MicroRNA a cílová databáze microRNA - MicroRNA and microRNA target database

Tento mikroRNA databáze a mikroRNA cílí na databáze je kompilace databází a webových portálů a serverů používaných pro mikroRNA a jejich cíle. MicroRNA (miRNA) představují důležitou třídu malých nekódujících RNA (ncRNA), které regulují genovou expresi cílením na messengerové RNA.[1]

databáze cílových genů microRNA

názevPopistypOdkazReference
StarBasestarBase je určen pro dekódování miRNA -lncRNA, miRNA-mRNA, miRNA-circRNA, miRNA-pseudogen, miRNA-sncRNA, protein-lncRNAinterakce protein-sncRNA, protein-mRNA a protein-pseudogen a ceRNA sítí ze 108 datových sad CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH). Poskytuje také Analýza Pan-Cancer pro mikroRNA, lncRNA, cirkRNA a geny kódující proteiny ze 6000 vzorků nádoru.databázewebová stránka[2][3]
StarScanStarScan je vyvinut pro skenování malých RNA (miRNA, piRNA, siRNA) zprostředkovaných událostí štěpení RNA v lncRNA, circRNA, mRNA a pseudo genech z dat sekvenování degradomu.webový softwarewebová stránka[4]
AmorCupid je metoda pro simultánní predikce interakcí miRNA-cíl a jejich zprostředkovaných kompetitivních interakcí endogenní RNA (ceRNA). Jedná se o integrační přístup, který významně zlepšuje přesnost predikce miRNA cíle, jak je hodnoceno měřením mRNA a hladiny proteinu v buněčných liniích rakoviny prsu. Cupid je implementován ve 3 krocích: Krok 1: Přehodnocení kandidátských miRNA vazebných míst ve 3 'UTR. Krok 2: Interakce se předpovídají integrací informací o vybraných místech a statistickou závislostí mezi expresními profily miRNA a domnělými cíli. Krok 3: Cupid hodnotí, zda odvozené cíle soutěží o předpokládané regulátory miRNA. * Je poskytnut pouze zdrojový kód pro krok 3.software (MATLAB)webová stránka[5]
TargetScanPředpovídá biologické cíle miRNA hledáním přítomnosti míst, která odpovídají oblasti očkování každé miRNA. U much a hlístic jsou předpovědi řazeny podle pravděpodobnosti jejich evoluční ochrany. V zebrafish jsou předpovědi seřazeny na základě čísla webu, typu webu a kontextu webu, což zahrnuje faktory, které ovlivňují přístupnost cílového webu. U savců si uživatel může vybrat, zda mají být předpovědi seřazeny podle pravděpodobnosti jejich zachování nebo podle čísla, typu a kontextu lokality. U savců a nematodů se uživatel může rozhodnout rozšířit předpovědi nad rámec konzervovaných webů a zvážit všechny weby.databáze, webový serverwebová stránka[6][7][8][9][10][11]
TarBaseKomplexní databáze experimentálně podporovaných zvířecích mikroRNA cílůdatabázewebová stránka[12]
Diana-microTDIANA-microT 3.0 je algoritmus založený na několika parametrech vypočítaných jednotlivě pro každou mikroRNA a kombinuje konzervované a nekonzervované prvky rozpoznávání mikroRNA do konečného predikčního skóre.webový serverwebový server[13]
miRecordsintegrovaný zdroj pro interakce mikroRNA-cíl.databázewebová stránka[14]
PicTarPicTar jsou kombinatorické předpovědi cílů mikroRNA.databáze, webový server, předpovědiwebová stránka[15]
PITAPITA zahrnuje do rozpoznávání cílů mikroRNA roli dostupnosti cílového místa, jak je určeno interakcemi párování bází v rámci mRNA.webový server, předpovědipředpovědi[16]
RepTarDatabáze inverzních předpovědí cíle miRNA, založená na algoritmu RepTar, který je nezávislý na úvahách evoluční ochrany a není omezen na místa párování semen.databázewebová stránka[17]
RNA22První odkaz (předpovědi) poskytuje předpovědi RNA22 pro všechny transkripty kódující protein u lidí, myší, škrkavek a ovocných mušek. Umožňuje vám vizualizovat předpovědi v mapě cDNA a také najít přepisy, na které cílí více miR, které nás zajímají. Druhý odkaz na web (obvykle) nejprve najde předpokládaná vazebná místa pro mikroRNA v sledované sekvenci a poté identifikuje cílenou mikroRNA.webový server, předpovědipředpovědi Zvyk[18]
miRTarBaseExperimentálně ověřená databáze interakcí microRNA-cíl. Jako databáze nashromáždil miRTarBase více než tři sta šedesát tisíc interakcí miRNA-cíl (MTI), které jsou shromažďovány manuálním průzkumem relevantní literatury po NLP textu, aby se systematicky filtrovaly články týkající se funkčních studií miRNA. Obecně jsou shromážděné MTI validovány experimentálně pomocí reportérového testu, Western blotu, microarray a sekvenčních experimentů nové generace. Zatímco obsahuje největší množství validovaných MTI, miRTarBase poskytuje nejaktuálnější kolekci ve srovnání s jinými podobnými, dříve vyvinutými databázemi.databázewebová stránka[19][20][21][22]
miRwalkAgreguje a porovnává výsledky z jiných databází miRNA-mRNAdatabáze, webový server[1][23]
MBSTARPřístup s více instancemi pro zjištění skutečných nebo funkčních vazebných míst pro mikroRNA.webový server, předpovědipředpovědi[24]
.

microRNA databáze

názevPopistypOdkazReference
deepBasedeepBase je databáze pro anotování a objevování malých a dlouhých ncRNA (mikroRNA, siRNA, piRNA ...) z vysoké propustnosti hluboké řazení data.databázewebová stránka[25]
miRBasemiRBase databáze je prohledávatelná databáze publikovaných miRNA sekvencí a anotací.databázewebová stránka[26]
microRNA.orgmicroRNA.org je databáze experimentálně pozorovaných vzorců exprese mikroRNA a předpovězených cílů mikroRNA a skóre downregulace cíle.databázewebová stránka[27]
miRGen 2.0miRGen 2.0: databáze genomových informací a regulace microRNAdatabázewebová stránka[28]
miRNAMapmiRNAMap: genomové mapy genů microRNA a jejich cílových genů v genomech savcůdatabázewebová stránka[29]
PMRDPMRD: databáze mikroRNA rostlindatabázewebová stránka[30]
TargetScanTargetScan7.0 klasifikuje mikroRNA podle úrovně jejich ochrany (tj. Druhově specifické, konzervované mezi savci nebo široce konzervované mezi obratlovci) a agreguje je do rodin na základě jejich sekvence semen. Rovněž anotuje konzervované izomery pomocí malých datových souborů sekvenování RNA.[10]databázewebová stránka[10]
VIRmiRNAVIRmiRNA je první vyhrazený zdroj pro experiment virová miRNA a jejich cíle. Tento zdroj také poskytuje inkluzivní znalosti o antivirových miRNA, o nichž je známo, že hrají roli v antivirové imunitě hostitele.Databázewebová stránka[31]

Reference

  1. ^ Bartel, D. P. (2009). „MicroRNA: Rozpoznávání cílů a regulační funkce“. Buňka. 136 (2): 215–233. doi:10.1016 / j.cell.2009.01.002. PMC  3794896. PMID  19167326.
  2. ^ Yang, J. -H .; Li, J. -H .; Shao, P .; Zhou, H .; Chen, Y. -Q .; Qu, L. -H. (2010). „StarBase: Databáze pro zkoumání map interakcí microRNA-mRNA z dat Argonaute CLIP-Seq a Degradome-Seq“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s databází): D202 – D209. doi:10.1093 / nar / gkq1056. PMC  3013664. PMID  21037263.
  3. ^ Li, JH; Liu, S; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (1. ledna 2014). „starBase v2.0: dekódování miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA a protein-RNA interakčních sítí z rozsáhlých dat CLIP-Seq“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (1): D92-7. doi:10.1093 / nar / gkt1248. PMC  3964941. PMID  24297251.
  4. ^ Liu, S; Li, JH; Wu, J; Zhou, KR; Zhou, H; Yang, JH; Qu, LH (18. května 2015). „StarScan: webový server pro skenování malých cílů RNA z degradujících sekvenčních dat“. Výzkum nukleových kyselin. 43: W480-6. doi:10.1093 / nar / gkv524. PMC  4489260. PMID  25990732.
  5. ^ Chiu, Hua-Sheng; Llobet-Navas, David; Yang, Xuerui; Chung, Wei-Jen; Ambesi-Impiombato, Alberto; Iyer, Archana; Kim, Hyunjae „Ryan“; Seviour, Elena G .; Luo, Zijun; Sehgal, Vasudha; Moss, Tyler; Lu, Yiling; Ram, Prahlad; Silva, José; Mills, Gordon B .; Califano, Andrea; Sumazin, Pavel (únor 2015). „Cupid: simultánní rekonstrukce sítí microRNA - cíl a ceRNA“. Výzkum genomu. 25 (2): 257–67. doi:10,1101 / gr.178194.114. PMC  4315299. PMID  25378249.
  6. ^ Lewis, BP; Burge CB; Bartel DP (14. ledna 2005). „Zachované párování semen, často obklopené adenosiny, naznačuje, že tisíce lidských genů jsou cíle mikroRNA.“ Buňka. 120 (1): 15–20. doi:10.1016 / j.cell.2004.12.035. PMID  15652477.
  7. ^ Grimson, A; Farh, KK; Johnston, WK; Garrett-Engele, P; Lim, LP; Bartel, DP (6. července 2007). „MicroRNA zaměřená na specificitu u savců: determinanty nad párováním semen“. Molekulární buňka. 27 (1): 91–105. doi:10.1016 / j.molcel.2007.06.017. PMC  3800283. PMID  17612493.
  8. ^ Friedman, RC; Farh, KK; Burge, CB; Bartel, DP (leden 2009). „Většina savčích mRNA je konzervovaným cílem mikroRNA“. Výzkum genomu. 19 (1): 92–105. doi:10.1101 / gr.082701.108. PMC  2612969. PMID  18955434.
  9. ^ Garcia, DM; Baek, D; Shin, C; Bell, GW; Grimson, A; Bartel, DP (11. září 2011). „Slabá stabilita párování semen a vysoká hojnost cílového místa snižují odbornost lsy-6 a dalších mikroRNA“ (PDF). Přírodní strukturní a molekulární biologie. 18 (10): 1139–46. doi:10.1038 / nsmb.2115. PMC  3190056. PMID  21909094.
  10. ^ A b C Agarwal, Vikram; Bell, George W .; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (08.08.2015). „Predikce účinných cílových míst mikroRNA v savčích mRNA“. eLife. 4: e05005. doi:10,7554 / eLife.05005. ISSN  2050-084X. PMC  4532895. PMID  26267216. Archivovány od originál dne 2015-08-27.
  11. ^ Agarwal, V; Subtelny, AO; Thiru, P; Ulitsky, I; Bartel, DP (4. října 2018). „Predikce účinnosti cílení mikroRNA u Drosophily“. Biologie genomu. 19 (1): 152. doi:10.1186 / s13059-018-1504-3. PMC  6172730. PMID  30286781.
  12. ^ Sethupathy P, Corda B, Hatzigeorgiou AG (2006). „TarBase: Komplexní databáze experimentálně podporovaných zvířecích mikroRNA cílů“. RNA. 12 (2): 192–197. doi:10,1261 / rna.2239606. PMC  1370898. PMID  16373484.
  13. ^ Maragkakis M, Alexiou P, Papadopoulos GL, Reczko M, Dalamagas T, Giannopoulos G, Goumas G, Koukis E, Kourtis K, Simossis VA, Sethupathy P, Vergoulis T, Koziris N, Sellis T, Tsanakas P, Hatzigeorgiou AG (2009) . „Přesná predikce cíle mikroRNA koreluje s úrovněmi proteinové represe“. BMC bioinformatika. 10: 295. doi:10.1186/1471-2105-10-295. PMC  2752464. PMID  19765283.
  14. ^ Xiao F, Zuo Z, Cai G, Kang S, Gao X, Li T (2009). „miRecords: integrovaný zdroj pro interakce mikroRNA-cíl“. Nucleic Acids Res. 37 (Problém s databází): D105-110. doi:10.1093 / nar / gkn851. PMC  2686554. PMID  18996891.
  15. ^ Krek A, Grün D, Poy MN, Wolf R, Rosenberg L, Epstein EJ, MacMenamin P, da Piedade I, Gunsalus KC, Stoffel M, Rajewsky N (2005). Msgstr "Predikce kombinatorických mikroRNA cílů". Nat Genet. 37 (5): 495–500. doi:10.1038 / ng1536. PMID  15806104.
  16. ^ Kertesz M, Iovino N, Unnerstall U, Gaul U, Segal E (2007). "Role přístupnosti stránek při rozpoznávání cílů mikroRNA". Nat Genet. 39 (10): 1278–84. doi:10.1038 / ng2135. PMID  17893677.
  17. ^ Elefant, Naama; Berger Amnon; Shein Harel; Hofree Matan; Margalit Hanah; Altuvia Yael (leden 2011). „RepTar: databáze předpokládaných buněčných cílů hostitelských a virových miRNA“. Nucleic Acids Res. Anglie. 39 (Problém s databází): D188-94. doi:10.1093 / nar / gkq1233. PMC  3013742. PMID  21149264.
  18. ^ Miranda KC, Huynh T, Tay Y, Ang YS, Tam WL, Thomson AM, Lim B, Rigoutsos I (2006). „Metoda založená na vzorech pro identifikaci vazebných míst MicroRNA a jejich odpovídajících heteroduplexů“ (PDF). Buňka. 126 (6): 1203–17. doi:10.1016 / j.cell.2006.07.031. PMID  16990141.
  19. ^ Hsu SD, Lin FM, Wu WY, Liang C, Huang WC, Chan WL, Tsai WT, Chen GZ, Lee CJ, Chiu CM, Chien CH, Wu MC, Huang CY, Tsou AP, Huang HD (2011). „miRTarBase: databáze kurátoruje experimentálně ověřené interakce microRNA-cíl“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s databází): D163-9. doi:10.1093 / nar / gkq1107. PMC  3013699. PMID  21071411.
  20. ^ Hsu SD, Tseng YT, Shrestha S, Lin YL, Khaleel A, Chou CH, Chu CF, Huang HY, Lin CM, Ho SY, Jian TY, Lin FM, Chang TH, Weng SL, Liao KW, Liao IE, Liu CC , Huang HD (2014). „aktualizace miRTarBase 2014: informační zdroj pro experimentálně ověřené interakce miRNA a cíle“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D78-85. doi:10.1093 / nar / gkt1266. PMC  3965058. PMID  24304892.
  21. ^ Chou CH, Chang NW, Shrestha S, Hsu SD, Lin YL, Lee WH, Yang CD, Hong HC, Wei TY, Tu SJ, Tsai TR, Ho SY, Jian TY, Wu HY, Chen PR, Lin NC, Huang HT , Yang TL, Pai CY, Tai CS, Chen WL, Huang CY, Liu CC, Weng SL, Liao KW, Hsu WL, Huang HD (2016). „miRTarBase 2016: aktualizace experimentálně ověřené databáze interakcí miRNA-cíl“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (Problém s databází): D239-47. doi:10.1093 / nar / gkv1258. PMC  4702890. PMID  26590260.
  22. ^ Chou CH, Shrestha S, Yang CD, Chang NW, Lin YL, Liao KW, Huang WC, Sun TH, Tu SJ, Lee WH, Chiew MY, Tai CS, Wei TY, Tsai TR, Huang HT, Wang CY, Wu HY , Ho SY, Chen PR, Chuang CH, Hsieh PJ, Wu YS, Chen WL, Li MJ, Wu YC, Huang XY, Ng FL, Buddhakosai W, Huang PC, Lan KC, Huang CY, Weng SL, Cheng YN, Liang C, Hsu WL, Huang HD (2018). „miRTarBase update 2018: zdroj pro experimentálně ověřené interakce microRNA-cíl“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (Problém s databází): D296-302. doi:10.1093 / nar / gkt1266. PMC  5753222. PMID  29126174.
  23. ^ Dweep H, Sticht C, Pandey P, Gretz N (2011). „miRWalk-databáze: předpověď možných vazebných míst miRNA„ procházením “genů tří genomů“. JBI. 44 (5): 839–47. doi:10.1016 / j.jbi.2011.05.002. PMID  21605702.
  24. ^ Bandyopadhyay S, Ghosh D, Mitra R, Zhao Z (2015). „MBSTAR: učení více instancí pro predikci specifických funkčních vazebných míst v cílech microRNA“. Sci. Rep. 5: 8004. Bibcode:2015NatSR ... 5E8004B. doi:10.1038 / srep08004. PMC  4648438. PMID  25614300.
  25. ^ Yang JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH (2010). „deepBase: databáze pro hloubkovou anotaci a těžbu hlubokých sekvenčních dat“. Nucleic Acids Res. 38 (Problém s databází): D123-130. doi:10.1093 / nar / gkp943. PMC  2808990. PMID  19966272.
  26. ^ Griffiths-Jones S, Saini HK, van Dongen S, Enright AJ (2008). „miRBase: nástroje pro genomiku microRNA“. Nucleic Acids Res. 36: D154 – D158. doi:10.1093 / nar / gkm952. PMC  2238936. PMID  17991681.
  27. ^ Betel D, Wilson M, Gabow A, Marks DS, Sander C (2007). „Zdroj microRNA.org: cíle a výrazy“. Nucleic Acids Res. 36 (Problém s databází): D149-153. doi:10,1093 / nar / gkm995. PMC  2238905. PMID  18158296.
  28. ^ Alexiou P, Vergoulis T, Gleditzsch M, Prekas G, Dalamagas T, Megraw M, Grosse I, Sellis T, Hatzigeorgiou AG (2010). „miRGen 2.0: databáze genomových informací a regulace mikroRNA“. Nucleic Acids Res. 38 (Problém s databází): D137-41. doi:10.1093 / nar / gkp888. PMC  2808909. PMID  19850714.
  29. ^ Hsu PW, Huang HD, Hsu SD, Lin LZ, Tsou AP, Tseng CP, Stadler PF, Washietl S, Hofacker IL (2006). "miRNAMap: genomové mapy genů microRNA a jejich cílových genů v genomech savců". Nucleic Acids Res. 34 (Problém s databází): D135-139. doi:10.1093 / nar / gkj135. PMC  1347497. PMID  16381831.
  30. ^ Zhang Z, Yu J, Li D, Zhang Z, Liu F, Zhou X, Wang T, Ling Y, Su Z (2010). „PMRD: plant microRNA database“. Nucleic Acids Res. 38 (Problém s databází): D806-813. doi:10.1093 / nar / gkp818. PMC  2808885. PMID  19808935.
  31. ^ Qureshi, Abid; Thakur, Nishant; Monga, Isha; Thakur, Anamika; Kumar, Manoj (01.01.2014). „VIRmiRNA: komplexní zdroj pro experimentálně ověřené virové miRNA a jejich cíle“. Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2014: bau103. doi:10.1093 / databáze / bau103. ISSN  1758-0463. PMC  4224276. PMID  25380780.

Další čtení

externí odkazy