Seznam sekvenovaných archaeal genomů - List of sequenced archaeal genomes

Tento seznam sekvenovaných archaeal genomů obsahuje všechny archaea veřejně dostupné sekvence genomu které byly shromážděny, anotovány a uloženy ve veřejných databázích. Methanococcus jannaschii byl prvním archeonem, jehož genom byl sekvenován, v roce 1996.[1]

V současné době je v tomto seznamu 39 genomů patřících k druhu Crenarchaeota, 105 patřících do Euryarchaeota, 1 genom patřících do Korarchaeota a Nanoarchaeota, 3 patřících do Thaumarchaeota a 1 genom patřících do neklasifikované Archaey, celkem 150 genomů Archaeal.

Crenarchaeota

Acidilobales

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Acidilobus saccharovorans345-151,496,0001,547[2]CP0017422010

Desulforococcales

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Aeropyrum pernixK11,669,6952,694[3]NC_000854 (NCBI Reference Sequence)1999
Desulfurococcus kamchatkensis1221n1,365,0001,521[4]CP0011402009
Hyperthermus butylicusDSM 54561,667,0001,669[5]CP0004932007
Ignicoccus hospitalisKIN4 / I, DSM 183861,297,0001,496[6]CP0008162008
Ignisphaera AggregansAQ1.S1, DSM 172301,875,0002,042[7]CP0020982010
Pyrolobus fumarii1A, DSM 112041,843,0002,038[8]CP0028382011
Staphylothermus hellenicusP8, DSM 127101,580,0001,716[9]CP0020512011
Staphylothermus marinusF1, DSM 36391,570,0001,659[10]CP0005752011
Thermosphaera AggregansM11TL, DSM 114861,316,0001,457[11]CP0019392010

Sulfolobales

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Acidianus hospitalisW12,137,0002,424[12]CP0025352011
Metallosphaera cuprinaAr-41,840,0002,077[13]CP0026562011
Metallosphaera sedulaDSM 53482,191,0002,347[14]CP0006822008
Sulfolobus acidocaldariusDSM 6392,225,9592,223[15]CP0000772005
Sulfolobus islandicusHVE10 / 42,655,000[16]CP0024262011
Sulfolobus islandicusL.D.8.52,722,0002,996[17]Chromozóm CP001731

Plazmid pLD8501 CP001732

2009
Sulfolobus islandicusL.S.2.152,736,0003,068[17]CP0013992009
Sulfolobus islandicusM.14.252,608,0002,900[17]CP0014002009
Sulfolobus islandicusM.16.272,692,0002,956[17]CP0014012009
Sulfolobus islandicusM.16.42,586,0002,869[17]CP0014022009
Sulfolobus islandicusREY15A2,522,000[16]CP0024252011
Sulfolobus islandicusY.G.57.142,702,0003,079[17]CP0014032009
Sulfolobus islandicusY.N.15.512,812,0003,318[17]Chromozóm CP001404

Plazmid pYN01 CP001405

2009
Sulfolobus islandicusLAL14 / 12,465,1772,601[18]CP0039282013
Sulfolobus solfataricusP22,992,2452,995[19]AE0066412001
Sulfolobus solfataricus98/22,668,0002,728Společný institut genomu DOECP0018002009
Sulfolobus tokodaii72,694,7652,826[20]BA0000232001

Termoprotealy

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Caldivirga maquilingensisIC-1672,077,0002,011Společný institut pro genom DOECP0008522007
Pyrobaculum aerophilumIM22,222,4302,605[21]AE0094412002
Pyrobaculum arsenaticumPZ6, DSM 135142,121,0002,410Společný institut genomu DOECP0006602007
Pyrobaculum calidifontisJCM 115482,009,0002,213Společný institut genomu DOECP0005612007
Pyrobaculum islandicumDSM 41841,826,0002,063Společný institut pro genom DOECP0005042006
Pyrobaculum sp. 1860Nepublikovaný[22]CP0030982011
Termofilum závěsníkyHRK 51,781,0001,930[23]Chromozóm CP000505

Plazmid pTPEN01 CP000506

2008
Termoproteus neutrofilyV24Sta1,769,0002,053Společný institut genomu DOECP0010142008
Termoproteus tenaxKra11,841,0002,100[24]FN8698592011
Termoproteus uzoniensis768-201,936,0002,229[25]CP0025902011
Vulcanisaeta distributaDSM 144292,374,0002,592[26]CP0021002010
Vulcanisaeta moutnovskia768-282,298,0002,393[27]CP0025292011

Euryarchaeota

Archaeoglobi

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Archaeoglobus fulgidusDSM43042,178,4002,407[28]AE0007821997
Archaeoglobus veneficusSNP6, DSM 111951,901,0002,194Společný institut genomu DOECP0025882011
Archaeoglobus profundusAv18, DSM 56311,563,0001,911[29]Chromozóm CP001857

Plazmid pArcpr01 CP001858

2010
Ferroglobus placidusAEDII12DO, DSM 106422,196,0002,622[30]CP0018992011

Halobakterie

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Halalkalicoccus jeotgaliB3, DSM 187963,690,0003925[31]Chromozom I. CP002062

Plasmid 1 CP002063
Plasmid 2 CP002064
Plasmid 3 CP002065
Plasmid 4 CP002066
Plasmid 5 CP002067
Plasmid 6 CP002068

2010
Haloarcula hispanicaCGMCC 1.20493,484,0003,561[32]Chromozom I. CP002921

Chromozom II CP002922
Plazmid pHH400 CP002923

2011
Haloarcula marismortuiATCC 430493,131,7243,131[33]Chromozom I. AY596297

Chromozom II AY596298
Plazmid pNG100 AY596290
Plazmid pNG200 AY596291
Plazmid pNG300 AY596292
Plazmid pNG400 AY596293
Plazmid pNG500 AY596294
Plazmid pNG600 AY596295
Plazmid pNG700 AY596296

2004
Halobacterium salinarumR1, DSM 6712,000,0002,801[34]Chromozóm NC_010364

Plazmid PHS1 NC_010366
Plazmid PHS2 NC_010369
Plasmid PHS3 NC_010368
Plazmid PHS4 NC_010367

2008
Halobacterium druhNRC-12,014,2392,058[35]Chromozóm NC_002607

Plazmid pNRC100 NC_002607
Plazmid pNRC200 NC_002608

2000
Halobiforma lacisalsiAJ5, JCM 129834,320,0004,682[36]AGFZ000000002011
Haloferax volcaniiDS2[37]Chromozóm CP001956

Plazmid pHV1 CP001957
Plazmid pHV2 CP001954
Plazmid pHV3 CP001953
Plazmid pHV4 CP001955

2010
Halogeometricum borinquensePR3, DSM 115513,920,0004,059[38]Chromozóm CP001690

Plazmid pHBOR01 CP001691
Plazmid pHBOR02 CP001692
Plazmid pHBOR03 CP001693
Plazmid pHBOR04 CP001694
Plazmid pHBOR05 CP001695

2009
Halomicrobium mukohataeiarg-2, DSM 122863,332,0003,475[39]Chromozóm CP001688

Plazmid pHmuk01 CP001689

2009
Halopiger xanaduensisSH-63,668,0003,685Společný institut genomu DOEChromozóm CP002839

Plazmid pHALXA01 CP002840
Plazmid pHALXA02 CP002841
Plazmid pHALXA03 CP002842

2011 (chromozom)
Haloquadratum walsbyiC23, DSM 168543,148,000[40]Chromozóm FR746099

Plazmid PL6A FR746101
Plazmid PL6B FR746102
Plazmid PL100 FR746100

2011
Haloquadratum walsbyiHBSQ001, DSM 167903,132,0002,914[41]Chromozóm AM180088

Plazmid PL47 AM180089

2006
Halorhabdus tiamateaSARL4B3,840,0004,034[42]AFNT000000002011
Halorhabdus utahensisAX-2, DSM 129403116 Kb3076[43]CP0016872009
Halorubrum lacusprofundiATCC 492394,300,0003,725Společný institut genomu DOEChromozom 1 CP001365

Chromozom 2 CP001366
Plazmid pHLAC01 CP001367

2009 (chromozomy 1 a 2)
Haloterrigena TurkmenicaVKM B-1734, DSM 55115,440,0005,351[44]Chromozóm CP001860

Plazmid pHTUR01 CP001861
Plazmid pHTUR02 CP001862
Plazmid pHTUR03 CP001863
Plazmid pHTUR04 CP001864
Plazmid pHTUR05 CP001865
Plazmid pHTUR06 CP001866

2010
Natrialba asiaticaATCC 700177[45]Průzkum2004
Natrialba magadiiATCC 430993,751,0004,364Společný institut genomu DOECP0019322010
Natronomonas pharaonisDSM21602,595,2212,675[46]Chromozóm CR936257

Plazmid PL131 CR936258
Plazmid PL23 CR936259

2005

Methanobakterie

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Methanobacterium sp. AL-212,583,000Společný institut genomu DOE,
Univ of Illinois v Urbana-Champaign		CP0025512011
Methanobacterium sp. SWAN-12,546,0002,500Společný institut genomu DOE,
Univ Illinois v Urbana-Champaign		CP0027722011
Methanobacterium thermoautotrophicumdelta-H1,751,3771,869[47]AE0006661997
Methanobrevibacter ruminantiumM12,937,0002,283[48]CP0017192010
Methanobrevibacter smithiiDSM 23751,704,0001,748Washingtonská univerzitaABYW000000002008
Methanobrevibacter smithiiF1, DSM 23741,707,0001,749Washingtonská univerzitaABYV000000002010
Methanobrevibacter smithiiPS, ATCC 350611,853,0001,841[49]CP0006782007
Methanobrevibacter smithiiTS94A1,889,0001,808[50]AELU000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS94B1,886,0001,856[50]AELV000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS94C1,910,0001,812[50]AELW000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS95A1,992,0001,961[50]AELX000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS95B1,972,0001,895[50]AELY000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS95C1,978,0001,874[50]AELZ000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS95D2,011,0001,860[50]AEMA000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS96A1,975,0001,852[50]AEMB000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS96B1,869,0001,742[50]AEMC000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS96C1,818,0001,764[50]AEMD000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS145A1,782,0001,786[50]AEKU000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS145B1,797,0001,880[50]AELL000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS146A1,792,0001,823[50]AELM000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS146B1,794,0001,814[50]AELN000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS146C1,947,0002,355[50]AELO000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS146D1,713,0001,693[50]AELP000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS146E1,952,0001,887[50]AELQ000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS147A2,008,0001,969[50]AELR000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS147B1,965,0001,911[50]AELS000000002011
Methanobrevibacter smithiiTS147C1,973,0002,014[50]AELT000000002011
Methanosphaera stadtmanaeDSM 30911,767,4031,534[51]CP0001022005
Methanothermobacter marburgensisMarburg DSM 21331,634,0001,806[52]CP0017102010
Methanothermus fervidusV24S, DSM 20881,243,0001,361[53]CP0022782010

Methanokoky

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Methanocaldococcus vroucíAG861,485,0001,663Společný institut genomu DOEChromozóm CP001696

Plazmid pMEFER01 CP001697

2009 (chromozom)
Methanocaldococcus pekloMĚ1,328,0001,513Společný institut genomu DOECP0020092010
Methanocaldococcus jannaschiiDSM 26611,664,9701,715[54]Chromozóm: L77117

Velký plazmid: L77118
Malý plazmid: L77119

1996
Methanocaldococcus vulcaniusM7, DSM 120941,746,0001,808Společný institut genomu DOEChromozóm CP001787

Plazmid pMETVU01 CP001788
Plazmid pMETVU02 CP001789

2009
Methanocaldococcus sp. FS406-221,760,0001,893Společný institut pro genom DOEChromozóm CP001901

Plazmid pFS01 CP001902

2010 (chromozom)
Methanococcus aeolicusNankai-31,569,0001,554Společný institut genomu DOECP0007432007
Methanococcus maripaludisC51,780,0001,896Společný institut genomu DOECP0006092007
Methanococcus maripaludisC61,744,0001,874Společný institut genomu DOECP0008672007
Methanococcus maripaludisC71,772,0001,858Společný institut genomu DOECP0007452007
Methanococcus maripaludisS21,661,1371,722[55]NC_005791 (NCBI Reference Sequence)2004
Methanococcus maripaludisX11,746,0001,892[56]CP0029132011
Methanococcus vannieliiSB1,720,0001,755Společný institut genomu DOECP0007422007
Methanococcus voltaeA31,936,0001,768Společný institut genomu DOECP0020572010
Methanothermococcus okinawensisIH11,662,0001,662Společný institut genomu DOEChromozóm CP002792

Plazmid pMETOK01 CP002793

2011 (chromozom)
Methanotorris igneusKol5, DSM 56661,854,0001,843Společný institut pro genom DOECP0027372011

Methanomikrobie

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Candidatus Methanoregula boonei6A82,542,0002,518Společný institut genomu DOE[57]CP0007802007
Methanocella sp. Rice Cluster I (RC-I)MRE503,179,9163103Sekvence genomu,[58] pak taxonomické umístění[59]AM1141932005
Methanocella paludicolaSANAE2,957,6353004[60]AP0115322011
Methanocella conradiiHZ2541,316,3802512[61]CP0032432012
Methanococcoides burtoniiDSM62422,575,0322,273[62]CP0003002009
Methanocorpusculum labreanumZ1,804,0001,830[63]CP0005592009
Methanoculleus marisnigriJR1, DSM 14982,478,0002,560[64]CP0005622009
Methanohalobium evestigatumZ-73032,406,2322,254Společný institut pro genom DOE[65]Chromozóm: CP002069

Plazmid pMETEV01: CP002070

2010 (chromozom)
Methanohalophilus mahiiSLP, DSM 52192,012,0002,095[66]CP0019942010
Methanoplanus petroleariusSEBR 4847, DSM 115712,843,0002,881[67]CP0021172011
Methanosalsum zhilinaeWeN5, DSM 40172,138,0002,086CP0021012010
Methanosaeta conciliiGP-63,008,000[68]CP0025652010
Methanosaeta harundinacea6Ac2,559,000[22]CP0031172011
Methanosaeta termofilaPT1,879,0001,785Společný institut genomu DOECP0004772006
Methanosarcina acetivoranyC2A5,751,4924,540[69]AE0102992002
Methanosarcina barkeriFusaro, DSM 8044,837,4083,607[70]Chromozóm CP000099

Plasmid 1 CP000098

2006 (chromozom)
Methanosarcina mazeiGo14,096,3453,371[71]AE0083842002
Methanosphaerula palustrisE1-9c, DSM 199582,922,0002,859Společný institut genomu DOECP0013382008
Methanospirillum hungateiJF-13,544,7383,139Společný institut genomu DOECP0002542006

Methanopyri

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Methanopyrus kandleriAV191,694,9691,691[72]AE0094392002

Termokoky

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Pyrococcus abyssiGE51,765,1181,784[73]NC_000868 (NCBI Reference Sequence)2000
Pyrococcus furiosusDSM 36381,908,2562,065[74]AE0099501999
Pyrococcus horikoshiiOT31,738,5052,061[75]NC_000961 (NCBI Reference Sequence)1998
Pyrococcus sp. NA21,861,0001,984[22]CP0026702011
Pyrococcus yayanosiiCH11,716,0001,952[76]CP0027792011
Thermococcus barophilusMP, DSM 118362,010,0002,196[77]CP0023722011
Thermococcus gammatoleransEJ32,045,0002,206[78]CP0013982009
Thermococcus kodakaraensisKOD12,088,7372,306[79]AP0068782005
Thermococcus onnurineusNA11,847,0002,027[80]NC_011529 (NCBI Reference Sequence)2008
Thermococcus sibiricusMM 7391,845,0002,085[81]CP0014632009
Thermococcus sp. 45572,011,0002,181[82]CP0029202011
Thermococcus sp. AM42,086,0002,279[83]CP0029522011

Termoplazmy

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Ferroplasma acidarmanusFer11,865,0001,742[84]AABC000000002007
Picrophilus torridusDSM 97901,545,8951,535[85]AE0172612004
Termoplazma acidophilumDSM 17281,564,9061,478[86]NC_002578 (NCBI Reference Sequence)2000
Termoplazma sopkaGSS11,584,8041,526[87]NC_002689 (NCBI Reference Sequence)2000

Nezařazené Euryarchaeota

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Aciduliprofundum booneiT4691,486,0001,587Společný institut pro genom DOECP0019412010

Korarchaeota

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Candidatus Korarchaeum cryptofilumOPF81,590,0001,661[88]CP0009682008

Nanoarchaeota

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Nanoarchaeum equitansKin4-M490,885536[89]AE0171992003

Thaumarchaeota

Cenarchaeales

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Cenarchaeum symbiosumA2,045,0002,066[90]DP0002382006

Nitrosopumilales

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
Candidatus Nitrosoarchaeum limniaSFB11,769,0002,171[91]AEGP000000002011
Nitrosopumilus maritimusSCM11,645,0001,842[92]CP0008662010

Nezařazená Archaea

DruhKmenZákladní páryGenyOdkazGenBank identifikátorRok vydání
halophilic archaeon sp. DL31Nepublikovaný[22]CP0029882011

Viz také

Reference

  1. ^ Bult CJ, White O, Olsen GJ, Zhou L, Fleischmann RD, Sutton GG a kol. (Srpen 1996). „Complete genome sequence of the methanogenic archaeon, Methanococcus jannaschii“. Věda. 273 (5278): 1058–73. Bibcode:1996Sci ... 273.1058B. doi:10.1126 / science.273.5278.1058. PMID  8688087. S2CID  41481616.
  2. ^ Mardanov AV, Svetlitchnyi VA, Beletsky AV, Prokofeva MI, Bonch-Osmolovskaya EA, Ravin NV, Skryabin KG (srpen 2010). „Sekvence genomu crenarchaeonu Acidilobus saccharovorans podporuje nový řád Acidilobales a naznačuje důležitou ekologickou roli v suchozemských kyselých horkých pramenech“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 76 (16): 5652–7. doi:10.1128 / AEM.00599-10. PMC  2918975. PMID  20581186.
  3. ^ Kawarabayasi Y, Hino Y, Horikawa H, Yamazaki S, Haikawa Y, Jin-no K a kol. (Duben 1999). „Complete genome sequence of a aerobic hyper-thermophilic crenarchaeon, Aeropyrum pernix K1“. Výzkum DNA. 6 (2): 83–101, 145–52. doi:10.1093 / dnares / 6.2.83. PMID  10382966.
  4. ^ Ravin NV, Mardanov AV, Beletsky AV, Kublanov IV, Kolganova TV, Lebedinsky AV a kol. (Duben 2009). „Complete genome sequence of the anaerobic, protein-degrading hyperthermophilic crenarchaeon Desulfurococcus kamchatkensis“. Journal of Bacteriology. 191 (7): 2371–9. doi:10.1128 / JB.01525-08. PMC  2655497. PMID  19114480.
  5. ^ Brügger K, Chen L, Stark M, Zibat A, Redder P, Ruepp A a kol. (Květen 2007). „Genom Hyperthermus butylicus: neutrofilní Crenarchaeote snižující síru, peptidově fermentující, rostoucí až na 108 stupňů C“. Archaea. 2 (2): 127–35. doi:10.1155/2007/745987. PMC  2686385. PMID  17350933.
  6. ^ Podar M, Anderson I, Makarova KS, Elkins JG, Ivanova N, Wall MA a kol. (2008). „Genomická analýza archaálního systému Ignicoccus hospitalis-Nanoarchaeum equitans“. Genome Biology. 9 (11): R158. doi:10.1186 / gb-2008-9-11-r158. PMC  2614490. PMID  19000309.
  7. ^ Göker M, Held B, Lapidus A, Nolan M, Spring S, Yasawong M a kol. (Srpen 2010). "Kompletní sekvence genomu kmene typu Ignisphaera aggregans (AQ1.S1)". Standardy v genomických vědách. 3 (1): 66–75. doi:10,4056 / sigs.1072907. PMC  3035270. PMID  21304693.
  8. ^ Anderson I, Göker M, Nolan M, Lucas S, Hammon N, Deshpande S a kol. (Červenec 2011). "Kompletní sekvence genomu hypertermofilního chemolithoautotrofního kmene typu Pyrolobus fumarii (1A)". Standardy v genomických vědách. 4 (3): 381–92. doi:10.4056 / sigs.2014648. PMC  3156397. PMID  21886865.
  9. ^ Anderson I, Wirth R, Lucas S, Copeland A, Lapidus A, Cheng JF a kol. (Říjen 2011). "Complete genome sequence of Staphylothermus hellenicus P8". Standardy v genomických vědách. 5 (1): 12–20. doi:10,4056 / sigs.2054696. PMC  3236042. PMID  22180806.
  10. ^ Anderson IJ, Dharmarajan L, Rodriguez J, Hooper S, Porat I, Ulrich LE a kol. (Duben 2009). „Kompletní sekvence genomu Staphylothermus marinus odhaluje rozdíly v metabolismu síry mezi heterotrofními Crenarchaeota“. BMC Genomics. 10: 145. doi:10.1186/1471-2164-10-145. PMC  2678158. PMID  19341479.
  11. ^ Spring S, Rachel R, Lapidus A, Davenport K, Tice H, Copeland A, et al. (Červen 2010). „Kompletní sekvence genomu kmene typu Thermosphaera aggregans (M11TL)“. Standardy v genomických vědách. 2 (3): 245–59. doi:10,4056 / sigs.821804. PMC  3035292. PMID  21304709.
  12. ^ Vy XY, Liu C, Wang SY, Jiang CY, Shah SA, Prangishvili D a kol. (Červenec 2011). „Genomická analýza Acidianus hospitalis W1 jako hostitele pro studium crenarcheálních virů a životních cyklů plazmidů“. Extremophiles. 15 (4): 487–97. doi:10.1007 / s00792-011-0379-r. PMC  3119797. PMID  21607549.
  13. ^ Liu LJ, You XY, Zheng H, Wang S, Jiang CY, Liu SJ (červenec 2011). „Kompletní genomová sekvence Metallosphaera cuprina, archa oxidujícího sulfidy kovů z horkého pramene“. Journal of Bacteriology. 193 (13): 3387–8. doi:10.1128 / JB.05038-11. PMC  3133273. PMID  21551305.
  14. ^ Auernik KS, Maezato Y, Blum PH, Kelly RM (únor 2008). „Sekvence genomu kovově mobilizujícího, extrémně termoacidofilního archaeonu Metallosphaera sedula poskytuje poznatky o metabolismu spojeném s biologickým odlučováním“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 74 (3): 682–92. doi:10.1128 / AEM.02019-07. PMC  2227735. PMID  18083856.
  15. ^ Chen L, Brügger K, Skovgaard M, Redder P, She Q, Torarinsson E a kol. (Červenec 2005). „Genom Sulfolobus acidocaldarius, modelový organismus Crenarchaeota“. Journal of Bacteriology. 187 (14): 4992–9. doi:10.1128 / JB.187.14.4992-4999.2005. PMC  1169522. PMID  15995215.
  16. ^ A b Guo L, Brügger K, Liu C, Shah SA, Zheng H, Zhu Y a kol. (Duben 2011). „Analýza genomu islandských kmenů Sulfolobus islandicus, modelové organismy pro genetické studie a studie interakce virus-hostitel“. Journal of Bacteriology. 193 (7): 1672–80. doi:10.1128 / JB.01487-10. PMC  3067641. PMID  21278296.
  17. ^ A b C d E F G Reno ML, Held NL, Fields CJ, Burke PV, Whitaker RJ (květen 2009). „Biogeografie pan genomu Sulfolobus islandicus“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 106 (21): 8605–10. Bibcode:2009PNAS..106,8605R. doi:10.1073 / pnas.0808945106. PMC  2689034. PMID  19435847.
  18. ^ Jaubert C, Danioux C, Oberto J, Cortez D, Bize A, Krupovic M a kol. (Duben 2013). „Genomika a genetika Sulfolobus islandicus LAL14 / 1, model hypertermofilní archaeon“. Otevřená biologie. 3 (4): 130010. doi:10.1098 / rsob.130010. PMC  3718332. PMID  23594878.
  19. ^ Ona Q, Singh RK, Confalonieri F, Zivanovic Y, Allard G, Awayez MJ a kol. (Červenec 2001). „Kompletní genom crenarchaeonu Sulfolobus solfataricus P2“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 98 (14): 7835–40. Bibcode:2001PNAS ... 98.7835S. doi:10.1073 / pnas.141222098. PMC  35428. PMID  11427726.
  20. ^ Kawarabayasi Y, Hino Y, Horikawa H, Jin-no K, Takahashi M, Sekine M a kol. (Srpen 2001). „Kompletní sekvence genomu aerobního termoacidofilního crenarchaeonu, kmen Sulfolobus tokodaii7“. Výzkum DNA. 8 (4): 123–40. doi:10.1093 / dnares / 8.4.123. PMID  11572479.
  21. ^ Fitz-Gibbon ST, Ladner H, Kim UJ, Stetter KO, Simon MI, Miller JH (leden 2002). „Genome sequence of the hyperthermophilic crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 99 (2): 984–9. Bibcode:2002PNAS ... 99..984F. doi:10.1073 / pnas.241636498. PMC  117417. PMID  11792869.
  22. ^ A b C d "ZLATO".
  23. ^ Anderson I, Rodriguez J, Susanti D, Porat I, Reich C, Ulrich LE a kol. (Duben 2008). "Sekvence genomu Thermofilum pendens odhaluje výjimečnou ztrátu biosyntetických drah bez redukce genomu". Journal of Bacteriology. 190 (8): 2957–65. doi:10.1128 / JB.01949-07. PMC  2293246. PMID  18263724.
  24. ^ Siebers B, Zaparty M, Raddatz G, Tjaden B, Albers SV, Bell SD a kol. (2011). „Kompletní genomová sekvence Thermoproteus tenax: fyziologicky všestranný člen Crenarchaeota“. PLOS ONE. 6 (10): e24222. Bibcode:2011PLoSO ... 624222S. doi:10.1371 / journal.pone.0024222. PMC  3189178. PMID  22003381.
  25. ^ Mardanov AV, Gumerov VM, Beletsky AV, Prokofeva MI, Bonch-Osmolovskaya EA, Ravin NV, Skryabin KG (červen 2011). "Kompletní genomová sekvence termoacidofilního crenarchaeonu Thermoproteus uzoniensis 768-20". Journal of Bacteriology. 193 (12): 3156–7. doi:10.1128 / JB.00409-11. PMC  3133184. PMID  21478349.
  26. ^ Mavromatis K, Sikorski J, Pabst E, Teshima H, Lapidus A, Lucas S a kol. (Září 2010). "Kompletní sekvence genomu kmene typu Vulcanisaeta distributa (IC-017)". Standardy v genomických vědách. 3 (2): 117–25. doi:10.4056 / sigs.1113067. PMC  3035369. PMID  21304741.
  27. ^ Gumerov VM, Mardanov AV, Beletsky AV, Prokofeva MI, Bonch-Osmolovskaya EA, Ravin NV, Skryabin KG (květen 2011). „Kompletní genomová sekvence kmene„ Vulcanisaeta moutnovskia “768-28, nový člen hypertermofilního crenarchaeal rodu Vulcanisaeta“. Journal of Bacteriology. 193 (9): 2355–6. doi:10.1128 / JB.00237-11. PMC  3133093. PMID  21398550.
  28. ^ Klenk HP, Clayton RA, Tomb JF, White O, Nelson KE, Ketchum KA a kol. (Listopad 1997). „Kompletní genomová sekvence hypertermofilního archyonu redukujícího sírany Archaeoglobus fulgidus“. Příroda. 390 (6658): 364–70. Bibcode:1997 Natur.390..364K. doi:10.1038/37052. PMID  9389475.
  29. ^ von Jan M, Lapidus A, Del Rio TG, Copeland A, Tice H, Cheng JF, et al. (Červen 2010). "Kompletní sekvence genomu kmene typu Archaeoglobus profundus (AV18)". Standardy v genomických vědách. 2 (3): 327–46. doi:10,4056 / sigs.942153. PMC  3035285. PMID  21304717.
  30. ^ Anderson I, Risso C, Holmes D, Lucas S, Copeland A, Lapidus A a kol. (Říjen 2011). „Complete genome sequence of Ferroglobus placidus AEDII12DO“. Standardy v genomických vědách. 5 (1): 50–60. doi:10,4056 / sigs.2225018. PMC  3236036. PMID  22180810.
  31. ^ Roh SW, Nam YD, Nam SH, Choi SH, Park HS, Bae JW (září 2010). „Kompletní genomová sekvence Halalkalicoccus jeotgali B3 (T), extrémně halofilního archeona“. Journal of Bacteriology. 192 (17): 4528–9. doi:10.1128 / JB.00663-10. PMC  2937367. PMID  20601480.
  32. ^ Liu H, Wu Z, Li M, Zhang F, Zheng H, Han J a kol. (Listopad 2011). „Kompletní sekvence genomu Haloarcula hispanica, modelového haloarchaeonu pro studium genetiky, metabolismu a interakce virus-hostitel“. Journal of Bacteriology. 193 (21): 6086–7. doi:10.1128 / JB.05953-11. PMC  3194904. PMID  21994921.
  33. ^ Baliga NS, Bonneau R, Facciotti MT, Pan M, Glusman G, Deutsch EW a kol. (Listopad 2004). „Sekvence genomu Haloarcula marismortui: halofilní archeon z Mrtvého moře“. Výzkum genomu. 14 (11): 2221–34. doi:10,1101 / gr. 2700304. PMC  525680. PMID  15520287.
  34. ^ Pfeiffer F, Schuster SC, Broicher A, Falb M, Palm P, Rodewald K a kol. (Duben 2008). „Evoluce v laboratoři: genom Halobacterium salinarum kmen R1 ve srovnání s genem kmene NRC-1“. Genomika. 91 (4): 335–46. doi:10.1016 / j.ygeno.2008.01.001. PMID  18313895.
  35. ^ Ng WV, Kennedy SP, Mahairas GG, Berquist B, Pan M, Shukla HD a kol. (Říjen 2000). "Sekvence genomu Halobacterium species NRC-1". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (22): 12176–81. Bibcode:2000PNAS ... 9712176N. doi:10.1073 / pnas.190337797. PMC  17314. PMID  11016950.
  36. ^ Jiang X, Wang S, Cheng H, Huo Y, Zhang X, Zhu X a kol. (Prosinec 2011). „Sekvence genomu Halobiforma lacisalsi AJ5, extrémně halofilního archeona, který ukrývá gen BOP“. Journal of Bacteriology. 193 (24): 7023–4. doi:10.1128 / JB.06282-11. PMC  3232858. PMID  22123770.
  37. ^ Hartman AL, Norais C, Badger JH, Delmas S, Haldenby S, Madupu R a kol. (Březen 2010). Friedberg I. (ed.). „Kompletní genomová sekvence Haloferax volcanii DS2, modelový archaeon“. PLOS ONE. 5 (3): e9605. Bibcode:2010PLoSO ... 5.9605H. doi:10,1371 / journal.pone.0009605. PMC  2841640. PMID  20333302.
  38. ^ Malfatti S, Tindall BJ, Schneider S, Fähnrich R, Lapidus A, Labuttii K a kol. (Září 2009). "Kompletní sekvence genomu kmene typu Halogeometricum borinquense (PR3)". Standardy v genomických vědách. 1 (2): 150–9. doi:10,4056 / sigs.23264. PMC  3035229. PMID  21304651.
  39. ^ Tindall BJ, Schneider S, Lapidus A, Copeland A, Glavina Del Rio T, Nolan M a kol. (Listopad 2009). "Kompletní sekvence genomu kmene typu Halomicrobium mukohataei (arg-2)". Standardy v genomických vědách. 1 (3): 270–7. doi:10,4056 / sigs. 42644. PMC  3035239. PMID  21304667.
  40. ^ Dyall-Smith ML, Pfeiffer F, Klee K, Palm P, Gross K, Schuster SC a kol. (2011). „Haloquadratum walsbyi: omezená rozmanitost v globálním rybníku“. PLOS ONE. 6 (6): e20968. Bibcode:2011PLoSO ... 620968D. doi:10.1371 / journal.pone.0020968. PMC  3119063. PMID  21701686.
  41. ^ Bolhuis H, Palm P, Wende A, Falb M, Rampp M, Rodriguez-Valera F a kol. (Červenec 2006). „Genom čtvercového archaeonu Haloquadratum walsbyi: život na hranici aktivity vody“. BMC Genomics. 7: 169. doi:10.1186/1471-2164-7-169. PMC  1544339. PMID  16820047.
  42. ^ Antunes A, Alam I, Bajic VB, Stingl U (září 2011). „Genome sequence of Halorhabdus tiamatea, the first archaeon isolated from the deep-sea anoxic soine lake“. Journal of Bacteriology. 193 (17): 4553–4. doi:10.1128 / JB.05462-11. PMC  3165509. PMID  21705593.
  43. ^ Anderson I, Tindall BJ, Pomrenke H, Göker M, Lapidus A, Nolan M a kol. (Listopad 2009). „Kompletní genomová sekvence kmene typu Halorhabdus utahensis (AX-2)“. Standardy v genomických vědách. 1 (3): 218–25. doi:10,4056 / sigs.31864. PMC  3035240. PMID  21304660.
  44. ^ Saunders E, Tindall BJ, Fähnrich R, Lapidus A, Copeland A, Del Rio TG a kol. (Únor 2010). "Kompletní sekvence genomu kmene typu Haloterrigena turkmenica (4k)". Standardy v genomických vědách. 2 (1): 107–16. doi:10,4056 / sigs.681272. PMC  3035258. PMID  21304683.
  45. ^ Goo YA, Roach J, Glusman G, Baliga NS, Deutsch K, Pan M a kol. (Leden 2004). „Low-pass sekvenování pro mikrobiální komparativní genomiku“. BMC Genomics. 5 (1): 3. doi:10.1186/1471-2164-5-3. PMC  331400. PMID  14718067.
  46. ^ Falb M, Pfeiffer F, Palm P, Rodewald K, Hickmann V, Tittor J, Oesterhelt D (říjen 2005). „Život se dvěma extrémy: závěry ze sekvence genomu Natronomonas pharaonis“. Výzkum genomu. 15 (10): 1336–43. doi:10,1101 / gr.3952905. PMC  1240075. PMID  16169924.
  47. ^ Smith DR, Doucette-Stamm LA, Deloughery C, Lee H, Dubois J, Aldredge T a kol. (Listopad 1997). "Kompletní genomová sekvence Methanobacterium thermoautotrophicum deltaH: funkční analýza a srovnávací genomika". Journal of Bacteriology. 179 (22): 7135–55. doi:10.1128 / jb.179.22.7135-7155.1997. PMC  179657. PMID  9371463.
  48. ^ Leahy SC, Kelly WJ, Altermann E, Ronimus RS, Yeoman CJ, Pacheco DM a kol. (Leden 2010). „Sekvence genomu methanogenu v bachoru Methanobrevibacter ruminantium odhaluje nové možnosti kontroly emisí metanu přežvýkavců“. PLOS ONE. 5 (1): e8926. Bibcode:2010PLoSO ... 5,8926L. doi:10,1371 / journal.pone 0008926. PMC  2812497. PMID  20126622.
  49. ^ Samuel BS, Hansen EE, Manchester JK, Coutinho PM, Henrissat B, Fulton R a kol. (Červen 2007). "Genomické a metabolické adaptace Methanobrevibacter smithii na lidské střevo". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (25): 10643–8. Bibcode:2007PNAS..10410643S. doi:10.1073 / pnas.0704189104. PMC  1890564. PMID  17563350.
  50. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó p q r s t Hansen EE, Lozupone CA, Rey FE, Wu M, Guruge JL, Narra A a kol. (Březen 2011). „Pan-genom dominantního lidského archaeonu spojeného se střevem, Methanobrevibacter smithii, studován u dvojčat“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 108 Suppl 1 (Suppl 1): 4599–606. Bibcode:2011PNAS..108,4599H. doi:10.1073 / pnas.1000071108. PMC  3063581. PMID  21317366.
  51. ^ Fricke WF, Seedorf H, Henne A, Krüer M, Liesegang H, Hedderich R a kol. (Leden 2006). „Sekvence genomu Methanosphaera stadtmanae odhaluje, proč je tento lidský intestinální archaeon omezen na methan a H2 pro tvorbu metanu a syntézu ATP“. Journal of Bacteriology. 188 (2): 642–58. doi:10.1128 / JB.188.2.642-658.2006. PMC  1347301. PMID  16385054.
  52. ^ Liesegang H, Kaster AK, Wiezer A, Goenrich M, Wollherr A, Seedorf H a kol. (Listopad 2010). "Kompletní genomová sekvence Methanothermobacter marburgensis, methanoarcheonského modelového organismu". Journal of Bacteriology. 192 (21): 5850–1. doi:10.1128 / JB.00844-10. PMC  2953689. PMID  20802048.
  53. ^ Anderson I, Djao OD, Misra M, Chertkov O, Nolan M, Lucas S a kol. (Listopad 2010). "Kompletní genomová sekvence kmene typu Methanothermus fervidus (V24S)". Standardy v genomických vědách. 3 (3): 315–24. doi:10,4056 / sigs.1283367. PMC  3035299. PMID  21304736.
  54. ^ Bult CJ, White O, Olsen GJ, Zhou L, Fleischmann RD, Sutton GG a kol. (Srpen 1996). „Complete genome sequence of the methanogenic archaeon, Methanococcus jannaschii“. Věda. 273 (5278): 1058–73. Bibcode:1996Sci ... 273.1058B. doi:10.1126 / science.273.5278.1058. PMID  8688087. S2CID  41481616.
  55. ^ Hendrickson EL, Kaul R, Zhou Y, Bovee D, Chapman P, Chung J a kol. (Říjen 2004). "Kompletní sekvence genomu geneticky odtažitelného hydrofotrofního methanogenu Methanococcus maripaludis". Journal of Bacteriology. 186 (20): 6956–69. doi:10.1128 / JB.186.20.6956-6969.2004. PMC  522202. PMID  15466049.
  56. ^ Wang X, Greenfield P, Li D, Hendry P, Volk H, Sutherland TD (říjen 2011). „Kompletní sekvence genomu nekultivovatelného kmene Methanococcus maripaludis extrahovaného v metagenomickém průzkumu tekutin v ropné nádrži“. Journal of Bacteriology. 193 (19): 5595. doi:10.1128 / JB.05835-11. PMC  3187424. PMID  21914896.
  57. ^ „Candidatus Methanoregula boonei 6A8“. http://genome.jgi-psf.org/metbo/metbo.info.html
  58. ^ Erkel C, Kube M, Reinhardt R, Liesack W (červenec 2006). „Genome of Rice Cluster I archaea - klíčoví producenti metanu v rhizosféře rýže“. Věda. 313 (5785): 370–2. Bibcode:2006Sci ... 313..370E. doi:10.1126 / science.1127062. PMID  16857943. S2CID  42808519.
  59. ^ Sakai S, Imachi H, Hanada S, Ohashi A, Harada H, Kamagata Y (duben 2008). „Methanocella paludicola gen. Nov., Sp. Nov., Archeon produkující metan, první izolát linie„ Rice Cluster I “a návrh nového archaického řádu Methanocellales ord. Nov.“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 58 (Pt 4): 929–36. doi:10.1099 / ijs.0.65571-0. PMID  18398197.
  60. ^ Sakai S, Takaki Y, Shimamura S, Sekine M, Tajima T, Kosugi H a kol. (2011). „Genomová sekvence mezofilního hydrogenotrofního methanogenu Methanocella paludicola, prvního kultivovaného zástupce řádu Methanocellales“. PLOS ONE. 6 (7): e22898. Bibcode:2011PLoSO ... 622898S. doi:10.1371 / journal.pone.0022898. PMC  3146512. PMID  21829548.
  61. ^ Lü Z, Lu Y (květen 2012). „Complete genome sequence of a thermophilic methanogen, Methanocella conradii HZ254, isolated from Chinese rice field earth“. Journal of Bacteriology. 194 (9): 2398–9. doi:10.1128 / JB.00207-12. PMC  3347084. PMID  22493204.
  62. ^ Allen MA, Lauro FM, Williams TJ, Burg D, Siddiqui KS, De Francisci D a kol. (Září 2009). „Sekvence genomu psychrofilního archaeonu, Methanococcoides burtonii: role evoluce genomu při adaptaci na chlad“. Časopis ISME. 3 (9): 1012–35. doi:10.1038 / ismej.2009.45. PMID  19404327.
  63. ^ Anderson IJ, Sieprawska-Lupa M, Goltsman E, Lapidus A, Copeland A, Glavina Del Rio T a kol. (Září 2009). "Kompletní sekvence genomu kmene typu Methanocorpusculum labreanum". Standardy v genomických vědách. 1 (2): 197–203. doi:10,4056 / sigs.35575. PMC  3035222. PMID  21304657.
  64. ^ Anderson IJ, Sieprawska-Lupa M, Lapidus A, Nolan M, Copeland A, Glavina Del Rio T a kol. (Září 2009). "Kompletní genomová sekvence Methanoculleus marisnigri Romesser a kol., Kmen JR1 typu 1981". Standardy v genomických vědách. 1 (2): 189–96. doi:10 4056 / sigs. 32535. PMC  3035220. PMID  21304656.
  65. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 2015-06-30. Citováno 2012-03-08.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  66. ^ Spring S, Scheuner C, Lapidus A, Lucas S, Glavina Del Rio T, Tice H a kol. (Prosinec 2010). „Sekvence genomu Methanohalophilus mahii SLP (T) odhaluje rozdíly v energetickém metabolismu mezi členy Methanosarcinaceae obývajícími sladkovodní a slané prostředí.“. Archaea. 2010: 690737. doi:10.1155/2010/690737. PMC  3017947. PMID  21234345.
  67. ^ Barber RD, Zhang L, Harnack M, Olson MV, Kaul R, Ingram-Smith C, Smith KS (červenec 2011). „Kompletní genomová sekvence Methanosaeta concilii, specialisty na methanogenezi v aceticlastic. Journal of Bacteriology. 193 (14): 3668–9. doi:10.1128 / JB.05031-11. PMC  3133334. PMID  21571998.
  68. ^ Brambilla E, Djao OD, Daligault H, Lapidus A, Lucas S, Hammon N a kol. (Říjen 2010). "Kompletní sekvence genomu kmene typu Methanoplanus petrolearius (SEBR 4847)". Standardy v genomických vědách. 3 (2): 203–11. doi:10,4056 / sigs.1183143 (neaktivní 2020-09-01). PMC  3035365. PMID  21304750.CS1 maint: DOI neaktivní od září 2020 (odkaz)
  69. ^ Galagan JE, Nusbaum C, Roy A, Endrizzi MG, Macdonald P, FitzHugh W a kol. (Duben 2002). „Genom M. acetivorans odhaluje rozsáhlou metabolickou a fyziologickou rozmanitost“. Výzkum genomu. 12 (4): 532–42. doi:10,1101 / gr. 223902. PMC  187521. PMID  11932238.
  70. ^ Maeder DL, Anderson I, Brettin TS, Bruce DC, Gilna P, Han CS a kol. (Listopad 2006). „Genom Methanosarcina barkeri: srovnávací analýza s Methanosarcina acetivorans a Methanosarcina mazei odhaluje rozsáhlé přeskupení v methanosarcinálních genomech“. Journal of Bacteriology. 188 (22): 7922–31. doi:10.1128 / JB.00810-06. PMC  1636319. PMID  16980466.
  71. ^ Deppenmeier U, Johann A, Hartsch T, Merkl R, Schmitz RA, Martinez-Arias R a kol. (Červenec 2002). "Genom Methanosarcina mazei: důkazy pro laterální přenos genů mezi bakteriemi a archaea". Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology. 4 (4): 453–61. PMID  12125824.
  72. ^ Slesarev AI, Mezhevaya KV, Makarova KS, Polushin NN, Shcherbinina OV, Shakhova VV a kol. (Duben 2002). „Kompletní genom hypertermofilu Methanopyrus kandleri AV19 a monofilie archaealních methanogenů“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 99 (7): 4644–9. Bibcode:2002PNAS ... 99.4644S. doi:10.1073 / pnas.032671499. PMC  123701. PMID  11930014.
  73. ^ Gaspin C, Cavaillé J, Erauso G, Bachellerie JP (duben 2000). „Archaeální homology eukaryotické methylace vedou malé nukleolární RNA: poučení z genomů Pyrococcus“. Journal of Molecular Biology. 297 (4): 895–906. doi:10.1006 / jmbi.2000.3593. PMID  10736225.
  74. ^ Maeder DL, Weiss RB, Dunn DM, Cherry JL, González JM, DiRuggiero J, Robb FT (srpen 1999). „Divergence hypertermofilní archy Pyrococcus furiosus a P. horikoshii odvozená z úplných genomových sekvencí“. Genetika. 152 (4): 1299–305. PMC  1460691. PMID  10430560.
  75. ^ Kawarabayasi Y, Sawada M, Horikawa H, Haikawa Y, Hino Y, Yamamoto S a kol. (Duben 1998). „Kompletní sekvence a genová organizace genomu hypertermofilní archaebakterie, Pyrococcus horikoshii OT3“. Výzkum DNA. 5 (2): 55–76. doi:10.1093 / dnares / 5.2.55. PMID  9679194.
  76. ^ Červen X, Lupeng L, Minjuan X, Oger P, Fengping W, Jebbar M, Xiang X (srpen 2011). "Kompletní sekvence genomu obligátního piezofilního hypertermofilního archaeona Pyrococcus yayanosii CH1". Journal of Bacteriology. 193 (16): 4297–8. doi:10.1128 / JB.05345-11. PMC  3147706. PMID  21705594.
  77. ^ Vannier P, Marteinsson VT, Fridjonsson OH, Oger P, Jebbar M (březen 2011). "Kompletní genomová sekvence hypertermofilního, piezofilního, heterotrofního a karboxydotrofního archaeonu Thermococcus barophilus MP". Journal of Bacteriology. 193 (6): 1481–2. doi:10.1128 / JB.01490-10. PMC  3067617. PMID  21217005.
  78. ^ Zivanovic Y, Armengaud J, Lagorce A, Leplat C, Guérin P, Dutertre M a kol. (2009). „Analýza genomu a celogenomová proteomika Thermococcus gammatolerans, nejvíce radioresistentního organismu známého mezi Archaea“. Genome Biology. 10 (6): R70. doi:10.1186 / gb-2009-10-6-r70. PMC  2718504. PMID  19558674.
  79. ^ Fukui T, Atomi H, Kanai T, Matsumi R, Fujiwara S, Imanaka T (březen 2005). „Kompletní genomová sekvence hypertermofilního archeona Thermococcus kodakaraensis KOD1 a srovnání s genomy Pyrococcus“. Výzkum genomu. 15 (3): 352–63. doi:10,1101 / gr. 3003105. PMC  551561. PMID  15710748.
  80. ^ Lee HS, Kang SG, Bae SS, Lim JK, Cho Y, Kim YJ a kol. (Listopad 2008). „Kompletní genomová sekvence Thermococcus onnurineus NA1 odhaluje smíšený heterotrofní a karboxydotrofní metabolismus“. Journal of Bacteriology. 190 (22): 7491–9. doi:10.1128 / JB.00746-08. PMC  2576655. PMID  18790866.
  81. ^ Mardanov AV, Ravin NV, Svetlitchnyi VA, Beletsky AV, Miroshnichenko ML, Bonch-Osmolovskaya EA, Skryabin KG (červenec 2009). „Metabolická všestrannost a původní původ archaeona Thermococcus sibiricus, izolovaného ze sibiřské ropné nádrže, jak odhalila analýza genomu“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 75 (13): 4580–8. doi:10.1128 / AEM.00718-09. PMC  2704819. PMID  19447963.
  82. ^ Wang X, Gao Z, Xu X, Ruan L (říjen 2011). „Kompletní genomová sekvence kmene 4557 Thermococcus sp., Hypertermofilního archeona izolovaného z hlubinné hydrotermální ventilační oblasti“. Journal of Bacteriology. 193 (19): 5544–5. doi:10.1128 / JB.05851-11. PMC  3187469. PMID  21914870.
  83. ^ Oger P, Sokolova TG, Kozhevnikova DA, Chernyh NA, Bartlett DH, Bonch-Osmolovskaya EA, Lebedinsky AV (prosinec 2011). "Kompletní genomová sekvence hypertermofilního archaeonu kmene Thermococcus sp. AM4, schopného organotrofního růstu a růstu na úkor hydrogenogenní nebo sulfidogenní oxidace oxidu uhelnatého". Journal of Bacteriology. 193 (24): 7019–20. doi:10.1128 / JB.06259-11. PMC  3232831. PMID  22123768.
  84. ^ Allen EE, Tyson GW, Whitaker RJ, Detter JC, Richardson PM, Banfield JF (únor 2007). „Dynamika genomu v přirozené archaální populaci“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (6): 1883–8. Bibcode:2007PNAS..104.1883A. doi:10.1073 / pnas.0604851104. PMC  1794283. PMID  17267615.
  85. ^ Fütterer O, Angelov A, Liesegang H, Gottschalk G, Schleper C, Schepers B a kol. (Červen 2004). „Sekvence genomu Picrophilus torridus a její důsledky pro život kolem pH 0“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 101 (24): 9091–6. Bibcode:2004PNAS..101.9091F. doi:10.1073 / pnas.0401356101. PMC  428478. PMID  15184674.
  86. ^ Ruepp A, Graml W, Santos-Martinez ML, Koretke KK, Volker C, Mewes HW a kol. (Září 2000). „Sekvence genomu termoacidofilního lapače Thermoplasma acidophilum“. Příroda. 407 (6803): 508–13. Bibcode:2000Natur.407..508R. doi:10.1038/35035069. PMID  11029001.
  87. ^ Kawashima T, Amano N, Koike H, Makino S, Higuchi S, Kawashima-Ohya Y a kol. (Prosinec 2000). „Adaptace archaealu na vyšší teploty odhalena genomickou sekvencí vulkánu Thermoplasma“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (26): 14257–62. Bibcode:2000PNAS ... 9714257K. doi:10.1073 / pnas.97.26.14257. PMC  18905. PMID  11121031.
  88. ^ Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L a kol. (Červen 2008). „Korarchaeal genom odhaluje pohledy na vývoj Archeae“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 105 (23): 8102–7. Bibcode:2008PNAS..105,8102E. doi:10.1073 / pnas.0801980105. PMC  2430366. PMID  18535141.
  89. ^ Waters E, Hohn MJ, Ahel I, Graham DE, Adams MD, Barnstead M, et al. (Říjen 2003). „Genom Nanoarchaeum equitans: pohledy na ranou evoluci archaealu a odvozený parazitismus“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 100 (22): 12984–8. Bibcode:2003PNAS..10012984W. doi:10.1073 / pnas.1735403100. PMC  240731. PMID  14566062.
  90. ^ Hallam SJ, Konstantinidis KT, Putnam N, Schleper C, Watanabe Y, Sugahara J a kol. (Listopad 2006). „Genomická analýza neobráběného mořského crenarchaeote Cenarchaeum symbiosum“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 103 (48): 18296–301. Bibcode:2006PNAS..10318296H. doi:10.1073 / pnas.0608549103. PMC  1643844. PMID  17114289.
  91. ^ Blainey PC, Mosier AC, Potanina A, Francis CA, Quake SR (únor 2011). „Genom archaeonu oxidujícího amoniak s nízkým obsahem soli stanovený jednobuněčnou a metagenomickou analýzou“. PLOS ONE. 6 (2): e16626. Bibcode:2011PLoSO ... 616626B. doi:10.1371 / journal.pone.0016626. PMC  3043068. PMID  21364937.
  92. ^ Walker CB, de la Torre JR, Klotz MG, Urakawa H, Pinel N, Arp DJ a kol. (Květen 2010). „Genom Nitrosopumilus maritimus odhaluje jedinečné mechanismy nitrifikace a autotrofie v globálně distribuovaných mořských crenarchaea“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 107 (19): 8818–23. Bibcode:2010PNAS..107,8818W. doi:10.1073 / pnas.0913533107. PMC  2889351. PMID  20421470.

externí odkazy