Seznam sekvenovaných plastomů - List of sequenced plastomes
Seznam plastidových genomů, jejichž DNA sekvence je známa
A plastom genom a plastid , typ organela nalezen v rostliny a v různých protokolisté . Počet známých plastid genom sekvence rychle rostl v prvním desetiletí 21. století. Například 25 chloroplast genomy byly sekvenovány pro jeden molekulární fylogenetika studie.[1]
Kvetoucí rostliny jsou obzvláště dobře zastoupeny v kompletních genomech chloroplastů. K lednu 2017 všechny objednávky jsou zastoupeny kromě Commelinales , Picramniales , Huerteales , Escalloniales , Bruniales , a Paracryphiales .
Kompilaci všech dostupných úplných plastidových genomů udržuje NCBI ve veřejném úložišti.[2]
Rostliny Mechorosty s.l. Kapradiny a lykofyty Gymnospermy Sekvenované plastomy Druh Odrůda Velikost (bp ) Geny Odkaz Rodina Poznámky Cryptomeria japonica 131,810 114 [18] Cupressaceae Cycas micronesica [19] Cycadaceae Cycas taitungensis 163,403 133 [20] Cycadaceae Ephedra equisetina Ephedraceae Ginkgo biloba 156,945 134 [21] Ginkgoaceae Gnetum parvifolium Gnetaceae Picea engelmannii Se404-851 123,542 114 [22] Pinaceae Picea glauca PG29 123,266 114 [23] Pinaceae Picea glauca WS77111 123,421 114 [24] Pinaceae Picea sitchensis Q903 124,049 114 [25] Pinaceae Pinus koraiensis 116,866 Pinaceae Pinus thunbergii 119,707 [26] Pinaceae Podokarpus macrophyllus Podocarpaceae Welwitschia mirabilis 119,726 101 [27] Welwitschiaceae
Kvetoucí rostliny Očekává se, že tato srovnatelná tabulka sestaví úplné plastidové genomy představující největší rozsah velikostí, počet genů a čeledi krytosemenných.
Sekvenované plastomy s úplnou velikostí genomu, počtem jedinečných genů, referenčním a publikačním rokem. Druh Velikost (bp ) Geny Odkaz Rok Rodina Poznámky Acorus americanus 153,819 [19] 2007 Acoraceae Agrostis stolonifera 135,584 110 [28] 2010 Poaceae Alniphyllum eberhardtii 155,384 113 [29] 2017 Styracaceae Alstroemeria Aurea155,510 112 [30] 2013 Alstroemeriaceae Amborella trichopoda 162,686 [31] 2003 Amborellaceae Anethum graveolens 153,356 [19] 2007 Apiaceae Arabidopsis thaliana 154,478 [32] 1999 Brassicaceae Atropa belladonna 156,687 [33] 2002 Solanaceae Brachypodium distachyon 135,199 110 [28] 2010 Poaceae Buxus microphylla 159,010 113 [34] 2007 Buxaceae Calycanthus floridus glaukus 153,337 115 [35] 2003 Calycanthaceae Carpinus tientaiensis160,104 114 [36] 2017 Betulaceae Chloranthus spicatus 157,772 113 [34] 2007 Chloranthaceae Citrus sinensis 155,189 [37] 2006 Rutaceae Cocos nucifera 154,731 130 [38] 2013 Arecaceae Coffea arabica 155,189 [39] 2007 Rubiaceae Coix lacryma-jobi 140,745 [40] 2009 Poaceae Conopholis americana 45,673 42 [41] 2013 Orobanchaceae Ne fotosyntetický parazit Cucumis sativus 155,293 [42] 2007 Cucurbitaceae Cuscuta exaltata125,373 [43] 2007 Svlačec obecný Cuscuta gronovii86,744 86 [44] 2007 Svlačec obecný Cuscuta reflexa 121,521 98 [44] 2007 Svlačec obecný Cypripedium formosanum 178,131 [45] 2015 Orchidaceae Cytinus hypocistis 19,400 23 [46] 2016 Cytinaceae Holoparazitický Daucus carota 155,911 [47] 2006 Apiaceae Dioscorea elephantipes 152,609 112 [34] 2007 Dioscoreaceae Drimys granadensis 160,604 113 [48] 2006 Winteraceae Epifagus virginiana 70,028 42 [49] 1992 Orobanchaceae Epipogium aphyllum 30,650 27 [50] 2015 Orchidaceae Mykoheterotrofní Epipogium roseum19,047 29 [50] 2015 Orchidaceae Mykoheterotrofní Erodium carvifolium116,935 107 [51] 2016 Geraniaceae Erodium chryzantéma168,946 96 [51] 2016 Geraniaceae Erodium texanum 130,812 106 [52] 2011 Geraniaceae Eucalyptus globulus globulus 160,286 [53] 2005 Myrtaceae Fagopyrum esculentum rodový původ 159,599 [54] 2008 Polygonaceae Pelargónie palmatum155,794 105 [52] 2011 Geraniaceae Glycin max 152,218 [55] 2005 Fabaceae Gossypium barbadense 160,317 114 [56] 2006 Malvaceae Gossypium hirsutum 160,301 [57] 2006 Malvaceae Helianthus annuus 151,104 [58] 2007 Asteraceae Hordeum vulgare vulgare 136,482 110 [28] 2010 Poaceae Hydnora visseri 27,233 24 [59] 2016 Aristolochiaceae Nefotosyntetický holoparazit Illicium oligandrum148,552 113 [34] 2007 Schisandraceae (Sensu APG III )Ipomoea purpurea 162,046 [43] 2007 Svlačec obecný Jasminum nudiflorum 165,121 [60] 2007 Oleaceae Juglans regia 160,367 129 [61] 2017 Juglandaceae Lactuca sativa 152,765 [58] 2007 Asteraceae Lemna minor 165,955 [62] 2008 Araliaceae Licania alba162,467 112 [63] 2014 Chrysobalanaceae Lilium longiflorum 152,793 114 [30] 2013 Liliaceae Liriodendron tulipifera 159,866 [48] [64] 2006 Magnoliaceae Lolium perenne 135,282 110 [28] 2010 Poaceae Lonicera japonica 155,078 [1] 2010 Caprifoliaceae Lotus japonicus 150,519 [65] 2000 Fabaceae Manihot esculenta 161,453 [66] 2008 Euphorbiaceae Monotropa hypopity 35,336 45 [67] 2016 Ericaceae Mykoheterotrofní Monsonia speciosa 128,787 106 [52] 2011 Geraniaceae Morus indica156,599 [68] 2006 Moraceae Musa balbisiana 169,503 113 [69] 2016 Musaceae Nandina domestica 156,599 [70] 2006 Berberidaceae Neottia nidus-avis 92,060 56 [71] 2011 Orchidaceae Mykoheterotrofní Nelumbo nucifera 163,330 [1] 2010 Nelumbonaceae Nicotiana tabacum 155,943 113 [72] 1986 Solanaceae Nuphar advena 160,866 117 [73] 2007 Nymphaeaceae Nymphaea alba 159,930 [74] 2004 Nymphaeaceae Oenothera argillicola165,055 113 [75] 2008 Onagraceae Oenothera biennis 164,807 113 [75] 2008 Onagraceae Oenothera elata hookeri kmen johansen Standard165,728 113 [75] 2008 Onagraceae Oenothera glazioviana r /r -lamarckiana Švédsko165,225 113 [75] 2008 Onagraceae Oenothera parviflora163,365 113 [75] 2008 Onagraceae Oryza sativa indica 93-11134,496 [76] 2005 Poaceae Oryza sativa japonica Nipponbare134,551 110 [77] [28] 1989 Poaceae Oryza sativa japonica PA64S134,551 [76] 2005 Poaceae Osyris alba 147,253 101 [78] 2015 Santalaceae Hemiparazitární Panax ginseng 156,318 [79] 2004 Araliaceae Pelargonium × hortorum 217,942 [80] 2006 Geraniaceae Petrosavia stellaris103,835 58 [81] 2014 Petrosaviaceae Mykoheterotrofní Afrodita Phalaenopsis formosana 148,964 [82] 2006 Orchidaceae Phaseolus vulgaris 150,285 [83] 2007 Fabaceae Pilostyles aethiopica11,348 5 [84] 2016 Apodanthaceae Endo-holoparazit Pilostyles hamiltonii15,167 5 [84] 2016 Apodanthaceae Endo-holoparazit Piper cenocladum 160,624 113 [48] 2006 Piperaceae Platanus occidentalis 161,791 [70] 2006 Platanaceae Populus alba 156,505 [85] 2006 Salicaceae Pryskyřník macranthus155,158 117 [73] 2007 Ranunculaceae Rhizanthella gardneri 59,190 33 [86] 2011 Orchidaceae Podzemní mykoheterotrof Saccharum officinarum 141,182 110 [28] 2010 Poaceae Sciaphila densiflora21,485 28 [87] 2015 Triuridaceae Mykoheterotrofní Solanum tuberosum 155,298 [88] 2006 Solanaceae Čirok bicolor 140,754 110 [28] 2010 Poaceae Spinacia oleracea 150,725 [89] 2001 Amaranthaceae Trachelium caeruleum 162,321 [90] 2008 Campanulaceae Trifolium subterraneum 144,763 111 [91] 2008 Fabaceae Triticum aestivum 134,545 110 [92] [93] [28] 2000 Poaceae Typha latifolia 165,572 113 [28] 2010 Typhaceae Vaccinium macrocarpon 176,045 147 [94] 2013 Ericaceae Viscum album 128,921 96 [78] 2015 Viscaceae Hemiparazitární Viscum minimální131,016 99 [78] 2015 Viscaceae Hemiparazitární Vitis vinifera 160,928 [95] 2006 Vitaceae Yucca schidigera 156,158 [21] 2005 Asparagaceae (Sensu APG III )Zea mays 140,384 110 [96] [28] 2010 Poaceae
Sekvenované plastomy bez informací o velikosti, počtu genů a / nebo referencích. Druh Velikost (bp ) Geny Odkaz Rok Rodina Poznámky Acorus calamus 153,821 Acoraceae Aethionema cordifolium Brassicaceae Aethionema grandiflorum Brassicaceae Antirrhinum majus [1] 2010 Plantaginaceae Arabis hirsuta Brassicaceae Aucuba japonica [1] 2010 Garryaceae Bambusa oldhamii 139,350 Poaceae Barbarea verna Brassicaceae Berberidopsis corallina [1] 2010 Berberidopsidaceae Brassica rapa Brassicaceae Bulnesia arborea [1] 2010 Zygophyllaceae Capsella bursa-pastoris Brassicaceae Carica papája Caricaceae Ceratophyllum demersum [97] 2007 Ceratophyllaceae Cornus florida [1] 2010 Cornaceae Crucihimalya wallichii Brassicaceae Cuscuta obtusiflora Svlačec obecný Cuscuta reflexa Svlačec obecný Dendrocalamus latiflorus 139,365 Poaceae Dillenia indica [1] 2010 Dilleniaceae Draba nemorosa Brassicaceae Ehretia acuminata [1] 2010 Boraginaceae Elaeis oleifera [19] 2007 Arecaceae Euonymus americanus [1] 2010 Celastraceae Festuca arundinacea Poaceae Ficus [1] 2010 Moraceae Guizotia abyssinica Asteraceae Gunnera manicata [1] 2010 Gunneraceae Hedyosmum nepublikovaný Chloranthaceae Heuchera sanguinea [1] 2010 Saxifragaceae Ilex cornuta [1] 2010 Aquifoliaceae Lepidium virginicum Brassicaceae Liquidambar styraciflua Altingia styraciflua )[1] 2010 Altingiaceae Lobularia maritima Brassicaceae Lotus corniculatus Fabaceae Medicago truncatulata 124,033 Fabaceae Megaleranthis saniculifolia 159,924 Ranunculaceae Meliosma cuneifolia [1] 2010 Sabiaceae Nasturtium officinale Brassicaceae Olimarabidopsis pumila Brassicaceae Phoenix dactylifera Arecaceae Nerium oleandr 154,903 Apocynaceae Nicotiana sylvestris 155,941 Solanaceae Nicotiana tomentosiformis 155,745 Solanaceae Oryza nivara 134,494 Poaceae Oxalis latifolia [1] 2010 Oxalidaceae Passiflora biflora [19] 2007 Passifloraceae Phoradendron leucarpum [1] 2010 Viscaceae Plumbago auriculata [1] 2010 Plumbaginaceae Populus trichocarpa [98] 2006 Salicaceae Quercus nigra [1] 2010 Fagaceae Rhododendron simsii [1] 2010 Ericaceae Scaevola aemula [19] 2007 Goodeniaceae Solanum bulbocastanum 155,371 Solanaceae Solanum lycopersicum 155,460 Solanaceae Staphylea colchica [1] 2010 Staphyleaceae Trithurie Hydatella nepublikovaný Hydatellaceae Trochodendron aralioides [1] 2010 Trochodendraceae Ximenia americana 2010 Ximeniaceae [99]
Zelené řasy Sekvenované plastomy Druh Odrůda Velikost (bp ) Geny Odkaz Bryopsis plumosa 106,859 115 [100] Chaetosphaeridium globosum 131,183 124 [101] Chara vulgaris Chlamydomonas reinhardtii 203,395 99 Chlorella vulgaris 150,613 209 [102] Chlorokybus atmophyticus 201,763 70 [103] Dunaliella salina CCAP 19/18 269,044 102 [104] Emiliania huxleyi 105,309 150 Helicosporidium 37,454 54 [105] Leptosira terrestris 195,081 117 [106] Mesostigma viride 42,424 Monomastix 114,528 94 [107] Nephroselmis olivacea 200,799 127 [108] Oedogonium srdeční 196,547 103 [109] Oltmannsiellopsis viridis 151,933 105 [110] Ostreococcus tauri 71,666 86 [111] Pseudendoklonium akinetum 195,867 105 [112] Pycnococcus provasolii80,211 98 [107] Pyramimonas Parkeae101,605 110 [107] Scenedesmus šikmý 161,452 96 [113] Staurastrum punctulatum [114] Stigeoklonium helveticum 223,902 97 [115] Tydemania expeditionis 105,200 125 [100] Ulva sp.UNA00071828 99,983 102 [116] Volvox Carteri420,650 91 [117] Zygnema circumcarinatum
Sekvenované plastomy Druh Odrůda Velikost (bp ) Geny Odkaz Rok Taxon Poznámky Ahnfeltia plicata 190,451 205 (kódování) [118] 2016 Ahnfeltiales Apophlaea sinclairii 182,437 189 (kódování) [118] 2016 Hildenbrandiales Asparagopsis taxiformis 177,091 203 (kódování) [118] 2016 Bangiopsis subsimplex 204,784 194 (kódování) [118] 2016 Calliarthron tuberculosum178,981 238 [119] 2013 Ceramium japonicum 171,634 199 (kódování) [118] 2016 Chondrus crispus 180,086 240 [119] 2013 Gigartinales Cyanidioschyzon merolae 10D 149,987 243 [120] 2003 Kyanidium kaldárium RK1 164,921 230 [121] 2000 Erythrotrichia carnea 210,691 191 (kódování) [118] 2016 Galdieria sulphuraria 074 W. 167,741 233 [122] 2015 Gelidium eleganci174,748 234 [123] 2016 Gelidium sinicolaUC276620 177,095 232 [124] 2019 Může být synonymem pro G. coulteri Gelidium vágní179,853 234 [123] 2016 Gracilaria changii 183,855 231 [125] 2018 Gracilariales Gracilaria chorda182,459 201 (kódování) [118] 2016 Gracilariales Gracilaria salicornia179,757 235 [126] 2014 Gracilariales Gracilaria tenuistipitata var. liui 183,883 238 [127] 2004 Gracilariales Gracilaria vermiculophylla180,254 239 nepublikovaný Gracilariales Grateloupia filicina 195,990 265 nepublikovaný Grateloupia taiwanensis 191,270 266 [128] 2013 Hildenbrandia rivularis 189,725 184 (kódování) [118] 2016 Hildenbrandia rubra 180,141 190 (kódování) [118] 2016 Kumanoa americana 184,025 234 [129] 2018 Palmaria palmata 192,960 245 [129] 2018 Plocamium cartilagineum 171,392 197 (kódování) [118] 2016 Porphyra pulchra194,175 251 [123] 2016 Bangiales Porphyra purpurea 191,028 253 [130] 1993 Bangiales Porphyra umbilicalis 190,173 250 [131] 2017 Bangiales Porphyridium purpureum NIES 2140 217,694 260 [132] 2014 Porphyridium sordidum 259,429 227 [118] 2016 Pyropie fucicola 187,282 [133] 2015 Částečný genom Pyropia haitanensis PH 38 195,597 254 [134] 2013 Pyropie kanakaensis 189,931 [133] 2015 Částečný genom Pyropie perforata189,789 247 [133] 2015 Pyropie yezoensis 191,952 264 [134] 2013 Rhodochaete parvula 221,665 195 (kódování) [118] 2016 Rhodymenia pseudopalmata 194,153 201 (kódování) [118] 2016 Riquetophycus 180,384 202 (kódování) [118] 2016 Schimmelmannia schousboei 181,030 202 (kódování) [118] 2016 Schizymenia dubyi 183,959 204 (kódování) [118] 2016 Sebdenia flabellata 192,140 205 (kódování) [118] 2016 Sporolithon durum 191,464 239 [123] 2016 Thorea hispida175,193 228 [129] 2018 Vertebrata lanosa 167,158 192 [135] 2015 Také přiřazeno rodu Polysiphonia
Glaukofyty Meta-řasy a apicomplexans Meta-řasy jsou organismy s fotosyntetickými organelami sekundárního nebo terciárního endosymbiotického původu a jejich blízkými nefotosyntetickými příbuznými s plastidy. Apicomplexans jsou sekundárně nefotosyntetická skupina chromalveoáty které si zachovávají sníženou plastidovou organelu.
Fotosyntetické chromalveoláty Dinoflagelátové plastidové genomy nejsou organizovány do jediné kruhové molekuly DNA jako jiné plastidové genomy, ale do řady minikruhů.
Sekvenované plastomy Druh Odrůda Velikost (bp ) Geny Odkaz Poznámky Chromera velia Chroomonas mesostigmaticaCCMP1168 139,403 189 [137] Chroomonas placoideaCCAP978 / 8 139,432 186 [137] Obsahuje 3 anotované pseudogeny Kryptomonas křivkaCNUKR 128,285 182 [137] Kryptomonas parameciumCCAP977 / 2a 77,717 115 [138] Emiliania huxleyi CCMP 373 105,309 154 [139] Guillardia theta 121,524 167 [140] Heterosigma akashiwo NIES 293 159,370 198 [141] Odontella sinensis 119,704 175 [142] Phaeodactylum tricornutum 117,369 170 [143] Rhodomonas salina CCMP1319 135,854 183 [144] Storeatula sp.CCMP1868 140,953 187 [137] Teleaulax amphioxeia HACCP-CR01 129,772 179 [145] Thalassiosira pseudonana 128,814 180 [143]
Chlorarachniophytes Apicomplexans Nukleomorfní genomy U některých fotosyntetických organismů byla tato schopnost získána prostřednictvím symbióza s jednobuněčnou zelenou řasou (chlorofyt ) nebo červená řasa (rodofyt ). V některých takových případech si chloroplast bývalé jednobuněčné řasy zachovává nejen svůj vlastní genom, ale také si zachovává zbytek řasy. Když si toto udrží jádro a jaderný genom, nazývá se to a nukleomorf .
Cyanelle genomy Jednobuněčný eukaryot Paulinella chromatophoracyanelle ), což představuje nezávislý případ získání fotosyntézy společností sinice endosymbióza. (Poznámka: termín cyanelle se také používá pro plastidy glaukofytů.)
Viz také Reference ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó str q r s t u proti w X Moore MJ, Soltis PS, Bell CD, Burleigh JG, Soltis DE (březen 2010). „Fylogenetická analýza 83 plastidových genů dále řeší časnou diverzifikaci eudikot“ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 107 (10): 4623–8. Bibcode :2010PNAS..107,4623M . doi :10.1073 / pnas.0907801107 . PMC 2842043 PMID 20176954 . ^ „Index of / refseq / release / plastid“ . ftp.ncbi.nlm.nih.gov . Citováno 2017-01-08 .^ Wickett NJ, Zhang Y, Hansen SK, Roper JM, Kuehl JV, Plock SA, Wolf PG, DePamphilis CW, Boore JL, Goffinet B (únor 2008). „Ke ztrátám funkčních genů dochází s minimálním zmenšením velikosti v plastidovém genomu parazitické játrovky Aneura mirabilis“ . Molekulární biologie a evoluce . 25 (2): 393–401. doi :10,1093 / molbev / msm267 PMID 18056074 . ^ Vývoj plastidového genomu nefotosyntetické játrovky Aneura mirabilis (Malmb.) Wickett & Goffinet (Aneuraceae) ^ Kugita M, Kaneko A, Yamamoto Y, Takeya Y, Matsumoto T, Yoshinaga K (leden 2003). „Kompletní nukleotidová sekvence genomu chloroplastu hornwort (Anthoceros formosae): vhled do nejranějších suchozemských rostlin“ . Výzkum nukleových kyselin . 31 (2): 716–21. doi :10.1093 / nar / gkg155 . PMC 140519 PMID 12527781 . ^ K Ohyama, Fukuzawa, H., Kohchi, T., Shirai, H., Sano, T., Chang Z, Aota S, Inokuchi H, Ozeki H (2003). „Organizace genu pro chloroplasty byla odvozena z úplné sekvence játrovky Marchantia polymorpha chloroplastová DNA ". Příroda . 322 (6079): 716–721. Bibcode :1986 Natur.322..572O . doi :10.1038 / 322572a0 . ^ Villarreal JC, Forrest LL, Wickett N, Goffinet B (březen 2013). „Plastidový genom hornwort Nothoceros aenigmaticus (Dendrocerotaceae): fylogenetický signál při invertované opakované expanzi, pseudogenizaci a zisku intronu“ (PDF) . American Journal of Botany . 100 (3): 467–77. doi :10.3732 / ajb.1200429 . PMID 23416362 . ^ Grosche C, Funk HT, Maier UG, Zauner S (2012). „Chloroplastový genom Pellia endiviifolia: obsah genů, vzor pro úpravy RNA a původ úpravy chloroplastů“ (PDF) . Biologie genomu a evoluce . 4 (12): 1349–57. doi :10.1093 / gbe / evs114 . PMC 3542565 PMID 23221608 . ^ Sugiura C, Kobayashi Y, Aoki S, Sugita C, Sugita M (září 2003). „Kompletní sekvence DNA chloroplastů mechu Physcomitrella patens: důkazy ztráty a přemístění rpoA z chloroplastu do jádra“ . Výzkum nukleových kyselin . 31 (18): 5324–31. doi :10.1093 / nar / gkg726 . PMC 203311 PMID 12954768 . ^ Laura L. Forrest; Norman J. Wickett, Cymon J. Cox a Bernard Goffinet (2011). „Hluboké sekvenování Ptilidium (Ptilidiaceae) naznačuje evoluční stagnaci ve struktuře genomu plastidu jaterní játra“ (PDF) . Ekologie a evoluce rostlin . 144 (1): 29–43. doi :10.5091 / plecevo.2011.535 . hdl :10400.1/5518 . ^ Oliver MJ, Murdock AG, Mishler BD, Kuehl JV, Boore JL, Mandoli DF, Everett KD, Wolf PG, Duffy AM, Karol KG (únor 2010). „Sekvence genomu chloroplastu mechu Tortula ruralis: obsah genů, polymorfismus a strukturní uspořádání ve srovnání s jinými genomy chloroplastů zelených rostlin“ . BMC Genomics . 11 : 143. doi :10.1186/1471-2164-11-143 . PMC 2841679 PMID 20187961 . ^ Wolf PG, Rowe CA, Sinclair RB, Hasebe M (duben 2003). „Complete nucleotide sequence of the chloroplast genome from a leptosporangiate fern, Adiantum capillus-veneris L“ . Výzkum DNA . 10 (2): 59–65. doi :10.1093 / dnares / 10.2.59 PMID 12755170 . ^ Gao L, Yi X, Yang YX, Su YJ, Wang T (červen 2009). „Kompletní sekvence genomu chloroplastů stromové kapradiny Alsophila spinulosa: pohledy na evoluční změny v genomech chloroplastů kapradí“ . BMC Evoluční biologie . 9 : 130. doi :10.1186/1471-2148-9-130 . PMC 2706227 PMID 19519899 . ^ Roper JM, Hansen SK, Wolf PG, Karol KG, Mandoli DF, Everett KD, Kuehl J, Boore JL (2007). "Kompletní sekvence plastidového genomu Angiopteris evecta (G. Forst.) Hoffm. (Marattiaceae) " . American Fern Journal . 97 (2): 95–106. doi :10.1640 / 0002-8444 (2007) 97 [95: TCPGSO] 2.0.CO; 2 ^ Wolf PG, Karol KG, Mandoli DF, Kuehl J, Arumuganathan K, Ellis MW, Mishler BD, Kelch DG, Olmstead RG, Boore JL (květen 2005). „První úplná sekvence genomu chloroplastů lykophytu, Huperzia lucidula (Lycopodiaceae)“ . Gen . 350 (2): 117–28. doi :10.1016 / j.gene.2005.01.018 . PMID 15788152 . ^ Wakasugi, T (1998). „Kompletní nukleotidová sekvence plastidového genomu z kapradiny, Psilotum nudum " . Endocytobiologie a buněčný výzkum . 13 (Dodatek): 147. externí odkazy níže.^ Tsuji S, Ueda K, Nishiyama T, Hasebe M, Yoshikawa S, Konagaya A, Nishiuchi T, Yamaguchi K (březen 2007). „Genom chloroplastů z lykophytu (mikrofylofytu), Selaginella uncinata, má jedinečnou inverzi, transpozice a mnoho genových ztrát“. Journal of Plant Research . 120 (2): 281–90. doi :10.1007 / s10265-006-0055-r . PMID 17297557 . ^ Hirao T, Watanabe A, Kurita M, Kondo T, Takata K (červen 2008). „Kompletní nukleotidová sekvence Cryptomeria japonica D. Don. Genom chloroplastů a srovnávací genomika chloroplastů: diverzifikovaná genomová struktura jehličnatých druhů“ . Biologie rostlin BMC . 8 : 70. doi :10.1186/1471-2229-8-70 . PMC 2443145 PMID 18570682 . ^ A b C d E F Jansen RK, Cai Z, Raubeson LA, Daniell H, Depamphilis CW, Leebens-Mack J, Müller KF, Guisinger-Bellian M, Haberle RC, Hansen AK, Chumley TW, Lee SB, Peery R, McNeal JR, Kuehl JV, Boore JL (prosinec 2007). „Analýza 81 genů ze 64 plastidových genomů řeší vztahy v krytosemenných rostlinách a identifikuje evoluční vzorce v měřítku genomu“ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 104 (49): 19369–74. Bibcode :2007PNAS..10419369J . doi :10.1073 / pnas.0709121104 . PMC 2148296 PMID 18048330 . ^ Wu CS, Wang YN, Liu SM, Chaw SM (červen 2007). „Chloroplastový genom (cpDNA) Cycas taitungensis a 56 cp proteinů kódujících geny Gnetum parvifolium: poznatky o vývoji cpDNA a fylogenezi existujících semenných rostlin“ . Molekulární biologie a evoluce . 24 (6): 1366–79. doi :10,1093 / molbev / msm059 PMID 17383970 . ^ A b Leebens-Mack J, Raubeson LA, Cui L, Kuehl JV, Fourcade MH, Chumley TW, Boore JL, Jansen RK, depamphilis CW (říjen 2005). "Identifikace bazálního krytosemenného uzlu ve fylogeniích genomu chloroplastů: odběr vzorků z Felsensteinovy zóny" . Molekulární biologie a evoluce . 22 (10): 1948–63. doi :10.1093 / molbev / msi191 PMID 15944438 . ^ Lin, Diana; Coombe, Lauren; Jackman, Shaun D .; Gagalova, Kristina K .; Warren, René L .; Hammond, S. Austin; McDonald, Helen; Kirk, Heather; Pandoh, Pawan; Zhao, Yongjun; Moore, Richard A. (2019-06-13). Stajich, Jason E. (ed.). „Kompletní sekvence chloroplastového genomu smrku Engelmann (Picea engelmannii, Genotype Se404-851) ze západní Kanady“ . Oznámení o mikrobiologických zdrojích . 8 (24): e00382–19, /mra/8/24/MRA.00382–19.atom. doi :10.1128 / MRA.00382-19 . ISSN 2576-098X . PMC 6588038 PMID 31196920 . ^ Jackman, Shaun D .; Warren, René L .; Gibb, Ewan A .; Vandervalk, Benjamin P .; Mohamadi, Hamid; Chu, Justin; Raymond, Anthony; Potěšení, Stephen; Coope, Robin; Wildung, Mark R .; Ritland, Carol E. (leden 2016). „Organellar Genomes of White Smrek (Picea glauca): Assembly and Annotation“ . Biologie genomu a evoluce . 8 (1): 29–41. doi :10.1093 / gbe / evv244 . ISSN 1759-6653 . PMC 4758241 PMID 26645680 . ^ Lin, Diana; Coombe, Lauren; Jackman, Shaun D .; Gagalova, Kristina K .; Warren, René L .; Hammond, S. Austin; Kirk, Heather; Pandoh, Pawan; Zhao, Yongjun; Moore, Richard A .; Mungall, Andrew J. (06.06.2019). Rokas, Antonis (ed.). „Kompletní sekvence chloroplastového genomu smrku bílého (Picea glauca, Genotype WS77111) z východní Kanady“ . Oznámení o mikrobiologických zdrojích . 8 (23): e00381–19, /mra/8/23/MRA.00381–19.atom. doi :10.1128 / MRA.00381-19 . ISSN 2576-098X . PMC 6554609 PMID 31171622 . ^ Coombe, Lauren; Warren, René L .; Jackman, Shaun D .; Yang, Chen; Vandervalk, Benjamin P .; Moore, Richard A .; Potěšení, Stephen; Coope, Robin J .; Bohlmann, Joerg; Holt, Robert A .; Jones, Steven J. M. (2016-09-15). Budak, Hikmet (ed.). „Sestavení kompletního genomu smrkového chloroplastu Sitka s využitím sekvenčních dat GemCode 10X Genomics“ . PLOS One . 11 (9): e0163059. Bibcode :2016PLoSO..1163059C . doi :10.1371 / journal.pone.0163059 . ISSN 1932-6203 . PMC 5025161 PMID 27632164 . ^ Wakasugi T, Tsudzuki J, Ito S, Nakashima K, Tsudzuki T, Sugiura M (říjen 1994). "Ztráta všech ndh genů, jak je stanoveno sekvenováním celého genomu chloroplastů borovice černé Pinus thunbergii" . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 91 (21): 9794–8. Bibcode :1994PNAS ... 91.9794W . doi :10.1073 / pnas.91.21.9794 . PMC 44903 PMID 7937893 . ^ McCoy SR, Kuehl JV, Boore JL, Raubeson LA (květen 2008). „Kompletní sekvence plastidového genomu Welwitschia mirabilis: neobvykle kompaktní plastom se zrychlenou mírou divergence“ . BMC Evoluční biologie . 8 : 130. doi :10.1186/1471-2148-8-130 . PMC 2386820 PMID 18452621 . ^ A b C d E F G h i j Guisinger a kol., Důsledky plastidové genomové sekvence typhy (Typhaceae, Poales) pro porozumění evoluci genomu v Poaceae, J Mol Evol 70: 149–166 (2010) ^ Yan M, Moore MJ, Meng A, Yao X, Wang H (2016-09-21). „První kompletní plastomová sekvence čeledi asteridů bazálních Styracaceae (Ericales) odhaluje velkou inverzi“. Systematika a evoluce rostlin . 303 (1): 61–70. doi :10.1007 / s00606-016-1352-0 . ISSN 0378-2697 . ^ A b Kim JS, Kim JH (2013-06-18). „Srovnávací analýza genomu a fylogenetický vztah řádu Liliales vhled z kompletních sekvencí plastidového genomu dvou lilií (Lilium longiflorum a Alstroemeria aurea)“ . PLOS One . 8 (6): e68180. Bibcode :2013PLoSO ... 868180K . doi :10.1371 / journal.pone.0068180 . PMC 3688979 PMID 23950788 . ^ Goremykin VV, Hirsch-Ernst KI, Wolfl S, Hellwig FH (září 2003). „Analýza sekvence genomu chloroplastů Amborella trichopoda naznačuje, že amborella není bazální krytosemennou rostlinou“ . Molekulární biologie a evoluce . 20 (9): 1499–505. doi :10.1093 / molbev / msg159 PMID 12832641 . ^ Sato S, Nakamura Y, Kaneko T, Asamizu E, Tabata S (říjen 1999). "Kompletní struktura chloroplastového genomu Arabidopsis thaliana" . Výzkum DNA . 6 (5): 283–90. doi :10.1093 / dnares / 6.5.283 PMID 10574454 . ^ Schmitz-Linneweber C, Regel R, Du TG, Hupfer H, Herrmann RG, Maier RM (září 2002). „Plastidový chromozom Atropa belladonna a jeho srovnání s chromozomem Nicotiana tabacum: role editace RNA při vytváření divergence v procesu speciace rostlin“ . Molekulární biologie a evoluce . 19 (9): 1602–12. doi :10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004222 . PMID 12200487 . ^ A b C d Hansen DR, Dastidar SG, Cai Z, Penaflor C, Kuehl JV, Boore JL, Jansen RK (listopad 2007). „Fylogenetické a evoluční důsledky kompletních genomových sekvencí chloroplastů čtyř časně se rozbíhajících krytosemenných rostlin: Buxus (Buxaceae), Chloranthus (Chloranthaceae), Dioscorea (Dioscoreaceae) a Illicium (Schisandraceae)“. Molekulární fylogenetika a evoluce . 45 (2): 547–63. doi :10.1016 / j.ympev.2007.06.004 . PMID 17644003 . ^ Goremykin V, Hirsch-Ernst KI, Wölfl S, Hellwig FH (2003). "Genom chloroplastů bazální krytosemenná rostlina Calycanthus fertilis - strukturální a fylogenetické analýzy ". Systematika a evoluce rostlin . 242 (1–4): 119–135. doi :10.1007 / s00606-003-0056-4 . ^ Yang Y, Wang M, Lu Z, Xie X, Feng S (01.01.2017). "Charakterizace úplného genomu chloroplastů Carpinus tientaiensis ". Zdroje pro zachování genetiky . 9 (2): 339–341. doi :10.1007 / s12686-016-0668-r . ISSN 1877-7252 . ^ Bausher MG, Singh ND, Lee SB, Jansen RK, Daniell H (září 2006). "Kompletní sekvence genomu chloroplastů Citrus sinensis (L.) Osbeck var 'Ridge Pineapple': organizace a fylogenetické vztahy k jiným krytosemenným rostlinám" . Biologie rostlin BMC . 6 : 21. doi :10.1186/1471-2229-6-21 . PMC 1599732 PMID 17010212 . ^ Huang YY, Matzke AJ, Matzke M (2013-08-30). "Kompletní sekvence a srovnávací analýza chloroplastového genomu kokosové palmy (Cocos nucifera)" . PLOS One . 8 (8): e74736. Bibcode :2013PLoSO ... 874736H . doi :10.1371 / journal.pone.0074736 . PMC 3758300 PMID 24023703 . ^ Samson N, Bausher MG, Lee SB, Jansen RK, Daniell H (březen 2007). „Kompletní nukleotidová sekvence genomu chloroplastů kávy (Coffea arabica L.): organizace a důsledky pro biotechnologie a fylogenetické vztahy mezi krytosemennými rostlinami“ . Plant Biotechnology Journal . 5 (2): 339–53. doi :10.1111 / j.1467-7652.2007.00245.x . PMC 3473179 PMID 17309688 . ^ Leseberg CH, Duvall MR (říjen 2009). „Kompletní genom chloroplastů Coix lacryma-jobi a srovnávací molekulární evoluční analýza plastomů v obilovinách“. Journal of Molecular Evolution . 69 (4): 311–8. Bibcode :2009JMolE..69..311L . doi :10.1007 / s00239-009-9275-9 . PMID 19777151 . ^ Wicke S, Müller KF, de Pamphilis CW, Quandt D, Wickett NJ, Zhang Y, Renner SS, Schneeweiss GM (říjen 2013). "Mechanismy redukce funkčního a fyzického genomu u fotosyntetických a nefotosyntetických parazitických rostlin čeledi broomrape" . Rostlinná buňka . 25 (10): 3711–25. doi :10.1105 / tpc.113.113373 . PMC 3877813 PMID 24143802 . ^ Plader W, Yukawa Y, Sugiura M, Malepszy S (2007). „Kompletní struktura chloroplastového genomu okurky (Cucumis sativus L.): jeho složení a srovnávací analýza“ . Dopisy o buněčné a molekulární biologii . 12 (4): 584–94. doi :10.2478 / s11658-007-0029-7 . PMC 6275786 PMID 17607527 . ^ A b McNeal JR, Kuehl JV, Boore JL, de Pamphilis CW (říjen 2007). „Kompletní plastidové sekvence genomu naznačují silnou selekci pro retenci fotosyntetických genů v parazitické rostlině rodu Cuscuta“ . Biologie rostlin BMC . 7 : 57. doi :10.1186/1471-2229-7-57 . PMC 2216012 PMID 17956636 . ^ A b Funk HT, Berg S, Krupinská K, Maier UG, Krause K (srpen 2007). „Kompletní sekvence DNA plastidových genomů dvou parazitických druhů kvetoucích rostlin, Cuscuta reflexa a Cuscuta gronovii“ . Biologie rostlin BMC . 7 : 45. doi :10.1186/1471-2229-7-45 . PMC 2089061 PMID 17714582 . ^ Lin CS, Chen JJ, Huang YT, Chan MT, Daniell H, Chang WJ, Hsu CT, Liao DC, Wu FH, Lin SY, Liao CF, Deyholos MK, Wong GK, Albert VA, Chou ML, Chen CY, Shih MC (Březen 2015). „Umístění a translokace ndh genů chloroplastového původu v rodině Orchidaceae“ . Vědecké zprávy . 5 : 9040. Bibcode :2015NatSR ... 5E9040L . doi :10.1038 / srep09040 . PMC 4356964 PMID 25761566 . ^ Roquet C, Coissac É, Cruaud C, Boleda M, Boyer F, Alberti A, Gielly L, Taberlet P, Thuiller W, Van Es J, Lavergne S (červenec 2016). „Porozumění vývoji holoparazitických rostlin: kompletní plastidový genom holoparazitu Cytinus hypocistis (Cytinaceae)“ . Annals of Botany . 118 (5): 885–896. doi :10.1093 / aob / mcw135 . PMC 5055816 PMID 27443299 . ^ Ruhlman T, Lee SB, Jansen RK, Hostetler JB, Tallon LJ, Town CD, Daniell H (srpen 2006). „Kompletní sekvence plastidového genomu Daucus carota: důsledky pro biotechnologii a fylogenezi krytosemenných rostlin“ . BMC Genomics . 7 : 222. doi :10.1186/1471-2164-7-222 . PMC 1579219 PMID 16945140 . ^ A b C Cai Z, Penaflor C, Kuehl JV, Leebens-Mack J, Carlson JE, dePamphilis CW, Boore JL, Jansen RK (říjen 2006). „Kompletní sekvence plastidového genomu Drimys, Liriodendron a Piper: důsledky pro fylogenetické vztahy magnoliidů“ . BMC Evoluční biologie . 6 : 77. doi :10.1186/1471-2148-6-77 . PMC 1626487 PMID 17020608 . ^ Wolfe KH, Morden CW, Palmer JD (listopad 1992). „Funkce a vývoj minimálního plastidového genomu z nefotosyntetické parazitické rostliny“ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 89 (22): 10648–52. Bibcode :1992PNAS ... 8910648W . doi :10.1073 / pnas.89.22.10648 . PMC 50398 PMID 1332054 . ^ A b Schelkunov MI, Shtratnikova VY, Nuraliev MS, Selosse MA, Penin AA, Logacheva MD (leden 2015). „Zkoumání limitů pro redukci plastidových genomů: případová studie mykoheterotrofních orchidejí Epipogium aphyllum a Epipogium roseum“ . Biologie genomu a evoluce . 7 (4): 1179–91. doi :10.1093 / gbe / evv019 . PMC 4419786 PMID 25635040 . ^ A b Blazier JC, Jansen RK, sekačka JP, Govindu M, Zhang J, Weng ML, Ruhlman TA (červen 2016). "Variabilní přítomnost inverzní repetice a stability plastomu v Erodiu" . Annals of Botany . 117 (7): 1209–20. doi :10.1093 / aob / mcw065 . PMC 4904181 PMID 27192713 . ^ A b C Guisinger MM, Kuehl JV, Boore JL, Jansen RK (leden 2011). „Extrémní rekonfigurace plastidových genomů v čeledi krytosemenných Geraniaceae: přesmyky, opakování a použití kodonů“ . Molekulární biologie a evoluce . 28 (1): 583–600. doi :10.1093 / molbev / msq229 PMID 20805190 . ^ Steane DA (2005). „Kompletní nukleotidová sekvence genomu chloroplastů z tasmánské modré gumy, Eucalyptus globulus (Myrtaceae)“ . Výzkum DNA . 12 (3): 215–20. doi :10.1093 / dnares / dsi006 PMID 16303753 . ^ Logacheva MD, Samigullin TH, Dhingra A, Penin AA (květen 2008). „Srovnávací genomika a fylogenetika chloroplastů Fagopyrum esculentum ssp. Ancestrale - divoký předek pěstované pohanky“ . Biologie rostlin BMC . 8 : 59. doi :10.1186/1471-2229-8-59 . PMC 2430205 PMID 18492277 . ^ Saski C, Lee SB, Daniell H, Wood TC, Tomkins J, Kim HG, Jansen RK (září 2005). "Kompletní sekvence genomu chloroplastů Gycine max a srovnávací analýzy s jinými genomy luštěnin". Molekulární biologie rostlin . 59 (2): 309–22. doi :10.1007 / s11103-005-8882-0 . PMID 16247559 . ^ Ibrahim RI, Azuma J, Sakamoto M (říjen 2006). "Kompletní nukleotidová sekvence bavlníkového (Gossypium barbadense L.) chloroplastového genomu se srovnávací analýzou sekvencí mezi 9 dvouděložnými rostlinami" . Geny a genetické systémy . 81 (5): 311–21. doi :10,1266 / ggs.81.311 PMID 17159292 . ^ Lee SB, Kaittanis C, Jansen RK, Hostetler JB, Tallon LJ, Town CD, Daniell H (březen 2006). „Kompletní sekvence genomu chloroplastů Gossypium hirsutum: organizace a fylogenetické vztahy k jiným krytosemenným rostlinám“ . BMC Genomics . 7 : 61. doi :10.1186/1471-2164-7-61 . PMC 1513215 PMID 16553962 . ^ A b Timme RE, Kuehl JV, Boore JL, Jansen RK (březen 2007). „Srovnávací analýza plastidových genomů Lactuca a Helianthus (Asteraceae): identifikace odlišných oblastí a kategorizace sdílených opakování“. American Journal of Botany . 94 (3): 302–12. doi :10,3732 / ajb.94.3.302 . PMID 21636403 . ^ Naumann J, Der JP, Wafula EK, Jones SS, Wagner ST, Honaas LA, Ralph PE, Bolin JF, Maass E, Neinhuis C, Wanke S, dePamphilis CW (leden 2016). „Detekce a charakterizace vysoce divergentního plastidového genomu nefotosyntetické parazitické rostliny Hydnora visseri (Hydnoraceae)“ . Biologie genomu a evoluce . 8 (2): 345–63. doi :10.1093 / gbe / evv256 . PMC 4779604 PMID 26739167 . ^ Lee HL, Jansen RK, Chumley TW, Kim KJ (květen 2007). „Přesuny genů v genomech chloroplastů Jasminum a Menodora (Oleaceae) jsou způsobeny četnými překrývajícími se inverzemi“ . Molekulární biologie a evoluce . 24 (5): 1161–80. doi :10,1093 / molbev / msm036 PMID 17329229 . ^ Hu Y, Woeste KE, Zhao P (2017-01-01). „Juglani a jejich příspěvek k fylogenezi chloroplastů“ . Hranice ve vědě o rostlinách . 7 : 1955. doi :10.3389 / fpls.2016.01955 . PMC 5216037 PMID 28111577 . ^ Mardanov AV, Ravin NV, Kuznetsov BB, Samigullin TH, Antonov AS, Kolganova TV, Skyabin KG (červen 2008). „Kompletní sekvence genomu chloroplastu okřehku (Lemna minor): strukturální organizace a fylogenetické vztahy k jiným krytosemenným rostlinám“. Journal of Molecular Evolution . 66 (6): 555–64. Bibcode :2008JMolE..66..555M . doi :10.1007 / s00239-008-9091-7 . PMID 18463914 . ^ Malé PJ, Bardon L, Besnard G, Coissac E, Delsuc F, Engel J, Lhuillier E, Scotti-Saintagne C, Tinaut A, Chave J (září 2014). „Skenování genomu sekvenováním brokovnic pomáhá vyřešit fylogenezi rodiny pantropických stromů“ . Zdroje molekulární ekologie . 14 (5): 966–75. doi :10.1111/1755-0998.12246 . PMID 24606032 . ^ Liang H, Carlson JE, Leebens-Mack JH, Wall PK, Mueller LA, Buzgo M, Landherr LL, Hu Y, DiLoreto DS, Ilut DC, Field D, Tanksley SD, Ma H, Claude (2008). "Databáze EST pro Liriodendron tulipifera L. květní pupeny: první zdroj EST pro funkční a srovnávací genomiku v Liriodendronu “. Genetika a genomy stromů . 4 (3): 419–433. doi :10.1007 / s11295-007-0120-2 . ^ Kato T, Kaneko T, Sato S, Nakamura Y, Tabata S (prosinec 2000). „Kompletní struktura chloroplastového genomu luštěniny, Lotus japonicus“ . Výzkum DNA . 7 (6): 323–30. doi :10.1093 / dnares / 7.6.323 PMID 11214967 . ^ Daniell H, Wurdack KJ, Kanagaraj A, Lee SB, Saski C, Jansen RK (březen 2008). „Kompletní nukleotidová sekvence genomu chloroplastů manioku (Manihot esculenta) a vývoj atpF v Malpighiales: editace RNA a vícenásobné ztráty intronu skupiny II“ . ŠTÍTEK. Teoretická a aplikovaná genetika. Theoretische und Angewandte Genetik . 116 (5): 723–37. doi :10.1007 / s00122-007-0706-r . PMC 2587239 PMID 18214421 . ^ Ravin NV, Gruzdev EV, Beletsky AV, Mazur AM, Prokhortchouk EB, Filyushin MA, Kochieva EZ, Kadnikov VV, Mardanov AV, Skryabin KG (listopad 2016). „Ztráta fotosyntetických drah v plastidových a jaderných genomech nefotosyntetických mykoheterotrofních eudikotů Monotropa hypopity“ . Biologie rostlin BMC . 16 (Suppl 3): 238. doi :10.1186 / s12870-016-0929-7 . PMC 5123295 PMID 28105941 . ^ Ravi V, Khurana JP, Tyagi AK, Khurana P (2006). "Chloroplastový genom moruše: kompletní nukleotidová sekvence, genová organizace a srovnávací analýza". Genetika a genomy stromů . 3 (1): 49–59. doi :10.1007 / s11295-006-0051-3 . ^ Shetty SM, Md Shah MU, Makale K, Mohd-Yusuf Y, Khalid N, Othman RY (červenec 2016). „Kompletní sekvence chloroplastového genomu korroborátů Strukturní heterogenita obrácených repetící u divokých předků pěstovaných banánů a banánů“ . Rostlinný genom . 9 (2). doi :10,3835 / plantgenome2015.09.0089 PMID 27898825 . ^ A b Moore MJ, Dhingra A, Soltis PS, Shaw R, Farmerie WG, Folta KM, Soltis DE (srpen 2006). „Rychlé a přesné pyrosekvenování plastidových genomů krytosemenných rostlin“ . Biologie rostlin BMC . 6 : 17. doi :10.1186/1471-2229-6-17 . PMC 1564139 PMID 16934154 . ^ Logacheva MD, Schelkunov MI, Penin AA (01.01.2011). "Sekvenování a analýza plastidového genomu v mykoheterotrofní orchideji Neottia nidus-avis" . Biologie genomu a evoluce . 3 : 1296–303. doi :10.1093 / gbe / evr102 . PMC 3228488 PMID 21971517 . [trvalý mrtvý odkaz ^ Shinozaki K, Ohme M, Tanaka M, Wakasugi T, Hayashida N, Matsubayashi T, Zaita N, Chunwongse J, Obokata J, Yamaguchi-Shinozaki K, Ohto C, Torazawa K, Meng BY, Sugita M, Deno H, Kamogashira T, Yamada K, Kusuda J, Takaiwa F, Kato A, Tohdoh N, Shimada H, Sugiura M (září 1986). „Kompletní nukleotidová sekvence genomu tabáku chloroplastů: jeho genová organizace a exprese“ . Časopis EMBO . 5 (9): 2043–2049. doi :10.1002 / j.1460-2075.1986.tb04464.x . PMC 1167080 PMID 16453699 . ^ A b Raubeson LA, Peery R, Chumley TW, Dziubek C, Fourcade HM, Boore JL, Jansen RK (červen 2007). „Srovnávací genomika chloroplastů: analýzy zahrnující nové sekvence z krytosemenných rostlin Nuphar advena a Ranunculus macranthus“ . BMC Genomics . 8 : 174. doi :10.1186/1471-2164-8-174 . PMC 1925096 PMID 17573971 . ^ Goremykin VV, Hirsch-Ernst KI, Wölfl S, Hellwig FH (červenec 2004). „Chloroplastový genom Nymphaea alba: analýzy celého genomu a problém identifikace nejzákladnějšího krytosemenného rostlin“ . Molekulární biologie a evoluce . 21 (7): 1445–54. doi :10,1093 / molbev / msh147 PMID 15084683 . ^ A b C d E Greiner S, Wang X, Rauwolf U, Silber MV, Mayer K, Meurer J, Haberer G, Herrmann RG (duben 2008). „Kompletní nukleotidové sekvence pěti geneticky odlišných plastidových genomů Oenothera, podsekce Oenothera: I. vyhodnocení sekvence a vývoj plastomu“ . Výzkum nukleových kyselin . 36 (7): 2366–78. doi :10.1093 / nar / gkn081 . PMC 2367718 PMID 18299283 . ^ A b Yu J, Wang J, Lin W, Li S, Li H, Zhou J a kol. (Únor 2005). „Genomy Oryza sativa: historie duplikací“ . PLOS Biology . 3 (2): e38. doi :10.1371 / journal.pbio.0030038 . PMC 546038 PMID 15685292 . ^ Hiratsuka J, Shimada H, Whittier R, Ishibashi T, Sakamoto M, Mori M, Kondo C, Honji Y, Sun CR, Meng BY (červen 1989). „Kompletní sekvence genomu chloroplastů rýže (Oryza sativa): intermolekulární rekombinace mezi odlišnými geny tRNA představuje hlavní inverzi plastidové DNA během vývoje obilovin“. Molekulární a obecná genetika . 217 (2–3): 185–94. doi :10.1007 / BF02464880 . PMID 2770692 . ^ A b C Petersen G, Cuenca A, Seberg O (srpen 2015). „Evoluce plastomu v hemiparazitických jmelích“ . Biologie genomu a evoluce . 7 (9): 2520–32. doi :10.1093 / gbe / evv165 . PMC 4607522 PMID 26319577 . ^ Kim KJ, Lee HL (srpen 2004). „Kompletní sekvence genomu chloroplastů z korejského ženšenu (Panax schinseng Nees) a srovnávací analýza vývoje sekvence mezi 17 cévnatými rostlinami“ . Výzkum DNA . 11 (4): 247–61. doi :10.1093 / dnares / 11.4.247 PMID 15500250 . ^ Chumley TW, Palmer JD, sekačka JP, Fourcade HM, Calie PJ, Boore JL, Jansen RK (listopad 2006). „Kompletní sekvence genomu chloroplastů Pelargonium x hortorum: organizace a vývoj největšího a nejvíce přeskupeného genomu chloroplastů suchozemských rostlin“ . Molekulární biologie a evoluce . 23 (11): 2175–90. doi :10,1093 / molbev / msl089 PMID 16916942 . ^ Logacheva MD, Schelkunov MI, Nuraliev MS, Samigullin TH, Penin AA (leden 2014). „Plastidový genom mykoheterotrofního jednoděložného rostliny Petrosavia stellaris vykazuje ztráty genů i mnohonásobné přesmyky“ . Biologie genomu a evoluce . 6 (1): 238–46. doi :10.1093 / gbe / evu001 . PMC 3914687 PMID 24398375 . ^ Chang CC, Lin HC, Lin IP, Chow TY, Chen HH, Chen WH, Cheng CH, Lin CY, Liu SM, Chang CC, Chaw SM (únor 2006). „Chloroplastový genom afrodity Phalaenopsis (Orchidaceae): srovnávací analýza rychlosti evoluce s travami a její fylogenetické důsledky“ . Molekulární biologie a evoluce . 23 (2): 279–91. doi :10.1093 / molbev / msj029 PMID 16207935 . ^ Guo X, Castillo-Ramírez S, González V, Bustos P, Fernández-Vázquez JL, Santamaría RI, Arellano J, Cevallos MA, Dávila G (červenec 2007). „Rychlá evoluční změna plastomu fazole obecné (Phaseolus vulgaris L) a genomická diverzifikace chloroplastů luštěnin“ . BMC Genomics . 8 : 228. doi :10.1186/1471-2164-8-228 . PMC 1940014 PMID 17623083 . ^ A b Bellot S, Renner SS (prosinec 2015). „Plastomy dvou druhů v endoparazitech rodu Pilostyles (Apodanthaceae), z nichž každý si uchovává pouze pět nebo šest možných funkčních genů“ . Biologie genomu a evoluce . 8 (1): 189–201. doi :10.1093 / gbe / evv251 . PMC 4758247 PMID 26660355 . ^ Okumura S, Sawada M, Park YW, Hayashi T, Shimamura M, Takase H, Tomizawa K (říjen 2006). "Transformace topolů (Populus alba) plastidů a exprese cizích proteinů ve stromových chloroplastech". Transgenní výzkum . 15 (5): 637–46. doi :10.1007 / s11248-006-9009-3 . PMID 16952016 . ^ Delannoy E, Fujii S, Colas des Francs-Small C, Brundrett M, Small I (červenec 2011). „Zbytečná ztráta genů v podzemní orchideji Rhizanthella gardneri zdůrazňuje evoluční omezení plastidových genomů“ . Molekulární biologie a evoluce . 28 (7): 2077–86. doi :10.1093 / molbev / msr028 . PMC 3112369 PMID 21289370 . ^ Lam VK, Soto Gomez M, Graham SW (červenec 2015). „Vysoce redukovaný plastom mykoheterotrofní sciafily (Triuridaceae) je kolineární se svými zelenými příbuznými a podléhá silnému očistnému výběru“ . Biologie genomu a evoluce . 7 (8): 2220–36. doi :10.1093 / gbe / evv134 . PMC 4558852 PMID 26170229 . ^ Chung HJ, Jung JD, Park HW, Kim JH, Cha HW, Min SR, Jeong WJ, Liu JR (prosinec 2006). „Kompletní chloroplastové sekvence genomu Solanum tuberosum a srovnávací analýza s druhy Solanaceae identifikovaly přítomnost delece 241 bp v kultivované bramborové DNA sekvenci chloroplastů“. Zprávy rostlinných buněk . 25 (12): 1369–79. doi :10.1007 / s00299-006-0196-4 . PMID 16835751 . ^ Schmitz-Linneweber C, Maier RM, Alcaraz JP, Cottet A, Herrmann RG, Mache R (únor 2001). „Plastidový chromozom špenátu (Spinacia oleracea): kompletní nukleotidová sekvence a genová organizace“. Molekulární biologie rostlin . 45 (3): 307–15. doi :10.1023 / A: 1006478403810 . PMID 11292076 . ^ Haberle RC, Fourcade HM, Boore JL, Jansen RK (duben 2008). „Rozsáhlé přesmyky v chloroplastovém genomu Trachelium caeruleum jsou spojeny s repetice a tRNA geny“. Journal of Molecular Evolution . 66 (4): 350–61. Bibcode :2008JMolE..66..350H . CiteSeerX 10.1.1.174.5498 doi :10.1007 / s00239-008-9086-4 . PMID 18330485 . ^ Cai Z a kol. (2008). "Rozsáhlá reorganizace plastidového genomu Trifolium subterraneum (Fabaceae) je spojován s četnými opakovanými sekvencemi a novými vložkami DNA “. J Mol Evol . 67 : 696–704. doi :10.1007 / s00239-008-9180-7 . ^ Ogihara Y, Isono K, Kojima T, Endo A, Hanaoka M, Shiina T a kol. (2000). „Čínská jarní pšenice (Triticum aestivum L.) Chloroplastový genom: kompletní sekvence a kontrolní klony ". Reporter rostlinné molekulární biologie . 18 (3): 243–253. doi :10.1007 / BF02823995 . ^ Ogihara Y, Isono K, Kojima T, Endo A, Hanaoka M, Shiina T, Terachi T, Utsugi S, Murata M, Mori N, Takumi S, Ikeo K, Gojobori T, Murai R, Murai K, Matsuoka Y, Ohnishi Y , Tajiri H, Tsunewaki K (leden 2002). "Strukturální rysy pšeničného plastomu, jak vyplývá z úplného sekvenování chloroplastové DNA". Molekulární genetika a genomika . 266 (5): 740–6. doi :10.1007 / s00438-001-0606-9 . PMID 11810247 . ^ Fajardo D, Senalik D, Ames M, Zhu H, Steffan SA, Harbut R, Polashock J, Vorsa N, Gillespie E, Kron K, Zalapa JE (2013). "Kompletní plastidová sekvence genomu Vaccinium macrocarpon: struktura, obsah genu a přeskupení odhalená sekvenováním příští generace". Genetika a genomy stromů . 9 (2): 489–498. doi :10.1007 / s11295-012-0573-9 . ^ Jansen RK, Kaittanis C, Saski C, Lee SB, Tomkins J, Alverson AJ, Daniell H (duben 2006). „Fylogenetické analýzy Vitis (Vitaceae) založené na úplných sekvencích genomu chloroplastů: účinky vzorkování taxonů a fylogenetické metody na řešení vztahů mezi rosidy“ . BMC Evoluční biologie . 6 : 32. doi :10.1186/1471-2148-6-32 . PMC 1479384 PMID 16603088 . ^ Maier RM, Neckermann K, Igloi GL, Kössel H (září 1995). "Kompletní sekvence genomu kukuřice chloroplastů: obsah genů, hotspoty divergence a jemné doladění genetické informace úpravou přepisu". Journal of Molecular Biology . 251 (5): 614–28. doi :10.1006 / jmbi.1995.0460 . PMID 7666415 . ^ Moore MJ, Bell CD, Soltis PS, Soltis DE (prosinec 2007). „Využití dat plastidového genomu k vyřešení záhadných vztahů mezi bazálními krytosemennými rostlinami“ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 104 (49): 19363–8. Bibcode :2007PNAS..10419363M . doi :10.1073 / pnas.0708072104 . PMC 2148295 PMID 18048334 . ^ Gerald A. Tuskan, et alii (110 autorů). 2006. „Genom Black Cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray) ". Věda 313 (5793):1596-1604. ^ Nickrent DL, Malécot V, Vidal-Russell R, Der JP (2010). „Revidovaná klasifikace Santalalese“ . Taxon . 59 (2): 538–558. doi :10,1002 / daň. 592019 . ^ A b Leliaert F, Lopez-Bautista JM (březen 2015). „Chloroplastové genomy Bryopsis plumosa a Tydemania expeditiones (Bryopsidales, Chlorophyta): kompaktní genomy a geny bakteriálního původu“ . BMC Genomics . 16 (1): 204. doi :10.1186 / s12864-015-1418-3 . PMC 4487195 PMID 25879186 . ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (srpen 2002). „Chloroplastové a mitochondriální genomové sekvence charofytu Chaetosphaeridium globosum: pohledy na načasování událostí, které restrukturalizovaly DNA organel v linii zelených řas, které vedly k suchozemským rostlinám“ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 99 (17): 11275–80. Bibcode :2002PNAS ... 9911275T . doi :10.1073 / pnas.162203299 . PMC 123247 PMID 12161560 . ^ Wakasugi T, Nagai T, Kapoor M, Sugita M, Ito M, Ito S, Tsudzuki J, Nakashima K, Tsudzuki T, Suzuki Y, Hamada A, Ohta T, Inamura A, Yoshinaga K, Sugiura M (květen 1997). „Kompletní nukleotidová sekvence genomu chloroplastů ze zelené řasy Chlorella vulgaris: existence genů pravděpodobně zapojených do dělení chloroplastů“ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 94 (11): 5967–72. Bibcode :1997PNAS ... 94,5967W . doi :10.1073 / pnas.94.11.5967 . PMC 20890 PMID 9159184 . ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (květen 2007). „Nečekaně velký a volně zabalený mitochondriální genom v zelené řase Charophycean Chlorokybus atmophyticus“ . BMC Genomics . 8 : 137. doi :10.1186/1471-2164-8-137 . PMC 1894977 PMID 17537252 . ^ Smith DR a kol. (Květen 2010). „Genomy Dunaliella salina organelle: velké sekvence nafouknuté intronovou a intergenní DNA“ . Biologie rostlin BMC . 10 : 83. doi :10.1186/1471-2229-10-83 . PMC 3017802 PMID 20459666 . ^ de Koning AP, Keeling PJ (duben 2006). „Kompletní sekvence plastidového genomu parazitické zelené řasy Helicosporidium sp. Je vysoce redukovaná a strukturovaná“ . Biologie BMC . 4 : 12. doi :10.1186/1741-7007-4-12 . PMC 1463013 PMID 16630350 . ^ de Cambiaire JC, Otis C, Turmel M, Lemieux C (červenec 2007). „Sekvence chloroplastového genomu zelené řasy Leptosira terrestris: mnohonásobné ztráty obrácené repetice a rozsáhlé přesmyky genomu v Trebouxiophyceae“ . BMC Genomics . 8 : 213. doi :10.1186/1471-2164-8-213 . PMC 1931444 PMID 17610731 . ^ A b C Turmel M, Gagnon MC, O'Kelly CJ, Otis C, Lemieux C (březen 2009). „Chloroplastové genomy zelených řas Pyramimonas, Monomastix a Pycnococcus vrhají nové světlo na evoluční historii prasinofytů a původ sekundárních chloroplastů euglenidů“ . Molekulární biologie a evoluce . 26 (3): 631–48. doi :10.1093 / molbev / msn285 PMID 19074760 . ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (srpen 1999). „Kompletní sekvence DNA chloroplastů zelené řasy Nephroselmis olivacea: pohledy do architektury genomů předků chloroplastů“ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 96 (18): 10248–53. Bibcode :1999PNAS ... 9610248T . doi :10.1073 / pnas.96.18.10248 . PMC 17874 PMID 10468594 . ^ Brouard JS, Otis C, Lemieux C, Turmel M (červen 2008). „Chloroplastová sekvence DNA zelené řasy Oedogonium cardiacum (Chlorophyceae): jedinečná architektura genomu, odvozené znaky sdílené s Chaetophorales a nové geny získané horizontálním přenosem“ . BMC Genomics . 9 : 290. doi :10.1186/1471-2164-9-290 . PMC 2442088 PMID 18558012 . ^ Pombert JF, Lemieux C, Turmel M (únor 2006). „Kompletní sekvence DNA chloroplastů zelené řasy Oltmannsiellopsis viridis odhaluje výraznou čtyřstrannou architekturu v genomu chloroplastů časně se lišících ulvofytů“ . Biologie BMC . 4 : 3. doi :10.1186/1741-7007-4-3 . PMC 1402334 PMID 16472375 . ^ Robbens S, Derelle E, Ferraz C, Wuyts J, Moreau H, Van de Peer Y (duben 2007). „Kompletní sekvence chloroplastů a mitochondriální DNA Ostreococcus tauri: organely genomů nejmenšího eukaryotu jsou příklady zhutnění“ . Molekulární biologie a evoluce . 24 (4): 956–68. doi :10,1093 / molbev / msm012 PMID 17251180 . ^ Pombert JF, Otis C, Lemieux C, Turmel M (září 2005). „Sekvence chloroplastového genomu zelené řasy Pseudendoclonium akinetum (Ulvophyceae) odhaluje neobvyklé strukturní rysy a nové poznatky o pořadí větvení linií chlorofytů“ . Molekulární biologie a evoluce . 22 (9): 1903–18. doi :10.1093 / molbev / msi182 PMID 15930151 . ^ de Cambiaire JC, Otis C, Lemieux C, Turmel M (duben 2006). „Kompletní sekvence genomu chloroplastů chlorofykové zelené řasy Scenedesmus obliquus odhaluje kompaktní genovou organizaci a předpojatou distribuci genů na dvou řetězcích DNA“ . BMC Evoluční biologie . 6 : 37. doi :10.1186/1471-2148-6-37 . PMC 1513399 PMID 16638149 . ^ Turmel M, Otis C, Lemieux C (říjen 2005). „Kompletní chloroplastové sekvence DNA charophyceanských zelených řas Staurastrum a Zygnema ukazují, že genom chloroplastů prošel během vývoje Zygnematales rozsáhlými změnami.“ . Biologie BMC . 3 : 22. doi :10.1186/1741-7007-3-22 . PMC 1277820 PMID 16236178 . ^ Bélanger AS, Brouard JS, Charlebois P, Otis C, Lemieux C, Turmel M (listopad 2006). „Výrazná architektura chloroplastového genomu v chlorofykové zelené řase Stigeoclonium helveticum“. Molekulární genetika a genomika . 276 (5): 464–77. doi :10.1007 / s00438-006-0156-2 . PMID 16944205 . ^ Melton JT, Leliaert F, Tronholm A, Lopez-Bautista JM (2015). „Kompletní chloroplastové a mitochondriální genomy zelené makrořasy Ulva sp. UNA00071828 (Ulvophyceae, Chlorophyta)“ . PLOS One . 10 (4): e0121020. Bibcode :2015PLoSO..1021020M . doi :10.1371 / journal.pone.0121020 . PMC 4388391 PMID 25849557 . ^ Smith DR, Lee RW (březen 2009). „Mitochondriální a plastidové genomy Volvox carteri: nafouklé molekuly bohaté na opakující se DNA“ . BMC Genomics . 10 (132): 132. doi :10.1186/1471-2164-10-132 . PMC 2670323 PMID 19323823 . ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó str q Lee J, Cho CH, Park SI, Choi JW, Song HS, West JA, Bhattacharya D, Yoon HS (září 2016). „Paralelní vývoj vysoce konzervované architektury plastidového genomu u červených mořských řas a semenných rostlin“ . Biologie BMC . 14 (1): 75. doi :10.1186 / s12915-016-0299-5 . PMC 5010701 PMID 27589960 . ^ A b Janouškovec J, Liu SL, Martone PT, Carré W, Leblanc C, Collén J, Keeling PJ (2013-03-25). Bhattacharya D (ed.). „Vývoj genomů plastidů červených řas: starověké architektury, introny, horizontální přenos genů a taxonomická užitečnost markerů plastidů“ . PLOS One . 8 (3): e59001. Bibcode :2013PLoSO ... 859001J . doi :10.1371 / journal.pone.0059001 . PMC 3607583 PMID 23536846 . ^ Ohta N, Matsuzaki M, Misumi O, Miyagishima SY, Nozaki H, Tanaka K, Shin-I T, Kohara Y, Kuroiwa T (duben 2003). "Kompletní sekvence a analýza plastidového genomu jednobuněčné červené řasy Cyanidioschyzon merolae" . Výzkum DNA . 10 (2): 67–77. doi :10.1093 / dnares / 10.2.67 PMID 12755171 . ^ Glöckner G, Rosenthal A, Valentin K (říjen 2000). „Struktura a genový repertoár starodávného plastidového genomu červených řas“. Journal of Molecular Evolution . 51 (4): 382–90. Bibcode :2000JMolE..51..382G . CiteSeerX 10.1.1.566.2529 doi :10.1007 / s002390010101 . PMID 11040290 . ^ Jain K, Krause K, Grewe F, Nelson GF, Weber AP, Christensen AC, Mower JP (prosinec 2014). „Extrémní rysy organelárních genomů Galdieria sulphuraria: důsledek polyextremofilie?“ . Biologie genomu a evoluce . 7 (1): 367–80. doi :10.1093 / gbe / evu290 . PMC 4316638 PMID 25552531 . ^ A b C d Lee J, Kim KM, Yang EC, Miller KA, Boo SM, Bhattacharya D, Yoon HS (březen 2016). „Rekonstrukce složité evoluční historie mobilních plazmidů v genomech červených řas“ . Vědecké zprávy . 6 (1): 23744. Bibcode :2016NatSR ... 623744L . doi :10.1038 / srep23744 . PMC 4814812 PMID 27030297 . ^ Boo GH, Hughey JR (únor 2019). „Fylogenomika a vícegenní fylogeneze dešifrují dvě nové kryptické mořské řasy z Kalifornie, Gelidium gabrielsonii a G. kathyanniae (Gelidiales, Rhodophyta)“ . Journal of Phycology . 55 (1): 160–172. doi :10.1111 / jpy.12802 PMID 30341779 . ^ Ho CL, Lee WK, Lim EL (březen 2018). „Odhalení jaderných a chloroplastových genomů agaru produkujícího červenou makrorasu, Gracilaria changii (Rhodophyta, Gracilariales)“ . Genomika . 110 (2): 124–133. doi :10.1016 / j.ygeno.2017.09.003 PMID 28890206 . ^ Campbell, Matthew A .; Presting, Gernot; Bennett, Matthew S .; Sherwood, Alison R. (2014-02-21). „Vysoce konzervované organelární genomy v Gracilariales, jak je odvozeno pomocí nových údajů z havajské invazivní řasy Gracilaria salicornia (Rhodophyta“). Phycologia . 53 (2): 109–116. doi :10.2216/13-222.1 . ^ Hagopian JC, Reis M, Kitajima JP, Bhattacharya D, de Oliveira MC (říjen 2004). „Srovnávací analýza kompletní sekvence plastidového genomu červené řasy Gracilaria tenuistipitata var. Liui poskytuje poznatky o vývoji rhodoplastů a jejich vztahu k jiným plastidům.“ Journal of Molecular Evolution . 59 (4): 464–77. Bibcode :2004JMolE..59..464H . CiteSeerX 10.1.1.614.9150 doi :10.1007 / s00239-004-2638-3 . PMID 15638458 . ^ DePriest MS, Bhattacharya D, López-Bautista JM (2013-07-19). „Plastidový genom červené makrořasy Grateloupia taiwanensis (Halymeniaceae)“ . PLOS One . 8 (7): e68246. Bibcode :2013PLoSO ... 868246D . doi :10.1371 / journal.pone.0068246 . PMC 3716797 PMID 23894297 . ^ A b C Cho CH, Choi JW, Lam DW, Kim KM, Yoon HS (2018-05-08). „Analýza plastidového genomu tří druhů červených řas Nemaliophycidae naznačuje adaptaci prostředí na stanoviště s omezeným obsahem železa“ . PLOS One . 13 (5): e0196995. Bibcode :2018PLoSO..1396995C . doi :10.1371 / journal.pone.0196995 . PMC 5940233 PMID 29738547 . ^ Reith M, Munholland J (duben 1993). „Genová mapa s vysokým rozlišením genomu chloroplastu červené řasy Porphyra purpurea“ . Rostlinná buňka . 5 (4): 465–475. doi :10,1105 / tpc. 5.4.465 . PMC 160285 PMID 12271072 . ^ Brawley SH, Blouin NA, Ficko-Blean E, Wheeler GL, Lohr M, Goodson HV a kol. (Srpen 2017). "Porphyra umbilicalis (Bangiophyceae, Rhodophyta)" . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 114 (31): E6361 – E6370. doi :10.1073 / pnas.1703088114 . PMC 5547612 PMID 28716924 . ^ Tajima N, Sato S, Maruyama F, Kurokawa K, Ohta H, Tabata S, Sekine K, Moriyama T, Sato N (květen 2014). „Analýza úplného plastidového genomu jednobuněčné červené řasy Porphyridium purpureum“. Journal of Plant Research . 127 (3): 389–97. doi :10.1007 / s10265-014-0627-1 . PMID 24595640 . ^ A b C Hughey JR, Gabrielson PW, Rohmer L, Tortolani J, Silva M, Miller KA, Young JD, Martell C, Ruediger E (červen 2014). „Minimálně destruktivní odběr vzorků typu Pyropia (Bangiales, Rhodophyta) obnovuje úplné plastidové a mitochondriální genomy“ . Vědecké zprávy . 4 (1): 5113. Bibcode :2014NatSR ... 4E5113H . doi :10.1038 / srep05113 . PMC 4044621 PMID 24894641 . ^ A b Wang L, Mao Y, Kong F, Li G, Ma F, Zhang B, Sun P, Bi G, Zhang F, Xue H, Cao M (2013-05-29). „Kompletní sekvence a analýza plastidových genomů dvou ekonomicky důležitých červených řas: Pyropia haitanensis a Pyropia yezoensis“ . PLOS One . 8 (5): e65902. Bibcode :2013PLoSO ... 865902W . doi :10.1371 / journal.pone.0065902 . PMC 3667073 PMID 23734264 . ^ Salomaki ED, Nickles KR, Lane CE (duben 2015). „Duch plastid z Choreocolax polysiphoniae“. Journal of Phycology . 51 (2): 217–21. doi :10.1111 / jpy.12283 . PMID 26986516 . ^ Löffelhardt W, Bohnert HJ, Bryant DA (1997). "Úplná sekvence Cyanophora paradoxa genom cyanelle (Glaucocystophyceae) "". Systematika a evoluce rostlin . 11 . Springer Vídeň. 149–162. doi :10.1007/978-3-7091-6542-3_8 . ISBN 9783211830352 ^ A b C d Kim JI, Moore CE, Archibald JM, Bhattacharya D, Yi G, Yoon HS, Shin W (červenec 2017). "Evoluční dynamika kryptofytových plastidových genomů" . Biologie genomu a evoluce . 9 (7): 1859–1872. doi :10.1093 / gbe / evx123 . PMC 5534331 PMID 28854597 . ^ Donaher N, Tanifuji G, Onodera NT, Malfatti SA, Chain PS, Hara Y, Archibald JM (listopad 2009). „Kompletní sekvence plastidového genomu sekundárně nefotosyntetické řasy Cryptomonas paramecium: redukce, zhutnění a zrychlená evoluční rychlost“ . Biologie genomu a evoluce . 1 : 439–48. doi :10.1093 / gbe / evp047 . PMC 2839278 PMID 20333213 . ^ Sánchez Puerta MV, Bachvaroff TR, Delwiche CF (01.01.2005). „Kompletní sekvence plastidového genomu haptophytu Emiliania huxleyi: srovnání s jinými plastidovými genomy“ . Výzkum DNA . 12 (2): 151–6. doi :10.1093 / dnares / 12.2.151 PMID 16303746 . ^ Douglas SE, Penny SL (únor 1999). „Plastidový genom kryptofytové řasy, Guillardia theta: úplná sekvence a konzervované skupiny synteny potvrzují její společný původ s červenými řasami“. Journal of Molecular Evolution . 48 (2): 236–44. Bibcode :1999JMolE..48..236D . doi :10.1007 / PL00006462 . PMID 9929392 . ^ Cattolico RA, Jacobs MA, Zhou Y, Chang J, Duplessis M, Lybrand T, McKay J, Ong HC, Sims E, Rocap G (květen 2008). „Analýza sekvenování genomu chloroplastů u kmenů Heterosigma akashiwo CCMP452 (západní Atlantik) a NIES293 (západní Pacifik)“ . BMC Genomics . 9 (1): 211. doi :10.1186/1471-2164-9-211 . PMC 2410131 PMID 18462506 . ^ Kowallik KV, Stoebe B, Schaffran I, Kroth-Pancic P, Freier U (prosinec 1995). „Chloroplastový genom řasy obsahující chlorophylla + c, Odontella sinensis“. Reporter rostlinné molekulární biologie . 13 (4): 336–342. doi :10.1007 / BF02669188 . ISSN 0735-9640 . ^ A b Oudot-Le Secq MP, Grimwood J, Shapiro H, Armbrust EV, Bowler C, Green BR (duben 2007). „Chloroplastové genomy rozsivek Phaeodactylum tricornutum a Thalassiosira pseudonana: srovnání s jinými plastidovými genomy červené linie“. Molekulární genetika a genomika . 277 (4): 427–39. doi :10.1007 / s00438-006-0199-4 . PMID 17252281 . ^ Khan H, Parks N, Kozera C, Curtis BA, Parsons BJ, Bowman S, Archibald JM (srpen 2007). „Sekvence plastidového genomu kryptofytové řasy Rhodomonas salina CCMP1319: boční přenos domnělého replikačního aparátu DNA a test chromistické plastidové fylogeneze“ . Molekulární biologie a evoluce . 24 (8): 1832–42. doi :10,1093 / molbev / msm101 PMID 17522086 . ^ Kim JI, Yoon HS, Yi G, Kim HS, Yih W, Shin W (2015-06-05). Przyborski JM (ed.). „Plastidový genom kryptomonády Teleaulax amphioxeia“ . PLOS One . 10 (6): e0129284. Bibcode :2015PLoSO..1029284K . doi :10.1371 / journal.pone.0129284 . PMC 4457928 PMID 26047475 . ^ Rogers MB, Gilson PR, Su V, McFadden GI, Keeling PJ (leden 2007). „Kompletní chloroplastový genom chlorarachniofytů Bigelowiella natans: důkazy o nezávislém původu chlorarachniofytů a sekundárních endosymbiontů euglenidů“ . Molekulární biologie a evoluce . 24 (1): 54–62. doi :10.1093 / molbev / msl129 PMID 16990439 . ^ A b C Suzuki S, Hirakawa Y, Kofuji R, Sugita M, Ishida KI (červenec 2016). „Sekvence plastidového genomu Gymnochlora stellata, Lotharella vakuolata a Partenskyella glossopodia odhalují pozoruhodnou strukturální ochranu mezi druhy chlorarachniofytů“. Journal of Plant Research . 129 (4): 581–590. doi :10.1007 / s10265-016-0804-5 . PMID 26920842 . ^ Tanifuji G, Onodera NT, Brown MW, Curtis BA, Roger AJ, Ka-Shu Wong G, Melkonian M, Archibald JM (květen 2014). „Sekvence nukleomorfu a plastidového genomu chlorarachniofytu Lotharella oceanica: konvergentní redukční evoluce a častá rekombinace v řasách nesoucích nukleomorfy“ . BMC Genomics . 15 (1): 374. doi :10.1186/1471-2164-15-374 . PMC 4035089 PMID 24885563 . ^ Hallick RB, Hong L, Drager RG, Favreau MR, Monfort A, Orsat B, Spielmann A, Stutz E (červenec 1993). „Complete sequence of Euglena gracilis chloroplast DNA“ . Výzkum nukleových kyselin . 21 (15): 3537–44. doi :10.1093 / nar / 21.15.3537 . PMC 331456 PMID 8346031 . ^ Cai X, Fuller AL, McDougald LR, Zhu G (prosinec 2003). "Apikoplastový genom kokcidia Eimeria tenella". Gen . 321 : 39–46. doi :10.1016 / j.gene.2003.08.008 . PMID 14636990 . ^ A b Suzuki S, Shirato S, Hirakawa Y, Ishida KI (2015). "Nucleomorph, genom, sekvence, o, dva, chlorarachniophytes, Amorphochlora amoebiformis a Lotharella vakuolata" . Biologie genomu a evoluce . 7 : 1533–1545. doi :10.1093 / gbe / evv096 ^ Gilson PR, Su V, Slamovits CH, Reith ME, Keeling PJ, McFadden GI (červen 2006). „Kompletní nukleotidová sekvence chloromachniofytového nukleomorfu: nejmenší jádro přírody“ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 103 (25): 9566–71. Bibcode :2006PNAS..103,9566G . doi :10.1073 / pnas.0600707103 . PMC 1480447 PMID 16760254 . ^ Curtis BA, Tanifuji G, Burki F, Gruber A, Irimia M, Maruyama S, et al. (Prosinec 2012). "Řasové genomy odhalují evoluční mozaicismus a osud nukleomorfů" (PDF) . Příroda . 492 (7427): 59–65. Bibcode :2012Natur.492 ... 59C . doi :10.1038 / příroda11681 . PMID 23201678 . ^ Moore CE, Curtis B, Mills T, Tanifuji G, Archibald JM (2012). „Sekvence nukleomorfního genomu kryptofytové řasy Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 odhaluje genovou ztrátu specifickou pro linii a složitost genomu“ . Biologie genomu a evoluce . 4 (11): 1162–75. doi :10.1093 / gbe / evs090 . PMC 3514955 PMID 23042551 . ^ Tanifuji G, Onodera NT, Wheeler TJ, Dlutek M, Donaher N, Archibald JM (2011). „Kompletní sekvence nukleomorfního genomu nefotosyntetické řasy Cryptomonas paramecium odhaluje základní nukleomorfní genovou sadu“ . Biologie genomu a evoluce . 3 : 44–54. doi :10.1093 / gbe / evq082 . PMC 3017389 PMID 21147880 . ^ Douglas S, Zauner S, Fraunholz M, Beaton M, Penny S, Deng LT, Wu X, Reith M, Cavalier-Smith T, Maier UG (duben 2001). „Vysoce redukovaný genom zotročeného jádra řas“ . Příroda . 410 (6832): 1091–6. Bibcode :2001 Natur.410.1091D . doi :10.1038/35074092 PMID 11323671 . ^ Lane CE, van den Heuvel K, Kozera C, Curtis BA, Parsons BJ, Bowman S, Archibald JM (prosinec 2007). „Nukleomorfní genom Hemiselmis andersenii odhaluje úplnou ztrátu a zhutnění intronu jako hnací sílu struktury a funkce proteinu“ . Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických . 104 (50): 19908–13. Bibcode :2007PNAS..10419908L . doi :10.1073 / pnas.0707419104 . PMC 2148396 PMID 18077423 . ^ Tanifuji G, Onodera NT, Brown MW, Curtis BA, Roger AJ, Ka-Shu Wong G, Melkonian M, Archibald JM (květen 2014). „Sekvence nukleomorfu a plastidového genomu chlorarachniofytu Lotharella oceanica: konvergentní redukční evoluce a častá rekombinace v řasách nesoucích nukleomorfy“ . BMC Genomics . 15 : 374. doi :10.1186/1471-2164-15-374 . PMC 4035089 PMID 24885563 . ^ Nowack EC, Melkonian M. , Glöckner G (březen 2008). „Chromatoforová genomová sekvence Paulinella vrhá světlo na získávání fotosyntézy eukaryoty“. Aktuální biologie . 18 (6): 410–8. doi :10.1016 / j.cub.2008.02.051 . PMID 18356055 . externí odkazy
