Desulfitobacterium hafniense - Desulfitobacterium hafniense - Wikipedia

Desulfitobacterium hafniense
Vědecká klasifikace
Doména:
Bakterie
Kmen:
Firmicutes
Třída:
Clostridia
Objednat:
Clostridiales
Rodina:
Peptococcaceae
Rod:
Desulfitobacterium
Druh:
D. hafniense
Binomické jméno
Desulfitobacterium hafniense
Christiansen a Ahring 1996

Desulfitobacterium hafniense je druh grampozitivních bakterií, jeho typovým kmenem je DCB-2T.[1] (NCBI taxonomy ID 272564; DSM 10664).

D. hafniense jsou anaerobní výtrus -formující bakterie. Většina popsaných izolátů jsou fakultativně organohalogenidové respirační bakterie schopné reduktivní dechlorace z organohalogenidy jako chlorofenoly, a tetrachlorethen. Buňky D. hafniense jsou ve tvaru tyče a 3,3 až 6 μm dlouhé o šířce 0,6 až 0,7 μm pohyblivý, přičemž každá buňka má jeden nebo dva konce bičíky. Všechny testované kmeny jsou rezistentní na antibiotikum vankomycin.[2][3]

V průběhu let několik dalších kmenů patřících k hafniense druh byl popsán z nejrůznějších prostředí. Kmeny PCP-1, TCE1, DP7, TCP-A a G2 byly původně publikovány jako členové samostatného druhu Frappieri, ale všechny jsou dnes považovány za patřící k hafniense druh.[4][5]

D. hafniense izoláty
KmenZdrojDSM
DCB-2T[1]Čistírenský kal10664
PCP-1[6]Čistírenský kal12420
TCP-A[7]Říční sediment13557
GBFH[4]Říční sediment---
Y51[8]Znečištěná půda---
TCE1[9]Znečištěná půda---
PCE-S[10]Znečištěná půda14645
G2[11]Podpovrch16228
DP7[12]Lidské výkaly13498
LBE[13]není popsáno---

Genomy

Genom D. hafniense obsahuje mechanismus pro oba pyrrolysin a selenocystein, což z něj činí jediný známý organismus, který potenciálně využívá 22 aminokyselin při translaci bílkovin. [14]Desulfitobacterium hafniense kmen DCB-2T má jediný kruhový genom, který obsahuje 5,78 Mbp kódující 5 045 genů. Genom Desulfitobacterium hafniense kmen DCB-2T obsahuje sedm genů kódujících reduktivní dehalogenázy, pět z nich se zdá být funkční a dva jsou narušeny mutacemi.[15]

Úplné informace o sekvenci genomu jsou k dispozici pro devět desulfitobacterium hafniense kmeny. Všechny mají velikost genomu v rozmezí od 5 do 5,7 Mbp, žádný ze sekvenovaných kmenů neobsahuje žádné plazmidy. Genomy kódují pouze omezený počet reduktivní dehalogenázy, kromě genů využívajících širokou škálu dárců a akceptorů elektronů.

KmenVelikost genomu (Mbp)Počet redukčních

dehalogenázy

Popsán genom
Y515,712006[16]
DCB-2T5,372012[15]
PCE-S5,722015[17]
DH5,402016[18]
TCE15,712017[19]
PCP-15,672017[19]
LBE5,522017[19]
DP75,202017[19]
TCP-A552017[19]


Reference

  1. ^ A b Christiansen N, Ahring BK (1996). „Desulfitobacterium hafniense sp. Nov., Anaerobní, redukčně dechlorující bakterie“. International Journal of Systematic Bacteriology. 46 (2): 442–448. doi:10.1099/00207713-46-2-442.
  2. ^ Kalan L, Ebert S, Kelly T, Wright GD (červenec 2009). „Nekanonický shluk rezistence na vankomycin z Desulfitobacterium hafniense Y51“. Antimikrobiální látky a chemoterapie. 53 (7): 2841–5. doi:10.1128 / AAC.01408-08. PMC  2704641. PMID  19414574.
  3. ^ Kruse T, Levisson M, de Vos WM, Smidt H (září 2014). "vanI: nová shluk genů rezistence na vankomycin D-Ala-D-Lac nalezený v Desulfitobacterium hafniense". Mikrobiální biotechnologie. 7 (5): 456–66. doi:10.1111/1751-7915.12139. PMC  4229326. PMID  25042042.
  4. ^ A b Niggemyer A, Spring S, Stackebrandt E, Rosenzweig RF (prosinec 2001). „Izolace a charakterizace nové bakterie snižující As (V): důsledky pro mobilizaci arsenu a rod Desulfitobacterium“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 67 (12): 5568–80. doi:10.1128 / AEM.67.12.5568-5580.2001. PMC  93345. PMID  11722908.
  5. ^ Villemur R, Lanthier M, Beaudet R, Lépine F (září 2006). "Rod Desulfitobacterium". Recenze mikrobiologie FEMS. 30 (5): 706–33. doi:10.1111 / j.1574-6976.2006.00029.x. PMID  16911041.
  6. ^ Bouchard B, Beaudet R, Villemur R, McSween G, Lépine F, Bisaillon JG (říjen 1996). „Izolace a charakterizace Desulfitobacterium frappieri sp. Nov., Anaerobní bakterie, která reduktivně dechloruje pentachlorfenol na 3-chlorfenol“. International Journal of Systematic Bacteriology. 46 (4): 1010–5. doi:10.1099/00207713-46-4-1010. PMID  8863430.
  7. ^ Breitenstein A, Saano A, Salkinoja-Salonen M, Andreesen JR, Lechner U (únor 2001). „Analýza obohacené kultury 2,4,6-trichlorfenol-dehalogenující obohacení a izolace dehalogenačního člena kmene Desulfitobacterium frappieri TCP-A“. Archiv mikrobiologie. 175 (2): 133–42. doi:10,1007 / s002030000248. PMID  11285741.
  8. ^ Suyama A, Iwakiri R, Kai K, Tokunaga T, Sera N, Furukawa K (červenec 2001). „Izolace a charakterizace kmene Y51 Desulfitobacterium sp. Schopného účinné dehalogenace tetrachlorethenu a polychlorethanů“. Bioscience, biotechnologie a biochemie. 65 (7): 1474–81. doi:10,1271 / bbb.65,1474. PMID  11515528.
  9. ^ Gerritse J, Drzyzga O, Kloetstra G, Keijmel M, Wiersum LP, Hutson R, Collins MD, Gottschal JC (prosinec 1999). "Vliv různých donorů a akceptorů elektronů na dehalorespiraci tetrachlorethenu Desulfitobacterium frappieri TCE1". Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 65 (12): 5212–21. PMC  91707. PMID  10583967.
  10. ^ Miller E, Wohlfarth G, Diekert G (prosinec 1997). „Srovnávací studie tetrachlorethenu redukční dechlorace zprostředkované kmenem Desulfitobacterium sp. PCE-S“. Archiv mikrobiologie. 168 (6): 513–9. doi:10,1007 / s002030050529. PMID  9385143.
  11. ^ Shelobolina ES, VanPraagh CG, Lovley DR (březen 2003). "Použití železitého a železného železa obsahujícího minerály pro dýchání Desulfitobacterium frappieri". Geomikrobiologický deník. 20 (2): 143–156. doi:10.1080/01490450303884.
  12. ^ van de Pas BA, Harmsen HJ, Raangs GC, de Vos WM, Schraa G, Stams AJ (červen 2001). „Kmen Desulfitobacterium izolovaný z lidských výkalů, který neodchloruje chloretheny nebo chlorofenoly“. Archiv mikrobiologie. 175 (6): 389–94. doi:10.1007 / s002030100276. PMID  11491079.
  13. ^ Comensoli L, Maillard J, Albini M, Sandoz F, Junier P, Joseph E (květen 2017). „Použití bakterií ke stabilizaci archeologického železa“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 83 (9). doi:10.1128 / AEM.03478-16. PMC  5394308. PMID  28283522.
  14. ^ Herring, S .; Ambrogelly, A .; Polycarpo, C. R .; Soll, D. Rozpoznání pyrrolysinové TRNA pomocí Desulfitobacterium Hafniense pyrrolysyl-TRNA syntetázy. Nucleic Acids Research 2007, 35 (4), 1270–1278. https://doi.org/10.1093/nar/gkl1151.
  15. ^ A b Kim SH, Harzman C, Davis JK, Hutcheson R, Broderick JB, Marsh TL, Tiedje JM (únor 2012). „Genomová sekvence Desulfitobacterium hafniense DCB-2, grampozitivní anaerob schopný dehalogenace a redukce kovů“. Mikrobiologie BMC. 12: 21. doi:10.1186/1471-2180-12-21. PMC  3306737. PMID  22316246.
  16. ^ Nonaka H, ​​Keresztes G, Shinoda Y, Ikenaga Y, Abe M, Naito K, Inatomi K, Furukawa K, Inui M, Yukawa H (březen 2006). „Kompletní sekvence genomu dehalorespirující bakterie Desulfitobacterium hafniense Y51 a srovnání s Dehalococcoides ethenogenes 195“. Journal of Bacteriology. 188 (6): 2262–74. doi:10.1128 / JB.188.6.2262-2274.2006. PMC  1428132. PMID  16513756.
  17. ^ Goris T, Hornung B, Kruse T, Reinhold A, Westermann M, Schaap PJ, Smidt H, Diekert G (2015). "Návrh sekvence genomu a charakterizace Desulfitobacterium hafniense PCE-S". Standardy v genomických vědách. 10: 15. doi:10.1186/1944-3277-10-15. PMC  4511579. PMID  26203328.
  18. ^ Zhang X, Li GX, Chen SC, Jia XY, Wu K, Cao CL, Bao P (únor 2016). „Návrh sekvence genomu kmene Desulfitobacterium hafniense kmen DH, bakterie snižující obsah síranů izolované z neloupaných půd“. Oznámení o genomu. 4 (1). doi:10.1128 / genomA.01693-15. PMC  4751313. PMID  26868389.
  19. ^ A b C d E Kruse T, Goris T, Maillard J, Woyke T, Lechner U, de Vos W, Smidt H (prosinec 2017). "Srovnávací genomika rodu Desulfitobacterium". Ekologie mikrobiologie FEMS. 93 (12). doi:10.1093 / femsec / fix135. PMID  29040502.

Další čtení

externí odkazy