravděpodobnosti, maximální šetrnosti, bayesovských metod a souvisejících pracovních toků.E. Lord, M. Leclercq, A. Boc, A.B. Diallo a V. Makarenkov
BAli-Phy [5]Simultánní Bayesiánský závěr o zarovnání a fylogeneziBayesiánský závěr, zarovnání i vyhledávání stromů.M.A. Suchard, B. D. Redelings
BATWING [6]Bayesiánská analýza stromů s generováním vnitřních uzlůBayesovský závěr, demografická historie, rozdělení populaceI. J. Wilson, Weale, D. Balding
BayesPhylogenies [7]Bayesovský závěr použití stromů Markovský řetězec Monte Carlo metodyBayesiánský závěr, více modelů, smíšený model (automatické dělení)M. Pagel, A. Meade
BayesTraits [8]Analyzuje vývoj vlastností mezi skupinami druhů, pro které je k dispozici fylogeneze nebo vzorek fylogenezíAnalýza vlastnostíM. Pagel, A. Meade
BESTIE [9]Bayesovská evoluční analýza Odběr vzorků stromůBayesovský závěr, uvolněné molekulární hodiny, demografická historieA. J. Drummond, M. A. Suchard, D Xie & A. Rambaut
BioNumerikaUniverzální platforma pro správu, ukládání a analýzu všech typů biologických dat, včetně stromových a síťových inferencí sekvenčních dat.Sousední spojení, maximální šetrnost, UPGMA, maximální věrohodnost, metody matice vzdálenosti, ... Výpočet spolehlivosti stromů / větví pomocí bootstrappingu, permutačního převzorkování nebo převzorkování chyb.L. Vauterin a P. Vauterin.
BosqueIntegrovaný grafický software pro provádění fylogenetických analýz, od importu sekvencí po vykreslování a grafické vydání stromů a zarovnáníMetody vzdálenosti a maximální věrohodnosti (pomocí phyml, phylip a logických stromů)S. Ramirez, E. Rodriguez.
BUCKyBayesiánská shoda genových stromůBayesiánská shoda pomocí modifikovaného chamtivého konsensu nezakořeněných kvartetC. Ané, B. Larget, D.A. Baum, S.D. Smith, A. Rokas a B. Larget, S.K. Kotha, C.N. Dewey, C. Ané
Baldachýn [10]Posouzení intratumorové heterogenity a sledování podélné a prostorové klonální evoluční historie sekvenováním nové generaceMetody maximální pravděpodobnosti, metody Markov Chain Monte Carlo (MCMC)Y. Jiang, Y. Qiu, A. J. Minn a N. R. Zhang
CITUPZávěr klonality u nádorů pomocí fylogenezeVyčerpávající vyhledávání, programování kvadratických celých čísel (QIP)S. Malikic, A.W. McPherson, N. Donmez, C.S. Sahinalp
ClustalWPostupné zarovnání více sekvencíMatice vzdálenosti / nejbližší sousedThompson a kol.[11]
Dendroskop [12]Nástroj pro vizualizaci kořenových stromů a výpočet rootovaných sítíZakořeněné stromy, tanglegramy, konsensuální sítě, hybridizační sítěDaniel Huson a kol.
EzEditor [13]EzEditor je editor sekvencí zarovnání sekvencí založený na java pro geny kódující rRNA a proteiny. Umožňuje manipulaci jak se sekvencemi DNA, tak se sekvencemi proteinů pro fylogenetickou analýzu.Soused se připojilJeon, Y.S. et al.
fastDNAmlOptimalizovaná maximální pravděpodobnost (pouze nukleotidy)Maximální pravděpodobnostG.J. Olsen
FastTree 2[14]Rychlý fylogenetický závěr pro zarovnání s až stovkami tisíc sekvencíPřibližná maximální pravděpodobnostM.N. Cena, P.S. Dehal, A.P. Arkin
fitmodelHodí se k kodonovým modelům poboček bez nutnosti předchozí znalosti kladů podstupujících pozitivní selekciMaximální pravděpodobnostS. Guindon
GeniálníGeneious poskytuje nástroje pro výzkum genomu a proteomuNeighbor-joining, UPGMA, MrBayes plugin, PHYML plugin, RAxML plugin, FastTree plugin, GARLi plugin, PAUP * PluginA. J. Drummond, M.Suchard, V.Lefort a kol.
HyPhyTestování hypotéz pomocí fylogeniíMaximální věrohodnost, spojování sousedů, shlukovací techniky, matice vzdálenostíS.L. Kosakovsky Pond, S.D.W. Frost, S.V. Múza
IQPNNIIterativní ML stromy s pravidlem zastaveníMaximální pravděpodobnost, připojení se k sousedůmL.S. Vinh, A. von Haeseler, B.Q. Minh
IQ-STROM [15]Efektivní fylogenomický software s maximální pravděpodobností, jako nástupce IQPNNI a TREE-PUZZLE.Maximální věrohodnost, výběr modelu, hledání schématu rozdělení, AIC, AICc, BIC, ultrarychlé bootstrapping,[16] větvové testy, testy topologie stromů, mapování pravděpodobnostiLam-Tung Nguyen, O. Černomor, H.A. Schmidt, A. von Haeseler, B.Q. Minh
jModelTest 2Vysoce výkonný výpočetní program pro provádění statistického výběru nejvhodnějších modelů substituce nukleotidůMaximální věrohodnost, AIC, BIC, DT, hLTR, dLTRD. Darriba, GL. Taboada, R. Doallo, D. Posada
LisBethTřípoložková analýza pro fylogenetiku a biogeografiiAnalýza tří položekJ. Ducasse, N. Cao a R. Zaragüeta-Bagils
MEGAMolekulární evoluční genetická analýzaMetody vzdálenosti, šetrnosti a maximální složené pravděpodobnostiTamura K, Dudley J, Nei M & Kumar S
MesquiteMesquite je software pro evoluční biologii, jehož cílem je pomoci biologům analyzovat srovnávací údaje o organismech. Jeho důraz je kladen na fylogenetickou analýzu, ale některé z jejích modulů se týkají srovnávacích analýz nebo populační genetiky, zatímco jiné provádějí nefylogenetickou vícerozměrnou analýzu. Lze jej také použít k sestavení jízdních řádů zahrnujících geologický časový plán s některými volitelnými moduly.Maximální šetrnost, matice vzdálenosti, maximální pravděpodobnostWayne Maddison a D. R. Maddison
MetaPIGA2Vícejádrový program maximální pravděpodobnosti odvození fylogeneze pro DNA a proteinové sekvence a morfologická data. Analýzy lze provádět pomocí rozsáhlého a uživatelsky přívětivého grafického rozhraní nebo pomocí dávkových souborů. Také implementuje nástroje pro vizualizaci stromů, sekvence předků a automatický výběr nejlepšího substitučního modelu a parametrů.Maximální věrohodnost, stochastická heuristika (genetický algoritmus, metapopulační genetický algoritmus, simulované žíhání atd.), diskrétní heterogenita rychlosti gama, rekonstrukce stavu předků, testování modelu.Michel C. Milinkovitch a Raphaël Helaers
Generátor modeluVýběr modelu (protein nebo nukleotid)Maximální pravděpodobnostThomas Keane
MOLPHYMolekulární fylogenetika (protein nebo nukleotid)Maximální pravděpodobnostJ. Adachi a M. Hasegawa
MorphoBankWebová aplikace pro uspořádání dat vlastností (morfologických znaků) pro vytváření stromůpro použití s ​​Maximum Parsimony (přes portál CIPRES), Maximum Likelihood a Bayesian analysis)O'Leary, M. A. a S. Kaufman,[17] také K. Alphonse
MrBayesZadní odhad pravděpodobnostiBayesovský závěrJ. Huelsenbeck, et al.[18]
SíťBezplatný fylogenetický síťový softwareMedián připojení, snížený medián, Steiner NetworkA. Roehl
NonaFylogenetická inferenceMaximální šetrnost, předpokládané vážení, ráčnaP. Goloboff
PAMLFylogenetická analýza podle maximální pravděpodobnostiMaximální věrohodnost a Bayesiánský závěrZ. Yang
ParaPhylo [19]Výpočet genových a druhových stromů na základě relací událostí (ortologie, paralogie)Úpravy Cograph a Triple-InferenceHellmuth
PartitionFinderKombinovaný výběr modelů molekulární evoluce a rozdělovací schémata pro srovnání DNA a proteinů.Maximální věrohodnost, AIC, AICc, BICR. Lanfear, B Calcott, SYW Ho, S Guindon
PASTISBalíček R pro fylogenetickou montážR, dvoustupňový Bayesiánský závěr pomocí MrBayes 3.2Thomas a kol. 2013[20]
PAUP *Fylogenetická analýza využívající šetrnost (* a další metody)Maximální šetrnost, matice vzdálenosti, maximální pravděpodobnostD. Swofford
Phangorn [21]Fylogenetická analýza v R.ML, MP, distanční matice, bootstrap, fylogentické sítě, bootstrap, výběr modelu, SH-test, SOWH-testSprávce: K. Schliep
Phybase [22]balíček R pro analýzu dřevinfylogenetické funkce, STAR, NJst, STEAC, maxtree atdL. Liu & L. Yu
phyclustFylogenetické shlukování (Phyloclustering)Maximální pravděpodobnost režimů konečné směsiWei-Chen Chen
PHYLIPBalíček fylogenetických závěrůMaximální šetrnost, matice vzdálenosti, maximální pravděpodobnostJ. Felsenstein
phyloTGeneruje fylogenetické stromy v různých formátech na základě taxonomie NCBIžádnýI. Letunic
PhyloQuartImplementace kvarteta (používá sekvence nebo vzdálenosti)Metoda kvartetaV. Berry
PhyloWGSRekonstrukce subklonálního složení a evoluce z genomového sekvenování nádorůMCMCA. G. Deshwar, S. Vembu, C. K. Yung, G. H. Jang, L. Stein a Q. Morris
PhyMLRychlý a přesný odhad fylogenezí s maximální pravděpodobnostíMaximální pravděpodobnostS. Guindon a O. Gascuel
phyx [23]Fylogenetické nástroje příkazového řádku Unix / GNU / LinuxProzkoumejte, manipulujte, analyzujte a simulujte fylogenetické objekty (zarovnání, stromy a protokoly MCMC)J.W. Brown, J.F. Walker a S.A. Smith
POYProgram fylogenetické analýzy, který podporuje více druhů dat a může provádět zarovnání a odvození fylogeneze. Pro tento účel byla vyvinuta řada heuristických algoritmů.Maximální šetrnost, maximální pravděpodobnost, přeskupení chromozomů, diskrétní znaky, spojité znaky, zarovnáníA. Varon, N. Lucaroni, L. Hong, W. Wheeler
ProtTest 3Vysoce výkonný výpočetní program pro výběr modelu vývoje bílkovin, který nejlépe vyhovuje dané sadě seřazených sekvencíMaximální věrohodnost, AIC, BIC, DTD. Darriba, GL. Taboada, R. Doallo, D. Posada
PyCogentSoftwarová knihovna pro genomovou biologiiSimulace sekvencí, zarovnání, ovládání aplikací třetích stran, pracovní toky, dotazování na databáze, generování grafiky a fylogenetických stromůKnight a kol.
QuickTreeKonstrukce stromu optimalizovaná pro účinnostSoused se připojilK. Howe, A. Bateman, R. Durbin
RAxML-HPCRandomizovaná axelerovaná maximální pravděpodobnost pro vysoce výkonné výpočty (nukleotidy a aminokyseliny)Maximální věrohodnost, jednoduchá Maximální šetrnostA. Stamatakis
RAxML-NG [24]Randomizovaná axelerovaná maximální pravděpodobnost pro vysoce výkonné výpočty (nukleotidy a aminokyseliny) příští generaceMaximální věrohodnost, jednoduchá Maximální šetrnostA. Kozlov, D. Darriba, T. Flouri, B. Morel, A. Stamatakis
SEMPHYRekonstrukce stromu pomocí kombinovaných sil maximální pravděpodobnosti (přesnosti) a sousedního spojení (rychlosti). SEMPHY zastaral. Autoři nyní odkazují uživatele na RAxML, který je lepší v přesnosti i rychlosti.Hybridní metoda maximální pravděpodobnosti / sousedního připojeníM. Ninio, E. Privman, T. Pupko, N. Friedman
sowhat [25]Testování hypotézSOWH testChurch, Ryan a Dunn
SplitsTree [26]Stromový a síťový programVýpočet, vizualizace a průzkum fylogenetických stromů a sítíD.H. Huson a D. Bryant
TNTFylogenetická inferenceŠetrnost, vážení, ráčna, drift stromů, fixace stromů, odvětvová vyhledáváníP. Goloboff a kol.
TOPALiFylogenetická inferenceVýběr fylogenetického modelu, Bayesova analýza a odhad fylogenetického stromu maximální pravděpodobnosti, detekce lokalit s pozitivním výběrem a analýza polohy lomového bodu rekombinaceIain Milne, Dominik Lindner a kol.
TreeGenKonstrukce stromu s předpočítanými údaji o vzdálenostiDistanční maticeETH Curych
TreeAlignEfektivní hybridní metodaMatice vzdálenosti a přibližná šetrnostJ. Hein
Vyhledávač stromů [27]Rychlá rekonstrukce ML stromu, analýza bootstrapu, výběr modelů, testování hypotéz, kalibrace stromů, manipulace a vizualizace stromů, výpočet rychlostí stránek, simulace sekvencí, mnoho modelů evoluce (DNA, protein, rRNA, smíšený protein, definovatelné uživatelem), GUI a skriptovací jazykMaximální věrohodnost, vzdálenosti a dalšíJobb G, von Haeseler A, Strimmer K.
STROMÁK [28][29]Maximální věrohodnost a statistická analýzaMaximální pravděpodobnostMakarenkov
T-REX (webový server) [30]Odvození stromu a vizualizace, Horizontální přenos genů detekce, zarovnání více sekvencíVzdálenost (soused se připojí ), Odvození stromu Parsimony a Maximum likelihood (PhyML, RAxML), zarovnání sekvencí MUSCLE, MAFFT a ClustalW a související aplikaceBoc A, Diallo AB, Makarenkov V
UGENERychlý a bezplatný multiplatformní editor stromůzaložené na algoritmech balíčku Phylip 3.6Unipro
WincladaGUI a editor stromů (vyžaduje Nona)Maximální šetrnost, ráčnaK. Nixon
XrateFylogramatický strojOdhad rychlosti, odhad délky větve, anotace zarovnáníI. Holmes

Viz také

Reference

  1. ^ El-Kebir M, Oesper L, Acheson-Field H, Raphael BJ (červen 2015). "Rekonstrukce klonálních stromů a složení nádoru z vícevzorkových sekvenčních dat". Bioinformatika. 31 (12): i62-70. doi:10.1093 / bioinformatika / btv261. PMC  4542783. PMID  26072510.
  2. ^ Kück P, Meid SA, Groß C, Wägele JW, Misof B (srpen 2014). „AliGROOVE - vizualizace heterogenní divergence sekvencí v rámci více sekvenčních zarovnání a detekce podpory nafouknuté větve“. BMC bioinformatika. 15: 294. doi:10.1186/1471-2105-15-294. PMC  4167143. PMID  25176556.
  3. ^ Paradis E, Claude J, Strimmer K (leden 2004). „APE: Analýzy fylogenetiky a evoluce v jazyce R“. Bioinformatika. Oxford, Anglie. 20 (2): 289–90. doi:10.1093 / bioinformatika / btg412. PMID  14734327.
  4. ^ Lord E, Leclercq M, Boc A, Diallo AB, Makarenkov V (2012). „Armadillo 1.1: originální platforma pracovního postupu pro navrhování a provádění fylogenetických analýz a simulací“. PLOS ONE. 7 (1): e29903. Bibcode:2012PLoSO ... 729903L. doi:10.1371 / journal.pone.0029903. PMC  3256230. PMID  22253821.
  5. ^ Suchard MA, Redelings BD (srpen 2006). „BAli-Phy: simultánní Bayesiánský závěr o zarovnání a fylogenezi“. Bioinformatika (Oxford, Anglie). 22 (16): 2047–8. doi:10.1093 / bioinformatika / btl175. PMID  16679334.
  6. ^ Wilson IJ, Weale ME, Balding DJ (červen 2003). „Závěry z údajů DNA: historie populace, evoluční procesy a pravděpodobnosti forenzní shody“. Journal of the Royal Statistical Society: Series A (Statistics in Society). 166 (2): 155–88. doi:10.1111 / 1467-985X.00264.
  7. ^ Pagel M, Meade A (2007), BayesPhylogenies 1.0. Software distribuovaný autory.
  8. ^ Pagel M, Meade A (2007). „BayesTraits. Počítačový program a dokumentace“. s. 1216–23.
  9. ^ Drummond A, Suchard MA, Xie D, Rambaut A (2012). „Bayesiánská fylogenetika s BEAUti a BEAST 1.7“. Molekulární biologie a evoluce. 29 (8): 1969–1973. doi:10,1093 / molbev / mss075. PMC  3408070. PMID  22367748.
  10. ^ Jiang Y, Qiu Y, Minn AJ, Zhang NR (září 2016). „Posouzení heterogenity intratumoru a sledování podélné a prostorové klonální evoluční historie sekvenováním nové generace“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 113 (37): E5528-37. doi:10.1073 / pnas.1522203113. PMC  5027458. PMID  27573852.
  11. ^ Thompson, Julie D .; Gibson, Toby J .; Higgins, Des G. (srpen 2002). Msgstr "Zarovnání více sekvencí pomocí ClustalW a ClustalX". Současné protokoly v bioinformatice. Kapitola 2: 2.3.1–2.3.22. doi:10.1002 / 0471250953.bi0203s00. ISSN  1934-340X. PMID  18792934.
  12. ^ Huson DH, Scornavacca C (prosinec 2012). „Dendroscope 3: interaktivní nástroj pro zakořeněné fylogenetické stromy a sítě“. Systematická biologie. 61 (6): 1061–7. doi:10.1093 / sysbio / sys062. PMID  22780991.
  13. ^ Jeon YS, Lee K, Park SC, Kim BS, Cho YJ, Ha SM, Chun J (únor 2014). „EzEditor: univerzální editor zarovnání sekvencí pro geny kódující rRNA i protein“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 64 (Pt 2): 689–91. doi:10.1099 / ijs.0.059360-0. PMID  24425826.
  14. ^ Cena MN, Dehal PS, Arkin AP (březen 2010). „FastTree 2 - stromy s maximální pravděpodobností pro velké zarovnání“. PLOS ONE. 5 (3): e9490. Bibcode:2010PLoSO ... 5.9490P. doi:10,1371 / journal.pone.0009490. PMC  2835736. PMID  20224823.
  15. ^ Nguyen LT, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ (leden 2015). „IQ-TREE: rychlý a efektivní stochastický algoritmus pro odhad fylogenezí maximální pravděpodobnosti“. Molekulární biologie a evoluce. 32 (1): 268–74. doi:10,1093 / molbev / msu300. PMC  4271533. PMID  25371430.
  16. ^ Minh BQ, Nguyen MA, von Haeseler A (květen 2013). „Ultrarychlá aproximace pro fylogenetický bootstrap“. Molekulární biologie a evoluce. 30 (5): 1188–95. doi:10,1093 / molbev / mst024. PMC  3670741. PMID  23418397.
  17. ^ O’Leary, Maureen A .; Kaufman, Seth (říjen 2011). „MorphoBank: fylofenomika v„ oblaku “"". Kladistika. 27 (5): 529–537. doi:10.1111 / j.1096-0031.2011.00355.x.
  18. ^ Huelsenbeck, J. P .; Ronquist, F. (srpen 2001). „MRBAYES: Bayesiánský závěr fylogenetických stromů“. Bioinformatika (Oxford, Anglie). 17 (8): 754–755. doi:10.1093 / bioinformatika / 17.8.754. ISSN  1367-4803. PMID  11524383.
  19. ^ Hellmuth M, Wieseke N, Lechner M, Lenhof HP, Middendorf M, Stadler PF (únor 2015). „Fylogenomika s paralogy“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 112 (7): 2058–63. arXiv:1712.06442. Bibcode:2015PNAS..112.2058H. doi:10.1073 / pnas.1412770112. PMC  4343152. PMID  25646426.
  20. ^ Thomas, Gavin H .; Hartmann, Klaas; Jetz, Walter; Joy, Jeffrey B .; Mimoto, Aki; Mooers, Arne O. (2013). „PASTIS: balíček R pro usnadnění fylogenetické montáže s měkkými taxonomickými závěry“. Metody v ekologii a evoluci. 4 (11): 1011–1017. doi:10.1111 / 2041-210X.12117. ISSN  2041-210X.
  21. ^ Schliep KP (únor 2011). "phangorn: fylogenetická analýza v R". Bioinformatika. 27 (4): 592–3. doi:10.1093 / bioinformatika / btq706. PMC  3035803. PMID  21169378.
  22. ^ Liu L, Yu L (duben 2010). „Phybase: balíček R pro analýzu dřevin. Bioinformatika. 26 (7): 962–3. doi:10.1093 / bioinformatika / btq062. PMID  20156990.
  23. ^ Brown JW, Walker JF, Smith SA (červen 2017). „Phyx: fylogenetické nástroje pro unix“. Bioinformatika. 33 (12): 1886–1888. doi:10.1093 / bioinformatika / btx063. PMC  5870855. PMID  28174903.
  24. ^ Kozlov AM, Darriba D, Flouri T, Morel B, Stamatakis A (květen 2019). „RAxML-NG: Rychlý, škálovatelný a uživatelsky přívětivý nástroj pro maximální pravděpodobnost fylogenetické inference“. Bioinformatika. 35 (21): 4453–4455. doi:10.1093 / bioinformatika / btz305. PMC  6821337. PMID  31070718.
  25. ^ Church SH, Ryan JF, Dunn CW (listopad 2015). "Automatizace a vyhodnocení testu SOWH se SOWHAT". Systematická biologie. 64 (6): 1048–58. doi:10.1093 / sysbio / syv055. PMC  4604836. PMID  26231182.
  26. ^ Huson DH, Bryant D (únor 2006). „Aplikace fylogenetických sítí v evolučních studiích“. Molekulární biologie a evoluce. 23 (2): 254–67. doi:10.1093 / molbev / msj030. PMID  16221896.
  27. ^ Jobb G, von Haeseler A, Strimmer K (červen 2004). „TREEFINDER: výkonné prostředí grafické analýzy pro molekulární fylogenetiku“. BMC Evoluční biologie. 4: 18. doi:10.1186/1471-2148-4-18. PMC  459214. PMID  15222900.
  28. ^ Makarenkov V (červenec 2001). „T-REX: rekonstrukce a vizualizace fylogenetických stromů a síťových sítí“. Bioinformatika (Oxford, Anglie). 17 (7): 664–8. doi:10.1093 / bioinformatika / 17.7.664. PMID  11448889.
  29. ^ Schmidt HA, Strimmer K, Vingron M, von Haeseler A (březen 2002). "TREE-PUZZLE: maximální pravděpodobnost fylogenetické analýzy pomocí kvartet a paralelních výpočtů". Bioinformatika (Oxford, Anglie). 18 (3): 502–4. doi:10.1093 / bioinformatika / 18.3.502. PMID  11934758.
  30. ^ Boc A, Diallo AB, Makarenkov V (červenec 2012). „T-REX: webový server pro odvozování, ověřování a vizualizaci fylogenetických stromů a sítí“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s webovým serverem): W573–9. doi:10.1093 / nar / gks485. PMC  3394261. PMID  22675075.

externí odkazy